各清将歼灭滇藩后，陆续班师回朝。到了北京，听说尚之信、耿精忠已被捕治罪。原来尚之信归顺后，清廷屡次催促出师，他却一味逗留不进。等到吴三桂死后，才向广西进军，然后在宣武驻扎下来。尚之信的弟弟尚之孝想谋袭藩位，便派手下张士选赴京告密。康熙于是派侍郎宜昌阿前去审查，都统王国栋证实了尚之信的罪状。尚之信得知后从广西赶回，杀掉王国栋。宜昌阿随即令粤军将尚之信抓回北京，清廷降旨将尚之信赐死。尚之孝也受到连累被革职。耿精忠也被弟弟弹劾，被召回京师处死。只有孙延龄的妻子孔四贞是太后义女，且劝夫侍奉满清，并替夫认罪，康熙帝下旨仍封孔四贞为郡主，赡养其终生。
三藩平定后，中原本部十八省及关东三省都属大清版图，真成了浩荡乾坤，升平世界。唯独台湾郑经偏不听清朝的号令。耿精忠叛清时，曾与郑经一同攻打广东。耿精忠降清后，又与清康亲王杰书联合攻打郑经。郑经退守厦门。随后巡抚吴兴祚与将军赖塔出兵泉州，总督姚启圣与提督杨捷出兵漳州，逼郑经退回台湾。将军赖塔本想招抚郑经，但因总督姚启圣从中阻挠，便没能议和。
不久郑经抑郁而终，侍卫冯锡范拥立郑经次子郑克塽为王。郑克塽年幼，不能处理政事，诸事都由冯锡范决断。冯锡范骄横不法，大失人心。情报传入内地，闽督姚启圣非常高兴，立即向清廷上奏，请示趁着内乱，一举攻下台湾。康熙帝便召入王公大臣商议此事。内阁学士李光地恳请立即照准，康熙帝于是降旨准奏。姚启圣又力保降将施琅，说他是文武双全之才。清廷便授施琅为福建水军提督，加太子太保的头衔。
施琅原是郑氏旧将，深知海上地形险要。到任后，每天督操，练成两万水军，准备将他们分载在三百艘战船上，指日攻打台湾。康熙二十二年，施琅奉命攻打台湾。台湾在福建东北，姚启圣想乘北风进取台湾，施琅却请求乘南风先取澎湖，并说：“澎湖不破，台湾就不容易拿下；澎湖一失，台湾不战自溃。”随后上奏恳请让自己全力讨贼，留督臣在厦门供应粮饷，康熙帝准奏。郑经的旧部将刘国轩四面筑垣，环列火器，把澎湖守得格外严密。施琅派游击蓝理为先锋，亲自率大军乘潮进攻。刘国轩令守兵连放火炮，夹杂着矢石向清军射去。两军从白天打到晚上，不分胜负。忽然飓风大起，波如山立，战船随流簸荡，支撑不住。刘国轩驾船而出，直追施琅乘坐的楼船。施琅急忙督兵迎敌，猛地一箭射来，正中施琅的眼睛，施琅不禁失声大叫，差点儿跌倒。总兵吴英见主帅受伤，一面令亲卒保护施琅，一面率军士力战，炮矢齐发，击退了刘国轩。大风也渐渐平息，两边于是鸣金收兵。
第二天早晨，施琅决定分头进攻，挽回局面。他令总兵陈蟒率五十艘战舰进攻鸡笼屿，总兵魏明率五十艘战舰进攻牛心湾，自己则督五十六艘战舰分作八队，直捣敌阵中坚，仍让蓝理为先锋，另外安排八十艘战舰为后应。刘国轩见清军又来进攻，正想坚守，抬头一看，只见东南角上微云渐合，便立即发兵。部下曾遂说：“施琅这次来，必蹈前辙，我军不如固守。”刘国轩说：“今天必有大风，正可一举歼敌，为什么不出击呢？”曾遂问道：“主帅怎么知道有大风？”刘国轩指着东南角，对曾遂说：“你在海上多年，难道不知海上气候，云合风生，雷鸣风止吗？”曾遂听后，心悦诚服地率领战舰出去迎战了。刚刚出去，迎面一艘清舰驶来。船上大大写“蓝理”二字，曾遂知道是清军前锋，马上喝令水兵接仗。此时正是盛暑，蓝理裸着上身站在船头，挥舞着手中的两把大刀先将敌兵劈下了几十个。敌兵见蓝理凶猛，各执长枪刺来，蓝理用双刀一阵乱削，削断无数枪杆，又砍伤了好几个敌兵，自己也身中十几枪。谁知突然飞来一弹，掠过蓝理的肚腹，蓝理向后倒去。曾遂趁机大呼：“蓝理死了！”忽然蓝理一跃而起，持刀大吼道：“蓝理还在，曾遂死了！”又连喊：“杀贼，杀贼！”声震如雷。施琅听说蓝理受伤，急忙率军舰追上前来。见蓝理腹破肠出，鲜血淋漓，连忙令蓝理的弟弟蓝瑗、蓝珠小心地扶蓝理下了小舟，裹好伤口，将他载回营中。
说时迟，那时快，刘国轩已联樯来接应曾遂。施琅命各队分列迎敌，各自为战，枪戟并举。箭弹互施，杀得暗无天日，风云变色。突然天空中一声霹雳，响彻海滨，刘国轩不胜骇愕。曾遂的各将士也相顾失色，军心一乱，哪里还愿抗敌？郑军顿时四处乱逃。清军乘势追杀，刘国轩慌慌张张地退到牛心湾，却遇到清将魏明杀来，只好转向逃往鸡笼屿，却又遇着清将陈蟒。刘国轩前后左右都是清兵，没办法只得逃回台湾。
施琅乘胜追到台湾，将舟泊在鹿耳门，船因滩浅停搁，敌舰又来攻击。施琅连忙上前迎战。火箭、火弹互掷一阵，没想到敌兵蜂拥而至，施琅的船不能动，被敌兵四面围住。正紧急时，蓝理摇舟来救。敌军大惊，纷纷杀了过去。蓝理左手执盾，右手执刀，跃上敌船，连斩十几个主将，敌兵潜水逃去。蓝理请施琅上船，施琅拉着蓝理的手，担心他旧伤复发。蓝理笑着说：“主帅有难，就算创裂致死，也顾不了那么多了。”然后又与施琅轰击郑军，郑军退去。
第二天早晨，海上大雾弥漫，潮高一丈多。施琅、蓝理等人扬帆而入。刘国轩正在岛上督守，见清军随潮进来，立即推案而起，叹道：“听说先王得到台湾时，鹿耳门潮涨，今天又是这种天气，难道真是天意吗？”于是派使者迎降，献出台湾版图。自顺治十八年，郑成功据守台湾，历经二十三年而亡。
施琅派人由海道前去告捷，七天后到京都。康熙帝大喜，封施琅为靖海侯，令郑克塽等人入都，封郑克塽为海澄公，刘国轩、冯锡范也被封为伯爵。随即在台湾辟地垦荒，设立一府三县，隶属福建省。从此清朝威力远达海外，琉球、暹罗、安南诸国都派使者前业朝贡，连欧洲的意大利、荷兰等国也通使修好，恳请开海禁，增加贸易往来。清廷允准海滨通商，开设粤海、闽海、浙海、江海四关，设置官吏收税，这就是沿海通商的雏形。
中国北方有个俄罗斯国，元朝时，已被蒙古兵灭掉大半。后来元朝衰落，俄罗斯渐渐强盛起来，把蒙古人全部驱逐出境，独霸一方。满清初兴时，曾派兵攻夺黑龙江。俄罗斯也派远征军，越过外兴安岭，到达黑龙江北岸。当时清兵入关，无暇远掠，俄将喀巴罗领了几百个俄兵，将黑龙江北岸的雅克萨城抢占了去，用土筑城，屯兵把守。随后又分兵攻入黑龙江，结果被清都统明安达礼及沙尔呼达先后击退，只是雅克萨城依然被俄罗斯占据。
康熙二十一年，三藩削平，海内无事。康熙帝想驱除俄国人，平定东北。于是派副都统郎坦假借出猎，渡过黑龙江，侦察雅克萨城的形势。郎坦回来报告说俄兵稀少，容易扫除。康熙帝便决意征俄，让户部尚书伊桑阿赴宁古塔督造大船，并筑造墨尔根、齐齐哈尔两城，添置十个驿站，以便水陆通饷。又派萨布素为黑龙江将军，筹划战备，令蒙古车臣汗断绝与俄国人的贸易。二十二年，俄将模里尼克率六十名哥萨克兵从雅克萨城出发，直达黑龙江下流。此时清船正在巡弋，一鼓而起，将六十多个哥萨克兵全部擒获。模里尼克也被捉住了，随后被送到齐齐哈尔。
康熙二十三年，清兵到雅克萨城劝降，俄兵不答应。二十四年，清都统彭春率水陆两军北征。陆军大约一万多人，随带二百门巨炮，水军五千人，一百多艘战舰，从松花江出黑龙江，齐集雅克萨城下。俄将托尔布津拒降坚守，部下士兵只有四百多名。彭春令他退让归国，托尔布津仗着骁勇，不肯听从，清兵便用巨炮轰城，托尔布津招架不住，退到尼布楚。彭春令军士将土城毁去，率兵凯旋。谁知到了第二年，托尔布津带着陆军大佐伯伊顿，又到雅克萨，筑起土垒，驻兵守御。彭春带领八千名士兵，用四百门大炮进攻，托尔布津中弹倒毙，伯伊顿仍死守不去。清兵放炮轰垒，他却掘了地洞，令部兵穴居避弹，弹来躲入，弹止钻出，垒有残缺，随时修补，弄得清兵毫无办法。
恰好荷兰贡使在京都，自称与俄罗斯毗邻，愿做中间调解人。康熙帝便让荷兰使臣送信给俄罗斯，谴责俄罗斯无故侵犯边境。不久俄皇大彼道回信，说：“中俄文字，两不相通，因致冲突。现已知边人构衅，将马上派使臣堪定国界，请先释放雅克萨卫兵。”康熙帝因远征境外，未免过度劳累，便答应议和，让彭春暂时退兵。于是俄派全权公使费耀多罗到外蒙古土谢图汗边境等候，同时派人到北京请求清廷派官员前来议和。康熙帝让内大臣索额图等人前去议和，途中索额图听说土谢图与准噶尔交战，交通被阻隔，便又折回京都。康熙帝想了想，又派了个小官绕道出境，带信给俄使，议定在尼布楚议和。索额图奉命到尼布楚，西洋教士张诚、徐日升为译官，另备一万多名精兵，水陆并进，直达尼布楚城外。俄使费耀多罗也率一千多人到尼布楚，见清使兵卫盛气凌人，颇有惧色。
第二天，双方在城外搭帐议和。两国公使及仆从全部出席，护兵各有二百多人，手执兵刃，侍立两旁。俄使先讲话，要求以黑龙江为界，南岸归清，北岸归俄。索额图说：“哪有这个道理？今天俄罗斯如果想要议和，东起雅克萨，西到尼布楚，凡是俄罗斯所占领的黑龙江及贝加尔湖必须一律归还我国才可以。”俄使只是摇头。索额图见双方意见不统一，径自回营去了。第二天继续讨论，索额图稍稍退让，打算将尼布楚作为两国的分界。俄使也不答应，索额图又生气地转身回营。张诚等人从中调停，再让索额图稍微退让，北以格尔必齐河及外兴安岭为界，南以额尔古纳河为界，俄罗斯在额尔古纳河南岸的堡寨应全部移往河的北岸。俄使还是坚决不从，索额图便令水陆两军，会齐城下，打算马上攻城。俄使不得已只好照允。
于是在康熙二十八年两国订立条约，总共六条，大致如下：
一、自黑龙江支流格尔必齐河，沿外兴安岭以至于海，所有外兴安岭以南、注入黑龙江的河流属中国，在外兴安岭以北者属俄。
二、西以额尔古纳河为界，额尔古纳河以南属中国，额尔古纳河以北属俄。
三、拆毁雅克萨城，雅克萨居民及物用，都迁往俄境。
四、两国的猎人，不得擅越国界，违者送官府惩办。
五、两国彼此不得容留逃犯。
六、行旅有官给文票，可以自由贸易。
条约订立后，在格尔必齐河东及额尔古纳河南立碑，作为界标，并在上面用满、汉、蒙古、拉丁及俄罗斯五种文字刻写中俄《尼布楚条约》。自此中俄修好，百年不兴兵革。