伊本·西那对经文“他是属于精灵和人类的”（114：6）所作的注释是：“精灵是隐而不可见的，人是显而可见的。隐而不可见的就是内在感觉；显而可见的就是外在感觉。”[47]
伊本·西那对经中多次叙述的“拜功”（Al-alāh）实质，做了具有苏菲性质的哲学注释。他将与精神的各阶层息息相关的外在身体功修，解释为内在精神修炼。他认为，按照既定形式与时间履行的外在拜功，要与现世中精神的各种品级相协调，以保证人有别于动物，力求以高级的精神与永久的功修（不受时间限制）实现内在的精神拜功的实质，这样的拜功，才能称为“宗教的柱子”——净化人的灵魂，使其免遭恶魔的挑唆，以及身体的欲望和世俗的目的。[48]
较之法拉比和其他从哲学角度注释《古兰经》的哲学家，伊本·西那堪称哲学注释《古兰经》之首。从注释的量来讲，无论是他对《光明章》（第24章）第35节经文的细微注释，还是对《忠诚章》（第112章）、《曙光章》（第113章）、《世人章》（第114章），以及其他一些章节经文的详细注释，都远远超过了法拉比等人。从影响的度来讲，较之其他哲学家而言，伊本·西那的影响亦有过之而无不及，其注释的负面影响大于正面影响。究其原因，伊本·西那的哲学思想在对他之后伊斯兰哲学思想产生直接而深远影响的同时，他的哲学思想里蕴涵的与伊斯兰教传统信仰和教义学说不相符合的成分，又直接反应到了《古兰经》注释中，从而很容易给那些不谙教义和哲学的穆斯林，阅读他对经义经旨的注释带来很大的认知偏差。是故，安萨里与法赫鲁丁·拉齐等哲学家，不得不正本求源地正本清源，消除影响，下文叙之。
（三）精诚兄弟社的哲学注释
精诚兄弟社（Ikhwān al-afā’Wa khulln al-wafā’，一译“精诚同志社”，又称公道派、百科全书派），因自称“诚挚的兄弟加朋友”，奉行志同道合的兄弟友谊至上而得名。公元10世纪由巴士拉一些思想上自由、政治上倾向什叶派支派伊斯玛仪派的杰出学者和世俗知识分子秘密结社组成（时值伊斯兰教什叶派布韦希艾米尔世系执政期间[932-1055]）。精诚兄弟社性质上属于阿拉伯宗教哲学学术团体，该社基于“神圣、纯洁与忠诚”的社团训条，秘密从事政治活动，探讨学术文化。
精诚兄弟社的社员分为4个品级，各个品级之间根据年龄阶段呈渐次递升状态，最终在知识领域、学识水平和思想境界层面上达到自认理想的终极品级：（1）纯真品（初级），年龄在15岁以上，他们的特点是心灵纯洁，善于接受，思维敏锐，信仰坚定，被称之为“仁慈的兄弟”。（2）领导品（中级），年龄在30岁以上，他们已经深刻认知了智慧与理性，被称为“优秀的兄弟”。（3）王权品（高级），年龄在40以上，他们通晓且维护法律与神学，被称为“尊贵的兄弟”。（4）至高品（最高级），年龄在50岁以上，他们号召所有的人都力争达到至高品，他们由于受到支持、亲见真理、领悟末日情状而近似天使。[49]这4个品级与新柏拉图派认识论的4个认识过程相辅相成，充分彰显该社团的哲学思想深受新柏拉图主义的影响。[50]
精诚兄弟社由于“在政治上不满阿拔斯王朝的统治，主张改良宗教和社会。宣称伊斯兰教已被愚昧和无知所污染，陷入迷误，须用哲学和科学知识加以洗涤和医治。宣布不支持派别偏见，主张研究和吸取对人类有益的一切宗教思想、哲学思想和科学知识，博采伊斯兰教各学派学说，建立包罗人类一切学问和智慧的哲学，以启迪人们的理智，对宗教信仰完全彻悟，达到纯洁灵魂，认识真主并与真主合为一体。”[51]有鉴于此，社团的著名学者如白思谛（Al-basti）、赞加尼（Al-zanjāni）、奈海尔祖利（Al-nahrajuri）、奥迪（Al-audi）、栽德·本·利法尔（Zayd ben rifā‘ah）等人，基于伊斯兰教义学说尤其是什叶派支派伊斯玛仪派的宗教哲学思想，汲取新柏拉图主义的“流溢说”、毕达哥拉斯派的数论、亚里士多德的逻辑学和恩培多克勒的观点，博采伊斯兰其他派别的思想和观点，运用折中主义方法，就哲学在理论上和实践上的各种问题撰写了51篇论文，以《精诚兄弟社论文集》（Rasā’il ikhwān al-afā’）之名结集出版，内容涉及数学（14篇）、物理学（17篇）、形而上学（10篇）和宗教教义学（10篇）。[52]这些论文，既详细阐述了他们对“宇宙生成论”、“认识论”、“灵魂与肉体”、“宗教信仰”、“自然哲学”的哲学思想和社会主张，也试图调和宗教与哲学、理性与信仰的关系。[53]
《精诚兄弟社论文集》，不仅是“集希腊哲学、伊斯兰各派学说和自然科学之大成，具有重要的学术和文学价值，对当时的知识界和伊斯兰教各派都有一定的影响，对阿拉伯哲学思想的发展起到了推动作用”[54]，而且也是伊斯兰学术界，尤其是《古兰经》注释学界研究精诚兄弟社从哲学角度阐释《古兰经》有关经文的重要文献。换言之，精诚兄弟社对《古兰经》的哲学注释，集中反映在他们的“论文集”中。
首先，精诚兄弟社对《古兰经》做了一个宏观解读。他们认为，《古兰经》绝对是深邃真理的象征，是普通人所不能理解的。对此，他们讲到：“先知穆罕默德给其乌玛中的特殊人们告诉了他所带来的真理，他们明确地相信这些真理，无论秘密与公开时，还是在未经示意和没有隐藏的情况下。先知示意了这些真理，并以众所周知的言辞和大众都能理解的释意指出了经文大义。”[55]“须知，天启的各部经典都是外在的启示，是可读可听的言辞，它还有不为一般人所知的各种内在注释。”[56]显然，精诚兄弟社的这种思想和主张，与什叶派的伊斯玛仪内学派的主张同出一辙，即《古兰经》的外在意义不是终极所指，终极所指是其内涵隐义。
其次，他们又对《古兰经》的一些经文做了微观注释，诸如：
他们将“乐园”理解为苍穹世界（上界），将“火狱”理解为月下世界，即现世世界（下界）。他们强调，灵魂脱离肉体后渴望升至苍穹世界时，灵魂不可能带着沉重的身体升至苍穹世界，“当灵魂离开肉体，没有生前的任何恶意与恶行、恶德与愚昧阻碍它时，它就会在无时间概念的瞬息间进入乐园。因为乐园是它的所爱，正如恋人的灵魂在爱人那儿。如果灵魂的爱与身体同在，而身体负罪累累，附有种种欲望和各种美饰，那么灵魂就不会离开身体，它也不会渴望升至苍穹世界，乐园的门不会为它敞开，它也不能与天使的队伍一同进入乐园，而是继续留在月球下面，游荡在那些身体无能为力且互相对抗的深渊中，时而从有到无，时而从无到有，正如《古兰经》所言：‘不信我的迹象的人，我必定使他们入火狱，每当他们的皮肤烧焦的时候，我另换一套皮肤给他们，以便他们尝试刑罚。’（4：56）‘他们将在其中逗留长久的时期。’（78：23）只要天地存在，他们既尝不到灵魂世界的惬意凉爽——舒适与给养，也得不到《古兰经》言及的乐园的甘露美味：‘火狱的居民将要喊叫乐园的居民说：‘求你们把水或真主所供给你们的食品，倒下一点来给我们吧！’他们回答说：‘真主确已禁止我们把这两样东西赠送不信道者。’（7：50）对此，他们还引证先知穆罕默德的圣训作为佐证：‘乐园在天上，火狱在地下。’”[57]
他们将“众天使”解释为苍穹的群星：“天体的群星就是真主的众天使，是真主的群天的管理者。真主创造他们，是为了建设他的世界，管理他的众生，治理他的宇宙。他们是真主在苍穹中的代治者，正如地球上的国王们是真主委托在大地的代治者一样。”[58]
他们在解释信士的灵魂时认为，“信士的灵魂在分离肉体之后，升至乐园，进入天使们的队伍，凭借圣洁的精神而生活，并在广阔的苍穹和天际中愉快地、幸福地、欢乐地畅游。”他们认为，这就是经文“良言将为他所知，他升起善行”（35：10）。的意义所指。[59]他们在解释人类的“灵魂”时认为，“灵魂诞生之时一无所知，正如真主所言‘真主使你们从母腹出生，你们什么也不知道。’（16：78）灵魂只有以肉体作媒介才能认识事物。”[60]他们对此做了进一步的解释，他们认为，“人类的灵魂是由万有灵魂流出的。婴儿的灵魂最初像一张白纸，通过五个感官接受和汲取各种知识。随着年龄的增长，灵魂将这些知识变成了思维能力与观察能力。运用言语表达自己思想的能力称之为语言能力。人的外部有五官，内部则有五种能力，即想象力、思考力、观察力、记忆力和语言力。”[61]
他们对“恶魔”（Al-shayāīn）的哲学注释，亦不符合伊斯兰教义。他们认为，真主以经文“我这样以人类和精灵中的恶魔为一个先知的仇敌，他们为了欺骗而以花言巧语互相讽示”（6：112）指出了各种灵魂及其蛊惑。精灵中的恶魔就是恶毒的、离间的灵魂，它遮蔽了五官的知觉。人类中的恶魔就是附在人身的灵魂。他们认为，这些可恶的灵魂是强有力的恶魔，如果它离开肉体，就成为行动的恶魔。[62]
他们在解释经文“凡服从真主和使者的人，教与真主所护佑的众先知，忠信的人，诚笃的人，善良的人同在。这等人，是很好的伙伴”（4：69）时，认为真主之所以称呼“诚笃的人”（Al-shuhdā’），只是因为这些人见证了那些离开物质的精神事物。他们以此指向现世的乐园及其恩典。[63]
此外，精诚兄弟社认为，“《古兰经》中描绘的感性景象，如天堂里的恩泽：有白皙的、美目的妻子，有蜜河，蜜质纯正，人们倚软椅而卧，以及火狱的惩罚，烧焦一层皮后，另换上一层再烧，等等，都是有象征意义的。他们认为，有一种超过一切宗教的理性宗教，相信真主震怒，相信火狱惩罚恶人，都是理性所不能接受的。无知的灵魂接受的是现世的地狱，理智的灵魂接受的是现实的天园。复活，就是灵魂离开肉体，末日的复活则是万物的灵魂离开世界而归回真主。”[64]
四哲学注释《古兰经》的他见
综上所述，法拉比、伊本·西那，以及精诚兄弟社的绝大部分注释，从外部来讲，深受希腊哲学思想和哲学主张的影响。换言之，伊斯兰哲学受希腊哲学的影响，不仅仅反映在哲学本身上，也同样在对《古兰经》的解读中有所彰显。从内部来讲，伊斯兰哲学家尤其是伊本·西那与精诚兄弟社受其所属派别影响，其注释很大程度上与什叶派的伊斯玛仪内学派对《古兰经》的注释几乎同出一辙。学界认为，他们的目的既是通过注释经文给自己的哲学观点与哲学主张寻找法理和学理依据，也是求得宗教与哲学关系的调和。因此，他们的哲学注释，没有得到不同时代学者们的一致认可。
中世纪哲学家安萨里和法赫鲁丁·拉齐等教义学家与哲学家，在深入阅读和研究这些借鉴并运用希腊哲学观点，阐释伊斯兰教义和解读《古兰经》有关经文的哲学著作后，对其中与伊斯兰教义不相符合的哲学理论和观点产生了质疑，给予了学理批驳与法理否定，认为此般注释经文不可取，它本质上违背了《古兰经》和伊斯兰真理精神。这是因为，法拉比与伊本·西那等哲学家的“哲学调和仅仅是一种折中理论，他们从中对伊斯兰教义进行的描述，业已远离了确定不变的、被传承的教义实质。像这样的理论，不适合在互相对立的两种观点之间进行调和。因此，安萨里等人毫不费力地反驳了这些调和的哲学家，批驳了他们的哲学尝试”[65]。于是，他们在自己的哲学研究和哲学著作中，既有理有据地反驳了法拉比等借鉴希腊哲学观点注释《古兰经》有关内容的哲学家们，也对涉及伊斯兰教义的有关经文，做了符合经文本义的阐释。他们的阐释，一方面辩驳希腊哲学，以及与深受希腊哲学影响的法拉比和伊本·西那等进行教义学和哲学辩解，从而在对伊斯兰教义和希腊哲学进行比较后区分良莠，还原伊斯兰教义学视阈下的“伊斯兰哲学”本来面目——古兰经哲学。另一方面，他们借此告诫穆斯林，坚决谨防希腊哲学中不符合伊斯兰信仰与教义的哲学观点和哲学主张，以保护伊斯兰教义的纯正性和穆斯林信仰的纯洁性。