18世纪末，新人文主义形成了第三种要求，即把科学研究当作学者的最高职责，也当作一名优秀的大学教师有用的甚至是不可缺少的职责。无疑，这种要求和理想最先是在柏林大学实现的。柏林大学的独特之处在于科学研究成为教授的正式职责，甚至是第一位的职责。鲍尔生说：“柏林大学从最初就把致力专门科学研究作为主要的要求，把授课效能仅作为次要的问题来考虑；更恰当地说，该校认为在科学方面有卓著成就的优秀学者，也总是最好的最有能力的教师。在这种理解下，学术研究的最终目标乃是取得新颖的知识，于是大学不再以博览群经和熟读百家为能事，却要求学生掌握科学原理，提高思考能力和从事创见性的科学研究。”为使教学与科研相结合，新大学采用了开设讲座的制度。为鼓励高深研究，重视习明纳方法，即高年级学生和优秀生在教授指导下，组成小组研究高深的科学课题。习明纳成为“科学研究的养成所”，成为培养优秀学术人才的摇篮。
柏林大学的另一个独特之处是将哲学院变成大学的中心。从前，哲学院被看作是低一级的学院，主要实施普通教育，为学生升人其他三个学院打好基础。如今，洪堡、费希特和施莱尔马赫等人反复强调的哲学院在柏林大学终于第一次成为与其他三个学院平等和并列的学院。不仅如此，在科学知识和教学方法方面，新的哲学院甚至处于领先地位，成为其他学院效法的榜样。从前那些所谓的高级学院不再是单纯训练开业：律师、牧师和医生的功利主义机构。教授如何起草辩：沪状、写一篇优秀的布道文或治疗一名病人，不再是大：学的中心任务。语言科学和历史科学成为神学和法学的理论基础；物理学、化学和生物学等自然科学成为医学的理论基础。最先源于哲学院的学术讲授和习明纳也为其他三个学院所采纳。
洪堡为柏林大学聘请了第一流的教授，除施莱尔马赫和费希特以外，还有语言学家沃尔夫、历史学家尼布尔（B.G.Niebuhr）、历史法学派的创始人萨维尼（F.K.von Savigny）、医学家胡费兰德（C.w.Hufeland）、农学家塔埃尔（A.D.Thaer）、化学家克拉普罗特（M.H.Klaprth）等一大批卓越的学者，正是由于他们，柏林大学很快在德国达到第一流的科学水平。
柏林大学获得了极大的成功，它所开创的新的学：术自由和科学研究精神，成为德国大学未来发展的方向，也对许多国家的大学产生了影响。在科学研究上，最初是语言学和历史学等人文学科的研究取得了长足的发展，随后是自然科学研究结出了累累硕果。
三、德国大学科学研究的发达
拿破仑失败后，德国进入政治上反动的时期。1819年保守作家柯茨毕（A.von kotzebue）被一名大学生刺杀促使惊恐的德国政府同意梅特涅对大学进行严格控制的要求，德意志各邦议会通过卡尔斯巴德决议，查禁学生组织，建立遍及德国联盟的大学严密监督网，该决议标志着改革时代的结束。从1819年到德意志统一战争前，德国大学进入相对沉寂时期，许多方面呈现出停滞不前的状态。尽管如此，大学科学研究仍在艰难地向前发展，并为下一阶段的发展奠定了基础。随着德意志统一后大学的突飞猛进，科学研究最终成为德国大学最重要的职能和最庞大的事业，并对社会发展做出了巨大贡献。
1819年以后，尽管洪堡等人的新人文主义理想遭到了严重挫折，但科学研究职能在大学仍获得了进一步的确立。在1819～1840年问，大学一方面受到当局的政治监视，一方面却诞生了一批卓越的科学家和学者。
兰克（L.vot，Ranke）、黑格尔、马克思、俾斯麦、李比希（J.v.uebig）、亥姆霍兹（H.v.Helmholtz）、施莱登（M.J.Sct，leiden）等人的名字都是与这一时期连在一起的。
1840～1866年间，尽管这是一个被史家称之为大学停滞不前的时期，但“正是在这一时期，科学的理想突破几所变革的大学的范围，成为德国大学的主要原则”。
在大学里，创造性的研究以及发表新知识的理想逐渐形成，这种理想日益成为衡量教授和优秀学生荣誉的尺度。一小批教授和学生聚集在一起，根据洪堡的精神，共同探索新的知识领域。到19世纪中期，科学研究精神已在德国大学稳固地扎下根来。许多伟大的发现者和学者认真而热情地从事研究活动，如历史学术的开创者柏林大学教授兰克，实验化学的创立者吉森大学教授李比希，著名地理学家洪堡（A.von HumbOldt）等等。有趣的是以上三人都是拙劣的讲课者或不善表达者，但他们以其对科学的热情和献身精神，极大地鼓舞了年轻一代。
具体而言，1820年代到1870年代德国大学科学的新精神是通过习明纳和研究所而体现的。在1820年前，习明纳仅少量存在于神学和语言学学科，而且其预备功能多于研究功能。1820年后，特别是1850年后，习明纳数量迅速增长。以前习明纳多由个人举办，并未经邦政府承认，往往随着举办者的去留而废存，19世纪中叶以后，由邦官员支持设立的永久性习明纳和研究所成为主流。从规模上看，由于得到政府的承认和资助，习明纳和研究所的形式日益正规，规模日趋扩大。从前在由个人举办的习明纳和研究所中，课程由个别教授开设。经过挑选的少数学生，将定期集中在一起（地点常常就设在教授家中），解释难度较大的课文，承担和报告独立研究的课题，从中得到教授和其他同学的鼓励及批评。如今，得到政府支持的习明纳，不仅有了专门的指导者，还有了固定的场所、独立的图书馆和稳定的经费来源。1840年前，许多教授不得不自己支付研究经费，如吉森大学李比希就曾自己花钱购买实验室的设备，1840年以后，政府大大增加了对习明纳和研究所的投人。1820年柏林大学用于习明纳和研究所的经费为37500塔勒（德国当时的一种银币名），1870年达到37550塔勒，50年增加了10倍。毫无疑问，可靠的经济保障是科学研究之风在大学盛行的必要条件之一。
德国大学科学研究的发达昌盛是在德意志帝国时期（1870～1914）。这一时期大学一方面进一步发展了19世纪中叶以来形成的趋势和路线，一方面力求适应德意志朝着强大的工业化的现代社会迅速发展的需要。
除了大学入学人数成倍增长，习明纳和研究所也获得前所未有的发展。仅在1880～1907年问，由普鲁士文化部高等教育处负责人阿尔特霍夫（F.Almoff）在9所普鲁士大学帮助建立的习明纳和研究所就多达176个，其中法学9个，神学4个，医学86个，哲学77个。这一时期习明纳和研究所发展最快的是自然科学和医学领域，如1860～1914年间各大学医学院至少创办了173个研究所，其中许多是为新的学科开设的。这种快速增长决不是偶然的，它反映了自然科学的迅猛发展。历史学家说：“如果说在19世纪早期的科学史中，哲学体系和人文科学的新的观察方式以及工作方法的发展还处于中心位置的话，那么19世纪中期以后科！学的发展首先就是自然科学的发展。自然科学认识范围的扩大，其影响所及远远超过了自然科学的专业范围，而深入到哲学、人文科学和文学之中。”
德意志帝国时期大学科学研究的一个重要特征是日益服务于社会和国家的需要。例如：普鲁士大学开办的诊疗所和分科医院，不仅通过提供大量的病人供教授和学生研究及学习之用，而且也对大学所在城镇的健康管理和：卫生质量有直接的影响。有些研究所和习明纳完全是针对当时德国都市化的迅速发展所带来的问题而设立的，如医学院的公共卫生学、传染病、皮肤和性病、肺病、神经错乱和法医学研究所，法学院的犯罪学和安全保障习明纳。这些研究机构的发展，都得到了邦的鼓励和支持，因为政府日益相信：现代社会问题必须用科学来处理。甚至神学院也开始适应德意志发展的需要，如哈勒大学1897年创办“传教学”习明纳，就是为了满足德意志帝国海外扩张的要求。
哲学院对德意志社会和政治发展也做出了贡献。
管理学、经济学、地理学、语言和文学的学术研究，不仅是与欧洲其他民族竞争的需要，而且也是为了适应殖民世界发展的需要。例如，为了培养德意志未来新的“海外”官员，大学开始雇用非洲语言和亚洲语言的教师，并创办海洋学研究所、东欧研究习明纳等。
大学也没有完全忽略德国工业的需要，除新兴的技术学院担任应用科学研究的任务外，大学也被迫适应时势创办应用科学研究所。应用电工学、数学、化学和物理学研究所的创办是工程学和纯科学相结合的尝试；新的农学研究所则反映了科学和农业之问必不可少的关系。德国商人也在莱比锡大学创办了倾向经济学自由经营观点的习明纳。然而，应用科学研究在洪堡“纯粹科学”占主导地位的大学里，一直是较薄弱的环节。
习明纳和研究所的迅猛发展，改变了大学成员的生活方式，如今教授的大部分时间在研究所工作，而不是像从前那样坐在家里的书斋里。虽然他们仍在课堂讲课，但大多数工作是在研究所完成的。研究所成为他们的第二个家。对优秀学生也是如此，研究所有专门的图书馆和设备供他们使用，在这里他们能够获得在课堂上得不到的与教授交流的机会，并避免了外界的各种干扰而专心从事学习和研究。对博士学位申请者来说，研究所更是十分重要的。许多博士论文就是在习明纳和研究所完成的。