少林寺一共设有两院四堂。两院是观音院、普贤院，四堂是达摩堂、罗汉堂、药济堂、戒律堂。
观音院专门管对念经颂佛，弟子佛法的考察，招待香客，以及少林寺对外的交流活动和大小典礼的总策划，玄证便是观音院住持。
普贤院专门管理少林寺的财政，支出或收入，以及势力范围内的客栈、田产、门派之类上交的财务，也都是由普贤院管理。此外，普贤院还管理修建工程和采购生活用品。管院是俗家弟子苏克。少林允许俗家弟子担任职务，甚至专门设立了由俗家弟子担任职位时的称呼：两院是管院，四堂是堂总，若是当上方丈，俗家弟子便是僧守，这是前朝立下的规矩，但是俗家弟子虽然不用守严格的清规戒律，但是也要进行佛法修为的考察。
达摩堂首座为不空，副座就是已经身亡的玄明。达摩堂专管寺内人员调动与考察，也负责教授弟子武艺，但达摩堂教授武学的弟子要经过一定考核，一般弟子25岁前能通过，资质差的，28岁再怎么也过了，达摩堂由于专管人员调动和考核，实权比较大，历来方丈和僧守继任前都要先去达摩堂。
罗汉堂专门管理寺内的安保工作与弟子的教授，寺内大小安防工作以及外出征讨都是罗汉堂带队，罗汉堂的首座是七玄中武力仅次于玄悲的玄苦，副座是俗家弟子单凌。
戒律堂主要管理少林寺大小事物的处理，由于朝廷不管江湖之事，所以戒律堂要负责势力内各种死亡案件，也要制定门规，擒抓叛逃弟子与囚犯，首座是玄寂，副座是玄观。
药济堂是少林寺主管医药治疗的部门，不虚医术名震天下，是药济堂的首座，可是由于玄悲闭关，不虚成了代理方丈，所以药济堂是玄因来管。
由药济堂首座升为代理方丈，这是一个十分稀奇的个例，但不虚本人就是一个特殊的人，他十八岁入寺，十九岁学完少林七十二门绝技，易筋经大成，众人觉得他天赋异禀，称他为「再世达摩」，二十岁参加武林盟的天下第一之争，夺尽刀、拳、掌、剑等所有天下第一之项，成为名副其实的天下第一!少林寺有易筋经与洗髓经两大神功，易筋经保存完整，虽然达摩所著的原本已经烂得缺失了许多，但是好在还有抄录的副本保存，但是洗髓经的原本已经被虫蛀烂，残缺严重，副本又因为几经战乱遗失，所以就此失传，直到——不虚加入少林，不虚二十三年那年，他完成了一项震惊少林甚至全武林的事情，他依照洗髓经的残本，完完全全复刻出洗髓经，这一神功竟然就此复活!从此，不虚成了武林中一带神话。
铛——铛——
少林寺晨钟敲响，几名高层也来到达摩堂内间。
“好久没来了，”玄悲道，“还是一个模样。”
“师伯这次闭关，有什么新的体悟吗？”苏克问道。
“你是……苏克？”玄悲反问。
“是了，以前被玄明师傅捡回来养大的苏克。”
“我记得那年雪是最大的，你都这么大了……”玄悲望了一眼苏克的位置，说道，“当上普贤院管院，不容易，看着你那么大了，我倒是有些感触？”
“啊，”苏克忙道，“是苏克多言了。”
“哈哈，不是这个缘故，只是感觉自己老了。”
“师兄，”玄苦听出来玄悲话中的含意，问道，“邀我们来，有什么要紧事吗？”
“是啦是啦，”玄悲道，“我今年多少岁了？”
“应该是一百二十五岁了。”年纪最大的玄寂道，玄寂90岁出头，在玄悲面前也算年轻。
“一百二十五岁，这可不少了，我已经感觉到日子了，少林寺方丈，究竟要谁继承，今天就先决定吧!”
“这……当然是不虚师兄。”不空道。
“不虚的性格，在座各位都知道，天性放荡，可以救一时水火，但不能稳固基业，我认为不空你最合适。”
“不空能力不足，修为有限，只要能为不虚师兄分忧，已经是心满意足了。”
“众人，你们认为如何？”玄悲问道。
“这……”众人都支支吾吾，讲不出话来。
玄悲看过了半个时辰，总是没有结果，便又道：“算了算了，不虚有能力，不空踏实，在不字辈的弟子中，只有这两人我十分看中，如果实在绝定不下来，我就自行决定吗？”
“师伯，”苏克道，“我还有一人推荐。”
“哦？是谁？”
“达摩祖师留两器，一为绿玉初祖刀，二为赤霞达摩剑，两把兵器是少林信物，只授予掌权人，但两名持有者外出游历，两把神兵不能带出少林，所以是不空师兄保管，不虚是初祖刀，那达摩剑呢？”
“这也不失为一个考量，不觉性格刚烈，不适合做方丈，但或许刚烈的性格也能使少林寺有新的面目。”
“哦豁，老爷子出来了？”不虚缓缓走进来。
“又有什么事出去了？”玄悲问。
“天之殇的事情，糟心。”
“怎么样啊？”
“没事，但是用天之殇的人是雷徹斌啊!”
“你的情况我知晓，他怎么样了？”
“不怎么样，所以才飞速赶回，先讲一声，免得你们担心。”
“怎么回事啊？”苏克道，“你又要走？”
“苏克，我有我的情况。”不虚道。
“不虚，你进寺多少年了？”
“十八年。”
“唉~十八年了，我也老了，位置，该是你们年轻人的了。”
玄悲离开大殿，会议就此散场。
晚上，不虚为玄悲洗澡，玄悲虽然百岁高龄，身体却很壮实，丝毫不显老，但时间的消磨，只有不虚看得出来。
“不虚，你又胖了。”玄悲笑道。
“师父，你知道我减不下来的。”
“哈哈哈哈。”师徒两人笑着。
“不虚啊，少林方丈，你觉得谁最合适？”
“不空。”不虚不假思索的说道。
“不对，是不虚。”玄悲道。
“不虚只能解急，不能长久守护少林。”
“能让保少林安稳的人多了，但能解决不安稳的人却少得很。”
第二日，不虚走了，玄悲叹了一口气，道：“有些事，不是想不想，更是要不要啊!”