朱由检随即来到后宫，令他惊讶的是，周皇后并没有就寝，反而是穿戴得整整齐齐，仿佛正在等候他的到来。最让人奇怪的是，皇后所穿的朝服，袖口、衣角及周身开口的地方都已经用线密密缝住，她就好像被装在一个华丽的衣袋中。朱由检来不及多想皇后为何是这样地打扮，只是严肃地对周皇后说：“国破就在眼前。你身为国母，理当殉国。”周皇后并不惊慌，她似乎早就料到会有这一天，相当冷静地说：“我跟随陛下已经十八年了。十八年中，陛下从未听过我一句忠言，所以才会有今天。”说完后有些鄙夷地望了朱由检一眼，从容地上吊而死。朱由检一怔，他从来也没有将这位性子耿直的皇后放在眼中，事实上除了他的女儿长平公主，他没有真正在意过任何女人。
当年周皇后的父亲嘉定伯周奎为了帮女儿对付朱由检宠爱的田贵妃，特地从江南找来了绝色美女陈圆圆。朱由检第一眼看到陈圆圆的时候，也惊诧她惊人的美貌，可是当时朱由检正被军国大事搅得头昏脑胀，根本没有心思。陈圆圆只得返回了周府，被到周府做客的吴三桂看中，才有了后来的“冲冠一怒为红颜”的故事。如今周皇后临死前那番话的语气、那蔑视的一眼却深深震憾了朱由检，他心中一时不知道是什么滋味，是惊？是悔？但情形已经不容他多想，呆了片刻，他又来到了寿宁宫找长平公主。
长平公主才16岁，已经出落得秀丽高贵。朱由检已经为她挑选了周显为驸马，若不是李自成逼近北京，公主早应该在几天前下嫁。长平公主也没有入睡，大概今晚的北京城中，没有多少人能够安然入睡。公主年纪虽小，却也知道天下即将大变，见朱由检进来，上前拉住父亲的衣袖哭泣，不胜悲恸，更显得楚楚动人。朱由检的眼泪不由自主地流了下来，望着最心爱的女儿叹息说：“你为什么要生在帝王之家？”终于狠下心，用左手挡住脸，右手拔刀出鞘，向公主砍去。公主尖叫了一声，那一声中充满了惊恐，她无论如何也不相信她最爱的父亲会杀她。她本能地挥出柔弱的手臂去挡锋利的刀。
毕竟是亲生骨肉，朱由检的手不由自主地抖了一下，这是他有生以来第一次感到彷徨，但仍然咬着牙砍了下去。刀砍断了长平公主的左臂，但没有砍中要害，顿时血流如注，公主当场晕绝地上。在昏暗的夜色中，他带着一批太监冲出宫门，逃命去了。他们出东华门，至朝阳门，又奔安定门……在城内兜了一圈，都被他的臣僚挡了回来，只得重返宫中。
第二天凌晨，朱由检登上钟楼，鸣钟召集百官，但无一人前来。众叛亲离的朱由检与宦官王承恩一起溜出紫禁城，登上了后面的万岁山（今景山）。三天后，人们才在寿皇亭发现这个僵死的了国君。只见朱由检乱发覆面，一只脚光着，与王承恩相对缢死。有人不忍目睹此惨状，遂将他葬在了3个月前死去的田贵妃墓中——即现在的思陵。可怜这个有中兴之志的年轻皇帝最终还是无奈做了亡国之君。就这样，明朝的统治覆灭了。
清兵入关，改朝换代
万历十一年（1583年），努尔哈赤统一女真各部，创立八旗制度，建立后金政权，开始与明廷分庭抗礼。万历四十六年（1618年），明抚顺守将李永芳不战而降。第二年，明廷集全国47万之兵，兵分四路，企图一举消灭后金，结果被歼45000余人，沈阳、辽阳先后失陷。努尔哈赤去世后，他的第八个儿子皇太极继位，改“金”为“清”，建立清朝。此后，清军攻陷大凌河，招服明朝的盟友朝鲜与察哈尔蒙古，之后围攻锦州，打败前来解围的13万明军，使明廷苦心经营十多年的锦（州）宁（远）防线全部崩溃。至此，在清军南下亡明的道路上只剩下山海关及其前哨孤城宁远了。
山海关北枕叠嶂，南襟大海，位于从东北进入华北的陆路咽喉之地。即使在军事技术不发达的古代，山海关之险也可谓“一夫当关，万夫莫开”。山海关之险令清军无法逞其入关之志，只得绕道蒙古，越过长城，采取不断蚕食的策略。皇太极说：“取北京如伐大树，先从两边砍，则大树自仆；现在，明朝精兵已尽，我再四周纵掠，北京一定可得。”崇祯十六年（1643年），皇太极在沈阳去世，其幼子——年仅6岁的福临即位，是为顺治帝。值此危机迫在眉睫之际，关外清军的动向并没有令明廷特别关注，明廷正大举起兵围剿李自成的农民起义军。
崇祯十七年（1644年），明将吴三桂联合关外清兵与李自成率领的农民起义军在山海关，展开了一场决定各自历史命运的大战，结果奠定了清朝两百六十余年的江山。吴三桂可不是个普通人，他是明末清初辽东人，武举出身，锦州总兵吴襄的儿子，以战功及父荫授都指挥。天启末年时，他曾带50余名家丁救其父于4万满洲人之中，孝勇之举遍闻天下，有“勇冠三军、孝闻九边”的美誉。后来，他又代替父亲牢守山海关，使得清军难越雷池一步。
李自成听闻吴三桂也是一个了不起的人物，于是多次招他归降。但是，吴三桂再三犹豫。后来，李自成的部将设计将其妾陈圆圆掠去，并将吴三桂的父亲也拘押“拷掠甚酷”。大怒之下，吴三桂上书摄政王多尔衮，请求清兵入关。李自成闻知此讯，亲自率领大军号称20万大军，其实只有10万，奔赴山海关攻讨吴三桂，这才导致了清军联合吴三桂与农民军在山海关展开了一场大战。
李自成进入北京后，意识到驻兵山海关的吴三桂之向背对局势的发展至关重要，而解决山海关问题，只有两种方案：一是武力夺取，彻底消灭吴部；二是招抚，避免流血战斗。以农民军入京后将领无心再战、士兵沉溺享受来看，招抚为上策。于是李自成派人马劝降吴三桂，携犒银四万两、黄金千两，另有敕书一通，封吴三桂为侯。此时，总管京师兵马的吴三桂的父亲吴襄已在北京被捕，李自成令他给儿子写信劝降。吴三桂无奈，决定正式接待来使，投降农民军。但当吴三桂准备率部进京谒见李自成，行至永平府（府治今河北省卢龙县）西沙河驿时，却突然调转马头，再次返回山海关。
李自成得知吴三桂重返山海关，亲率20万大军东来。当农民军迫近山海关时，吴三桂再次催促清军火速来援。多尔衮接信后，知道形势紧迫，为了防止农民军占领山海关，下令清军日夜兼程前进。当清军终于到达距关城10里的地方时，吴三桂已与农民军在激战中。至五月初，据守山海关北翼的吴军向农民军投降，吴三桂的军队已呈崩溃之势，而此时清军却一直止步不前。吴三桂多次派人前去敦请进兵，但多尔衮就是按兵不动，他要迫使吴三桂亲自出马，将“借兵助剿”改为“投降清朝”。
二十二日早晨，吴三桂见情势危急，带随从冲出重围，至关城东二里的威远堡向多尔衮剃发称臣，归降清军，请其入关进击大顺军。多尔衮见吴三桂归顺非诈，遂偕和硕英郡王阿济格、多罗郡王多铎率劲旅8万，分别从南水门、北水门、关中门进入关内，令吴三桂部系以白布为号任前锋。大顺军因攻坚一昼夜未能夺关，乃改取野战，自角山至渤海投入全部兵力，布一字长蛇阵，成决战架势。多尔衮以吴三桂部为右翼迎战，重兵则鳞次列阵于渤海滨大顺军阵尾薄弱处，待机出击，并告诫各部不得急进。
大顺军不明清军意图，仍按原计划向吴三桂军紧逼，令旗左右挥动，来回冲杀。吴三桂因有清军压阵，顽强抵御。时狂风扬沙，咫尺不见，双方展开肉搏，大顺军不顾伤亡，把吴三桂部团团围住，血战至中午，双方均已疲惫，损失甚众。多尔衮见势，急令阿济格、多铎各率两万精骑，乘风势、挥白旗，对阵直冲大顺军。大风渐止，疲惫的大顺军见清军骤至，猝不及防，阵脚渐乱，伤亡惨重，刘宗敏中箭伤。战至午后，李自成见无法挽回颓势，急令余部且战且向永平方向撤退。当清军追至范家店，李自成杀吴襄以泄忿，率余部于二十六日退回北京，只好弃京西撤。
这一战，李自成大顺军对清军入关助战毫无准备，同时缺乏对清军骑兵作战的经验，终为清军所乘，精锐遭受重创，未能再起。清军乘势占领北京，取得全国政权。从此，大明王朝被清朝所取代。