作为涉及国家10个部委和几百个直接配套的厂所，有数万人参与研制的庞大复杂的系统工程，“飞豹”飞机在研制中自觉发展和形成了系统工程的组织管理体系和工作机制。
顶层——是由原国防科工委、海军（用户）、航空工业总公司领导组成的领导集体，主持每年的现场办公会，决策每年的目标和重大问题的解决方案，协调解决技术、质量、进度、经费各领域的突出问题和矛盾。
第二层——是由上述三方机关主管该项目的领导（被研制全线亲切地称为“三驾马车”）组成的指挥中心。他们深入基层与现场，掌握着项目的大节点、大关键、大难点。他们对项目提出要求，形成年度计划目标，供办公会决策，同时到现场督察，帮助推进执行。
第三层——是航空工业总公司为主的行政指挥系统及其下属的总设计师系统、总工程师系统、总质量师系统、总会计师系统、现场总指挥系统、试飞现场指挥部等全系统、全方位的实施层次。这些系统各自独立发挥其职能，团结协调全系统各单位参研人员，组成协同的工作队伍具体实施研制工作。
第四层——各厂所与军代表、海军型号办以及阎良各厂、所组成的前方执行层。研制方和使用方互相制约、互相协同，把握质量与指标，使项目的每个环节都落到实处。使用方即军方，既是研制的监督者，又是研制的参与者，从而保证了整个项目的研制质量。
以上这些具有中国特色、符合系统工程原理的组织管理办法，是调动一切积极因素，形成强大生产力，保证“飞豹”成功推进的组织保证。
传为美谈的“三驾马车”
国防科工委“飞豹”飞机研制现场办公会，由国防科工委及海军、航空工业部（航空工业总公司）主管领导主持，总参、国防科工委、国家计委、海军、空军、航空工业部及国家有关部委、陕西省国防工业办公室的负责同志，“飞豹”飞机总设计师、总指挥、现场总指挥、海军型号办及603所、172厂、试飞院等有关厂所代表参加。现场办公会对“飞豹”研制中的重大问题做出决策。从1988年2月起到1995年12月飞机通过设计定型审查，现场办公会一共召开了九次，解决了诸多棘手的“卡脖子”问题。
会议由国防科工委张国治局长、海装飞机部徐甘泉部长、航空工业总公司马承麟副局长（称“三驾马车”）具体组织。他们提出会议议题，拟定准备提交会议讨论决策的问题。会后组织落实，检查督促，经常到现场调查研究，了解情况，协调解决研制中出现的问题。
“飞豹”于1988年12月14日首飞，“三驾马车”在此之前做了很多工作。国防科工委谢光副主任代表军方组织研制，海军副司令员李景（当过飞行员），还有航空工业部王昂副部长，都对“飞豹”飞机非常关注，是保证“飞豹”研制进程的“大三驾马车”，他们每年都要到阎良开一次办公会，听汇报、提出问题，解决一些实际困难，促进型号研制。现场办公会是“飞豹”研制形成的高层组织管理形式。对跨行业、跨部门、庞大复杂的“飞豹”系统工程，进行了有效的组织管理。
“飞豹”的成功是靠很多方面的力量聚合到一起才得以实现的。这两辆“三驾马车”缺了任何一个，这个型号都会很困难。包括配套关系、经费以及各方各层面的关系、试验、试飞等，都仰仗于他们的支持。
一开始我讲话的水平并不高，我们总师单位什么问题都要考虑到。我汇报的时候总感觉自己有点儿啰唆，但又想通过汇报引起上下的重视。有一次办公会上，我汇报说一些系统单位不能很好配合。谢光一听急了：“你说，哪个单位配合不好？”这些单位的领导都在场，我怎么能当场点名，让他们挨训？！就为这个事谢光还发火了：“今天我一定要你讲，你就在这个会上把问题说清楚。”他一连逼问我三四次，我始终没有点名。我说我相信大家在这次会后一定会迅速改进的。其实问题都在会上讲得很清楚了，是谁的责任大家心里都明白，不需要在会上点名批评。我心想，大家都辛辛苦苦地工作，干嘛因为一些局部问题把大家搞得很难堪。结果系统单位的领导会后都特别感激，说老陈你真够意思。
原国防科工委局长、“三驾马车”之一张国治：
为了“飞豹”，我们从1988—1995年间共组织了九次现场办公会，每年至少聚会一次。各系统都能坐在一起，商讨如何解决问题，下一步工作如何干？到现在为止，还没有一个型号用这种工作方法。
从部队来讲，你不是要好的装备么？但是你总不让它起步，好装备从哪里来？当它出现问题的时候，我们要帮助它走上正轨。我负责项目生命力的成长，你负责发现我有什么问题及时给予指导。
我在机关工作这些年，就是抓技术带头人。如果我跟技术带头人关系比较密切，他说的话我能听懂，我能接受，那情况就不一样了。我们这些人起的作用就是上情下达，下情上达。我们没有多大的指挥权，但是，我们有很强的建议权。
各司其职的总师系统
“飞豹”飞机研制是一项十分庞大而复杂的系统工程，技术难度大，协调关系复杂，新、大、难的机载设备多。由于运用总设计师系统体制，实施系统工程管理，保证了研制计划的实施以及研制目标的实现。
1983年6月初，在北京召开了“飞豹”（串座型）飞机第一次总设计师系统工作会，宣布正式成立“飞豹”飞机总设计师系统。由总设计师、副总设计师，主任设计师，主管设计师三级组成。603所设立总设计师办公机构，负责总设计师系统的日常办公事宜和信息联络，处理型号进展中的各项技术问题。总设计师系统会议集中讨论和决定系统内的重大技术问题。
总师系统的主要作用体现在让设计统一在总设计师的思路范围内，将过去总设计师对点的指挥变为对面的指挥。过去是一遇到问题，总师指挥设计员与成品厂协调解决。有了总设计师系统后，每一个方面都有副总设计师，这些人每年开一两次总设计师系统会议，协调解决研制期间出现的各类问题；对一些飞机设计的要求重新在会上进行协调。
作为总设计师，我是决策者，很多工作都是副总师在做。但副总师干的对不对、行不行，最后都得通过总师分析、判断、取舍。在大问题上副总师也不敢做主。岗位不同分工不同，我的主要责任是决策。副总师之间在接口问题上发生了矛盾，谁对谁错，为什么要选择这个而舍弃另一个，这就是总师的功力和本领所在，就是靠决策来体现的。
1985—1990年，总设计师系统共召开了五次会议。每次会议都是在“飞豹”飞机即将进入新的研制阶段时召开的，成为研制工作的里程碑。
我这人工作作风是比较放手，放手并非人的性格决定的，而是有很多道理在里面，我认为放手比不放手要好。
第一，从责任制的角度讲，放手的理由就是要大家各负其责，每个人都应该承担起自己义不容辞的责任。我是大决策，副总师是小决策，设计人员是干活、提供材料为主，这是大家的分工不同、职责不同决定的。如果提供的材料有问题、数据算错了，那是设计员的责任；小问题上副总师决策错了，又没有跟我通气，就得由他负责；大决策你不告诉我是你的责任，你告诉我，我决策错了是我的责任。
第二，从做工作、做人上看，我认为有两种领导人，一种是事必躬亲，大小事都要过问、参与。天下没有这种三头六臂的神仙。在我看来，领导者事必躬亲是错误的，至少是一种不科学的工作方法。必须按责任分工，该你管的管好，该别人负责的就不要去干预。