运动之初
1981年6月，中共十一届六中全会通过了《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，其中指出：“1966年5月至1976年10月的‘文化大革命’，使党、国家和人民遭到建国以来最严重的挫折和损失。”“‘文化大革命’的历史，证明毛泽东同志发动‘文化大革命’的主要论点既不符合马克思列宁主义，也不符合中国实际。”“实践证明，‘文化大革命’不是也不可能是任何意义上的革命或社会进步。”它“是一场由领导者错误发动，被反革命集团利用，给党、国家和各族人民带来严重灾难的内乱。”
在这场“给党、国家和各族人民带来严重灾难的内乱”之初，徐舜寿并没有想得太多，他在1967年7月4日写给造反派组织的交代材料里这样说：
“在去年5月，我以为文化大革命是从像过去几次对文艺界的批判运动（如反胡风运动）那样开始的，而且又牵扯到党中央内彭真等人包庇吴晗、邓拓等人的反党活动（去年5月16日中央通知，我所党委内传达的较早）。在6月10日以后，运动开始要转入内部时，我听过四清工作队的讲话，说是要搞四大，要横扫一些牛鬼蛇神，批判资产阶级学术权威，要整党内走资本主义道路的当权派等。我当时想到，我并不是什么学术‘权威’，也不是什么走资本主义道路的当权派，因为四清已经下了楼。”
（《文革残稿》1967年7月4日）
但随后发生的一切，远远偏离了他的理解。
1966年6月，十所开始出现揭批所内领导的大字报。徐舜寿因为刚调过来不久，大字报还很少，只是“靠边站”。尽管如此，人们还是觉察到他的笑容日渐减少，熟悉他的人知道，他是在为刚刚开始的“运7”测绘仿制而担忧。
回到一所
文革之初，六院的个别领导通知十所，要求徐舜寿回沈阳原单位参加运动。一所的领导把他当成挡箭牌，反动学术权威批判。文化大革命时期，他向造反派组织写下的交代材料底稿，至今被夫人宋蜀碧保存着。这些残稿有厚厚的四大本。其中有一篇清楚地记录他从1966年6月到1967年3月的经历：
“1966年6月20日晚，十所四清工作队张队长通知我……‘北京电话叫你回一所，23日前赶到，什么事？我不知道，你明天就走吧。’
21日晨，我离阎良，22日晨到北京……
23日，我回到一所……
7月6日……召开专案组会，出席约20余人，我念了第一次写的提纲，7月9日对我做了第一次批判。
7月24、25日又开了会。对我做了第二次批判……
8月24日，一所二室又贴出大字报，要求我劳动，我当即通过工作队党委和行政处后去食堂，第三天又有大字报不准我在食堂劳动，故改为拔草劳动。
9月初，专案组通知我，一、每天拔草劳动两小时，其余时间继续检查。二、外出要请假。三、一周汇报一次。
我户外劳动继续到11月，天冷以后，就改在招待所做些室内劳动，因我有肺气肿病，冬天容易喘，故12月后劳动得不多。
到10月初仍继续写检查提纲……
11月1日，我交了第三次检查提纲……
12月、1月，我写了一些揭发部院合并问题和罗瑞卿的大字报和材料，带北京。
一所于2月17日实行军管……
2、3月，一所革命群众通过夺权后，主管原技术处的同志要求我翻译一本美军飞机操纵性规范和一本英国研究院对操纵性研究的测评文件，前后约用了一个半月的时间。
3月中旬经军管组指示，院同意，一所、十所革命组织同意，回十所工作。”
（《文革残稿》1967年4月）
当徐舜寿回到自己亲手组建起来的一所时，迎接他的是铺天盖地的大字报。我们可以从保留下来的《六院一所无产阶级文化大革命资料汇编（第一辑）》中看到那个时代留下来的遗迹：
“徐舜寿的修正主义科研路线
1956年秋冬，原一机部第四工业局在112厂筹建设计室，在仿制取得初步成绩的基础上，开始摸索航空工业走向自行设计的道路。当时的第四工业局只重技术，不顾政治，将设计室的筹建工作交给党内资产阶级权威徐舜寿。满脑袋资本主义、修正主义的徐舜寿，就趁机大贩私货，企图将这一个初生的第一代设计室领向资本主义邪道。
徐舜寿是第四工业局的工程师，曾到过美国，当过国民党空军少校，1949年入党，1956年转正，是带着浓厚的成名成家思想来当设计室主任的，其修正主义路线主要表现如下：
1.抵制党对科研设计的领导（内容略）
2.脱离政治，掩盖阶级斗争（内容略）
3.培养资产阶级接班人（内容略）
4.热衷名利刺激（内容略）
5.迷信专家，迷信自己，不相信群众（内容略）
反右派斗争与1958年第一次造反
……
1958年秋重新开始了整党、整团、整风运动，经过多次群众性大鸣大放大破资产阶级思想，大批徐舜寿等人的猖狂进攻，通过决定，肯定了党支部在设计室的领导作用，第一次取得了党支部在科研单位的领导权，接着在1958年年末1959年初党支部年终总结改选时，展开了一场党内斗争，20岁刚出头的小将们，发扬了‘舍得一身剐，敢把皇帝拉下马’的革命造反精神，造了党内资产阶级权威徐舜寿的反，将他排出党支部委员会，选举了新的支部，增加了革命新生力量，支部领导权转到革命派手中。”
面对这样突如其来的政治“湍流”，徐舜寿是冷静的。在这些大字报的下面，他附上了自己一个小小的声明。表示欢迎群众对他进行批评教育。
坚守做人的原则
徐舜寿在一所经受了一段时间的批判以后，原来组织批判他的党委一班人也陷入了群众运动的汪洋大海，自顾不暇。运动的大方向转了，他被“挂”了起来。在多次请示无结果的情况下，他只能在一所参加运动，虽然也写揭发批判的大字报，但更多的还是在接受群众的揭发批判。
1966年11月19日，他贴出了一张大字报，标题赫然写着——“这与宁秉一同志无关”，从这张大字报可以看到，即便身处逆境，徐舜寿的品格依然闪光。
这与宁秉一同志无关
九室《刺刀见红战斗组》和《彻底革命战斗组》11月13日在揭发宁秉一同志的大字报上说，是秉一同志主持为我在反右倾机会主义运动中受到的批判“翻案”，这和事实有出入。为了更实事求是地搞好文化大革命运动，我认为应当做一说明。
我的甄别是在1962年初起，在原单位即松陵机械厂进行的，工厂党委在4月作出结论，因我出差，故在8月才签字，后由沈阳市委批准。在这次甄别工作中，六院和一所没有任何人参与，由于结论是“不能认定徐舜寿同志犯有右倾机会主义性质的错误。在会议上进行批判以及党内给予撤销总支委员工作处分是不对的，因此撤销原决定，并在适当范围内宣布。”所以松陵厂党委请一所在所内宣布。大概是由于宁秉一同志宣布的，所以就被误认为在为我“翻案”了。
另外，这张大字报上还说，“从此徐由一个将被开除党籍的右派人物一跃而成为一所常委委员了……这是宁秉一放纵坏人的结果。”我看也不是这么引申。党委委员是在党代表大会上选的，秉一同志一个人能遮尽众人耳目吗？何况从时间上看，这个论点是不能成立的，因为是选党委委员在先（1962年春），而甄别在后（一所宣布结论约在1962年冬）。至于这张大字报上还说“徐舜寿大量反毛泽东思想的言论是从宁秉一同志嘴里说出来的”，则更不合乎逻辑，因而也举不出事实根据来。
最后，我认为，九室两个战斗组同志揭发问题的心情是好的。把话说重了些是可以理解的，谁也不应当、也不会计较。我写这张大字报，只是为了希望运动搞得更好，更实事求是、更注重调查研究。我相信我的这种心情也将会被理解。
（《文革残稿》1967年11月19日）
不难想象，在这张大字报贴出以后，他会遭到怎样的抨击和围攻。但他这样做了，他坚守着做人的准则——实事求是。
“我相信党”
徐舜寿在一所待了9个月。他希望能尽快回到十所，他想回去参加具体的技术工作。他几次找到“专案组”，要求搞清楚自己的问题，甚至给六院曹丹辉副院长写信，请求采取措施，加速处理自己的问题。