明元帝担心中刘裕之计，最终没有同意崔浩的建议，让司徒长孙嵩掌管山东的各项军事，派遣振威将军娥洁、冀州刺史阿薄干，率领步兵和骑兵共10万人屯聚在黄河北岸。他又派出几千名骑兵，沿着黄河北岸随刘裕的大军向西行进，并且时不时地袭扰，使得他们的军队不能很快地向西行进。晋士卒在黄河南岸，用长绳牵引战船，风大浪急，有的牵绳突然折断，战船漂流到北岸，船上的晋军全都遭到北魏军队诛杀劫掠。刘裕派军还击北魏军队，东晋军一上岸，北魏军就逃走，等东晋军回到船上，北魏军又返回岸边。夏季，四月，刘裕派白直队主丁，统率武士七百人，战车一百辆，登上黄河北岸，在距河岸一百步的地方，构筑新月形战阵，以河岸作为月弦，两端抱住河道。每个战车上布置七个武士。新月阵布置完毕，在阵中竖起一个白色的羽旗。北魏军队不知道这是什么意思，都不敢轻举妄动。刘裕先派宁朔将军朱超石严加戒备，准备出战，等新月阵中的白旗一举起来，朱超石率领两千人飞奔而至，进入新月阵，携带大弩一百张，每个战车上增加到二十人，并在车辕上安置了防箭木板。北魏军看到战阵已经完成，开始进攻包围。长孙嵩又率三万骑兵作为后继援军，从四面八方向新月阵展开肉搏冲锋，东晋军的强弓不能阻止敌人的势头。当时，朱超石另外还携带了大铁锤和铁一千支，这时朱超石命人把铁折成三四尺长，用大铁锤打铁，一下去，能贯穿三四人。北魏士卒招架不住，一时间全都四处溃散，争相逃命，阵亡将士的尸体堆积成山。东晋军在战阵中斩杀了北魏冀州刺史阿薄干，北魏军败退，逃回畔城。朱超石率领宁朔将军胡藩、宁远将军刘荣祖乘胜追击，又一次大破北魏军，斩杀和俘虏敌人数以千计。
拓跋嗣听到报告后，后悔没有采用崔浩的建议。
五月二十四日，东晋齐郡太守王懿投降了北魏，他上书给北魏朝廷：“刘裕现在洛阳，应该迅速发兵切断他的归路，可以不战而胜。”拓跋嗣觉得他说得有道理，表示赞许。当时，崔浩正在为拓跋嗣讲解经典，拓跋嗣便问崔浩对这件事的看法：“刘裕讨伐姚泓，果真能攻克吗？”崔浩肯定地说：“一定能够攻克！”拓跋嗣问：“为什么！”崔浩解释道：“当年姚兴喜欢追求虚名而不做实事，他的儿子姚泓生性懦弱，身体多病，兄弟之间争权夺势，不能团结一心。如今刘裕乘人之危，他的将士勇猛善战，训练有素，有什么理由不能取胜！”拓跋嗣又问：“刘裕与慕容垂相比谁的才华更为出众？”崔浩说：
“刘裕胜过慕容垂。慕容垂凭借父兄的资荫，复兴故有的基业，国人都投靠他，就像夜间的昆虫飞向火光一样，对此稍加凭借，就能轻而易举地建功立业。而刘裕则出身微贱贫寒，没有一尺土地可以凭借，却消灭了桓玄，兴复了晋朝宗室的统治。在北方生擒慕容超，在南方砍下卢循的首级，所过之处，没有敌手，他如果不是才智过人，怎么会这样呢？”拓跋嗣说：“刘裕既然已经进入函谷关，一时不能前进，也不能后退，而我们以精锐骑兵直捣他的老巢彭城、寿春，刘裕将会怎么样！”崔浩回答说：“如今我们西面有夏国赫连勃勃，北边有柔然，他们都在时刻窥伺我们的行动，准备乘机来攻。陛下既然不能亲自指挥军队，我军纵然有精兵，却没有良将，长孙嵩的长处是善于治理国家，短处是不善于用兵，根本不是刘裕的对手。我军大举兴兵远征，看不到实际利益，不如暂且按兵不动，静观事态的发展。刘裕攻克秦国后回来，一定会篡取皇帝宝座。关中地区汉族、戎族杂居一处，风俗强悍。刘裕打算用教化荆州、扬州百姓的方法统治函谷关和秦国这一带的百姓，这就好像没有翅膀想飞，没脚想走路一样，是根本行不通的。刘裕虽然会留下军队驻守，可一时人心难以信服，志趣习俗又不一样，恰好为别人入侵提供了好条件。现在秦国的百姓在一两年内不会被他制服。希望陛下趁此机会停止出兵征讨，让百姓休养生息，观察局势的变化，秦国的地盘终究会为我国所有，我们便能坐享其成。”拓跋嗣听完崔浩的分析，笑着说：“你分析得很周详。”崔浩又说：
“我曾经私下评论过近世的将领和宰相，比如王猛治理国家，是苻坚的管仲；慕容恪辅佐幼主，是慕容暐的霍光；刘裕平定桓玄祸乱，是司马德宗的曹操呀。”拓跋嗣又问：
“赫连勃勃这个人怎么样？”崔浩说：“赫连勃勃当年国破家亡，孤身一人，寄食在姚家门下，接受姚氏的官禄。他不但不想报答姚氏的恩情，反而乘人之危，占据一方地盘，与四邻结下了仇怨。像他这样的小人，虽然能强大暴虐一时，终究要被别人吞并。”拓跋嗣认为崔浩说得有道理，非常高兴。君臣二人一直谈论到深夜，拓跋嗣把三十升御用青白色醅酒和一两水精盐赏赐给崔浩，说道：“我听了你一席话，就像品味这盐和酒的滋味一样，所以我想和你一起共享这种美好的感受。”然而，拓跋嗣还是命令长孙嵩、叔孙建各自挑选精兵备战，如果刘裕再向西部深入，他们则从成皋渡黄河南下，进攻彭城、沛郡；如果刘裕推进很慢，则仍继续在岸上紧紧跟随。
果然，泰常五年（420年）六月，刘裕取代了东晋，自称为帝，国号“宋”。这恰恰应验了崔浩的话。当时拓跋嗣正在东南漏卤池（五原盐池）射鸟，得知刘裕称帝的事情，特地派人把崔浩请来，对他说：“你当年的预言全部都应验了，我到今日才开始相信天道！”拓跋嗣说这话是因为泰常三年（418年）十二月崔浩对天象的分析。那一年，彗星出现，拓跋嗣害怕大难临头，就召集儒生、方士询问。由于前几次崔浩的话总能应验，大家就一致推举崔浩来分析，崔浩认为这是刘裕篡晋的征兆。果然两年后，崔浩的话又应验了，所以拓跋嗣才说上面那番话来。其实，崔浩早在分析刘裕借道之时就向拓跋嗣陈述过这个观点，但拓跋嗣却始终没有采纳他的建议。随着事态的发展，刘裕在一两年后，力量逐渐强大，最终登上帝位。崔浩这次借助对天象的分析，再次预言成功，拓跋嗣才深信不疑。古人迷信，不能完全解释天文现象，又爱把天象与时事联系起来，不能做出正确的结论，常常是见到了彗星这类天象就认为是不祥的。崔浩才华出众，博览经史，对各家言论了如指掌，加上懂得玄象阴阳术数，又经常与拓跋嗣商讨军政大事，自然对形势很是熟悉，他的推测怎会不正确呢？有时即便拓跋嗣不能采纳他的建议，但事态却总是向崔浩所说的那样发展。
这时崔浩就在他的身边作谋士，为他出谋划策。崔浩参与了许多重大决策，为北魏最终统一北方发挥了重要的作用。从这以后，拓跋嗣对崔浩是更加信任了。泰常七年（422年）五月，拓跋嗣因为长时间地服用寒食散，多年来药性发作，身体越来越不好，灾祸与异常的现象也总是发生。他非常忧虑，于是就派人暗中询问崔浩。崔浩认为，明元帝应该早点立太子，不妨让长子拓跋焘入主东宫，让可以仰仗的人作为师傅，派能够依赖的大臣辅佐他。太子在京师时主持朝政，出京时则统率军队安抚百姓，讨伐敌人。如果这样，明元帝就可以不必亲自处理政事，在宫中调养身体了。这是天大的好事。
即便有什么不测，国家有确定的君主，百姓也有所归附，有野心的人就不敢有其他的企图。长子拓跋焘是一个聪明并且性情温和的人，以长子为太子，符合礼制。如果一定等到皇子们长大成人后再选择太子，不免会打乱了长幼的秩序，使天下大乱。
这次，拓跋嗣听取了崔浩的建议，当即立拓跋焘为太子，同时任命南平公长孙嵩、山阳公奚斤、北新公安同为左辅；崔浩与太尉穆观、散骑常侍丘堆为右弼，共同辅佐太子。拓跋焘执政后，明元帝避居西宫，经常暗中观察拓跋焘，发现拓跋焘果然多谋善断，非常高兴，不得不赞赏崔浩的见识。
辅佐武帝统一北方
泰常八年（423年）十一月，明元帝病故，拓跋焘正式即位称帝，史称魏太武帝。他为人勇健，善于指挥；有知人之明，经常从士伍中选拔人才；并且奖罚分明，不论地位高低。他提倡俭朴，但在赏赐功臣时十分大方。
在他的统治下，北魏逐渐强大起来，最终统一北方。
这样一位君主，对崔浩这样的人才自然很看重。但是崔浩为人正直，拓跋焘身边的人害怕他说出自己的短处，就一齐诋毁排挤他。拓跋焘明知崔浩有才能，出于舆论的压力，也只得让崔浩离开朝廷。但拓跋焘在政事上一有疑惑，仍要召见崔浩向他请教。
拓跋焘上位后，便致力于统一北方。当时南方为宋朝所占据，北方除了大夏、北凉、西秦、北燕和柔然外，都由北魏统治。拓跋焘通晓兵法，很有才略，就计划做一番大事业。他经常亲自出征作战，在战场上勇猛异常。
这时崔浩就在他的身边作谋士，为他出谋划策。崔浩参与了许多重大决策，为北魏最终统一北方发挥了重要的作用。
到了始光三年（426年），崔浩又回到了朝廷，加封东郡公，并任太常卿（即太常、奉常。秦汉九卿之一。
历代沿置，仅专司王朝之祭祀、礼乐诸事。北魏称其长官为太常卿。）这一年的六月，拓跋焘向大臣们征求意见，是先攻打赫连，还是蠕蠕（注：即柔然）。长孙嵩、长孙翰、奚斤认为赫连是土生土长，暂时不会成为祸患。不如先讨伐蠕蠕，即便不能追剿，也能在阴山狩猎，获取大批毛皮骨角，用来充实军用物资。崔浩不同意他们的看法：
蠕蠕之军善于逃窜，北魏派大军未必能追上他们，派小部队追赶又无法制服他们。赫连是个小国，土地不过千里，并且统治残暴，失去了民心，攻打赫连一定能成功。
尚书刘絮、武京侯安原则请求先讨伐北燕。九月，拓跋焘得知夏主赫连勃勃死，他的儿子们正在互相残杀，想趁机拿下夏国。长孙嵩等人不同意这样做，他们认为夏国的城池十分坚固，如果夏坚决防守，以逸待劳，那柔然知道了必定会乘我们国内空虚，大举进攻，这是危险的策略。崔浩与他们看法不同，他以天道比附人事，认为西征一定胜利，不能失去良机。拓跋焘赞同崔浩的意见，就分兵两路攻打夏国。这年的十一月，当拓跋焘亲自率领两万轻骑兵攻打夏统万城（今陕西靖边东北白城子）的时候，夏主赫连昌正在大摆宴席与群臣尽情欢笑，根本没有防备，听说北魏的军队兵临城下，弋惊失色，仓皇率领军队迎战，结果大败，退入城中，以至于连城门都没来得及关严。北魏军队大胜。但这一次，北魏军队并没有攻下统万城。始光四年（427年）六月，拓跋焘再次攻打统万城。他分兵埋伏在深谷当中，只让少数部队到城下诱敌出战。夏主赫连昌想凭借坚固的城池等待援兵，对北魏形成内外夹击的态势，所以紧闭城门，拒不出战。拓跋焘便以退军示弱迷惑赫连昌，另外派出五千轻骑掠夺夏国臣民。不料，北魏的一个犯罪兵士奔向夏国，说魏军的粮草已经断绝了，后面步兵还无法跟上来。赫连昌听到这个消息，欣喜无比，就率领三万步兵和骑兵出城攻打魏军。拓跋焘急忙收兵假装逃跑，想拖垮夏军。夏军便分成两路追赶。天公不作美，正赶上风雨大作，飞沙蔽日，魏军逆风前进，不利于作战。宦官赵倪便对拓跋焘说：“风雨是从敌人那边袭来，我们逆风，敌人顺风，这表明天不助我。更何况我们的将士饥渴交加，希望陛下暂时避开他们的锋锐，等以后再寻找时机。”崔浩听到了，厉声呵斥道：“你说的是什么话！我们千里而来，自有制胜的策略，一天之内怎么可以说变就变！敌人贪图胜利的战果，不会停止追击，根本没有后继军队。我们应该把精兵隐蔽起来，分别出击，对他们作一次意外的突袭。刮风下雨，要看人们怎么利用，怎么可以硬套常规而认定对我们不利！”拓跋焘说：“你说的极对！”拓跋焘便依计而行，分骑兵为左右两队，悄悄地跑到夏军的后面，顺风攻击，大败夏军。夏主赫连昌来不及进入统万城，就逃奔上邦（今甘肃天水）去了。
魏军顺利进入统万城。
崔浩在这次战斗中起到了重要的作用，拓跋焘正是听取了他的建议，才下决心攻打夏。
统万城城墙高约8丈，基厚30步，上宽10步，固若金汤，崔浩在认真分析了夏国的形势后，作出了失民心者必失国的结论，不顾他人反对，鼓励拓跋焘大胆出击；在作战不利的情况下，崔浩又积极应变，变不利为有利，帮助拓跋焘取得了最终的胜利。纵观北魏攻打夏国的整个战事，崔浩总能在关键时刻保持清醒的头脑，做出正确的判断。这次胜利后，北魏统一了北方的大部分地区，只剩下东北的北燕和西北方的北凉两个敌人了。
另外，在商议进攻柔然的问题上，只有崔浩坚决地站在拓跋焘一边。他以天象及事实为证据，质问持反对意见的张渊、徐辩一派，指出他们是以汉代的老生常谈解决北魏现在的问题，是不切实际的；况且柔然本来就是北魏的附属国，后来背叛而、去，我们现在攻打它，解救善良的百姓是顺理成章的事情，又有何不可呢？崔浩以攻打统万城之役作为证据，有力驳斥了他们的观点。
拓跋焘对崔浩在这次辩论中的表现十分满意，对大臣们说：“我意已决。”