在20世纪初期的日本，与大学无缘的民间研究者，敢于向作为“学问中心”的帝国大学的教授群体提出质疑，充分显示了时代所赋予他们的挑战精神。而山路爱山本人就是怀着这种强烈的批判意识，从文献批评的角度入手，通过对中国古代文献，特别是与孔子有关的诸种典籍的“甄别”，尝试以此揭示出孔子的真实形象。他在《材料论》中明确表述了自己的观点：
孔子既为历史上之人物，吾人即不可不依历史研究之方法，就可作孔子论之材料先行调查之。吾人欲撰之接近孔子时代之著作，则不可不确定其内容之价值。古人于此之研究固大有裨益于吾人，然吾人不可止步于古人研究之所终。吾人自当仁不让，更进层楼于古书之评判。吾人独不满足于古人研究之结果，更当以最进步之近代研究方法，耕耘于古书之原野。[12]
基于这一“近代历史研究之方法”，山路爱山展开了他的“古书批评”。在“材料论”的子标题“一、孔子是历史上之人物”之下，山路爱山又分别罗列出以下若干子标题：
二、《中庸》不可信；
三、《礼记·大学》不可信；
四、《左传》不可信；
五、《孟子》不可信；
六、《易》不可信；
七、《尚书》不可信；
八、《诗》《春秋》《论语》稍可信。
这里所说的“不可信”与“稍可信”当然是指其文献所记载的关于孔子事实的可信度。山路爱山根据他对文献的基本判断，指出《中庸》《礼记·大学》《左传》《孟子》《易》《尚书》等六种中国先秦时代的文献典籍中，关于孔子的记事材料是不足凭信的。他分别提出了其结论的依据。关于《中庸》之不可信，山路爱山认为，《中庸》非子思或子思学派的著作，而是经孟子以后的汉代儒家之手，在老庄道家思想，特别是汉代盛行的黄老之说的影响下完成的，实为汉代文化思潮的产物，因此“依《中庸》而论孔子，无异于缘木求鱼”[13]。关于《礼记·大学》，山路爱山在《孔子论》出版十年前，就曾在《国民新闻》上连续撰文发表过类似的怀疑主张[14]，在《孔子论》中又进一步明确地加以阐说。山路爱山以《礼记·礼运》篇为例，指出“其虽假孔子之名，然其所谓‘大道既隐，天下为家’之思想，非黄老盛行时代之人不可理会也”。故“欲以礼记而知孔子之真面目，固不可得”[15]。至于《尚书》，虽然被公认为是记录中国上古思想、历史的最早的典籍，但是山路爱山认为“其思想与《中庸》《礼记·大学》完全相同”，于孔子研究只能是“劳多功少”，甚至几乎毫无价值[16]。在中国先秦时代的文献中，只有三部文献在山路爱山看来是“稍可相信”的，这就是《诗经》、《春秋》和《论语》。关于《诗经》和《春秋》，山路爱山分析指出：
《诗》于中国乃最值得信任、最古的文书。《诗》，《论语》引用之，《孟子》引用之，《左氏》引用之，《荀子》引用之，诸子百家引用之。且所引多为今日现存之所谓三百篇之内，鲜有逸诗之征引。《诗经》早已具今日之形，此足以为证。
《春秋》为《左氏》《公羊》《谷梁》三传所载之经文，其文虽多少有异，然其大体同一，则信之无害。且其体裁亦今所谓年表之类，作者少有以一己思想润色之余地。……今读《春秋》之文，作者之意唯在如实传达事实之大要，毫无夸张之态。[17]
对于《论语》，山路爱山更是充分肯定其文献之可信性。他认为：整体上与《左传》《孟子》相较，则《论语》无疑近乎孔子真传。《论语》之整体倾向不似《左传》《孟子》以孔子作理想之人看待，而在于记录勤勉实在之孔子。……要之，《论语》于现存材料中，独与事实最为接近。[18]
山路爱山通过对上述中国古代文献的历史批评，得出了属于自己的、不同于前人的批判性主张。其断案之大胆、议论之酣畅，无一不透露出其尖锐的批判见识。尽管山路爱山的结论未必尽数准确，但在其“孔子研究”中所表现出来的近代学术意识却是极为可贵的。对于既有研究结论的不满足、不迷信、不盲从，而进一步以近代研究方法，对古代文献加以重新审视乃至批判，阐发独立的一家之言，这种严肃的学术批判精神，对于思想文化的发展、社会历史的进步，无疑都是具有积极意义的。
三、《孔子论》中的“孔子像”
在“材料论”之后，山路爱山设立了非常重要的“时势论”一章。山路爱山认为，若不了解孔子所处时代的人情世相，不了解其时代的历史风貌，就无法再现真实的孔子。对此他作了一个非常形象的比喻：“鸟之羽翼可预期空气之存在，空气亦可预料鸟羽之存在。若非知其时代，则何以知其人物？故吾不可不先述及孔子生活之时代[19]”。山路爱山假托于一个游历者的身份，对孔子所处时代的鲁国的外形、人种、宗教、政治、文学、艺术、科学等方面的情形，以生动的笔触，作了详细的论述。
在“材料论”“时势论”的基础上，山路爱山开始以“《论语》中显现的孔子”为孔子立传，并进一步从三个方面入手塑造新的“孔子形象”。一曰“政治家之孔子”，二曰“思想家之孔子”，三曰“伦理家之孔子”。其中尤以“政治家之孔子”，最见其批判之精神。山路爱山的“政治家之孔子像”是通过与孟子的比较来完成的。山路爱山认为，如果以孟子作为理想型的政治家的代表，那么孔子就是典型的实践型的政治家。这表现在以下几个方面。
第一，孟子的政治论为哲学性的理论，而《论语》中所显现的孔子的政治论倾向则是历史性的、实践性的而非哲学性的。山路爱山指出：
孟子论及诸侯，言必称尧舜，而其所论则徒藉尧舜之名，实为畅言自己之理想。……
较之《论语》，余深感整体与孟子相异殊甚。《论语》中之孔子亦固论之尧舜禹汤，然大体言之，则孔子之倾向非为哲学式、理想式。孔子不以先王之名加诸自己之理想，却以谦逊之态学习先王之事迹。[20]
第二，在对待古史的态度上，二者亦不同。山路爱山认为：
孟子以古史事实为消化自己哲学之用，至孔子则不然。孔子未尝以自己之理想枉之古传，却期以为忠实之古传研究者。且不独以为古传之研究者，其理想之所即在周公。[21]
也就是说，对孟子而言，历史人物、历史事实都不过是宣传自己政治主张的材料、手段甚至就是目的。而孔子的政治则是身体力行的政治，是在学习周公、效法古人的具体实践中完成的。因此孔子的政治是实践性的政治、历史性的政治，其本身即为历史过程的一部分。
第三，山路爱山认为，孟子言辞矫健、谈锋锐利，颇似辩士说客之流。孔子则不然：
孔子于政治，不似《孟子》《中庸》般极尽豪言壮语。孔子绝非所谓书斋之政治家，其所答唯关乎弟子及时人之所问，唯以常识性之经世之论、处世之理，论及举止言行之所当。[22]
在山路爱山看来，孔子的政治言谈绝不似孟子那般激越高扬，而是娓娓道来，切中实际。孔子的政治言说也不是固守书斋的空洞说教，而是面向广阔的外部世界，是对社会实践活动的解答，是对实际生活行为的指南。
在与孟子的对比中，山路爱山明显地表现出扬孔抑孟的立场。但是，与当时弥漫于主流学界的“孔教化”倾向迥乎不同的是，山路爱山的“孔子论”是一种近代意义上的学理研究，其研究的目的不在于“护教”，不在于神化孔子，而恰在于恢复孔子作为研究对象的客体性，尝试以历史的、客观的视角考察和研究孔子，力求做到冷静而准确地分析和把握孔子。同时，由于孔子是一个“历史上的人物”，他就应该是可以被评说的。因此，在还原孔子作为“人”的真相的同时，山路爱山始终没有忘记以历史的目光考察孔子，考察孔子的学说。他根据《论语》中的记载，分析指出了孔子政治理论中的保守主义倾向。山路爱山认为：
孔子政治理论之最显著特征，即在于其保守性倾向。
子曰齐一变至于鲁，鲁一变至于道。（雍也）
子夏为莒父宰，问政。子曰无欲速……欲速则不达。（子路）
子曰善人为邦百年，亦可以胜残去杀。诚哉是言也。（子路）
子曰如有王者，必世而后仁。（子路）
子曰善人教民七年，亦可以即戎也。（子路）
孔子内心乃历史主义者。孔子欲一阶一阶攀越人生之阶梯，欲一环一环开启人生之锁钥。孔子深知，无论何人，其人生之旅皆无处寻觅用之即可见效之灵丹妙药。故孔子以忠勤不倦之身，极尽政治家之能事。
子张问政。子曰居之无倦，行之以忠。（颜渊）
子张问政。子曰劳之劳之，请益曰无倦。（子路）
惟其恒久不怠，故成其保守渐进之政。[23]
山路爱山追讨历史的遗迹，重新塑造了一个久失真相的孔子形象。从山路爱山的笔端凸现出来的孔子，首先是一位从遥远的文化历史中缓缓走来的“人”——他勤勉力行，他孜孜不倦，他历尽沧桑，他背负重任。作为中国民族精神的写照，在孔子身上，有对古代先贤的追慕，有对政治理想的渴求，有脚踏实地的积极修为，亦流露出对于现实社会的等待与守望。因此山路爱山所描绘的“孔子像”是一个立体的、鲜活的、植根于中国古老文化土壤之中的“人”的形象，而不是高高在上，居于神坛之巅的教主的形象。这一崭新的孔子像的成立，一方面还原了孔子作为“人”的历史真相，一方面打破了对于孔子的可尊奉不可言说的学术禁区。它以超越时人的先觉者的时代意识和批判精神，树立了一个近代研究的学术范例。
四、《支那思想史》视域的考察
以《孔子论》为发端，山路爱山在中国古代思想研究中，不断阐发其近代文化批判主义的理念，1907年，山路爱山出版了他的第二部中国文化研究力作《支那思想史》。这部著作最初是以连载的方式，分两次刊登在《独立评论》明治三十九年第十二号（1906年12月3日）和明治四十年第一号（1907年1月1日）
上的。1907年6月，与“日汉文明异同论”合并后，以“支那思想史·日汉文明异同论”为题，由金尾文渊堂出版刊行。1910年7月，作为《支那思想史》的简本，又出版了《汉学大意》一书，并补入了《〈论语〉之经济学》《〈孟子〉之经济学》及《中庸非子思所作》等三篇文章。
在《支那思想史》中，山路爱山考察了中国古代思想的发展历史。该书最大的特点在于，山路爱山改变了以往传统的列传式思想史的分类方法，而接受近代西方学术的影响，采用了思潮史式的编排体系，以不同时期、不同区域、不同内涵的概括归纳，对中国古代思想进行了独具特色的描述。
例如在对先秦思想的概述中，山路爱山以“其学问主题在于人类自身，开后世心性论之端绪”来论述孔子思想。山路爱山认为：孔子作为政治家无疑是失败的，但作为人类大师，孔子却是极其成功的。虽然孔子的时代尚未开始论及人性，但其“学问主题转向了人类自身”，孔子对人格、品行的阐发更进而使其学问转向了对于“作为人类行为之源的人性的研究”。因此，“使学术脱离于政治，使学者远离于实际事物，可以说即发端于孔子，至少孔子本人是站立在学问与政治的岔路口上的”。[24]在与孔子思想的对照中，山路爱山对孟子思想作出了如下诠释——“孟子思想重在性论，开心学之法门”。山路爱山认为，孟子把圣人之道与功利之学相区分，专以个人修炼为旨，以成学者之业”，“是站立于功利之学与心性之学分水岭上的”思想家[25]。也就是说，孔子和孟子的思想主张虽各有侧重、各具特质，但在根本点上却是“皆有经世致用之志”的，因此儒家学说不过是一种政治思想。在对老子、庄子思想的评价上，山路爱山则指出“中国思想史上可以称之为哲学的是老庄之学”。他认为“中国人依据老庄之学，方始将宇宙与人性相混同，而作出哲学性阐释，且至今未能超出其魔力”[26]。基于对老庄之学的激赏，山路爱山对宋代儒学也给予了充分的肯定，称其为“中国人自己思考而得出的属于中国人自己的哲学”。凡此种种，皆表现出山路爱山与传统汉学家、官学派学者对于中国思想特别是儒家学说的不同的思考模式。
这部著作中还有一个十分独到的地方特别值得一提，这就是山路爱山还特别注意到了宗教在思想发展史上的特殊意义，他专门列出了“佛教之输入”和“天主教输入”两个章节，并且用了相当长的篇幅加以论说。山路爱山认为，佛教与中国的老庄之学虽各有自己的经典，其产生亦各有不同，但其经典中所阐述的主义与精神却“几乎是完全相似的”[27]。或许是与其基督教信仰者的身份有关，山路爱山对天主教在中国思想史上的地位给予了较高的评价。他认为“明末天主教在中国思想史上产生了莫大的影响”。山路爱山甚至征引清代赵翼在《二十二史札记》中之所论，来印证天主教征服中国人人心的巨大功效。[28]就这一领域的研究而言，不要说在江户时代从未进入过“汉学家”们的视野，即使在“日本中国学”形成之后，新兴的近代学者也并未把它们作为自己的课题来加以研究。因此可以说，山路爱山对这一问题的关注，启示了一个研究的方向。