军代表又加了一句：“对你这种人，派一辆牛车都是宽大无边哩！”姿势古怪地握着打牛的鞭子，嘴里喊着连牛也听不懂的吆牛调子哐当哐当地将牛车赶上了山坡。颤颤巍巍地下了山坡，前面又横着一条水沟。见了水，牛怎么也不走。我们的敦煌学家来了脾气，扬起鞭子就是几下。牛猛一用力，脚下一滑，将车翻进了沟里。包衹被盖，锅瓢碗筷，哗啦一声全都倒了出来。段文杰泄气了，一屁股坐在泥泞里，望着无边的天穹发愣。忽然想起了马致远的那首同，觉着说的正是自己：占道西风瘦马，断肠人在天涯。不由咧开干焦的嘴唇，自嘲地笑了笑。
过来了一位农民。看见段文杰可怜的样子，帮着将车抬起，赶上了平地。那天深夜，闻名世界的敦煌学家段文杰满脸尘土满身泥水筋疲力尽地将牛车赶到了郭家堡大队——他们一家人劳动改造的地方。大队支书匆匆看了看介绍信，从嘴里吐出来两个字：“不行！”“为什么？”
“我们郭家堡人多地少，不要人。”
“可是县上让我们来这里。”
“那你去找县上。”
段文杰绝望了。深更半夜，四野茫茫，一家人到哪里去柄息？鸟雀也有个窝呀！人到了这个地步，也就顾不了许多了，他向支书大人递上了两包香烟。支书善心大发，答应他们在队部住一夜，但是天亮后必须离开。半夜里，受厂一天劳累惊吓的龙时英病情发作，大声地哭闹起来。龙时英的嚎叫惊动了住在隔壁房间的两位北京大学学生。他们是刚刚毕业后分配来敦煌劳动锻炼的。问明了原由，两位大学生激愤地说：“敦煌还讲不讲政策？把你这样的人开除公职下放劳动，根本就不符合毛主席的指示！我们刚从北京来，我们知道党中央的政策。”当即表示要向上面反映段文杰的问题，要求甄别。让人欲哭无泪的是，过了不长时间，这两位纯洁可爱的青年自己也被作为“五一六”分子关进牛棚了。
几经交涉，段文杰又被迁送到了离县城最远的东湾公社。敦煌是一个拥有3万多平方公里的县，面积和台湾省差不多，而人口只有10万。就在这样大的一块地方里，竟然没有一位杰出学者的立足之地！费尽了周折，才被领进一间漏雨又漏风的土屋里。土炕是破的，中间老大一个洞。每晚睡觉，段文杰都把画板垫在炕上。窗子是坏的，段文杰将带来的画糊在上面。如果将杜甫的《茅屋为秋风所破歌》移到此时此地，恐怕一点也不过分。唯一不同的是，当时的人们已经穿上了清一色的“二尺五”，胸前挂着红彤彤的毛主席像章，远非1200多年前穷酸破旧的长衫可比了。
从此他便当起了货真价实的农民：拉粪，喂猪，垫圈，给老乡理发、画画，用一双枯瘦的手为敦煌的农业生产做着贡献。这样的日子过了两年。有一天，他忽然被叫到大队办公室。抬头一看，椅子上端坐着研究所“革委会”的领导——当初处理他的那位新贵。
“你的问题落实了，咱们回去吧！”“革委会”领导破例地冲他笑了笑。“不回去。”
“什么？”年轻的新贵愕然了。
“当初为什么要清洗我？现在又为啥叫我回去？这事要说清楚。”那位领导的脸色变得严肃了：“当初开除你是正确的，现在收回你也是正确的。要相信党，相信组织。我们是按照政策办事的。”
段文杰没有回去。这时他听到了一个消息：扬州鉴真纪念堂为迎接曰本客人，准备搞一批佛教壁画。我国著名美学家王朝闻先生亲自提名由段文杰主持鉴真纪念堂的壁画绘制。既然是这样一个神圣庄严的任务，段文杰无心再和所里的权贵们纠缠，打点起行装上扬州去工作了。
从扬州回来后，段文杰又开始了更加系统更加全面的敦煌学研究。关于敦煌艺术的形成，历来有两种观点，即“西来说”和“东来说”。西来说认为敦煌艺术来源于印度和西域文化，东来说则认为敦煌艺术来源于中原地带。段文杰认为这两种观点都有一个致命的缺点，即忽略了敦煌艺术本土产生的条件。他寻根究底，从所掌握的大量第一手资料，结合文物考古和历史文献，以及敦煌艺术所处各个时期的政治、经济、文化背景和艺术自身变化特征进行研究，旗帜鲜明地指出：正是敦煌自身的地域因素造成了产生敦煌艺术的沃土。魏晋文化传统、佛教前列地区龟兹艺术及凉州文化，都从不同方面浇灌了敦煌艺术。而北魏晚期开始的中原文化艺术，则以主要潮流影响了敦煌艺术，最终使敦煌艺术完成了中原风格、西域风格和地方风格的融合。敦煌艺术所强烈体现出来的民族风格，是整个民族艺术形成的长河中的一个环节。它是在民族意识、民族审美理想陶冶下，民族绘画的创作方法、语言、技法熔铸之集大成。
段文杰这一研究成果，得到了国内外敦煌学界的重视和肯定，是敦煌学研究中的一个重大成果。
关于敦煌壁画的历史价值，一种流行的看法认为：敦煌壁画是佛教艺术，是表现虚幻的极乐世界的，因而现实意义不大。段文杰悉心研究后指出：敦煌壁画因为“写佛”，在创作上受到很大限制。但由于古代画匠的杰出才华和非凡的想象力，采取了“以人写佛”和佛的世俗化的表现手法，因而与现实生活有十分密切的联系。敦煌壁画直接或间接地折射出了中世纪我国各民族的阶级关系、工农生产、商旅贸易、大小战争、中西交往、官僚制度、音乐舞蹈、建筑历史、民俗民风、科学技术等各个方面的生活风貌，堪称一部形象化的百科全书。特别是大量供养人阃像和场面宏大的“出行图”，真实可信地记载了各个造窟时代河西地区上至达官贵人，下至奴仆婢女盘根错节的社会关系，以及他们所进行的重大的社会活动，简直就是一面封建社会的镜子。
段文杰还通过他的专题论文《早期的敦煌壁画》、《初唐敦煌壁画》和《盛唐敦煌壁画》，从全新的角度探讨了敦煌壁画的创作方法和艺术风格。他着重指出，敦煌壁画继承了现实与想象结合的创作方法，形成了线描造型、夸张变形、想象相合、散点透视、装饰构图、随色写类、以形写神等独特的表现技巧，创造了单幅画、组脚、连环脚、屏风画、“胡粉涂壁，紫青界之”、“清起形貌，置其官爵姓名”、“左图右史”等表现形式。在此基础上接纳了传自西域的外来佛教题材，以佛经为依据，以现实生活为索材，经过“万类由心”的营构过程，创造了神人结合的形象和宗教幻想境界，形成了敦煌壁画中具有中国特色的新风貌。敦煌石窟艺术虽然是佛教的产物，却不是对佛教的图解，而是宗教题材的艺术创作。从较为单纯的北凉风格起，直至盛唐壁画的完美，敦煌壁画完成了从佛教到人、从圣坛到世俗的轨迹。唯其如此，才将虚幻的天堂和喧闹的人世巧妙地合为一体。
就在段文杰废寝忘食、发奋著述的时候，和他相濡以沫的妻子龙时英，在经受了将近20年的精神病折磨之后，痛苦地合上了眼睛。段文杰将她埋到了莫髙窟的沙丘上，让她的灵魂和飞天仙子在一起。下葬之前，段文杰用眼泪和着墨汁，写了一篇长达万言的悼词。这篇悼简悲悲切切，哀婉伤痛，既哭龙时英，又哭自己，听者莫不动容落泪。当无情的沙土掩埋了妻子的棺木后，段文杰一头扑倒在坟茔上，再也起不来了一此时他已经走到了生命的后期。
1981年，段文杰担任敦煌文物研究所所长。这年秋天，邓小平同志视察敦煌石窟。休息时，邓小平和段文杰聊天，天上地下，佛经道教，中外文化，无所不谈。邓小平问起敦煌研究院今后的打算，段文杰回答说：“敦煌过去几十年的工作主要是保护，在这方面常书鸿先生和广大文物工作者付出了巨大的心血。我的看法，今后敦煌工作的重点应该转到研究上面，使敦煌文物研究所成为世界敦煌学的中心。”邓小平点点头：“对头。敦煌学研究，外国人搞了几十年，我们落后了。敦煌是中国的敦煌，我们应该有志气把敦煌学的研究搞上去，超过外国人，使敦煌学回到中国。”
停了停，小平同志又问段文杰：“有什么困难吗？”
段文杰坦陈直言：“困难很多。几十年来，广大的文物工作者一直栖息在破庙和马棚里，在近乎原始人居住的土屋里工作。研究条件太差了。希望国家能够给我们盖一座办公大楼。”“需要多少钱？”“700万。”
小平同志将目光转向陪同视察的中央宣传部部长王任重：“任重同志，你来过问这件事。要一抓到底。楼盖好后向我汇报。”
邓小平一行回到北京后，派来了中央工作组，和敦煌研究所一起制定了预箅方案。一年以后，一座漂亮的具有敦煌特色的办公楼在三危山下拔地而起。同时还修建了好几栋宿舍楼，解决了敦煌人的住宿问题。