虽然如此，胡适仍一如既往，对发展我国科学还是满腔热情的。1947年他又向国民党当局建议，以北大物理系为基础，广泛罗致人才，研究原子能，发展国防工业。为此，他向白崇禧与陈诚写信，请他们将他的意思转达给蒋介石。他在信中说道：“我今天要向你们两位谈一件关系国家大计的事，还要请你们两位把这个意思转给主席，请他考虑这件事。简单说来，我要提议在北大集中全国研究原子能的第一流物理学者，专心研究最新的物理学理论与实验，并训练青年学者，以为国家将来国防工业之用。”接着他开列一份拟从国外聘请回国学者的名单，并阐述其计划。他说：现在中国专治这种最新学问的人才，尚多在国外，其总数不过七八人，切不可使其分散各地，必须集中研究，始可收最大的成效，并称现在欧美的学者：钱三强、何泽慧、胡宁、吴健雄、张文裕、张宗燧、吴大猷、马仕骏、袁家骝等人，有的已接受北大聘约，有的答应来北大任教。因此他建议把北大作为原子物理的研究中心。人才罗致，由北大负责。至于此项研究与实验，所须有之最新式设备，请从国防科学研究经费项下拨出美金50万元作为研究经费。胡适的计划说得倒顶好，但国民党拿不出钱来也是枉然。
上述计划失败后，胡适还不甘休，1948年他又到“中华教育文化基金会”去活动，结果得到“中基会”25万美元的捐款，作为几个大学的复兴经费：北大10万，中大、武大、浙大各5万。当时北大决定不分散此款，把它全分给物理系，作为建立现代物理学之用。吴大猷这时正在美国，胡就请他与吴健雄商量，在国外购买所需之设备。但由于国内形势急转直下，国民党所进行的反共、反人民的内战由于不得人心很快被人民解放军击溃了。在这种形势下，胡适的科学计划又落空了。他感到很失望，后来回忆说：“不幸这个好梦丝毫没有实现，我就离开北大了。1949年2月我打电报问大猷此款已花多少，买了多少东西。回电说，因为计划很周到，10万元尚未动用。我就把这10万元还给中基会了。”（《胡适的日记》1962年2月5日）这件事就这样的完了。
胡适出长北大后，他一方面主张集中科技力量，在北大以物理系为基地迅速发展国家的尖端科学，以追赶世界的先进水平；另方面主张实行教育改革，以培养出更多的人才来为国家建设服务。因此，在1947年8月他到南京出席中央研究院院士选举筹委会时，曾亲自向蒋介石与张群提出过他的“十年教育计划”的主张，但蒋未置可否。后来他回到北平又写成文章，以《争取学术独立的十年计划》公诸于世向社会征求意见。他说，“我很深切的感觉中国的高等教育应该有一个自觉的十年计划，其目的是要在十年之中建立起中国学术独立基础。”至于“学术独立”的内容包括些什么？他说，必须有四个条件：（一）世界现代学术的基本训练，自己大学能解决，不需要求助于外国。（二）受了基本训练的人才，国内应该有设备和师资，可做继续研究。（三）本国需要解决的科学问题，如工业、医药与卫生、国防工业等问题，在国内应该有专门人材与研究机构，帮助社会与国家求得解决。（四）对于现代世界的学术，本国学人与世界各国学人分工合作，共同担负发展科学的责任。为达此目标，需及早准备一个良好的基础，故而他提出：“中国此时应该有一个大学教育的10年计划，在10年之内，集中国家的最大力量，培植5个到10个成绩最好的大学，使他们尽力发展他们的研究工作，使他们成为第一流的学术中心，使他们成为国家学术独立的根据地。”其次，他还提出需要改革教育制度，其中包括“大学”观念的改变。他说：“今后中国的大学教育应该朝着研究院的方向去发展，凡能训练研究工作的人才的，凡有教授与研究生做独立的科学研究的，才是真正的大学。凡只能完成四年本科教育的，尽管有十院七八十系，都不算是将来的最高学府。”于是他提议在学校里，大大减除行政衙门的干涉，而多多增加学术机关的自由与责任，且设置博士学位制度，以此来提高各大学研究所的尊严，以减少出洋镀金的社会心理。最后强调说，这个建议里最重要又最简单易行而收效最大最速的是：用国家最大力量培植5个到10个大学的计划。这一点如果能实现，“10年之后，我相信中国必可以在现代学术上得着独立的地位。”
胡适在此方案提出之前，对于其中的内容经过记者的采访已在报刊上报道过。当时说得比较具体，如在10年教育计划中，先集中力量培植5个大学为北大、清华、浙大、中央、武大。其次，关于经费问题，他认为可以从改变留学政策中想办法：据估计中国当时花在留学生身上的外汇，每年约为400万美元。这是一笔不算小的开支。他主张缩减这部分开支，把这些钱用来发展国内的大学。他的上述意见在报上披露后，引起舆论界广泛注意，许多报刊发表社评，尤其教育界人士对于此计划更感兴趣。值得一提的是远在美国的留学生，有一位名叫文长的写信给胡适表示赞成他的10年教育计划。他在信中说道，到美国来，从开始一直到现在，我的一句总感想是：“如果我们这一辈子在这里留学的，结果不能使下一辈不再来外国讨教育，则是我们这一辈的奇耻大辱！”这话我对许多中国同学谈过，他们也有同感。这不是一时愤激的牢骚话，而是历尝甘苦之后体会出来的。可见胡适提出学术独立的主张是有深远意义的。但也有人提出批评，其中最有代表性的是原中山大学校长邹鲁和南开大学教务长陈序经。邹主要是批评胡提出的5个大学按地区来说分配不公平。他认为胡适提出的方案，北方有北大、清华；华中一带有中央、武大、浙大，唯独南方没有。因此他质问胡适说：既然要政府全力协助5个大学发展，为什么北部中部可帮助，而南部独不可以帮助呢？于是他指责胡适有成见。意思是：过去胡适南游时到广州，因吃了中山大学的闭门羹（取消了原请他的演讲），故今日拿此来报复中大。当时邹鲁任该校校长，所以他说我不得已有此商榷。至于陈序经，他主要提出两点意见来与胡适商榷：一是，5个大学的根据何在？二是，关于留学政策问题。他首先质问说：“我们所不解者，是胡先生不知何所根据，而推荐这5个大学？胡先生抗战开始就出国，战后很久才作归计。10年来的中国真面目，或未必很了解，10年来的中国的大学教育，或未见得很能知道。若只凭着那‘一点偏私’的感情作用，而随便去提议，随便去推荐，这不只为了胡先生的地位与声誉而会引起很大重大的影响与不公平的结果，而且是失了胡先生的一向的‘拿证据来’的治学的精神。”并指出胡适反对近年来的留学政策，从表面上看起来，似乎很有理由，可是事实上也有很多的错误。他认为，400万美元虽是一笔大数目，但与政府每年无益的浪费，如贪污而浪费与因党争而浪费，及驻外国官员的浪费等相比真是微乎其微。所以他不同意节省留学生费用，而且主张多派留学人员到西方去学习。他说，在一个相当的时期里，充实国内大学的设备固然很重要，而出洋留学尤宜注意。我们不要忘记世界学术而尤其是自然科学日新月异。最后他意味深长地说：康有为只靠广学会所出的几本翻译书籍而提倡维新，故后来成了开倒车的典型人物。梁启超上了东洋漆，勉强读日文，所以在日本办新民丛报时成为国内新思想界的彗星。然而正如梁氏自己所说，对于西洋的认识太浅。只拾日人的一些唾余，来源易枯干，结果是一代介绍西洋思想的大师，后来不得不跑回线装书里讨生活。最后大声疾呼，希望中国青年要往东跑，不要学西洋人的把戏。至于胡先生，他认为一直是站在学术界的前线的人物。所以他说：介绍新思想方面来说，康有为比不上梁启超，梁启超比不上胡适之，这并不是一件偶然的事，我们希望胡先生不要忘记这一点啊。言下之意，希望胡不要走回头路。因为胡适反对派遣留学生，又死抱着线装书《水经注》不放，这都是思想退化的表现，所以他特别提出康、梁来议论，其用意是在提醒胡适不要倒退。上述邹、陈二人从不同的立场出发发表文章和谈话，当时在舆论界很引人注目。邹是国民党政府委员，广东人，他的意见显然是在维护中大，为中大鸣不平。在这点上，陈也是站在南开立场，那是没问题的。此外，陈还是一位坚持全盘西化的学者，因此，他的批评比邹更进一步，从文化观念去分析，于是引起胡适的重视。所以他后来写的书面计划没有提名是哪5个大学，而只是说在10年内培植5个到10个成绩最好的大学，说明接受了批评。至于经费改变留学政策却只字不提了，只是说：我深信用国家的大力来造成5个到10个第一流大学一定可以在短期内做到学术独立的地位。显然这也是接受了陈的批评。既然没有具体主张，各方面对他的方案也就没有什么意见了。而剩下来的问题就得看国民党政府是否能接受了。为了了解政府的态度，记者访问胡适时，问他“蒋主席可接受您的建议？”胡适没有回答，只是笑了笑！记者又问他“今后在学校教育方面有什么改革计划？”胡适说：“教授们吃不饱，生活不安定，一切空谈都是白费。”由此可见，计划再好、再周到，没有经济基础也是没有用处的。胡适抱着满腔热忱，想去实现他一向主张“教育救国”、“科学救国”的愿望，但处在国民党反动统治下，不要说这么大的计划实现不了，就是他想在北大建造一个大礼堂作为学生活动的场所，这样的一个愿望结果也没有实现，真是做了一场梦。