始入越境，秦师一路势如破竹，所向披靡，攻无不克，战无不胜，敌人纷纷卸甲归降。在余干水口驻扎的秦军经过一番休整之后，在东线指挥官赵佗的率领下，溯余水（今信江）而上，先封堵闽越人出入口。然后再越武夷山，直入今福建境内，一路势如破竹，征服了东瓯（今浙江温州一带）和闽越（今福建地区）。同为越王勾践后裔的闽越王无诸和东瓯王摇投降大秦帝国，被废为君长，他们所统辖的闽越故地被设置为闽中郡。
随后赵佗指挥秦军经九嶷要塞，顺北江而下，直达珠江三角洲，并迅速占领了番禺。攻掠番禺后，赵佗并未沾沾自喜，而是立即选派士卒将吏四处走访调查，了解山川、水文、民风、经济和越人军事力量等。他在越地实行剿抚结合政策，深得人心，越人也多甘愿臣服，在越地建立稳固基础，与屠睢大军遥相呼应。
赵佗遂声名鹊起，全军上下皆言其勇。
捷报传来，屠睢志得意满，平越形势一片大好，眼看这片大好河山将要纳入大秦帝国版图了。
赵佗在这场战争中英勇厮杀，充分展现了他的军事才干，在战略战术和权谋的运用上也得到了很好地锻炼，可他并不满足于做一个依计听命的将吏，他像雄鹰一样渴望翱翔蓝天。不想当将军的士兵不是好士兵，不想做主帅的将军也不是好将军。
可是，其他几路大军进展却不那么顺利，尤其是进攻广西地区的两支大军一路受阻，疲于应对。
百越之中，南越和西瓯最为强盛，抵抗力度也最强的。他们善于跋山涉水，利用当地山青林密、河谷纵横的熟悉地形，或白天袭击小股秦军，或夜间偷袭秦军大营，或截取秦军粮食，将秦军搅扰得苦不堪言。越人的坚决抵抗使得秦军遭到重大挫折，士卒不断减员，后勤补给也难以运往前线，军心涣散，士气低落。
屠睢亲率大军前往征讨，但遭到越人的顽强抵抗。西瓯人在首领译吁宋的率领下多次给秦军以重创，秦军死伤惨重，大军每前进一步都要付出沉重代价，向前推进的步伐受到严重阻滞。
兵法有云：兵马未动，粮草先行。
西瓯山高路险，茫茫林海，只有羊肠小道，粮车难以通过，后勤物资补给困难。南征大军举步维艰。
正当全军上下一筹莫展之际，监御史史禄向秦始皇献上一个大胆的计策：凿通湘水和漓水，沟通长江水系和珠江水系。为了扭转兵力不足、粮草供给的困难局面，秦始皇启动了这一大胆而冒险的计划。
公元前217年，秦始皇命史禄在今广西兴安县境内开凿沟通湘水和漓水的灵渠。灵渠开通后，秦军的粮饷得以源源不断地运到岭南。秦军得到补给，军心大振，试图一举歼灭西瓯人。起初，秦军进攻西瓯很顺利，杀了西瓯首领译吁宋。然而，这并未迫使西瓯人屈服，反而导致他们更大的仇恨和更大规模的报复。在生死危亡的紧要关头，西瓯人表现出了顽强的斗争精神，史载越人“皆入丛薄中，与禽兽处，莫肯为秦虏”，一息尚存，斗争不已，誓死不降。
随着一系列战役的胜利，屠睢的野心被点燃了。他效法王翦、白起等攻灭山东六国的作战风格，企图依靠强势武力一鼓作气平定百越。起初，秦军一路攻城略地，进展神速，可是后来则不如战争初期那样顺利。屠睢沉浸在攻杀的快感中，引起越人的极大愤慨。秦军每攻克一地就要分兵把守，且不时受越人袭扰，士卒减员严重，用于前线作战的力量捉襟见肘。
曾几何时，在平原与敌军冲杀的秦军多么的不可一世，弓弩狂射，钩戟猛刺，刀锋所指，人头落地，势不可挡。如今秦军来到这丛林密布、酷热潮湿、山河交错的百越战场，大军团作战优势无法淋漓尽致地发挥。而失去家园的越人义愤填膺，越战越勇。他们钻进深山老林，神出鬼没，与秦军展开“游击战”，秦军备受困扰，叫苦连天。
屠睢恼羞成怒，严令镇压所有不尊重大秦帝国的力量，对越人实行野蛮的屠戮政策，连妇孺老幼都不放过，大量越人村落被血洗。屠睢的大开杀戒激起越人满腔怒火，越人恨不得生食其肉。一日，当屠睢率一支轻骑到西江畔的三罗地域巡视时，路经一大片树林，当地越人早已埋伏在林中。当屠睢进入林中时，乱箭齐发。屠睢挥剑护身，无奈射来的箭过于密集，而且这些箭都是浸泡过蛇蝎剧毒的，他的面颊与身上中了两箭，当场从马背跌落，气绝而亡。
主帅被杀，粮食将尽，粮道被断，“伏尸流血数十万”，秦军一片混乱。越人趁机反攻，迫使秦军退至五岭之线（今大庾、临贺、始安、桂阳、揭阳五岭）。各路讨越军队向内收缩，赵佗也受命班师回援。此后，秦越之战陷入相持阶段，秦军“三年不解甲弛弩”，以伺机再战。
此次屠睢出征因水土不服、补给不畅、滥杀无辜致使平越战争受挫。
秦始皇需要另选贤将，调整方略，集结战争物资，重新部署军力。
五、飞龙在天：大展身手的时刻终于到了
赵佗显示出卓越的军事才能，指挥部队英勇突击，战争不断取得胜利，他成为军中的得力干将。
胜败乃兵家常事。秦始皇没有因为屠睢轻敌滥杀导致伐越失败就灰心丧气、一蹶不振。
越人击退秦军后气势正盛，此时万万不可再用屠睢这样只管杀伐、不懂怀柔的将领了。
此时有人提出让赵佗任中军主帅，再度攻伐百越。
赵佗在第一次平越战争中崭露头角，独领风骚。这位二十多岁的年轻将领威名远扬，很快就在军中树立起了崇高的威望。他踌躇满志、摩拳擦掌，期待在第二次平越战争中大展身手。
群臣惶惶不敢附和，依秦律，被举荐之人若不堪重用，举荐者连坐问罪，搞不好就要掉脑袋的。
其实，秦始皇心中早已属意此人，不过还是顾虑重重，毕竟军国大事非同小可。在第一次平越战争中脱颖而出的赵佗将军虽然骁勇善战，不过还是太年轻，资历太浅，恐难以服众，中军主帅应该选派门第、资历、德行、才干、威望俱备的人，否则难以慑服数十万将士。
经过一番深思熟虑，南征军团主帅选定，任嚣老将军挂帅出征，赵佗任其副将。
任嚣乃秦国名将，世出名门，是任不齐的七世孙。任不齐，春秋时期楚国人，相传为孔子七十二贤弟子之一，被认为是任姓始祖。任不齐通六艺，工诗、礼、乐。楚王听说他的贤明，想聘他为上卿而被他拒绝。后潜心著述，不问世事，在当时和后世都享有盛誉。
选派任嚣的另一个原因是他历来遵礼守法，政见一向与扶苏相契合。在皇储问题上，身为武将的任嚣和赵佗本是没有发言权的。但与朝堂之上诸多骨鲠之臣一样，二人属意长子扶苏。当接到朝廷诏令平定百越时，他们觉得机不可失，失不再来，定要在岭南干出一番轰轰烈烈的大事，同时随时可以发兵勤王以应对任何对扶苏图谋不轨的变局。
任嚣出征，浩浩荡荡，旌旗猎猎，一路驰骋，直扑岭南。
经过第一次平越战争的失败，秦军将士意识到越人并非如想象般的不堪一击。出征前，秦始皇一再交代此番出征志在必得，任嚣、赵佗自然不敢有丝毫怠慢。
任嚣的确比屠睢稳重得多。他积极调整战略部署，每到一地必先派人四处活动，了解山川险阻、风土人情，对越人刚柔相济、剿抚并用，必要时不惜“以越制越”，这些是他克敌制胜的法宝。任嚣以身作则，感染了秦军将士。秦军上下积极进行战争动员，认真研究作战方案，采取重点突破的方式，加强正面和敌后战场的攻势。
赵佗作为副将，最初担任后援的任务。当前方突击遇到困难时，他及部属便被派往阵前，由后援部队变成突击队。赵佗显示出卓越的军事才能，指挥部队英勇突击，战争不断取得胜利，他成为军中的得力干将，备受主将任嚣的器重。
任嚣、赵佗步步为营，筑营守险，避免了孤军冒进。秦军中有一部分留守在岭南的各个逾岭关隘，确保秦军主力进退有度。很快秦军就扭转了战争的被动局面。
总攻时刻到了。秦军将士个个如猛虎下山般攻入越地，一路势如破竹，风卷残云，很快便击溃了西瓯人设置的重重防线，并南下交趾（今越南中北部）。经过数年艰苦战争，到公元前214年，整个岭南地区都划入了秦朝版图。
岭南虽然最终得以武力平定，但是双方都损失惨重。百越之地哀嚎遍野、父失其子，妻失其夫，儿失其父，一切都是那么令人心碎。任嚣、赵佗当如何经营岭南，还一个太平世道？
秦平岭南之战是秦始皇实现大一统的重要一步。在中国历史上，岭南第一次正式纳入中原王朝的版图中，越族也成为中华民族大家庭的一员。
岭南平定后，秦始皇以郡县制为基础在此地推行中央集权制。郡设守、尉、监御史等分掌政务、军事和监察，县设令或长，管理各郡县。秦朝先后在此设置了南海郡、桂林郡、象郡，直接由中央委派官吏统辖，任嚣为南海郡尉，刘逸为桂林郡尉，方弼为象郡尉，百越首领听命朝廷和郡县官衙号令，恰如贾谊在《过秦论》中所言“南取百越之地，以为桂林、象郡；百越之君，俯首系颈，委命下吏”。
中军主帅任嚣主政岭南，管辖地区约相当于今日的广东中东部大部分地区。任嚣成了岭南最高行政和军事长官，拥有五十万经过长期战火洗礼的边军，是当时统领秦军最多的边军将领。作为首任南海郡尉，任嚣还被授命节制象郡、桂林二郡官员，故有“东南一尉”之称。
为加强对岭南的治理，任嚣命人在番山和禺山之间修筑了一座“袤四里”的城池，俗称“任嚣城”，它是广州建城史的开端。
岭南新服之地尚有诸多不稳定因素。为了守住战争成果，维护岭南长治久安，秦始皇诏令任嚣所率五十万人不得北归，一率就地屯田戍边。秦人越五岭、平百越付出了沉重的代价，士卒伤亡无数，越人劳动力也锐减，岭南蛮荒之地亟待开发，劳动力十分匮乏。在任嚣和赵佗的积极建议下，秦始皇命令被秦所亡六国贵戚、官吏、商贾、役夫、刑徒、移民和一万余无夫之女由中原迁居岭南，就地屯垦，与越人杂居。留守的将士和中原移民多与越人结婚生子，在长期的共同生活中，生活习俗与越人融合在一起，中原文化逐渐融入百越文化，成为早期民族融合和文化交融的典范。
迁居越地的中原人为岭南带来了先进的文化和农业、手工业技术，为中原与百越经济文化交流、岭南经济开发和社会稳定都做出了积极贡献。
赵佗在一系列征伐和建设中积累了宝贵的执政经验，为日后主政岭南打下了坚实的基础。