左宗棠入驻杭州之后，有很多后事要处理，胡雪岩也成了他处理善后事宜的得力帮手，负责赈抚局，设立粥厂、难民局、善堂、义塾、医局，掩埋暴露野的尸骨及劝捐。
1865年农历的正月，左宗棠得支清廷的重用，调任闽浙总督。胡雪岩因为助他粮草，帮他处理过很多难题，左宗棠已经是离不开他了。于是他奏请同治皇帝调胡雪岩往福建，做他在闽“修明政事”的“治事之才”，结果得到了批准。从此开始了左宗棠与他的合作。
胡雪岩不光是只懂赚钱，他也帮清廷办了几件实实在在的事情。1866年，他建议左宗棠在马尾设立船政局，左宗棠也正有此意，两人不谋而合，后来又得到了皇帝的批准。筹办之初，胡雪岩利用与法国人的已有关系，出面与法国人德克碑、日意格谈判，达成《船政事宜十条》，并一手经营出入款和局务。1868年1月，福州船政局正式开工，他可以说是有眼光的，从当时的形势来看，这件事办得倒也还算不错。也正是这件事情，加深了他对洋人的了解，为他以后与洋人打交道积累了不少的经验。
1867年，因为西北边疆出现了回民叛乱，俄罗斯也伺机窥视我疆土，大力支持叛军首领阿古柏，清廷派了很多将领前去，都难以打败陕甘的回民军和捻军。于是，改派左宗棠。左宗棠还是离不开胡雪岩，叫他担任上海转运局委员，负责购运西洋军火，转运东南粮饷，协助左宗棠治疆。在左宗棠治疆这件事情上，胡雪岩也真是出了大力的功臣，要是没有他的支持和帮助，粮食饷银是不可能接济得上的。等左宗棠在陕甘地区扎下营盘，粮饷就告急。向地方行政长官催收，也是无果而终。为什么呢？西北连年征战，哪有种田的农民！哪有什么经济的积累呢？东南几省，刚从太平军的战乱中恢复，可以说是负饥民遍地，嗷嗷待哺，哪能抽出多少粮饷呢？整个清廷，财政早已是入不敷出，千疮百孔。唯一的办法，就是向洋人贷款，左宗棠和胡雪岩是明白人，心都想到一块去了。1867年4月，胡雪岩为左宗棠借到了第一笔洋款，为120万两。1868年，左宗棠粮饷再度告急，胡雪岩又向洋人给他借了100万两，这是第二笔。
1872年，左宗棠已进到甘肃，粮饷更是困难，有的士兵已经没有一件像样的衣服，虽是国家正规军，但衣衫褴褛，跟土匪的打扮差不了多少。这倒不是什么体面的问题，西北的冬天来得早，去得迟，往往都是零下二十几度，可以说是滴水成冰，左宗棠看在眼里，急在心里。幸好有这么一个胡雪岩可以依靠。8月，胡氏捐制的加厚加长棉衣两万件及他劝捐的棉衣裤8000件运交左宗棠西征军后路粮台。这年冬天，甘肃连降大雪，比前几年更加冷，这些冬服，无疑是雪中送炭！左宗棠在这件事情上，更是感激不尽。胡雪岩真是知他心，急他所急！
因为胡氏的这些表现，左宗棠又节节胜利，为感激胡雪岩，1873年，左宗棠上书皇帝，请求为胡雪岩的母亲赏匾，皇上因感激胡氏确实为西征做了大量的贡献，亦准奏。
1874年，胡雪岩在杭州涌金门外购地10亩，建起了胡庆余堂药厂。这胡庆余堂可是中国近代有名的药厂。当时曾有“北有同仁堂，南有胡庆余堂”，“不负重望，江南药王”之说，能与同仁堂平分秋色，并享誉“江南药王”之称，绝非一般药厂。第二年，胡雪岩做起了丝绸生意，也逐渐开始了他的实业生涯。
1875年，新疆阿古柏叛乱，清廷又任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。左宗棠于次年出关西征。胡雪岩继续担任西往军驻上海转运局委员，承担购运西洋军火，筹借洋款的事务。12月12日，左宗棠致信胡雪岩要求速解洋枪洋炮以应前敌，并叫他帮助借洋债500万两。
第二年6月，胡雪岩从汇丰银行借到500万两银子，解了左宗棠粮饷之困。年底在余杭栖塘遭沉船事件，虽然保住了性命，却着实生了一场大病，左宗棠得知，亲自写信表示慰问，并希望他早日康复，“共措危局”。而且还上书光绪皇帝，高度评价了胡雪岩的功绩，要求皇上破格奖赏，赏胡穿黄马褂。皇帝也依言而准许。要知道，要不是有特殊的功劳和贡献，凭胡雪岩一个捐得的道员，如何有资格穿黄马褂呢？这之后，胡雪岩又为西征借过500多万两银子，可以说西北边防的巩固，胡雪岩的功劳，不比左宗棠麾下的大将逊色，在某种程度上，应是有过之而无不及的。
1881年，胡雪岩开始陆续斥资收购上市新丝，以他的说法，是“鸟争一口食，人争一口气”，他开始向洋人叫板了。因不满外国人操纵中国的丝业，低价狠杀百姓，他开始以高出洋人的价钱收购生丝，到1883年，他投进去的银子达2000多万两！这年，恰好浙江当年气候不好，影响蚕桑生产，胡雪岩以为机会来了，就决定悉数收购本地生丝，又派人到外地去收购。他要与洋人一比高低，为中国商人出气，为黎民百姓图利。胡雪岩在没有发迹之时，也少不了仗着洋人，但他有了一定的实力，就自然地要考虑为本民族谋利益。这尽管有其商业利润的驱动，但的的确确有为民族利益抗争的一面。只可惜，这年意大利生丝丰收，消息灵通的都到意大利进货去了，而胡雪岩毕竟生处消息闭塞的中国，对这些情况全然不了解，结果囤丝达14万包，没法卖出。
这里面有些地方，需说与后人，胡雪岩消息不灵是一回事，而中国商界当时不团结又是另一回事，有些人喜欢窝里斗，这是有目共睹的。以胡雪岩此次与洋人的生丝大战为例，1881年时，洋人初时惧怕，曾派人找胡雪岩商议，愿意加价一千万两买他的丝，但胡雪岩非要加价一千二百万两才肯答应，结果没谈成。第二年，胡雪岩决定联合中国的几大商团共同来控制中国丝业，要让洋商一两也收不着，这样必然会听命于中国商人。但当时的那些商人，根本就无法组织起来，胡氏因上年收购生丝太多，已经没有那么多的钱来收丝了，结果中国的其他一些商人，唯利是图，跟着洋人低价收购，新丝几乎十之八九为外商所收。这样一来，胡雪岩的旧丝就倒了大霉了。1883年，胡雪岩更是日子难过。中法战争升级，法国人严查过往商船，到中国做生意的更是少之又少，这时候，胡托人去劝洋人买他的丝，洋人却只答应让他按八百万两银子的价才要。结果，胡雪岩因为资金周转不灵，又担心丝货变质，被迫低价脱售。胡雪岩也就这样开始破产。同年底，胡记阜康钱庄陆续倒闭，造成了近代史上最早也是最大的一次金融混乱。
第二年，清政府下令清查阜康钱庄在各地方的公私款项，下令革去胡雪岩江西候补道职衔。这段日子，左宗棠也出面保过他，两江总督曾国荃（曾国藩之第）也客观的评价胡雪岩借款接济西征的功劳，为他说好话。但这都没有办法，朝廷不下令盘查，整个江南的金融就乱套了。
胡雪岩现在可以说是四面楚歌，讨债的人排成了长队，他的最大的债权人——文煜，眼见胡氏破产了，心里着急，追讨最紧，文煜又有朝廷背景，最后，经左宗棠的同意，胡雪岩不得不以18万两的低价将价值数百万的胡庆余堂变卖与文煜。声名卓卓一时的胡氏家族，到此已经是山穷水尽，犹如大厦将倾！
1885年，胡雪岩的靠山左宗棠在福州去世，这对胡雪岩可以说是一个不祥的信号。左相在时，因胡氏是他的得力干将，也还有人碍着左相的面子，不敢将胡往死里整。但左宗棠一死，情形就产生了很大的变化。12月17日，户部尚书、军机大臣阎敬铭奏请将胡雪岩拿交刑部定罪，查抄胡氏的财产以报朝廷。等清政府的官员们来捉拿胡雪岩的时候，胡雪岩已于12月6日忧郁而死。
胡雪岩从学徒直到中国有名的官商，从红人到弃儿，历经人世艰辛。其发迹乃时事使然，其覆灭何尝又不是时事造就？胡雪岩从发家到中兴，都与官僚分不开。他一生中，既有商人唯利是图的一面，又有报效祖国，为民族利益争死争活的一面，他的衰落，自然与旧式商人眼界狭小有关，又与国运兴衰，外强入侵有关。从他的一生，我们将看到这样一个道理：商人的成败，与自身的才能、社会的多变、国运的兴衰都具有密切的关系。