农民起义的烈火烧得贵族老爷们坐立不安。在莫斯科过惯了花天酒地生活的贵族老爷们日夜提心吊胆，担心死而复生的“彼得三世”杀到莫斯科。尽管政府派出许多密探，在莫斯科酒馆就餐的老百姓仍然为“彼得三世”的健康干杯，这更增加了贵族老爷们的恐惧。政府加强了莫斯科的防卫：宣布戒严，加强巡逻，增派部队，在政府机关建筑物上安置大炮。据说，叶卡特琳娜二世甚至准备把宫廷迁往里加。为了集中兵力尽快镇压起义，沙皇政府结束了对土耳其的战争。女沙皇任命其爱将彼得·帕尼为兵马大元帅，调拨7个团3个营的步兵、9个轻野战队、18个警备营、4个顿河哥萨克团、1000名乌克兰哥萨克的庞大军队去镇压起义。她在写给帕尼的信中不无感叹地说道：“我们派了这么多军队去打盗匪，这些军队几乎能使邻国为之震惊啊！”不仅如此，她还悬赏2.8万卢布捉拿“彼得三世”，并命刚从对土耳其作战凯旋的杰出将领苏沃洛夫亲自率军轻装奔袭，捉拿普加乔夫。
1774年8月17日，普加乔夫起义军占领了伏尔加河哥萨克军区的中心杜博夫卡。三天后普加乔夫率8000名主力军直趋察里津，向这座伏尔加河要塞发起了进攻。战斗正酣时俄追兵袭来，普加乔夫被迫下令撤出战斗转移。8月24日，普加乔夫近万名主力军同俄军在黑雅尔附近的萨尔尼科夫渔场激战，起义军惨败，遗尸2000具，被俘6000人。这是普加乔夫起义军进行的最后一次大战，也是所遭受的最后一次惨败。
之后普加乔夫率几百残余部队向起义发生地雅伊克地区转移。不幸的是途中突然内部生变，9月9日，几个变节的雅伊克哥萨克乘其晚上睡觉不备时把他抓了起来，送交了官府。9月21日，普加乔夫被装在一个特别的笼子里，在两个步兵连、200名哥萨克和两门大炮的押送下前往辛比尔斯克，11月押送到莫斯科。经过多次秘密审讯和三次公开审讯，1775年1月9日，他被判处磔刑——四马分尸，然后斩首。1月10日，普加乔夫在莫斯科被处死。女沙皇为了显示她的开明和人道，特意开恩先割了普加乔夫的首级，然后撕裂了他的肢体。
普加乔夫被处死了，他的战友也不能幸免，他们有的被四马分尸，有的被绞死，有的被剥皮，有的被割掉鼻子，然后送去服苦役。伏尔加河漂浮着木排，上面放着绞刑架，吊着一具具起义者的尸首。普加乔夫的家被摧毁，他的两个妻子、三个孩子都被关入监狱，连他的出生地齐莫维伊斯克镇也被改了名，改为波将金镇。此外，沙皇政府还把雅伊克哥萨克改名为乌拉尔哥萨克，雅伊克河改名为乌拉尔河，完全废除了顿河哥萨克的自治，解散了第聂伯河东岸乌克兰地区的哥萨克军团。
普加乔夫起义失败了，但它掀起的巨浪狂澜永远为后世革命者所赞颂，也使以沙皇为首的俄国贵族地主阶级一想起它就发抖战栗。
五、十二月党人：贵族造反了
普加乔夫起义被镇压后，叶卡特琳娜二世很快放弃了她的“开明专制”，采取了许多措施，以加强贵族地主阶级的统治，维护贵族地主的特权利益。
她进行了从地方到中央的行政改革。取消了从前省、州、县的三级管理体制，改为省、县两级管理体制。把全国划分成50个省，省下直接置县。省、县的设置不是根据地理条件和历史特点，而是根据人口划分，每省约30万至40万人，每县约2万至3万人。省行政长官由沙皇直接任命，县行政长官为县警察局长，他同时掌管行政和警察职权，由贵族选举产生。城市为独立的行政单位，一般城市的行政长官由商人和市民选举产生。同时，每2—3个省沙皇任命一名总督管理，总督实际上是沙皇的代表，掌管当地军政事务，拥有极大权力。对于中央政权，她逐步撤销了手工工场、理财、矿务、司法等委员会，将其职能下放给省的署和厅，加强外交、陆军、海军三个委员会的权力。削弱参政院的作用，沙皇抛开参政院，通过总检察官直接听取汇报和传达圣谕。
她加强对少数民族地区和新征服地区的控制，撤销那里的自治，实行行省制度，委派俄罗斯贵族担任总督、省长等要职，强制推行俄罗斯化。如在乌克兰，她强制乌克兰人民学习俄语，把俄语定为官方语言，学校、教会只能用俄语进行教学、祈祷，书籍只能用俄语出版。乌克兰本民族语言则被降为次等语言。
她加强军队建设，使陆军总数从其上台时的33万增加到50万，成为欧洲最强大的军队；恢复和加强了波罗的海舰队的实力，又建立了一支新的舰队——黑海舰队，使俄国海军发展成为拥有一百多艘主力舰、炮舰、巡洋舰等舰只的庞大海军。
1785年4月21日，叶卡特琳娜二世颁赐了《俄国贵族权利、自由和特权诏书》，确认和扩大了俄国贵族所享有的特权，规定贵族有占有农奴、土地、矿藏、森林、水源的垄断权，有购买村庄、在城市购买房屋、开办工厂、设立市场和定期集市的权利；规定贵族可免交人丁税，触犯法律不受体刑，免服兵役，如从军可不在军队宿营等；授权贵族在省、县两级组织贵族联合会，选举首席贵族、县警察局长和陪审官等省、县两级官员，贵族联合会代表本地贵族有权向省长、总督和沙皇政府提出要求和建议。同时规定乌克兰、白俄罗斯、波罗的海沿岸、伏尔加河流域、西伯利亚等地的非俄罗斯贵族享有和俄罗斯贵族一样的特权。
叶卡特琳娜二世不愧为彼得大帝的外孙媳妇。她虽然连彼得大帝的面都没见过，但她青出于蓝而胜于蓝，她的内外政策不仅继承了彼得大帝的衣钵，而且超过了后者。她的行政改革完善了彼得一世建立的贵族官僚制度，她赋予俄国贵族的特权加强了沙皇专制制度的阶级基础，她使俄罗斯的军事实力空前强大，俄罗斯的版图进一步扩大，俄罗斯帝国似乎进入了鼎盛时期。她因此而被贵族地主阶级颂扬备至，被称为“贵族女皇”。
然而，正是被叶卡特琳娜二世赋予无限特权的贵族，最先意识到农奴制和沙皇专制制度的落后与腐朽，并最先起来造沙皇专制制度的反。当然，这里所说的贵族，是指贵族中一小部分先进分子。
还在叶卡特琳娜二世执政时期，俄罗斯贵族中的先进分子就发出了推翻沙皇专制制度的第一声呐喊。18世纪80年代初，贵族出身的革命思想家亚·尼·拉吉舍夫写出了俄国第一篇革命诗歌《自由颂》，热情讴歌了未来将会发生的推翻农奴制度和专制制度的人民革命，预言被压迫的人民总有一天会把沙皇送上断头台，未来革命的胜利将是人类最伟大的节日。1790年，他又出版了著名的《从彼得堡到莫斯科旅行记》一书，书中通过沿途所见所闻，无情揭露了广大农民在农奴制下所受的苦难，指出农民一星期内要为地主服役六天，或支付力不能及的代役租。地主夺走了农民的一切，留给他们的只有无法夺走的空气。他深刻指出农奴制度和专制制度是一切罪恶的根源，号召推翻专制制度。这使沙皇政府极为恐惧，将他交付法庭，判处死刑，后改为长期流放西伯利亚。
拉吉舍夫虽然被投进了监狱，但他的著作、他的思想却在俄国社会引起了巨大反响，也在一些贵族青少年平静的心海里掀起了波澜。《从彼得堡到莫斯科旅行记》被沙皇政府列为禁书，但莫斯科大学的学生们私下争相传阅。他们被书中所揭露的俄国农民受苦受压的血淋淋的事实所震撼，被书中所阐发的无可辩驳的真理所惊醒。对照周围他们从小司空见惯了的贫富悬殊、贵贱不等的环境与现象：一边是金碧辉煌的宫殿，一边是低矮破陋的木屋；一边是披金戴银、油头粉面的贵族男女，每天出入于舞场宴会，以拥有情妇情夫为荣，以惩罚奴仆为乐，一边是衣衫褴褛、蓬头垢面的农民，一年四季辛勤劳作，却食不果腹、衣不蔽体，还要忍受主人的任意欺凌……他们为俄罗斯的落后愚昧感到羞耻，他们陷入了深深的思考。
当然，影响这些进步青年的不只是拉吉舍夫的著作，还有法国酷爱自由的泰斗伏尔泰、卢梭、狄德罗、达兰贝尔、孟德斯鸠等人的思想。当时他们的著述已传入俄国，他们的思想对俄国进步青年产生了强大的磁力，引起了他们热烈的争论。人人生而平等的思想、一切封建特权必须消灭的思想、权力属于人民的思想，逐渐在他们心中扎下了根。有的进步青年发誓：长大之后，要将思想化为行动。
大约在1811年，莫斯科的几位进步青年组织了个“少年兄弟会”。他们被卢梭的社会契约论所吸引，决定去库页岛建立一个新的共和国。他们制定了“新的共和国”的“法律”，甚至设计了他们所要穿着的特殊服饰，服饰的胸前有两条平行的铜线条，以示平等。这真是一批可爱的幻想家，不过他们后来都成长为十二月党人。
1812年，拿破仑入侵俄国，卫国战争爆发。当时贵族享有不服兵役的特权，但一批进步的贵族青年热血沸腾，豪情满怀，怀着强烈的爱国主义激情入伍参军，上了前线，投身于保卫祖国的行列。这场战争不仅锤炼了这批进步青年的爱国主义，更开阔了他们的思路，扩大了他们的眼界。当他们越出国境追击法军来到西欧后，亲眼看到了自由、平等思想在这里结出的硕果。这里没有农奴制，实行君主立宪制，君主的权力受到很大限制，人们平等而自由，文明而健康，国家富足而繁荣，和俄国相比，反差真是太大了，他们再次受到强烈震撼。
打败拿破仑后，俄国国内的阶级矛盾重新激化。战争期间，传说沙皇将在战后赐予农民“自由”，广大农民为了尽快获得自由，积极参加了战争。他们不仅参军参战，而且自发组织游击队，配合正规军作战，保家卫国，为战争的胜利做出了最大贡献。然而，战后农民不但没有获得自由，反而遭到更加残酷的剥削。贪得无厌的地主老财们为了获得更多的金钱供其挥霍，提高农奴的代役租，加强农奴的劳役，恨不能榨干他们身上的油。这种情况连梁赞的主教也看不过眼，他揭露说，地主“还乡以后，把农民搜刮一空，迫使他们以行乞为生……”地主的“自私自利之心达到了想从石头缝里榨出油来的程度”。这更使从战场归来的农民愤愤不平，他们控诉道：“我们抛头颅洒热血，现在又强迫我们为地主淌大汗。我们使祖国摆脱蹂躏，现在地主老财却来蹂躏我们。”这就不能不使农民和地主的阶级矛盾激化，农民的反抗斗争不断发生。从1815—1825年，平均每年发生的农民骚动达二十余次。
除了农民的反抗斗争外，这一时期也发生了工人和士兵的反农奴制骚动。从1815—1825年，军队中发生的骚动至少有20次。农民、工人、士兵的反抗斗争结合在一起，对封建农奴制和专制制度造成了直接的威胁。
这一时期，沙皇政府不仅不履行诺言给农民以自由，反而推行了一套更为反动的政策，以维持其统治。这就是俄国历史上著名的“阿拉克切耶夫暴政。”
阿·安·阿拉克切耶夫，1769年出生于俄国一个贵族农奴主家庭，早年毕业于炮兵学院，曾任省区炮兵和步兵总监、省长，1796年任彼得堡城防司令。叶卡特琳娜二世死后他成为新沙皇保罗一世的宠臣，领导了根据保罗一世的旨意进行的军事改革，推行普鲁士军事制度和战术原则。1801年保罗一世被暗杀，其子亚历山大一世登基，阿拉克切耶夫一度失职归乡，但很快又被召回，成为新沙皇亚历山大一世的宠臣、沙皇内政的首席顾问和俄罗斯帝国中央政府机构的决策人。
阿拉克切耶夫为人奸诈，秉性残忍，野蛮粗鲁，刚愎自用。他本人就是一个农奴主，在领地上经常用盐水浸泡过的鞭子抽打农民，人称“该死的毒蛇”。他凭借着和亚历山大一世是老朋友的特殊关系，凭着沙皇宠信，独揽大权，横行无忌，施行暴政，最残暴的便是其实行的军屯制。
军屯制的思想是沙皇亚历山大一世提出来的，但阿拉克切耶夫把它发挥到极致。他从1810年开始试行，1816年开始广泛推行。这是一种在国有农民村庄实行军事化，使国有农民变成世代相传的士兵的制度。具体做法是，把一些县乡划为军屯区，把当地的国有农民按军事结构组编起来。他们首先要从事农业和畜牧业劳动，保证衣食自给，同时要进行军事训练。他们穿统一的服装，住一样的房屋，每天按照统一的号令下地、上操、吃饭、睡觉，如闻击鼓声下地耕种，再闻击鼓声从地里去校场操练，晚上10点钟必须熄灯就寝。如违反军规，轻则受棍刑，重则处以夹鞭刑。所谓夹鞭刑，就是把被罚者上身脱光，双手绑在枪托上，由人牵着从两列士兵中通过，士兵每人手持皮条，依次狠狠抽打，直至把被罚者打得皮开肉绽，甚至活活打死。1819年夏，乌克兰楚古耶夫军屯区的人民发起反抗，阿拉克切耶夫率兵镇压，将52人判处夹鞭刑，当场打死25人，可见夹鞭刑之残酷。此外，他们的婚嫁由军事当局决定，有生育能力的妇女每年必须生一个孩子，他们的子弟从8岁起被列入军簿，进入特设的“世袭兵学校”，穿上肥大的军服接受军事训练，12岁即成为正式军人。