美狄亚的心静了下来，她忽然想出一条残忍的计策。她对伊阿宋说：“我已经犯下了深重的罪孽，如今只有一错再错了。我可以诱骗我的弟弟到来，然后用丰富的酒席招待他，那时你就可以乘机下手除掉他。”于是他们制定了一个完善的计划。
美狄亚悄悄地找到科尔喀斯人的使者说：“我憎恨外乡人，我将带着金羊毛到父亲身边。请你让我弟弟阿布绪耳托斯到阿耳忒弥斯神庙，我要与他见一面。”
使者走后，美狄亚把大量的魔药洒入空中，它的芳香可以迷惑最凶猛的野兽，阿布绪耳托斯也不例外地轻信了美狄亚的话。当他来到神庙后，原想把姐姐接走，没想到的是，狡诈的美狄亚不动声色地欺骗了他。
当阿布绪耳托斯毫无防备之时，埋伏在暗处的伊阿宋冲了出来，用雪亮的宝剑刺入了他的胸膛。美狄亚用面纱遮住眼睛以避免看到临死前的弟弟，然而她的身上却溅着弟弟的鲜血。
失去首领的科尔喀斯人完全失去了抵抗力，埋伏已久的阿耳戈英雄全歼了船上的科尔喀斯人。
复仇女神对这血腥的一幕充满了愤怒，美狄亚终究在劫难逃。
又遇波折
打败了科尔喀斯人，阿耳戈船离开了河口逃向大海。当埃厄忒斯率领科尔喀斯人重新追上来，英雄们受到了赫拉的庇护，赫拉在天上击着闪电阻止了科尔喀斯人的追击。绝望的科尔喀斯人只好留居在了阿耳忒弥斯群岛。
阿耳戈人在海风中轻松地摇桨，又有许多海岛被他们甩在了船后，远方那故乡的最高峰已开始映入眼帘。正当英雄们充满希望之时，突然天空下了一场暴风雨，阿耳戈船在与风暴的搏斗中迷失了航向，他们来到了一个名叫安柏耳的荒岛。
原来这场暴风雨是希腊人的保护神赫拉害怕激怒了宙斯，而给阿耳戈人带来的灾难。
这时由雅典娜镶在船头的橡木说话了：“你们不能躲避宙斯的激怒，如果你不能去找一个女巫赎罪的话，你们将永远漂泊在海上。卡斯托耳和波吕丢刻斯应向神祗祈祷，在神的帮助下，你们会找到女巫喀耳刻的，她是太阳神与珀耳塞的女儿。”众人听了这个不幸的预言都惊呆了。
勇敢的卡斯托耳和波吕丢刻斯站在船头，请求伟大的神祗保护他们。
阿耳戈船来到了伊里丹纳斯河。法厄同被太阳车烧死就降落在这个地方，如今那里还在不停地在冒着火焰。远处小岛上长着几根白杨，那是法厄同的姐妹所化成的，她们在流着琥珀泪珠。
神木做成的阿耳戈船安全地行过了伊里丹纳斯河来到了洛达诺斯河口。阿耳戈船正不知所措，赫拉又施展神力降下黑幕将船笼罩，并吹起了风暴，一时间，辨不清方向的阿耳戈船疾驶了几天，来到了喀耳刻的岛屿。
喀耳刻晚上做了一个梦，梦见自己的住宅被大火所烧，她用来迷惑外乡人的全部药草和药酒也都付之一炬了。她只能用鲜血来熄灭大火。
第二天一早，喀耳刻心有余悸地来到海边洗衣裙和头发，她的身边站着不少怪兽。英雄们一见到她就大惊失色，因为他们知道喀耳刻就是凶狠的埃厄忒斯的妹妹。
勇敢的伊阿宋拉着不情愿的美狄亚上了岸，径直来到了喀耳刻的宫殿。女巫并不知道外乡人的来意，她们一起沉默而忧愁地坐在火炉边。
美狄亚蒙着脸，伊阿宋则将宝剑插在地上，用双手抓住剑柄，并将下巴搁在上面，双目低垂。
喀耳刻知道了，他们是来向她求助的，希望她能帮助他们消除罪孽。
女巫宰杀了一只乳猪，河里的女神们送来了祭献所需要的一切用具，她在火炉上烤着圣饼，口中念念有词，祈求神祗饶恕那些所有罪孽的人们。
当法事完成后，她询问起伊阿宋他们的经历，美狄亚金光闪闪的双目让她明白了她们都是太阳神的子孙。在喀耳刻的要求下，美狄亚从科尔喀斯方面向她叙述了一切——只是将她杀死弟弟的情节抹去，但女巫从充满血腥的梦中已经预感到了全部。
她很同情她的侄女，但不能救她，她怜悯地说：“可怜的孩子，你离家私奔，又杀死了你弟弟，这已经铸成了大错，你父亲一定会追到希腊去报仇的。作为我的求助人，我不会伤害你们的。不过你们必须迅速地离开这里，走得越远越好。”
伊阿宋和美狄亚的最后一点希望也破灭了，他们步履蹒跚，无比失望地来到了海船上。
赫拉对阿耳戈人的遭遇，十分同情。为了帮助他们，她派使者伊里斯召来了大海女神忒提斯，命令她将阿耳戈船带回希腊。
在忒提斯的引导下，阿耳戈号在柔和的海风中向故乡徐徐驶去。
一天，他们经过一个花香草绿的岛屿，那里住着一群半人半鸟的女妖，她们总是呆在海岸上，唱着美妙的歌曲，结果有许多外乡人经不住诱惑，死于她们的毒汁中。
与往常一样，她们也向阿耳戈船唱起歌，引诱他们上岸。聪明的俄耳浦斯弹起了美妙的竖琴，施放出美妙动听的音乐，再加船尾女神们吹起了一阵疾风，女妖们的声音逐渐失去了威力。就在阿耳戈号渐渐远去的时候，忒勒翁的儿子部忒斯经不住诱惑，只身游向海岸，结果被卷入了漩涡中。
英雄们以为他已经死了，只好悲痛地踏上了行程。其实部忒斯幸运地被山神阿佛洛狄忒搭救上岸，于是他成了西西里岛上的一个居民。
经过女妖岛，阿耳戈船又来到了一个险峻的海峡，海峡一边是陡岩，另一边则是波涛急剧下旋的卡律布狄斯大漩涡。而且海峡的中间还有不少从深海断裂的浮岩，水中又不停地冒出浓烟，那曾经是赫维斯托斯的炼铁厂。
一路闯关斩将的英雄，此时发了愁，他们不知怎样才能闯过这波涛汹涌的难关。正当他们一筹莫展之时，女神们在忒提斯的带领下把着舵、扶着船推动船前进。对于女神们来说，这简直是一场游戏，船一下子抛入半空中，一下子又重重地落了下来，但它总是轻盈地避开一块块浮石，仿佛一切都不存在似的。
阿耳戈英雄惊呆了，连站在山上的赫维斯托斯也在观赏着这惊心动魄的一幕。赫拉则站在云空中，关注着英雄们通过海峡，直到阿耳戈船来到阿喀亚人和他们圣贤的君主阿尔喀诺俄斯的岛上，赫拉才松了一口气。
在阿尔喀诺俄斯，阿耳戈人受到了阿尔喀诺俄斯王的热情款待，并得到了充分的休息。但在他们离开这里之前，另一支科尔喀斯人的舰队追到了这里并已经登陆。
科尔喀斯人要求阿尔喀诺俄斯王交出美狄亚，否则他们就会与希腊人决一死战。
阿尔喀诺俄斯王为了避免流血冲突，提出和平解决争端。美狄亚听到这个消息后，万分惊慌，她不愿回到她父亲身边，她要和心爱的人在一起，于是她来到王宫找到了王后阿瑞忒，她跪在王后面前哀求道：“我求求您，不要将我送回，否则我会死无葬身之地的。我知道我已经犯下了滔天罪孽，但我也不是那种十恶不赦的人。我与伊阿宋诚心地相爱，他决定带我回希腊成亲。我知道我的罪孽不可饶恕，求求你给我一次机会，愿神祗保佑你长寿，我会永远记住你的。”
王后被她所打动了，决心帮助她。美狄亚又来到英雄们中间，向他们求救。英雄们都表示不会袖手旁观，他们说，他们决不会让科尔喀斯人带走她的。
晚上，国王与王后谈到了这件事情。王后将美狄亚的话原原本本地告诉了国王，国王也决心帮助美狄亚。国王说：“为此我们可能会与科尔喀斯人刀枪相见。而且埃厄忒斯也不是好惹的，他拥有一个强大的王国，弄不好我们会惹祸上身的。这样吧，为了不违反公正原则，我决定，如果这女郎是处女，她将回到她父亲那里，如果她已成为伊阿宋的妻子，那就让他们远走高飞吧。”
阿瑞忒晚上派使者去告诉了伊阿宋他们。迫于形势，大家都同意了国王的决定，于是就在那晚上，在俄耳浦斯优美的琴声中，伊阿宋与美狄亚真正成为了夫妻。
第二天上午，阿尔喀诺俄斯岛上人潮涌动，熙熙攘攘。那是因为宙斯把这件事告诉了天下，使得许多人都赶来聆听国王的判决。
国王手拿黄金王杖坐在宝座上，当祭献完毕，伊阿宋来到他面前大声宣布美狄亚已是他的合法妻子。
国王又询问了几个证婚人，于是宣布道：美狄亚是伊阿宋合法的妻子，她将随丈夫一起去希腊。岛上的科尔喀斯人要么乘船回国，要么留在岛上成为和平居民。
科尔喀斯人由于没能带回美狄亚，害怕国王的惩罚，只好留居在岛上。于是，一切都归于平静。伊阿宋与美狄亚在岛上度过了美妙的浪漫的七天后，与阿尔喀诺俄斯国王及王后依依惜别，又踏上了归国的坎坷路程。
阿耳戈号在海上经过无数天的航行后，远远又能望见故国的高山了，这使他的非常兴奋。然而宙斯并不就此罢休，他又掀起了一阵强大的暴风雨。
船在暴风的吹拂下漫无目的地漂流了九天九夜，当英雄们能控制自己的船时，发现自己已来到了一个陌生的水域。
那是在非洲的沙漠地带的绪耳提斯海湾，那里有黑色的沼泽地以及一望无际的沙漠，周围荒凉空旷，寂静无声。阿耳戈号在海岸艰难地航行着，船底发出与沙石摩擦的刺耳的声音。
阿耳戈号的搁浅使英雄们感到末日的迫近。他们悲叹如果死在这个沙漠中实在是他们的不幸，因为勇士应该死在战场上而不是在沙漠。最先发出悲声的是掌舵人：“我们完了！潮水退了，我们拿什么回家呢，难道我们可以在沙漠上行船吗？我不想干了，谁想掌舵的话就来接替我吧。”
死亡的阴影笼罩在英雄们的心头，大家无助地睡在沙滩上，互相握手道别，因为他们都觉得自己将不久于人世。远处传来了阵阵抽泣声，那是美狄亚及其侍女正悲叹自己的厄运。夜幕降临了，在饥饿与哀伤中众人都沉沉睡去。
第二天中午，人们正睡在沙滩上等死，伊阿宋头上的斗篷突然被人掀开，那是三个半神半人的仙女。她们对伊阿宋说：“可怜的人，你们正遭受着痛楚，然后事情终会结束的。当海洋女神从波塞冬马车上解下马匹时，那就是你们回归希腊的时刻。不要悲观失望，要振作起来。感谢孕育你们的母亲，你们将靠她逃离这里。”女仙话刚说完就消失了。
伊阿宋连忙起来，将所见到的告诉同伴们。英雄们得到女仙的启示，精神振奋起来，却不知神谕所指出的路何在。
正在这时，奇迹出现了：一匹有着金色鬃毛的高头大马从海中跃起，直奔沙漠而去，它那身上的水珠不停地往下落，更增加了它的神骏。
珀琉斯恍然大悟，他大声叫道：“我明白了！海洋女神放出波塞冬的骏马一定是来指明前进的方向。孕育我们的母亲，当然就是指阿耳戈号了。女仙的意思是我们不能舍弃大船，也就是要我们扛着船顺着神马的足迹前进，我们有救了！”
英雄们扛起阿耳戈号，朝着神马的方向前进。神祗赐予他们力量，因而当他们走了十二天十二夜后，他们终于来到了特里托尼斯海湾。他们欢呼起来。于是众人分头去寻找水源，因为他们已经渴得不行了。
俄耳浦斯来到了一个圣园，金嗓子的赫斯珀里得斯的女儿们住在这里。于是俄耳浦斯请求她们带他去寻找水源，她们答应了，其中的埃格勒还告诉他一件奇异的事。
原来前一天，圣园里来了一个野蛮人，他杀死了巨龙，并盗走了金苹果。在沙漠中，那野蛮人口渴难耐，于是就用脚踢岩石，说来也怪，那石缝中真流出了水。于是他喝了个半饱就躺下休息了。
埃格勒将他们带到了石缝处。英雄们又一次得救了，他们一拥而上，捧水狂饮。伊阿宋问道：“那野蛮人长得什么样。”埃格勒回道：“他肩披狮皮，手执棒箭，看起来力大无穷。”英雄知道，那是赫剌克勒斯。
“是他救了我们的命，我们分头去找，说不定还能找到。”有人提议道。
于是大伙到处寻找，结果大家都跑了很远也没有找到，只有“千里眼”林叩斯说曾远远见过他。他又说追上赫剌克勒斯已经是不可能了。众人都觉得非常遗憾。
阿耳戈英雄找到了水源，又将大船驶入大海踏上归程，不幸的是其中的两位英雄永久地倒下了。他们埋葬了死去的同伴，怀着沉重的心情上了船。
然而祸不单行，由于海上吹起了逆风，船根本无法离开港口驶入大海。俄耳浦斯想出了一条好主意：将船上最大的三脚祭坛献给当地的神祗。
祭献引来了海神特里，特里化为一个青年，将一块土赠给了欧斐摩斯。
“我是这里的海神，”青年说，“你们往海湾的深处划吧。我会送你们一阵风，你们会顺利找到出口并抵达伯罗奔尼撒的。”说完海神就消失了。与此同时，海风突然改变风向，将阿耳戈船直送向大海深处。
阿耳戈船经过卡耳帕托斯海岸时，发现了美丽的克瑞忒岛。此时英雄们都已疲惫之极，很想去岛上休整一下，但是当船一靠近海岸时，一块巨石从天而降，差一点将船砸翻。
原来岛上有巨人塔罗斯守卫，他是由宙斯派来守护欧罗巴的。塔罗斯全身都是由青铜构成的，因而刀枪不入，他昼夜不停地在海岸边巡逻着。然而他有一个致命的缺点：脚胫有一块地方是肉，那里有筋脉和血管。