政府的搬迁工作是由中央执行委员会主席斯维尔德洛夫负责的，他率领的工作组先期到达莫斯科。3月4日，斯维尔德洛夫召开紧急会议讨论是否应该将政府搬进克里姆林宫的事宜。存在着三种意见：一是认为克里姆林宫是中央政府最适宜的所在地，因为这里是真正的市中心，有很强的防卫工事，最适宜于防守；二是认为克里姆林宫是俄罗斯东正教的中心，如果政府设在那里，势必要关闭它，这将使莫斯科人、俄罗斯人的宗教感情受到伤害；三是认为克里姆林宫是沙皇专制者盘踞过的地方，苏维埃的中央政府根本就不应该设在里面。著名史学家波克罗夫斯基的论证起了决定性的作用，他说克里姆林宫历来不仅是宗教中心，而且也是政治中心，因此保存好克里姆林宫的历史面貌，用它来作为政府的所在地还是可行的。斯维尔德洛夫同意克里姆林宫的选址，他说：“如果我们禁止信教者进入克里姆林宫，在莫斯科也还有足够的教堂可供信教者使用。同时，我们应该看到，在社会主义革命的进程中，将会使劳动人民摆脱教堂和宗教的影响，而且这个过程定会大大加快。因此，无产阶级的利益高于一切，只能把中央政府搬进克里姆林宫。”于是，搬迁工作以极快的速度进行，与此同时，也开始了一个摧毁教堂，使劳动人民与教堂和宗教分离的过程。
3月11日夜间，列宁率同政府成员乘专列来到了莫斯科的克里姆林宫。同一天，莫斯科电台向全世界发出通告：“联邦苏维埃共和国政府、人民委员会和国家最高政权机构——工人、士兵、农民和哥萨克代表苏维埃中央执行委员会已经到达莫斯科。联络地点是：莫斯科，克里姆林宫。”3月13日起，苏维埃政府开始在克里姆林宫办公。
1918年3月，举行俄共（布）第七次（紧急）代表大会。会上，决定将俄国布尔什维克社会民主工党改名为俄国共产党，并加上括号注明“布尔什维克”，即简称为“俄共（布）”。列宁提出去掉“社会民主党”一词，因为“这个名称在科学上是不正确的”。列宁特别指出，附上布尔什维克这个词是必要的，“因为‘布尔什维克’这个词不仅在俄国政治生活中，而且在一切注视俄国整个事态发展的外国报刊上都得到了公认”。列宁还强调两点，一是共产党奋斗的目的是要建立共产主义社会，而“共产主义社会不仅仅限于剥夺工厂、土地和生产资料，不仅仅限于严格地计算和监督产品的生产和分配，并且要更进一步实行各尽所能、按需分配的原则。因此，共产党这个名称在科学上是惟一正确的”。二是所有欧洲国家的社会党都成了社会主义革命运动的真正障碍，因此果断地断绝与这些党的关系，更改党的名称将大大有利于争取各国劳动群众的同情和支持。
在这次代表大会上，列宁特别强调了“暴力”的问题。他认为，暴力将是苏维埃政权的一个特征，用列宁的话来说就是：“暴力必将伴随整个资本主义的彻底崩溃和社会主义社会的诞生。而这种暴力将构成世界历史的一个时期，一个充满着各式各样战争的整个时代，其中包括帝国主义战争，内战，两者相互交织的战争，民族战争，即受帝国主义者以及在大规模国家资本主义、军事托拉斯和辛迪加时期必然结成这种或那种联盟的帝国主义列强压迫的民族的解放战争。这个时代，这个发生大崩溃、动辄诉诸武力、充满危机的时代已经开始了。”
也是在这次大会上，列宁声称，“内战已经成为事实”，“内战已经开始了”。
对于这场战争的胜利，列宁不寄希望于国际革命，因为“国际革命必然会到来，但是目前还没有成熟”。他希望用苏维埃政府自己的力量，来进行这场同帝国主义的冲突。对于那些期望德国革命的胜利并由此而终结这种同帝国主义的冲突的人们，列宁给予了辛辣的讽刺：国际革命“目前还只是个非常动听、非常美妙的童话。我很了解，爱听美妙的童话是儿童的天性。但是请问，相信童话是一个严肃的革命者的天性吗？任何童话中都包括着现实的因素：如果你给孩子们讲童话，里面的鸡儿猫儿不讲人的话，孩子们对你所讲的童话就不会发生兴趣。同样，如果向人民说，在德国内战一定会到来，并且担保国际革命将代替同帝国主义的冲突，那么，人民会说你们在欺骗他们。”
五、国内战争，红色恐怖，决定性的1919年，苏俄—波兰战争
这场从十月革命后实际上就开始的国内战争首先是从顿河地区发起的。在1917年12月初，卡列金在顿河地区成立了名为“顿河国民会议”的“全俄政府”后，反叛的哥萨克军队和被杜鹤宁释放后跑到这里来的科尔尼洛夫将军领导的志愿军成为苏维埃政府的最初的内战对手。但是，由于卡列金是为了顿河地区的独立，科尔尼洛夫是为了建立一个“统一的全俄政府”，因此双方意见分歧，在作战行动上自为号令。所以，他们很快就被红军所击溃。卡列金在兵败后自杀，而科尔尼洛夫也在1918年4月率军攻打叶卡捷林诺达尔时被炮弹炸死，随后阿列克谢耶夫也死去，志愿军由邓尼金将军指挥。到1918年1月，邓尼金的军队在控制了顿河地区的库班和北高加索后，宣布自己是“俄国南方武装力量总司令”。
苏维埃政权之初的国内战争从1918年春天持续到1920年，在战争的整个过程中，反苏维埃政权力量的军事行动、外国的武装干涉和农民的骚乱是错综复杂地交织在一起的。这时，战争主要是在三条战线上进行的。第一条战线是北方战线。1918年3月上旬，英国和法国的部队先后乘巡洋舰在北部的摩尔曼斯克港登陆，开始了帝国主义国家对苏维埃政权的武装干涉行动。5月，美国士兵和其他一些国家的士兵也在这里登陆。
第二条战线是东方战线。4月5日，日本军队借口自己的商人被杀，在东部海港符拉迪沃斯托克登陆，随后英国军队也在此登陆。在武装干涉者的支持下，管理中东铁路的霍尔瓦托夫将军在哈尔滨组成政府，自称“俄罗斯临时最高执政”，并移驻符拉迪沃斯托克。1918年1月，在西伯利亚有人数为45000人的捷克斯洛伐克军团，他们归属法国统帅部指挥。按照苏维埃政府和协约国的协议，这个军团应经远东撤回到法国去。但是，当地红军试图解除这个军团的武装，于是军团在去符拉迪沃斯托克的途中发动了反对苏维埃政权的叛乱。从5月25—26日夜间起，该军团部队控制了从俄国中部平扎至远东符拉迪沃斯托克的西伯利亚大铁路，占领了包括托木斯克、车里亚宾斯克、平扎和萨马拉在内的一系列西西伯利亚的城市。捷克斯洛伐克军团的叛乱严重影响了苏维埃政府的局势，到7月初，反对苏维埃政府的叛乱和骚乱蔓延至伏尔加河的中下游的城市：雅罗斯拉夫尔、雷宾斯克、木罗姆和萨马拉等地。
第三条战线是南方战线。4月13日，科尔尼洛夫将军在叶卡捷林诺达尔城下被炮弹炸死后，他的军队由邓尼金将军接替指挥。4月17日，在诺沃切尔卡斯克，曾在彼得格勒城下被捕获过的克拉斯诺夫将军组成了顿河哥萨克军。邓尼金和克拉斯诺夫联合起来，向库班进军。德国军队攻占克里米亚，进抵黑海舰队的驻地——塞瓦斯托波尔。
1918年7月2日，协约国最高委员会决定大规模武装干涉苏俄。从远东的符拉迪沃斯托克、北部的摩尔曼斯克、阿尔罕格尔斯克，日本、英国、法国和美国的军队大举武装干涉苏维埃俄国。而在南方，英国和土耳其军队占领了巴库。苏维埃俄国面临生死存亡的境地。
与此同时，苏维埃政府按照《土地社会化基本法》在农村进行分地工作。进行重分的土地不仅有地主和寺院的，而且还有大量的属于富裕农民的土地（约5000万公顷，占富裕农民土地总数的60％以上），甚至还有部分中农的土地也被拿来重分，这就造成了重分土地中的不满情绪和对抗行为。为了重分土地，还在农村组织了贫农委员会，这就使农村的基层政权组织——苏维埃流于形式，实际上也就在农村形成了贫农委员会和苏维埃两个政权的存在。这种混乱的局面使国内战争的局势更为严重。
列宁承认局势十分危险，他说：“德国要扼杀我们，日本向我们进攻。”5月8日，陆海军事务人民委员托洛茨基命令建立“全俄总司令部”。5月29日，全俄中央执行委员会决定，取消志愿兵役，恢复强制兵役制。7月，在第五次全俄苏维埃代表大会上，还通过了吸收旧军官入伍的决议。8月19日，人民委员会颁布法令，联合所有的武装力量，使之置于军事人民委员部的统一领导之下。这一系列措施使苏维埃政府的军队迅速增加（到1918年年底，军队人数达到了72.5万人），但是，在1918年夏秋之交，局势变得更为严峻。全国3／4的国土被国内外武装所占领，主要的粮食、燃料和原材料产地均丧失。全国生产军事装备的5400家工厂中有3500家位于敌人的占领区中。11月，高尔察克在鄂木斯克自称“俄罗斯最高执政”。
而在莫斯科和彼得格勒则发生了一系列暗杀事件：7月6日，德国驻莫斯科大使米尔巴赫被暗杀。8月30日，彼得格勒“契卡”负责人乌里茨基被杀。列宁在莫斯科米赫尔逊工厂演讲后遭枪击。为了对付这种内外受敌的局面，苏维埃政府采取了极为严厉的镇压措施和军事行动。在此背景下，作为对一系列暗杀事件的回应，苏维埃政府采取了强硬措施：左派社会革命党因“叛乱”罪名遭镇压。一件最具有象征意义的事件是枪杀沙皇尼古拉二世一家。
在1918年春国内局势极为危险的时刻，沙皇一家被从托博尔斯克市转移到了叶卡捷林堡，幽禁在商人伊帕季耶夫家中。1918年7月6—17日夜间，沙皇尼古拉二世及其一家被枪杀在地下室中，尸体被运至城郊的一处矿井中焚毁并灭迹。当时任叶卡捷林堡州苏维埃主席的贝科夫记述了执行死刑时的情况：“人们要罗曼诺夫家族的所有成员从他们居住的楼上到一楼下的半地下室来。约在晚上10时，罗曼诺夫全家，即前沙皇尼古拉·亚历山德洛维奇，其妻子亚历山德拉·费奥多罗夫娜，他们的儿子阿历克谢，女儿们，家庭医生鲍特金，皇子的仆人和留在皇室身边的过去的仆人，他们都穿着睡觉前穿的衣服下到了地下室。命令他们朝地下室的一面墙站立。乌拉尔苏维埃的正式代表，看守这所房子的长官宣读了死刑判决书，随后补充说，不要存任何希望，等待他们的只有死亡。突然的宣告令犯人们目瞪口呆，只有沙皇来得及说了句话：‘难道真的谁也不想来救我们吗……’随后，他们被用手枪枪杀。约夜里1时，死刑犯的尸体被运送到离上伊塞茨克工厂和帕尔金诺村不远的森林中的一个荒僻的地方，准备第二天在那里焚烧。顺便说一下，尽管死刑是在市中心执行的，但是谁也没有听到枪声。所以听不到枪声，是因为有一辆载重汽车的发动机一直在发动，它是在执行死刑期间开到这所房子面前的。甚至连外面卫队的卫兵都什么也没有发现，其后两天他们还像往常一样在那里巡逻。”
7月17日，乌拉尔苏维埃州执行委员会主席别洛波罗多夫就沙皇一家的被杀，给人民委员会秘书哥尔布诺夫发去一封密码电报：“请转告斯维尔德洛夫，全家遭遇了和头儿一样的命运。官方的说法是，家属在撤离时死亡。”7月18日，在人民委员会的例行会议上，斯维尔德洛夫在会上宣告：“我们得到报告，在叶卡捷林堡根据州苏维埃的决定，尼古拉二世被处死。尼古拉想逃跑。捷克斯洛伐克军团正在接近这座城市。全俄中央执行委员会主席团决定赞同这一措施。”随后，该次会议通过了相关决议。在尼古拉二世一家被杀后的第六天，乌拉尔州苏维埃主席团公布了下述决议，全文如下：“鉴于捷克斯洛伐克匪帮正在威胁红色乌拉尔的首府叶卡捷林堡；鉴于当过皇帝的刽子手可能逃脱人民的审判（刚刚发现了白匪军企图抢走罗曼诺夫全家的阴谋），州苏维埃主席团为了执行人民的意志决议如下：枪决前沙皇尼古拉·罗曼诺夫，他对人民犯了无数的血腥罪行。州苏维埃主席团的这一决议已经于16—17日夜间执行。罗曼诺夫的家属已经从叶卡捷林堡转移至另一个更为可靠的地方。”1918年9月2日，全俄中央执行委员会通过了《将苏维埃共和国变为军营》的决议。9月4日，枪决了被指控为暗杀列宁的卡普兰。9月5日，人民委员会通过了《关于红色恐怖》的决议，决定枪杀参与阴谋和骚乱的一切人员并将苏维埃政权的敌人关押于集中营。在苏维埃俄国的土地上，红色恐怖以“剑与火”的声威全力推进。
9月6日，成立以陆海军事务人民委员托洛茨基为首的“共和国革命军事委员会”。设立了共和国武装部队总司令的职位，由远东线司令员瓦采齐斯担任。革命军事委员会还调整了各个战线的指挥官，苏维埃军队的发展和进军遏止了国内外敌人的进攻并收复了一些失地。在辛比尔斯克被收复后，列宁极其兴奋地给负责此次行动的第一集团军发去电报说：“我的故乡辛比尔斯克的收复，是包扎我的伤口的一条最有效最理想的绷带。我顿时觉得精神，力量骤增。”