民国元年八月，国会组织法、各议员选举法公布。根据约法的规定，袁总统于民国二年一月十日正式发布召集国会令。接着又发布省议会议员召集令，举行参议院选举。
这两道命令公布后，各省着手办理选举事宜。由于党派不同，竞争非常激烈，有的用强力胁迫，有的用金钱收买，有的用情面恳托。选举人受这三股势力的影响，不管是什么党派，只管依着投票。遇到势力、金钱、情面都相当的情况时，选举人左右为难，不知该投哪方的票。一方当选，另一方怎肯甘心，于是现场气氛十分混乱，吵的吵，闹的闹，甚至有人强夺投票箱，砸毁投票所，扰乱秩序，最终导致选票散失。
袁总统得此报告，命严格遵守法律，并将《刑律》第八章中关于妨害选举罪的各条法规，贴在投票所最醒目的位置，又在投票所周围临时增派警力，维持秩序。这时，各选举区才稍稍平静下来，但暗箱操作仍在进行，各立党帜，各争党权。
当时，国民党为第一大党，其次是共和党，再次是民主党和统一党。但民主、统一两党，由于刚刚组织，人数比较少，敌不过国民党。就连共和党也不及国民党的人数多，因此国会议员多半是国民党人当选。袁总统最忌恨国民党，他知道参、众两院国民党议员占十分之六七，并料到将来必受牵制，于是密谋来一个釜底抽薪。
前任农林总长宋教仁卸职后，便担任国民党理事，主持党务。宋教仁是湖南桃源人，字遁初，别号桃源渔父。在校时，已萌发革命思想，后被学校斥退，宋教仁自己筹借银钱，游学东洋。之后，加入孙中山、黄兴等组织的同盟会，办《民报》，宣扬革命。与黄兴等人屡次革命，均遭失败。武昌起义时，他已是党中领导，奔走往来，不辞劳苦。孙中山回国设立南京政府后，宋教仁曾受任法制院院长，临时政府的法令大多是他一手制定的。袁世凯当选大总统后，宋教仁曾与蔡元培、汪精卫等同赴北京，迎袁南下。当时，正值京津兵变，袁号称分身无术，便在北京就职。唐绍仪出组内阁，邀宋教仁为农林总长，并经参议院通过，但就职不过两月，因唐内阁猝倒而连带辞职。经此以后，宋教仁看透了老袁的心思，决意从政党入手。他四处活动，把共和、统一党党员引入同盟会中，携手联盟，同组国民党，并被党员推选为党中理事，代理理事长。
民国二年三月九日，宋教仁应江南国民党支部的邀请，抵达南京。江南国民党支部借浙江会馆为会场举行欢迎会，会员共到三千余人。都督程德全为主席，因口疾未愈托人代做报告，并请宋教仁发表政见。报告完毕后，宋登台演说。演说时间约有两个小时，言语多是批评时政，每到精湛之处，掌声如雷鸣。随后，宋又去上海演说数场，反响都很强烈。很快，北京出现匿名书，驳斥他演说时曾指斥政府。接着，又出现北京救国团，通电各省斥责宋言论荒谬。对此，宋教仁登报一一辩答。没过几天，袁总统发来急电，邀他即日赴京，商决要政。人们还以为袁世凯醒悟了，召宋入京，将任命他为第一要员。就连宋自己也以为此次北行，定会不负初衷，组成政党内阁。于是，决定三月二十日从上海启程，乘车北上。当时，国会议员已陆续进京，上海、南京车站上设有议员接待室。宋启程的时间大概是晚上十点，上海的同志都相偕送行，挚友黄兴也特地赶来送行。在议员接待室小憩后，十点四十分火车进站，招客登车。宋出接待室，与黄兴等人并行至月台，向车站出口处行进。不料，刚刚走到检票处，猛然听见“啪”的一声，一颗子弹从宋教仁背后飞来，不偏不倚，穿入胸中，直达腰部。
宋教仁疼痛难忍，退靠在铁栅上，凄声说道：“我中枪了。”正说着，又听见两声枪响，幸好未伤及行人。站中顿时大乱。黄兴等人也惊愕异常，慌忙将宋教仁扶出月台，急呼车站中巡警速拿凶手。谁知四面一望，并没有一个巡警。只看见外面停着一辆汽车，众人来不及详问便扶宋上车，命车夫火速前往沪宁铁路医院。等站外巡警赶来，凶手早不知去向。当时，送行的人大多留在站中，满心期待巡警能缉获凶手。同行人又电致各处机关，委托侦缉。国民党干事于右任将宋教仁送到医院已是半夜，医生们都不在医院。宋教仁此时已面如白纸，用手抚着伤处，呻吟不已。于右任想看看他的伤口，宋却不让，流着泪说道：“我恐怕不行了，人总有一死，死亦何惜，只是我有三事相求：一是将我在南京、北京及日本东京寄存的书籍捐给南京图书馆；二是我家寒苦，老母尚在，请克强与君及诸故人替我照料；三是诸君仍当继续努力，千万别因我遭不测而退缩，放弃国民的责任。我欲调和南北，费尽苦心，没想到暴徒误会我意，置我死地，我受痛苦也是自作自受。”过了一会儿，医生赶来检查伤口，不禁咂嘴。原来，宋受伤的位置正在右腰骨稍偏处，离心脏很近。医生说伤势很重，生死难卜，现在首要任务就是取出子弹，然后再医治。好不容易取出弹子，弹形尖小，像新式手枪所用。宋教仁呼痛不止，医生只好再次注射止痛药水，希望他能安睡。但他仍呻吟连连，根本无法安枕，勉强挨到黎明。黄兴等人来到病室探问，宋教仁叹气道：“我要死了。但我死后，诸公仍要往前做去。”黄兴向他点头，宋又让黄代拟电文，向中央报告情况。电文写道：
北京袁大总统明鉴：
仁本于今夜乘沪宁车赴京。不料十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年，临死哀言，尚祈鉴纳！
稿已拟定，黄兴立即出病室派人发电。上海的同志也陆续到医院探望。宋教仁皱着眉头说道：“我不怕死，只是疼痛难忍。出生入死，我已习惯，若医生能帮我止痛，我就死了也罢。”同志们再三劝慰，宋又瞋目道：“罢了罢了，可惜凶手在逃，不晓得什么人与我有这等深仇？”大家听得酸楚不堪，便与医生协商，请多找良医，共同研究治疗方针。于是，又找来三四个有名的西医，检查后，都认为肠道受伤，必须剖验补修才有可能活下来。于右任便对众人说道：“宋君病已至此，与其不剖而死，还不如从医剖治。”大家踌躇一会儿，多主开刀，于是将宋教仁抬至二层割诊室，共有五位医生实施手术。医生先用麻醉剂，然后取出大肠，洗去淤血，缝好肠上弹孔，最后缝合创口。麻醉剂的药力散去后，宋渐渐清醒，仍是喊痛。医生屡次用吗啡为他止痛，但终归无效，而且大小便流血不止。经医生检查，原来内肾也受了伤。这天晚上，宋教仁病情加重，双手渐渐变凉。黄兴、于右任等人都来到病床前探视，宋对他们说：“我想要说的，都已跟于君说过，诸公可问明于君。”说到这里，已是上气不接下气。他先是两手合十，似与同仁诀别；忽又回抱胸际，似有说不尽的苦况。黄兴用手抚摩，手脚已冰凉，脉搏也没有了，医生们称已无回天之力。再看宋教仁，仍是满脸的依依不舍。黄兴附宋耳语道：“遁初，你放心去吧，后事归我等担任。”宋才长叹一声，气绝而逝，年仅三十二岁。死时两眼未瞑，双拳紧握不开。
一帮友人痛哭流涕，前沪军都督陈其美边哭边说道：“这事真不甘心，真不甘心！”大家听了此话，更是悲从中来，大哭不止。等到稍稍平静些，便着手殡殓事宜，并决定摄张遗像留作纪念。天微微亮时，就去照相馆请来两位摄像师，黄兴提议先裸尸骸上身，露着伤痕拍一张；穿衣后，又拍了一张才入殓。此时，党员们都已陆续到来，还有几个日本朋友也同来送殓。第二天，从医院移棺至湖南会馆。当时，医院门口人山人海，拥挤异常。中午前后开始发殡，送丧执绋和护丧导灵的约有两三千人。
宋教仁逝世的噩耗传出去后，远近各省均致电上海国民党交通部，询问缉凶情况，兼慰问吊唁。袁总统也连发两份电文，命上海各部火速缉拿凶手归案。
江苏都督程德全、民政长应德闳当即通电地方官一起协拿，限期缉获。上海县知事、地方检察厅都悬赏缉捕。黄兴、陈其美又函致公共租界总巡卜罗斯，托他密捕，如能破案，给酬劳一万元，沪宁铁路局也悬赏五千元。上海的所有巡警以及中外侦探，哪个不想发些小财？于是，全体出动，日夜侦缉。天下无难事，只怕有心人，渐渐地探出些踪迹来。原来，宋教仁在沪宁医院时，曾收到一封很奇怪的信，是从上海本地寄出，信外署名是“铁民自本支部发”，信内全是讥嘲的话。
二十三日晚上，正是上海租界热闹的时候，灯红酒绿，清和坊、迎春坊等妓院更是生意兴隆，门前车马往来不绝。突然，来了数名巡捕将迎春坊的所有门堵住，总巡卜罗斯和西探总目安姆斯脱郎带着几名巡捕径直走到李桂玉妓馆门前站住。一个穿西装的人进入妓馆，大声呼问。龟奴听到“夔丞兄”三字，问道：“来看应老爷吗？”那人向他点头，龟奴又道：“应老爷在楼上饮酒。”那人不等他说完，便大踏步上楼，连声道：“应夔丞君！楼下有人请你谈话。”座上立即有一人站起说道：“什么人找我？”此人年约四十余岁，面带酒容，隐含杀气。说着便下楼，刚走到门口，卜总巡便开口问道：“你是应夔丞吗？给我带走！”旁边的巡捕立即上前将应夔丞扯出来，押到总巡房。