罗马教会为了保证自己在基督教国家的最高统治权，不断进行着斗争，而在斗争中，却彰显出一个最大的弱势，即教皇选举方法的不足。
教皇如果要在这些基督教的国家推行一种永久的平和，并绝对顺从于他管理的规则，无疑需要超强的、经久不衰的最高权力。但想要达到这样的权力，必须要保证在3个方面得到满足：首先，教皇应该精力充沛，年轻力壮，这是非常关键的。其次，教皇应该拥有国王一样的继承人，以达成对教会事务的处理、商榷。最后，教皇选举应该采用无争议，但绝对清楚、稳固的方法。但现实很可惜，罗马教皇的选举远远不能保证这3个条件。比如说，对于参选教皇的选举权根本没有明确的要求，为此，当时罗马皇帝还与教皇一度产生争执。后来，格利高里七世为教皇选举人确定了一个条件，那就是必须是红衣主教才行。同时，他就皇帝对教会的权力进行了降低处理，让皇帝对选举只拥有在文件上批准签名的权力。可是，关于教皇继承人这件事，他并没有处理。他之所以这样做，就是怕红衣主教因此进行斗争而导致教皇职位的缺失。不过，事实是，很多时候教皇这个位子都处于缺失中，有时可长达一年以上时间。
从历史记录可以看到，16世纪之前，因为规定并不明确，教皇选举经常面对各种问题。更早之前，这种教皇选举就已经产生了争执，甚至曾经有在同一时期出现多位教皇的闹剧发生。那时，遇到这种不可调和的问题时，教会总会向皇帝或者公众求救。另外，每当教皇去世时，教会总会涌现很多问题，从而因此混乱不堪。有时，接任教皇之位的人与刚刚去世的教皇并不和睦，他便会想尽一切办法，让死去者无法保持生前尊严。也有时，新上任的教皇是一位老态龙钟的长者，刚成为教皇没几天便一命呜呼了。
正因为教皇选举中出现的这些不足，让法国、英国、德意志等王室成员看到了控制教皇选举的时机。他们开始想办法对选举进行操纵，从而让对自己有帮助的人去坐这个有至高权力的位子。随着教皇的权力越来越大，地位越来越高，因它而起的争执也就越来越多。在这样的情形下，如果新当选的教皇毫无能力，则是比较正常的事，若这位教皇极富才华，就要让人感觉不同寻常了。
英诺森三世就是这样一位有才能又富有幽默感的人，他在这一时期成功成为罗马的教皇。成为教皇时，他还不到38岁，他年富力强，带着手下的主教们与当时罗马同样年轻的皇帝弗里德里希二世开始你争我斗。在历史上，弗里德里希二世被人们称为“奇才”，他与教皇的争执可视为教会与皇室对峙的一个转折点。可以这样说，弗里德里希在这场争执中败给了教皇，因此，在他统治下的王朝逐渐走向衰退。当然，罗马教会与教皇也因这件事而名誉扫地，从此，他们的影响力变得越来越小。
弗里德里希的父亲就是亨利六世，而他的母亲则是西西里岛统治者诺曼王的女儿。1198年，4岁的弗里德里希继承了西西里岛诺曼王的位置。而对他进行监护的，正是英诺森三世。弗里德里希从小在宫廷长大，受的是阿拉伯教育，阿拉伯人在教导过程中，将自己所有的观念都传授给了这位年轻的国王。也就是说，阿拉伯人对他的影响极为深远，所以，弗里德里希是一个基督徒，更是一个伊斯兰教徒，这两种思想的结合让弗里德里希非常不幸，因为他总这样想：宗教其实就是骗人的。无疑，在信仰主导人类思维和生活的时代，这种想法极为大胆。可是，更大胆的是，弗里德里希对这种看法直言不讳，全都说了出来。他的这些言论，全被当作是对宗教的亵渎，让人们记了下来。
当弗里德里希慢慢长大，他与英诺森三世之间的对立就变得格外明显起来。英诺森三世为了控制弗里德里希，不断提出一些过分的要求，在他登上皇帝之位的时候，英诺森就这样让弗里德里希保证：对德意志境内的异教徒坚决进行镇压，而且不再继续保持自己南意大利以及西西里岛的王位。英诺森之所以这样让弗里德里希对自己保证，就是因为在他眼中，这个年轻的皇帝力量太强，已经强到足以威胁自己的权力。与此同时，那些德意志境内的主教也都提了要求，也就是必须减少人们的各种税赋。对这些条件，弗里德里希全都应允，只不过，他根本就没想过兑现这些条件。之前，英诺森三世就曾要求法国国王对阿尔比教派进行过残酷的打压，并让整个国家与异教徒之间产生了战争。现在，他同样让弗里德里希用这样的手段，去对异教徒进行打压。然而，他并没有如愿，因为弗里德里希心里并不想这样做。可以这样说，朴素的阿尔比教派如果是教皇眼中不可饶恕的异教徒，那弗里德里希则是比他们更加不能饶恕的另类。所以，当教皇要求弗里德里希派人马去与伊斯兰教徒进行斗争时，他只是不断应允，却从没有行动过。
弗里德里希虽然成了德意志的皇帝，却一直住在西西里，在他看来，这里比任何一个地方都适合自己。这也就表明，他当年答应英诺森的所有要求，一件也没有兑现。至1216年，英诺森三世满怀着对这个皇帝的憎恶离开了人世。
很快，新一任教皇雷诺里乌斯继任，但他对弗里德里希同样束手无策。至1227年，格利高里九世坐上教皇之位，他发誓，要让这个德意志皇帝向自己称臣，不管要付出什么样的代价。于是，他将弗里德里希的教籍开除，不让他进行任何宗教礼拜。但这对于弗里德里希而言，并没什么大不了，因为他心中一直对阿拉伯宗教更有兴趣。格利高里九世见并没什么作用，便再次向人民发表公开信，极力谴责弗里德里希的这种行为，说他亵渎了神灵，要对他进行严重的惩罚。对这一事实，弗里德里希也进行了回击，他给欧洲基督教国家的所有王侯写信，第一次对教皇与皇帝之间的争执进行了说明，并着重就教皇想要统治整个欧洲的野心进行揭露与批评。同时，他还针对教会为自己聚敛财富的行为进行大力抨击，提议所有王室成员都应该联合起来，与教皇进行斗争。
可是，当弗里德里希对教皇进行完抨击之后，却决定完成12年前英诺森提出的要求，即发动十字军，对异教徒进行讨伐。1228年，他正式带人马出发。这注定是一次带有可笑意味的远征，当他的人马来到埃及，并没有立刻对伊斯兰教派进行打击，而是与伊斯兰教的继承者进行面对面谈判。因为两个人对基督教都心存疑虑，这让谈判非常和谐。最终，两方签了一份协议，那就是将耶路撒冷交由弗里德里希来管理。这场东征，是与众不同的东征，没有厮杀，也没有伤亡，更没有屠杀，整个经过，如同朋友之间的交流。不过，这时的弗里德里希已经不是基督徒，当他统治耶路撒冷时，并没有教皇为他举行加冕仪式，宗教色彩淡漠。在所有主教都极力回避的情况下，弗里德里希自己将王冠戴在了头上。很快，弗里德里希回到意大利，他马上将教皇的队伍赶出自己的领土，还强迫教皇必须恢复他基督教徒的身份。在当时，百姓对教皇的旨意早已经不再热衷，他们对于弗里德里希皇帝的行为也没有特别的反感。
1239年，弗里德里希刚恢复不久的教籍，因为与教皇之间的矛盾，再一次被格利高里九世开除。为此，弗里德里希以牙还牙，做了很多让教皇面上无光的事。这种皇帝与教皇之间公开的争执，一直持续到格利高里九世死去，新的教皇英诺森四世继任为止。而且，在这段时间之内，弗里德里希还曾经写了批评教会的公开信，言辞非常犀利。他不但指责主教们妄自尊大，而且贪婪成性，对宗教完全没有尊重，同时进一步指出，教会的衰退，根源就在他们对财富的搜刮。所以，他又一次对所有欧洲基督国家的王室提议：应该没收教会的财富，让教会名誉得到恢复。就在这个时候，这种想法牢牢种在了所有王室成员的心中。
至于弗里德里希老了之后的生活，我们没必要一一讲述。因为他的很多特别行为并没多少意义，相反他的日常却很不同寻常。想要证实这一说法，只要将他的王宫生活片断进行连接，就可以得出答案了。弗里德里希本身是个喜欢外在好看事物的人，对生活非常讲究，有人就因此说他不现实。另外，弗里德里希好奇心很强，对于新鲜的事物都有探索的欲望。在他的宫内，除了基督教学者，更随时可见伊斯兰教、犹太教的学者。他一直倡议本国人学习阿拉伯人的文化，并将阿拉伯的代数、数学等知识主动引荐给基督教的学者。他曾组织很多学者，对亚里士多德的书籍以及阿韦芳埃斯所做的注解进行翻译。在1224年，他分别创建了那不勒斯大学和萨勒诺大学，同时还为人们建了一个动物园。他自己对动物非常了解，特别写了一本放鹰的书籍。在那时，用意大利语写诗，弗里德里希绝对是第一人，他曾在自己的宫内创作了很多有名的诗歌。他对知识持包容、接受的态度，被当时一位著名的作家称为“现代人”。
因为教皇与法国王室的冲突，教皇权力的衰退也被进一步显现出来。弗里德里希还没有去世时，德意志已经被分裂了。而法国国王如同其他受教皇加冕的皇室一样，一直将自己视为教皇的支持者、保护人、争执人3种身份。因此，教皇一度对法国王室非常支持。因为有教皇的帮助，法国王室诸侯先后在那不勒斯、西西里建立自己的王国，并且开始期望罗马帝国的复兴。不过，弗里德里希死后，并无人可继承他的位子，只好在另一个称作哈布斯堡家族的人中，选了鲁道夫来继位。如此一来，哈布斯堡王朝开始了。教会就此开始在法国与德意志两个不同皇室家族中不断转变，支持谁，完全看教皇自己的喜好。1261年，希腊人迈克尔八世将君士坦丁堡从拉丁人手中抢回来，继而开始全新的希腊时代。开始时，他与教皇之间达成过假意的和解，但很快，这种和解便被推翻。当时亚洲拉丁王国连续被迈克尔征服，教皇权力在东方彻底消失。
1294年，博尼法斯八世成为罗马教皇，他是意大利人，内心充满传统的罗马意识，对法国格外仇视。1300年，博尼法斯举行了一场隆重的庆典，号召所有教徒向罗马朝圣，教会则趁机捞取好处。后来，J.H.罗宾逊这样说：“百姓们捐来的钱财堆成了山，教会完全无力打理，只好让人用耙子收集人们撒在圣彼德墓前的金钱。”可是，这场庆典却并没什么特别的意义，它只是捞钱的借口。1302年，教皇与法国国王的争执进一步升级。1303年，国王派纪尧姆·德·诺加雷直接冲进教皇宫殿，将博尼法斯教皇捆绑于床上，当面进行责骂和羞辱，然后才将其抓走。当时，博尼法斯教皇正在酝酿开除国王教籍的事。两天后，教皇被释放，可刚回到罗马，便又被阿西尼家族的人给抓走，又一次变成了囚犯。在这样的反复惊吓中，博尼法斯已经失去了高高在上的权威，面对他人的羞辱和囚禁，很快在抑郁中死去。
阿纳尼人无法接受王室对待教皇的这种做法，他们将教皇的尸体抢回去。其实，阿纳尼人之所以这样做是有理由的，首先，博尼法斯教皇就是阿纳尼人，其次，法国百姓对王室这种行为给予了支持。因为国王在想要粗暴对待教皇的时候，曾特别召开会议，分别请了教会人员、平民百姓以及贵族成员，进行民意调查。不论哪一地区，平民百姓都表示支持国王的这种做法，由此可见，罗马教皇在人们心中已经沦落到了何等地步。
进入14世纪，昔日威风的罗马教会再也不见了，而新的教皇则直接由国王进行指定，克勒芒五世这个法国人成了新时期的罗马教皇。不过，他并没有住进罗马教会，而是将整个教廷搬去了不受法国管理的阿维农镇。而后来继任的教皇，也一直住在那里，直到格利高里十一世上台，教廷才被迁到罗马梵蒂冈。而且，就算这样，教会的红衣主教依旧是法国籍，他们与阿维农镇一直保持良好的关系。在格利高里十一世死后，乌尔班六世成为教皇继承人。但红衣主教们对这个决定并不认可，他们将克勒芒七世推上教皇宝座，从而开始了阿维农镇教皇与罗马教皇的对抗，这被人们称为“教皇分立”。至此，罗马教皇住在罗马，负责那些忠诚于自己的国家，比如匈牙利、德意志、英国、波兰等。而阿维农教皇则住在阿维尼翁，法国、西班牙、苏格兰、葡萄牙等支持者由他负责。两位教皇分别将对方从基督教籍中开除，并对其进行诅咒。
这时的欧洲人，已经开始重新思考宗教这件事了，这当然一点也不奇怪。
前面我们已经说过，圣·多明我会教派与圣·方济各教派是新兴教派的代表教派。所以，他们就按自己的思想，对基督教进行有选择的信奉。虽然这两个教派都曾被教会镇压，但还是吸收和利用了教会的态度，不过，他们反对教派势力的培养。大约100多年之后，就有一位牛津大学的博士——威克理夫，在自己晚年时期，对教会进行公开的批评。他专门组织了一些生活清苦的祭司，成立以自己名字命名的威克理夫教派。他带着自己的教徒在英国传播教义，还将《圣经》翻译成英文，就是为了让百姓对教会以及他本人的对错进行分辨。应该说，威克理夫比圣·多明我会教派和圣·方济各教派都要能干，很快，不论是上层社会成员还是平民百姓，都开始追随他。当时的罗马教会对他非常憎恨，并对他进行囚禁，不过，直到他死去，都拥有绝对的自由。只是，那些将天主教推向灭亡的人却不肯放过威克理夫的尸体。其中，康斯坦茨教派就在1415年发布法令：将威克理夫的尸骨从土中挖出，并进行焚烧。至1428年，罗马教皇就命令弗莱明主教去执行这一法令。这一行为不但对个人没有尊重，也严重亵渎神灵，而罗马教会却狂热地进行着，一丝不感觉有违教义。