在实际活动中，全俄工会和最高国民经济委员会的活动发生冲突，并且有扩大之势。全俄工会中俄共党团在全俄工会第五次会议上通过了一份决议，表达出了对最高国民经济委员会的明显不满和欲取而代之的倾向。决议写道：“最高国民经济委员会工作不力的主要原因是它脱离了工会组织，而且可以清楚地看到国民经济委员会整整一系列领导人和组织故意不理会工会的倾向”，“经济机构经常性的报告制度，把一些重要的、原则性的问题提交工会组织讨论对恢复工人群众组织和经济机关之间的信任是绝对必要的”。这些原则性的问题包括：管理工业机构的建立、经济计划的制定和实施、劳动力的组织和调配、工会建立专门的工业管理机构等。这份决议引起了最高国民经济委员会主席团的严重不满，他们给中央写信提出抗议：“在俄共党团作出这样一个决议后，最高国民经济委员会主席团认为必须申明，目前的主席团组成无法再继续工作下去了，因此请求中央委员会解除主席团的职务。”
到1921年年初，在工会问题上，党内领导人分成了几派。除了托洛茨基外，一派是萨普隆诺夫和奥新斯基等人的“民主集中派”。一派是施略普尼柯夫和柯伦泰等人的“工人反对派”，他们基本倾向于国家的工会化，尤其是后者主张将管理经济的一切权力都交给工会。还有一派是布哈林、拉林和普列奥勃拉任斯基等人，这一派处于各派的中间，自称要起缓冲作用，因而被称为“缓冲派”。列宁这一派包括斯大林、季诺维也夫、加米涅夫、鲁祖塔克等10人。列宁认为，党必须坚持对工会的领导，对全部经济工作的领导，离开了这一点就是抹杀了党存在的必要性。但是，总而言之，关于工会的争论实际上只有两派，一派坚持党在工会和一切工作中的领导作用，强调集中，另一派要求工会的自由，进而要求党内能有派别活动的自由。
1921年1月中旬，列宁提出托洛茨基等人的活动超出了争论的范围，是在进行派别活动。他说：“如果没有这一行动，托洛茨基同志的错误（提出错误的提纲）不过是个很小的错误，像这样的小错误，所有的中央委员都犯过。”列宁把这种派别活动称为“党内危机”。1月18日，俄共（布）中央设立的由10人（列宁、谢尔盖耶夫、季诺维也夫、加里宁、加米涅夫、彼得罗夫斯基、斯大林、托姆斯基、鲁祖塔克和洛佐夫斯基）组成的工会问题委员会在《真理报》上公布了《俄共第十次代表大会工业工会的作用和任务问题的决议草案》，也称《10人提纲》。1月29日，托洛茨基在《真理报》上发表《有分歧，但何必引起混乱？》，指责列宁在工会问题的争论中引起混乱。
所以，在3月8日召开的俄共（布）第十次代表大会上，关于工会问题的争论实际上成了大会的主要议题。列宁在俄共（布）第十次代表大会的报告中说：“争论的局面变得极其危险，简直构成了对无产阶级专政的威胁。”列宁在关于工会问题的讲话中，指责“托洛茨基和运输工会中央理事会犯了政治错误，因为他们提出了而且完全不正确地提出了‘整刷’问题”。他还警告说：“谁要为这个错误辩解，那就会造成政治上的危险。”正因为如此，列宁在大会上对“工人反对派”和“民主集中派”的批评也是不留情面的。他把“工人反对派”的口号说成是和小资产阶级的、无政府主义的反革命思想和口号是相联系的。
对“工人反对派”的代表人物柯伦泰等，列宁更是抨击有加：“你们承认你们是反对派。你们带着柯伦泰同志的题为《工人反对派》的小册子来参加党的代表大会。你们把这本小册子的最后校样付印时，就已经知道发生了喀琅施塔得事件，知道小资产阶级反革命势力异常猖獗。在这种时候，你们竟然自称‘工人反对派’！你们不了解，你们这样做要负重大的责任，你们严重地破坏了统一！你们到底为了什么？我们要质问你们，要考考你们。”列宁呼吁结束有关工会问题的辩论：“同志们，现在不应当有反对派，现在不是时候！不管怎么说，现在需要的是步枪，而不是反对派。”列宁的结论是：“党必须团结，党内不容许有反对派存在。”
最后，大会通过了《关于党的统一》的决议。决议要求“保持党的队伍的统一和团结，保证党员之间的完全信任，保证在工作中真正齐心协力，真正体现无产阶级先锋队的意志的统一”，“在同派别活动进行实际斗争中，每一个党组织必须密切注意，决不允许发表任何派别言论”，解散一切派别，凡不执行这一决议者，立即无条件开除出党。这份决议还严格规定了对党内高级领导人的处置办法：“代表大会授权中央委员会，在遇到违反纪律、恢复或进行派别活动的情况时，可以采取党内一切处分办法，直到开除出党；而对中央委员则可把他们降为候补中央委员，甚至采取极端措施，把他开除出党”。
第十次代表大会后，托洛茨基在党的中央机构中失去了权威和重要的影响，托洛茨基的支持者，如克列斯廷斯基、普列奥布拉任斯基和谢烈布里亚科夫不再是中央委员会委员。
此后，进行了清党工作。在1921年8月15日至12月31日的期间，总共有159355人被清除出党，占党员总数的24.1％。其中，自愿退党的占3.1％，因滥用职权的占87％，因举行宗教结婚仪式的占3.9％，有反革命目的、混入党内的占3.7％，不过组织生活的占1.8％。
在经过了1921—1922年的高校改革——取消高等学校的自治后，1922年的上半年，知识分子和知识分子思潮及行动极为活跃。从下半年开始，政府加强了对知识分子的控制。1922年7月8日至8月7日，在莫斯科进行了对右派社会革命党人的审判活动。在此期间，彼得格勒市和莫斯科市开始了大规模的行政驱逐的工作。首批被逐的都是知识分子，在彼得格勒有51人，在莫斯科有67人，这些名单都是由加米涅夫、库尔斯基和温什利赫特签署的。具体执行驱逐任务的是国家政治保卫局副局长亚戈达。被驱逐的人为作家、记者、教授和学者，其被驱逐的理由多是参与或与立宪民主党、社会革命党的活动有牵连、宣传唯心主义和宗教哲学、为君主制辩护等。8月，全俄中央执行委员会颁布了《关于行政驱逐的决定》，规定“对参与反革命活动的人员实行隔离”，即“以行政方式驱逐出境或者流放到俄罗斯联邦境内的指定地点”。该命令写明，驱逐名单由内务人民委员部代表和司法人民委员部代表确定，报由全俄中央执行委员会主席团批准。对于被驱逐者的惩罚是：“行政驱逐期间不超过3年”，“被驱逐的人员在驱逐期间剥夺选举权和被选举权”，“被驱逐到某一地区的人员由当地的国家政治保卫局机构监督，并由其决定被驱逐人员在流放区的居住地”，“从流放地或在流放途中逃跑，由法庭按刑法第95条惩处”。这一法令实为其后苏联数十年中控制、驱逐、流放、镇压知识分子及一切反对派的肇始。
该令颁布后，又有大量知识分子被驱逐，其中著名的有俄罗斯的哲学家尼古拉·亚历山大罗维奇·别尔嘉耶夫。他在8月17日被捕后受到审讯，他在供述中宣扬了自己的基本哲学观点：“根据自己的信念，我不能赞成阶级观点，并一视同仁地认为，不论是贵族的意识形态，还是农民的意识形态、无产阶级的意识形态、资产阶级的意识形态，都是狭隘、局限而自私的。我赞成人和人类的观点，所有阶级和政党的眼界都应提高到这个高度。至于我个人的意识形态，我认为是贵族阶级的，这不是指字面意义而言，而是指建立最优秀、最聪明、最有才干、最有教养、最高尚的人的统治而言。我认为民主政治是错误的，因为它主张多数人的统治。”两天后，国家政治保卫局保密四科就作出了驱逐别尔嘉耶夫的结论：“从十月革命起到目前为止的5年里，他不仅一直对俄罗斯工农政权不满，没有停止过自己的反苏活动，而且利用目前俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国的外交困难，加紧了反革命活动”，为防范别尔嘉耶夫今后继续进行反苏维埃活动，“应将其无限期驱逐出俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国”。8月21日，国家政治保卫局局务会议通过决议：“根据2月6日《国家政治保卫局条例》‘e’条第2款驱逐出俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国。”别尔嘉耶夫也很识趣，他在审讯时主动表示要自费出国，所以他在被国家政治保卫局假释7天，“安排其私人事务和交代工作”后，永远地离开了俄罗斯。
1922年3月27日—4月2日，召开了俄共（布）第十一次代表大会，这是列宁出席的最后一次代表大会。组建了新的中央政治局：列宁、斯大林、托洛茨基、季诺维也夫、李可夫、托姆斯基、莫洛托夫、加里宁。斯大林被推举为俄共（布）中央委员会总书记，大会后，即4月4日，组建了三人中央书记处——斯大林、莫洛托夫和瓦列利安·弗拉基米尔·古比雪夫。斯大林着手更换地方上的党组织书记，使他们直接听命于中央组指部，通过莫洛托夫的组织工作和古比雪夫的监察检查工作，逐步建立起领导工作中的“书记责任制”——下级党组织书记服从上级党组织书记，全党服从中央总书记。而在俄共（布）的历史上也实际从此出现了一个新的——“总书记”的时期。
八、斯大林的“自治化”计划，列宁坚持要“平等联盟”，苏联的成立
十月革命后，在《俄国各族人民权利宣言》和《被剥削劳动人民权利宣言》的影响下，民族分离权、自治和自决的浪潮席卷各地。在各个民族地区成立了一系列民族苏维埃共和国。除了俄罗斯外，1917年12月25日，乌克兰苏维埃社会主义共和国成立。1918年11月29日，爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国成立。1918年12月，立陶宛苏维埃社会主义共和国和拉脱维亚苏维埃社会主义共和国成立。1919年1月1日，白俄罗斯苏维埃社会主义共和国成立。1920年4月28日，阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国成立。1921年2月25日，格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国成立。
与此并行的是各地民族自治州的建立，这一进程首先始于民族众多和问题复杂的俄罗斯南部和西伯利亚地区，而这一过程在俄罗斯的南部地区尤为错综复杂。1921年3月，布哈拉苏维埃共和国成立，5月并入格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国。阿布哈兹苏维埃社会主义共和国也在3月成立，年底也并入格鲁吉亚。4月，土耳其斯坦苏维埃社会主义自治共和国成立，10月，克里米亚苏维埃社会主义自治共和国成立。1922年3月，阿塞拜疆、亚美尼亚和格鲁吉亚三苏维埃共和国联合组成外高加索联邦。
鉴于国内战争的需要，俄罗斯联邦和这些共和国建立了愈来愈密切的军事和经济联系。进入新经济政策时期后，各共和国之间的关税边界消失，在外交政策上也开始统一步伐，司法、审判、刑事侦查和侦察系统也在合并和统一。因此，各苏维埃共和国在政治上、外交上和经济上的统一就被提上了议事日程，也就成为俄共（布）党迫切需要达到的重要目标。1921年3月，在俄共（布）第十次代表大会的《关于党在民族问题方面的当前任务》中明确提出了建立“苏维埃共和国联邦”的问题。决议认为只有建立这样的联邦才是生存、发展和免遭帝国主义奴役和民族压迫的惟一出路。
建立这样一个联邦的过程是从起草新宪法开始的。1922年8月，俄共（布）中央成立了一个专门委员会——“俄罗斯联邦与独立共和国关系问题委员会”，由斯大林负责，其成员基本上是中央组织局的人马：莫洛托夫、格里高利·康斯坦丁诺维奇·奥尔忠尼启则、米亚尼斯拉夫等。8月11日，这个委员会以“委员会成员斯大林”的名义提出了《关于俄罗斯苏维埃社会主义联邦与各独立共和国的相互关系》的决议草案。其中第一条就说：“认为乌克兰、白俄罗斯、阿塞拜疆、格鲁吉亚、亚美尼亚这几个独立的苏维埃共和国正式加入俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国是适宜的。”草案还提出，将俄罗斯联邦现有的政权机构——全俄中央执行委员会、人民委员会、劳动与国防委员会的职权范围扩大到各独立共和国去。这个草案的核心是各独立共和国在“自治”的基础上加入俄罗斯联邦，所以就被各共和国称为“自治化”计划。