在斯大林葬礼的当天，这一天正好也是莫洛托夫的生日，贝利亚亲自将日曼丘日娜从劳改营里释放出来，和她丈夫团聚，他的目的无疑是与这位外交部长结成未来的同盟。在3月10-13日间，他下令国家安全小组重新审查冤假错案，包括克里姆林宫医生事件，并要求他们“向我”汇报新的发现。他于3月17日提议将内务部的大部分工业与建设领域移交给一般的经济部。三天后，他建议停止由强制劳工从事的建筑项目。3月26日，他向主席团汇报说监狱和劳改营里还有2526401名政治与非政治犯（其中女性438788人，在这些女性犯人中，35505人有孩子，62886人是孕妇）。他哀叹这些囚禁“使身陷牢狱的人、他们的亲戚以及其他与他们关系亲密的人都处于特别困难的处境，这通常毁坏了他们的家庭，并对他们的余生造成了负面的影响”。他提议进行大赦，并最终释放了刑期在五年或五年以下的1181264个非政治犯。3月28日，贝利亚催促将劳改营的管理权从内务部移交司法部。4月2日，他告诉马林科夫说，著名的犹太演员所罗门·米哈尤斯（Solomon Mikhoels）已经于1948年在斯大林的命令下被杀害。两天后，贝利亚公开宣布克里姆林宫医生事件是捏造的。同一天，他下令结束“对被捕犯人的残酷鞭打，一天24小时将他们的双手铐在背后，有时持续数月时间，长时间不让他们睡觉，在单独牢房里扒光犯人衣服等做法”。[13]
几天后，被囚禁的医生被释放出来，中央委员会成员受邀审阅卷宗文件。根据西蒙诺夫的说法，他参加过三四次审阅这些文件的长时间会议，他们确定斯大林亲自参与了这起事件，包括他下令对罪犯进行折磨，直至他们供认为止。因为这些文件来自内务部，所以将它们公开出来肯定是贝利亚个人的主意。
乔治亚人米哈伊尔·契奥雷利（Mikhail Chiaureli）描绘斯大林的阿谀奉承的电影为他赢得了这位独裁者酒伴的地位。由于贝利亚也曾是斯大林别墅酒宴上的一分子，这位电影导演很自然地向贝利亚展示了他对前主子阿谀奉承的一面。“不要提那个畜生！”贝利亚扔下案卷时诅咒道：“斯大林是个无赖、野蛮的家伙，一个暴君！他让我们所有人都生活于恐惧之中，这个吸血鬼。人民也是一样，他的所有权力都是人民赋予的。所幸的是，我们现在已经不用再怕他了。让他这条毒蛇在地狱里腐烂吧！”
贝利亚还对斯大林将苏联非俄罗斯加盟共和国俄罗斯化的做法进行了攻击。在主席团的一系列备忘录中，他谴责俄罗斯人的统治，以及在像白俄罗斯、拉脱维亚、爱沙尼亚以及西乌克兰地区推广俄语的做法。贝利亚在基辅的内务部头目帕维尔·梅什克（Pavel Meshik）在乌克兰也提出了同样的问题，这让乌克兰中央委员会大吃一惊。梅什克试图与赫鲁晓夫的门徒、利沃夫负责内务的头目铁木飞·斯特罗卡奇（Timofei Strokach）妥协，命令他搜集当地共产党官员的污点证据。当斯特罗卡奇向赫鲁晓夫的另一个同事、利沃夫党委书记日诺维·谢迪奥克（Zinovy Serdiuk）报告此事时，据称贝利亚大发雷霆。“你什么都不懂。你为什么要告诉谢迪奥克？我们要把你驱逐出党，把你抓起来，让你在劳改营里度过余生。我们要把你剁成肉酱，让你化为粪土。”[14]
在对外政策方面，贝利亚也打破了意识形态与政治之间的正统观念。在后来从他的保险柜里没收的文件里有写给铁托的高级助手亚历山大·兰科维奇的秘密信函，这封信函没有经过主席团的批准，信中建议“从根本上提高”苏联与南斯拉夫的关系，并就举行“秘密会议”进行协商。当东德领导人6月2日以及11天后匈牙利领导人被召到莫斯科时，苏联领导人对他们进行了严厉的指责，要求他们执行莫斯科给他们下达的命令。对着匈牙利共产党总书记马蒂亚斯·拉科什大喊大叫的就是贝利亚，“在匈牙利这样一个只有950万人口的国家就有150万人受到了迫害，你们怎么能容忍出现这样的情况？……甚至斯大林同志直接下令审讯被捕的囚犯也是错误的。……惨遭毒打的人会做出任何审讯者所希望的供述，会承认他是英国或美国间谍，或是任何我们想要他成为的人。但是用这种办法我们永远也不会了解到事情的真相。在这种方式下，无辜的人可能会受到制裁。我们还有法律，每个人都必须尊重法律。”
东德是一个特别敏感的例子。由于乌尔布里希（Ulbricht）政权推行强制工业化方案、强制集体化以及严酷的反宗教运动，在过去的两年里有将近50万人逃到西边去了。德意志民主共和国面临着马林科夫后来所谓的“内部灾难的危险”。贝利亚对此非同寻常的反应是考虑完全放弃东德的共产主义制度，允许东西德联合组成中立的德国，以换取西方大量的补偿。当克里姆林宫领导层于1953年5月27日讨论德国问题时，贝利亚大声说道：“德意志民主共和国？这个德意志民主共和国能算得上什么？甚至连一个实体都算不上。即使我们能称之为德意志民主共和国的话，那也是我们苏联军队在那里维持着。”在讨论过程中，莫洛托夫建议应反对东德的“强制”社会主义化，而贝利亚则在最后的指示里将“强制”一词删除了。莫洛托夫问道，这难道不意味着东德取消了社会主义吗？为什么贝利亚会提出如此建议？“因为，”据说贝利亚是这样回答的：“我们所需要的就是和平的德国，至于它是不是社会主义，这对于我们并不重要。”[15]
总的来看，贝利亚的举动使他新官上任后的三把火烧了令人吃惊的“一百天”。虽然他的一些倡议掩饰了其工于心计的一面（特别是他在仍然由俄罗斯统治的苏联保护非俄罗斯民族，反对俄罗斯沙文主义），但他一开始还是压倒了他的竞争者。他所耍的花招很多都在他的正式管辖范围之外，这反映了他对其他同事的蔑视。在一份给赫鲁晓夫的备忘录中，贝利亚没有“请求”对他的提议进行“审查”，而是要求他们进行“确认”。电话监听证实他对马林科夫、赫鲁晓夫和布尔加宁都进行了严厉指责。在斯大林刚去世后不久，贝利亚好像把他的同事们都不放在眼里。然而，他这种咄咄逼人的态度使他们意识到自身所面临的危险，同时也给了他们反对他可资利用的素材。
赫鲁晓夫声称他从一开始就看透了贝利亚，只要一有机会，他就会起来反对他。“斯大林尸骨未寒，”他在贝利亚被捕后在中央委员会会议上说：“我们不能提出这个问题。否则同志们会说：‘他在利用斯大林的去世在党的领导层中制造分裂与混乱。’……这会让我们看起来像个傻瓜，真正的大傻瓜！”然而，实际上赫鲁晓夫不仅与贝利亚站在一条阵线上，而且如果贝利亚没有针对他的话，他很可能还会将与贝利亚的共同阵线保持下去。
在斯大林死后的那段时间里，赫鲁晓夫与贝利亚和马林科夫的关系十分密切，就像贝利亚和马林科夫彼此之间的关系一样。根据莫洛托夫的说法，赫鲁晓夫和其他两人是组成了当时的三驾马车。当然，莫洛托夫的看法是有偏见的，但赫鲁晓夫最后也证实了他的这种看法：贝利亚“与马林科夫的亲密关系是显而易见的，对此他没有动摇过，但是他突然之间开始与我建立同样友好的关系。贝利亚和马林科夫开始在克里姆林宫空地的散步中拉上我。我当然没有拒绝或是反对，但我对贝利亚的看法没有改变。……我知道他对我作出的这种友好表示是一种假象”。
在1953年7月贝利亚被捕后的中央委员会会议发言中，赫鲁晓夫为自己辩解说：“有人说，‘怎么能这样呢？马林科夫走路的时候都与贝利亚手挽手。……’还有人可能也听说了，赫鲁晓夫也与他们混在一起。（一阵大笑）说的没错。他们确实是如此，我也一样。……贝利亚不是那种容易被看透和被揭穿的人。……他在斯大林去世后对我的态度变化尤其如此。如果我哪一天没有给他打电话，他就会给我打来电话问：‘为什么你没有给我打电话？’‘我没有时间，’我会如此回答：‘太忙。’于是他就会说：‘你应该更经常地给我打电话。’”在同样的电话交谈中，贝利亚“会不经意地中伤（马林科夫和莫洛托夫），同时让我明白并加以强调，我比他们要好。后来我把贝利亚的话告诉了他们”。
就在贝利亚、马林科夫和赫鲁晓夫混在一起、彼此无法分开的同时，实际上他们已经开始相互挖对方的墙脚。“我们内务部陷入彻底的混乱之中，”一位中层官员告诉他的一位作家朋友说：“贝利亚下达了一个命令，马林科夫又从克里姆林宫打来电话，取消了贝利亚的命令，重新下达了他自己的指示。”1952年4月，在贝利亚将马林科夫的支持者塞姆扬·伊格纳捷夫从中央委员会书记处清除出去的行动中，赫鲁晓夫显然给了贝利亚很大的帮助，伊格纳捷夫在克里姆林宫医生事件时期是秘密警察的头目。但是赫鲁晓夫的门徒阿历克赛·基里钦科（Aleksei Kirichenko）成为新的乌克兰党委书记，很可能是在马林科夫的支持下当选的，因此贝利亚是不可能高兴的。
导致赫鲁晓夫与贝利亚最终走向分裂的并非他们之间有什么很深的政策分歧。虽然赫鲁晓夫对贝利亚“将1800万东德人民置于美帝国主义的统治之下”的想法感到吃惊，但这种看法本身并不足以说明赫鲁晓夫愿意承担阴谋对付贝利亚的风险。赫鲁晓夫后来指控贝利亚有意制造“民族团体之间的隔阂”。然而，他不仅支持贝利亚当时的民族改革，而且在他自己关于拉脱维亚和爱沙尼亚的类似报告中还全盘照搬了贝利亚的做法。在准备斯大林葬礼期间，赫鲁晓夫拉着卡冈诺维奇的胳膊问道：“拉扎尔，没有了斯大林，我们怎么生活和工作呢？”此外，他还带头赞成以斯大林的名义重新命名苏联共青团的提议。但是赫鲁晓夫也与贝利亚一道毁坏斯大林的声誉：在《文学报》编辑呼吁作家们写文章赞扬斯大林后的第二天早上，赫鲁晓夫就威胁要撤换其总编康斯坦丁·西蒙诺夫。
“当贝利亚掌权的时候，”赫鲁晓夫的前助手德米契夫回忆说：“尼基塔·谢尔盖耶维奇当然想与他搞好关系，虽然他对贝利亚又恨又怕。贝利亚也感觉出不能忽视赫鲁晓夫，因此他对待赫鲁晓夫时也留着一分小心。”最后使赫鲁晓夫对贝利亚反戈一击的是他担心贝利亚迟早会收拾他，如果他不早一点下手的话。
赫鲁晓夫和马林科夫都宣称自己领导了针对贝利亚的行动。[16]对他们两人恨之入骨的莫洛托夫和与两人关系都不错的米高扬证实了赫鲁晓夫的叙述。[17]赫鲁晓夫在反对贝利亚的行动中请求马林科夫的帮助使其处于两难的境地：如果贝利亚胜利了，他会将他们都置于死地；如果贝利亚被击败，那么马林科夫就会失去贝利亚的支持，并且还会因为与贝利亚结盟而沾染上抹不去的污点。因此赫鲁晓夫刚开始对他提出了较为谨慎的建议：对贝利亚在主席团里提出的一些建议进行封杀。“问题是，”他对马林科夫说：“在主席团会议上，你从来没有让其他人有说话的机会。只要贝利亚提出什么动议，你总是马上跳出来表示支持。……你只要让我们其余的人有一次表达思想的机会，你就知道会发生什么情况。你克制一点，不要老是那么着急跳出来。……我和你一起拟订会议议程，让我们来讨论一些我们认为贝利亚在其中有过错的问题。然后我们再起来共同反对他。”
这种小插曲究竟是从什么时候开始的我们不得而知，但是这显然对贝利亚的提议产生了抵制作用，贝利亚曾提议将内务部特别委员会可以判决的刑期减少到最多十年（“这意味着，”赫鲁晓夫在1953年7月的全体会议上说：“他可以判决犯人十年的刑期，然后再判处十年，如果他愿意的话。这就是他使犯人老死牢狱的方法”）。在主席团关于东德问题的讨论中情况也差不多。莫洛托夫带头反对贝利亚关于东德问题的计划。莫洛托夫原来认为赫鲁晓夫是贝利亚的同盟，因此他得到赫鲁晓夫的支持时又惊又喜。这位固执的外交部长对赫鲁晓夫十分感激，于是他提议从此以后和赫鲁晓夫之间彼此以亲昵的第二人称相称。在关于东德问题的会议之后，赫鲁晓夫记得：“贝利亚表面上对我的态度并没有改变。但是我知道这是一种可怕的圈套——说一套，做一套。我知道贝利亚正在和我玩着螳螂捕蝉、黄雀在后的游戏，表面上使我十二分的放心，背地里却是一有机会就会将我撂倒在地。”[18]
6月中旬的某个时候，就在贝利亚6月26日被捕前的几天，赫鲁晓夫的立场发生了转变，他从反对贝利亚变成安排他退位。[19]“当贝利亚意识到主席团的其他成员想取而代之时，他开始全力显露他的重要性，试图在所有可能的方面表现出他高人一筹的能力。我们正在经历着一个非常危险的时期。我感到是让这种局面有个了断的时候了。”[20]