红军供应特别委员会的工作事实上开始了整个工业转向军事工业生产的历史进程，也开始了苏维埃历史上以“特别委员会”或“特别代表”和命令手段来处理紧急事务、将军工生产视为重点并提供优先发展机遇的时代。到国内战争行将结束时，所有的军工生产都转为最高国民经济委员会来管辖，建立了各种总管理局，苏维埃俄国的国民经济中的军工生产系统已经几乎完全确立并且其比例逐年增长。在此期间，托洛茨基还向最高国民经济委员会提出了在乌拉尔建设第二个军工基地的问题。1919年8月14日，托洛茨基给自己的副手斯克良斯基和这时接任最高国民经济委员会主席的李可夫直线通话：“李可夫。请将我的关于在乌拉尔建设第二个工业基地必要性的报告转呈中央。主要的问题是：工人被不必要的职业上的动员彻底地分散各处。明显要采取反措施，将工人们送回各个工厂。可以采取下述方法行动：1.您制定一个广泛的军事采购计划，为此选择一定的工厂，计算各类工人的需要量；责成工会用强制的手段，比如战时动员，搞到这些工人，并且有权甚至通过与军事部门达成协议的方法，从作战部队中挑选必需的工作人员；2.中心的问题是弹药和步枪。由于有大量的弹药储备，我们南方战线的状况现在是完全有保证的。”在这次通话中托洛茨基还谈到了生产坦克的问题：“尽管已经在加紧生产小坦克和轻型坦克，而我认为必须生产重型坦克，虽然这种坦克的生产在一年内不会开始。”
1920年1月，最高国民经济委员会炮兵工厂总管理局列出了一份军工生产的最主要的工厂，总计为九大类。第一类是生产步枪、机枪和手枪的工厂：土拉枪支厂、伊热夫斯克枪支和铸钢厂、谢斯特罗列茨克枪支厂和科夫罗夫机枪制造厂。第二类是生产7.62毫米口径步枪子弹的工厂：辛比尔斯克弹药工厂、波多尔斯克弹药工厂、土拉弹药工厂、卢甘斯克弹药工厂、莫斯科霰弹铸造及弹药工厂和西乌拉尔工厂。第三类是生产光学仪器的工厂：波多尔斯克光学仪器厂等。第四类是生产雷管、爆炸物、雷管套管和引火剂的工厂：彼得格勒制管工厂、萨马拉制管工厂和平扎制管工厂。第五类是生产火药的工厂：奥赫金斯克火药工厂、喀山火药工厂、坦波夫火药工厂和绍斯特卡火药工厂。第六类是生产步枪和手枪等用的雷管的工厂：奥赫金斯克爆炸物工厂、萨马拉爆炸物工厂、绍斯特卡工厂和特罗伊茨克炮弹厂。第七类是生产各种口径的炮弹的工厂：土拉第一枪支厂、伊热夫斯克枪支和铸钢厂、科夫罗夫机枪制造厂和辛比尔斯克弹药工厂。第八类是生产爆炸物的工厂：萨马拉爆炸物工厂、下诺夫戈罗德爆炸物工厂和莫斯科雷管厂等。第九类是生产炮兵部队所需各种材料的工厂：这些工厂遍布彼得格勒、布良斯克、下诺夫戈罗德、莫斯科及莫斯科州、坦波夫、卡卢加和伏尔加河中游的雪兹兰和萨拉托夫地区。
所有这些工厂不仅支撑了国内战争的需要，而且成了苏维埃国家以重工业为中心的（后来转为优先发展重工业——军事国防工业的）国民经济发展的最初的骨架和基础。
三、斯大林南下征粮，“社会主义祖国在危急中”，武装征粮
粮食的短缺和极度匮乏成为正在进行国内战争的苏维埃政权的最大的生死威胁。前线士兵们的供应常常面临断缺的危险，而为前线生产武器弹药的工厂中的工人和职员的粮食供应也少得微乎其微。此外，各条战线的指挥员相互间并不团结，因此他们常常借粮食问题引发军事指挥等各方面的矛盾与争端。为了保证前线作战将士的需要和稳定军心，在列宁主持下，向各条战线派出了专门解决粮食问题和整顿军纪军风的数量庞大的特派员（政治委员）队伍。
斯大林被派往南方的察里津战线，给他的具体任务是领导南方的征粮工作。这种征粮工作实际上是用工业用品和卢布换取农民手中的粮食，但进展情况并不好。1918年6月22日，斯大林在给列宁和托洛茨基的信中写道：“粮食事务正走上正轨，如果多运一些印花布和小面额纸币（不要大于500卢布），事情就会更好。”但是，实际上的征粮情况，斯大林本人也不清楚，7月17日，他给当时中央驻南方的特别政治委员奥尔忠尼启则写信：“请收集一些有关粮食装运数量的情况，第一，正在运输中的，第二，在各征集点上的，立即告知。”因此，斯大林所谓“粮食事务正走上正轨”的话，显然是应付上面的官僚主义文章。察里津一线的供应越来越糟，1918年9月27日，斯大林在给列宁的信中火气大发：“事情竟然到了这种地步：察里津仓库里的所有储备品都已用尽，而莫斯科两个星期以来没有运来任何东西。一点东西（哪怕是一颗子弹、一发炮弹）也没有运来。这是某种犯罪性的掉以轻心，简直就是背叛行为。如果这样下去，我们无疑将输掉南方的这场战争。”
斯大林进而干预南方战线的军事事务，他在7月11日发给托洛茨基和列宁的电报中作出了如下解释：“所有这一切，以及南方（我管辖的范围）的粮食问题成了军事问题这一事实，迫使我不得不干涉司令部的工作。我已不想多说，由于北高加索军区的各司令部在供给事务上明显的敷衍塞责，各条战线和各地段司令部的代表团要求我进行干预。我向司令部派去了3位同志（根据当地人们的建议）。按我的要求，其中一人任命为军事监察处主任（鲁希莫维奇），其余两位为助理（瓦季姆和巴尔霍缅科）。”斯大林还保证：“与此同时，很清楚，我本人要对所有上级机关承担责任。”
斯大林还要求中央、上级和他进行直接的联系。7月17日，他在给奥尔忠尼启则的信中写道：“你们那里有大功率电台，你们最好能和察里津建立正常联系，察里津有接收电台。您为什么不利用这一途径呢？”9月17日，南方战线革命军事委员会成立，斯大林成为委员之一。他驻扎于察里津，对南方战线的军事行动进行监察和干预。为此，托洛茨基于10月3日，给斯大林电报：“我命令斯大林立即根据政治委员不得干预作战事务的原则组建南方战线革命军事委员会。司令部设在科兹洛夫。如果24小时内不执行这一命令，我将不得不采取严厉措施。”斯大林接电后十分恼火，当日就给列宁发信告状：“总的来说问题在于，托洛茨基不用假嗓子就唱不了歌，不大喊大叫装腔作势就不会行动。而如果这没有危害我们的共同的事业的话，我对此是不会有任何反对的。因此，我请求及时地（还为时不晚）遏制一下托洛茨基，让他守规矩，否则我担心，如果托洛茨基继续发布那些狂妄的命令，把整个战线的工作交给那些完全靠不住的资产阶级的所谓专家手中，将造成军队和指挥人员之间的不和，彻底断送南方战线。”斯大林还写道：“我已经不想说，昨天刚刚入党的托洛茨基竟然拼命地教我学习党的纪律，但他显然忘记了，党的纪律不是反映在形式上的命令之中，党的纪律首先反映在无产阶级的阶级利益之中。我不是吵闹和丑剧的爱好者。但我感觉到，如果现在不给托洛茨基头上戴上一个笼头，他就将用他那种‘左的’和‘红色的’纪律毁掉我们的整个军队，而真正守纪律的同志是憎恶这种纪律的。因此，现在应该（还为时不晚）制止托洛茨基，让他遵守纪律。”斯大林并联合伏罗希洛夫，给中央施加压力。托洛茨基接电后，立即和斯大林通话，命令察里津不能单独行动。10月4日，托洛茨基给列宁和斯维尔德洛夫发去电报：“我坚决主张召回斯大林。察里津前线尽管兵力充足，但情况很糟。伏罗希洛夫能指挥一个团，不能指挥5万人的集团军。”列宁和中央没有对托洛茨基采取斯大林所要求的措施，但是，斯大林和托洛茨基之间矛盾和摩擦在整个国内战争期间愈益发展，斯大林所谓的给托洛茨基“戴上笼头”的说法为托洛茨基日后身受的人为“丑剧”——悲惨命运埋下了伏笔。
这种粮食的严重短缺和随之而来的粮食危机打乱了列宁的部署和人民委员会一系列法令的执行。早在1918年1月，当彼得格勒粮食的供应成饥荒趋势时，列宁就说过，这是彼得格勒工人毫无作为的情况造成的，不是没有粮食，而是没有人去搜查。他强调：“必须采取措施，把彼得格勒有的东西都找出来”，并要求所有的人都去搜查粮食，不去搜查的人就收回“面包配给证”。列宁认为，粮食的短缺是投机分子和富裕的居民造成的，“对于投机倒把分子不采取就地枪决的恐怖手段，我们就会一事无成”，“至于富裕的居民，应当3天不配给粮食，因为他们都有存粮和其他食品，并且可以用高价向投机商人购买”。
因此，为用搜查的办法来解决粮食问题，人民委员会决定组织由士兵和工人组成的检查队，其任务是：监督粮食的征集、运输和缴送，采取最严厉的措施打击投机倒把分子和征收余粮。这种最严厉的措施包括“对于当场捕获的和罪证确凿的投机倒把分子，检查队可以就地枪决”。1918年2月21日，人民委员会在《社会主义祖国在危急中》的补充法令中，明确规定：“隐匿存粮者也枪决。”1918年5月上旬，人民委员会连续作出了一系列决议，将解决粮食危机的办法从粮食专卖转为粮食垄断。5月9日，人民委员会通过了一项《关于粮食人民委员的特别权力的法令》。这一法令一方面确认了粮食垄断和硬性价格的不可动摇，规定必须和粮食投机商人进行无情的斗争，要求每一个粮食拥有者要在一周内交出全部余粮（余粮的标准是：除去种子和个人按定额至新收获前的需要量），对不交出余粮者将采取严厉措施；另一方面把执行粮食垄断的大权交给了粮食人民委员部，使其成为拥有生杀予夺大权，并对人民委员会和全俄中央执行委员会直接负责的特殊部门。列宁特别强调了这一法令的基本思想是：“要摆脱饥荒，必须向囤积余粮的农民资产阶级和其他资产阶级展开无情的恐怖的斗争”，明确指出这个农民资产阶级就是“富农”，而无情的恐怖斗争就是：“凡有余粮而不把余粮运到收粮站者一律宣布为人民的敌人，判处10年以上徒刑，没收全部财产，永远驱逐出村社。”这时，在列宁的眼里，“凡是隐藏一普特余粮的人，凡是使国家损失一普特燃料的人，都是最大的罪犯”，主张组织伟大的“十字军讨伐”来反对投机商和富农，来解决粮食问题。
到了5月下旬，列宁的态度就更为强硬起来。他要求把军事人民委员部改为军事粮食人民委员部，集中9／10的力量来改编军队，此外还要动员军队，去进行一场争夺粮食的战争，为期3个月，在此期间在全国范围内实行军事管制。列宁还坚决反对各单位，各地方单独收购粮食，提出了建立工人征粮队的建议。他要求“从每1000名职工中挑选出若干优秀的和忠诚的人参加征粮队”。列宁对工人的号召是“为了获得粮食，为了反对投机商，反对富农，恢复秩序，进行一次十字军讨伐吧”。
1918年5月27日，全俄中央执行委员会通过了在地方粮食机构下建立工人武装征粮队的法令。第一支工人征粮队是在6月初由彼得格勒的500名工人组成的，其他各地先后效仿，到秋天就有约3万名城市工人参加了征粮工作队。粮食特别人民委员施利赫特尔亲自率领一支征粮队（苏维埃俄国最早的专业征粮工作队）在5月中旬到辛比尔斯克省，按照国家分配应征收的余粮指标，进行试点征粮工作。但这支征粮队遇到的困难和阻力愈来愈大，征收上来的粮食很少。
列宁不得不在5月16日又签署了人民委员会的一项法令，赋予施利赫特尔更大的权力：他不仅可以将不执行征粮队命令的地方负责人逮捕和送交法庭，而且可以动用地方军队去征集余粮。5月27日，全俄中央执行委员会通过了在地方粮食机构下建立武装征粮队的法令。于是，各个大工厂和苏维埃都组织起武装征粮队下乡。征粮队的任务名义上是用固定价格购粮和征收富农的粮食，但实际上是不惜一切手段征收一切粮食。所以，6月20日，列宁在莫斯科的工人大会上说：“征粮队的任务是帮助收集富农的粮食，而不是在农村抢劫一切。”他呼吁，不要让浑水摸鱼的流氓和骗子、意志薄弱的工人钻进征粮队，“宁可少派一些人，但一定要派合适的人”。