改变还是革命，到底应该怎么办，章太炎在思考和探索中。这时候他想起那些在各地担任督抚的汉族大官僚，他们是有可能反对清朝统治的，如果一些本来也赞成变法的封疆大吏起而支持变法，那么凭借他们的实力，很快可以取得成效。他首先想到李鸿章。因为他与李鸿章的侄女婿孙宝渲要好，从孙那里知道一些政坛内幕。例如孙说他曾在入京考试时看望过李鸿章，言谈中说起上海变法运动开展的情况。李鸿章听了叹道：你从上海来，发什么高妙的议论，到这里都没有用。我们大臣，是天子的牛马，你们呢，只是牛马身上的虮虱。听起来像是赞同维新变法的。
于是，1898年初，章太炎给李鸿章写了一封信。信中申明自己联日抗俄的主张，并希望李鸿章出来旋转逆流。但他的信如泥牛入海，杳无回音。
正处在无所适从状态的章太炎，又想到另一个有维新举动的大官僚，时任湖广总督的张之洞。正好，他的一个旧相识钱恂在张之洞幕府里，招他到武昌协办《正学报》。章太炎觉得这是一个施展才华的好机会。
章太炎在学问上属古文经学派，与康有为不同，这是张之洞聘他办报的一个借口。至于他在学术上的名气，张之洞起初还不甚了然。一次他在会见陈衍时，说起想招揽天下有学问的人，请陈衍为他介绍，陈衍举出陈三立、孙诒让、皮锡瑞等，又特别推荐了章太炎。张之洞听后说：“梁启超这个人观点不通的地方很多，但他的文字还不错，章太炎这个人文字怪异，您为什么提到他呢？”陈衍回答道，太炎读书，比梁启超多而且好，并拿章太炎写的《左传》笔记来给张之洞看，其他几位幕僚夏曾佑、钱恂等也在张之洞面前大力称赞章太炎。张之洞终于拿定了主意。
张之洞好名。他素以维新运动的支持者自居，在资助强学会、兴办新学堂和书院、译印西方书籍以及编练新式军队等方面，他都做了不少事。所以维新派人士有了困难，愿意往他这里跑。此时，他手下就聚集着一批这样的人。
章太炎到达武昌，受到张之洞的热情接待，被安排在湖北铁路局，担任《正学报》主笔。他本以为可以有一番作为的，但不久就发现，他的观点与张之洞及其手下的一伙人大相径庭。
张之洞创办《正学报》，目的是攻击康有为的今文经学说；而此时章太炎虽然同康有为在学术观点上有矛盾，但对其变法维新主张还是支持赞同的。
张之洞这时正忙于刊刻他的“传世之作”《劝学篇》。该书分内、外两编，内编有《同心》《教忠》等9篇，宣扬保国保种的思想；外编有《益智》《游学》等15篇，主张变法和设立学校等。张之洞自己阐明主旨说“内篇务本，以正人心；外篇务通，以开风气”，想把中学和西学调和起来，“中学治身心，西学应世事”，就是后来所说的“中体西用”。归根结底是不愿触动专制统治的根本。
张之洞在撰写该书的过程中，曾将草稿给章太炎过目，章太炎见上篇里面有很多效忠清室的话，不愿加以评论，只说外篇翔实。张之洞听后很不高兴，因为内编是他这本书的立论根据。
当面不评论，是讲礼貌、留面子。背地里，章太炎对总督的主张颇有微词。他日后记述道：
张之洞始为《劝学篇》，以激忠爱、摧横议，就余咨度。退则语人：“宙合皆含血，生于其洲而人偶其洲，生于其国而人偶其国，人之性然也。惟吾赤县权舆，风、姜以来，近者五千祀，沐浴膏泽，沦浃精味久矣，禀性非异人。古之谟训：上思利民，忠也；朋友善道，忠也；憔悴事君，忠也。今二者不举，徒以效忠征求氓庶。且乌桓遗裔，蹂躏吾族几三百年，茹毛饮血，视民如雉兔。今九世之仇纵不能复，乃欲责其忠爱？忠爱则易耳，其俟诸革命以后。”闻者皆怒，辫发上指栋。
这些话，张之洞的幕僚听了，都非常震惊。平时热衷宣传忠君思想的梁鼎芬和朱强甫，把章太炎的话报告给了张之洞。
张之洞派人来问，章太炎毫不隐瞒，一一据理陈述。一次，梁鼎芬问章太炎：“有人说康有为想做皇帝，有这事吗？”章太炎答道：“只听说他想当教主，没有听说他想做皇帝。其实一个人有帝王思想不足为怪，但想当教主，却未免有点想入非非了。”在章太炎看来，想当帝王是很平常的事；而在梁鼎芬看来，真是大逆不道。他当即指责说：“我们生长在大清朝，受着它的恩惠，怎么说出这样悖逆的话！”他将这次谈话的内容报告给张之洞，并说章太炎这人常有欺君犯上的言论，不能重用。
张之洞感到事情的严重，下了驱除章太炎的命令。他送给章太炎500元的盘缠，算是购买他研究《左传》的稿子。但是，梁鼎芬不甘心，派人截住章太炎，将这笔钱扣下来了。
章太炎兴冲冲地赶来武昌，却只停留了近一个月，失望而归。在孤独的旅途中，他写了《艾如张》一诗，最后几句是这样的：
皇穹鉴黎庶，均平无九服，
顾我齐州产，宁能忘禹域？
击磬一微秩，志屈逃海滨。
商容冯马徒，逝将除受辛。
怀哉殷周世，大泽宁无人？
“殷周世”当指殷周交替时的革命，而“大泽”，是陈胜、吴广起事的地方。章太炎从几次努力几次都失败的经验中隐约地感觉到，也许革命是改变现实的唯一道路。