蜂巢明面上的最底层，人工智能红后主机所在的机房中。
这台原本应该被烧掉的主机，此时已经被刘超接管了，存在于其中的不再是红后，而是零儿分离出的一个子系统。
由于刘超没有合适的，属于自己的硬件可以安放子系统零儿。毕竟在这之前，刘超也不知道零儿是否可以通过这种方式出现在私人空间之外的世界。所以，刘超只能让零儿暂时存在于这台主机之中，正好顺便掌控住这个大型跨国集团公司的资料和科技。
刘超首先让零儿检查了主机的控制范围，看看这个主机是否能够找到下方隐秘空间中的另一台主机，并控制其中的红后。同时，是否能够链接到安布雷拉的卫星，然后找到其他的基地。
没过多久，零儿就告诉刘超，她已经掌控了蜂巢上下所有的设备，并且在没有被其他人工智能发现的情况下，入侵了保护伞公司所有的卫星并掌握了其他基地的情况。现在，安布雷拉公司在零儿面前，已经没有了秘密，只要秘密存在于服务器和网络中。
对于零儿的给力，刘超很是开心。前世看小说的时候，就幻想过有一个属于自己的超级人工智能系统，可以在网络中随心所欲却不被任何人发现。如今也算是实现了这一梦想。
刘超通过零儿的提示，找到了一个无线耳麦，这样就可以实时和这个零儿沟通了。虽然没有这个，刘超也可以通过神识扫描知道零儿说了什么，可神识却无法和系统零儿直接沟通。毕竟这蜂巢内，还没有做到全覆盖式人机交互，刘超在一些时候，就无法做到实时下达新指令了。
做好了准备，刘超走到激光通道外面的控制台处，让零儿打开了通往更下方的秘密空间的机关。随着机关启动，控制台开始整体下降，进入了安布雷拉公司最高绝密部位。
随着控制台的下降，一层一层的环形平台出现在刘超的眼前，在每一层的平台上，都有数十近百的冷冻仓竖立着，而每一个冷冻仓中都有一个所谓的精英在休眠。
刘超大概扫描了一下，这样的冷冻仓有数千之多。其中的所谓精英们在这里等待重新苏醒的日子来临，那个时候，地球上面就只有他们这些人了，所有的资源就可以任由他们享用了。
也不知道他们休眠的时候会不会做梦。不过不管会不会做梦，醒来的时候，绝不会是他们想看到的场景就对了。
控制台持续下降终于到达最底层，刘超顺着通道进入到了总控制中心。零儿早已在中控屏幕上出现，等待刘超的进一步指示。
在刘超走过的通道两边，各有一台冷冻仓，其中一台休眠着这次生化危机的提出者，另一台则休眠着安布雷拉公司另一个创立人员的女儿爱丽莎，而她正是爱丽丝的主体。
刘超的到来，没有惊动这里的任何警报，因为零儿已经代替红后，掌控了这里的一切设备。可人还是无法被她掌控的，所以，威斯克基于对这里的熟悉，还是发现了情况有些不对。当他从一处房间中出来的时候，正好看到刘超让零儿将伊萨克博士和爱丽莎唤醒的场景。
威斯克在原电影中还是有些能耐的，接受过改造的老威能把完美融合了T病毒，身体素质得到了极大开发的爱丽丝给打败。结果却因为被解雇，所以被红后操控防护门给压得不能动弹，最后死在了爆炸中。
现在刘超到来，他那点战斗力就完全不够看了。虽然他在发现不对的时候，就已经想要对刘超出手，可刘超发动念力直接就让他无法动弹了。而他被控制住的同时，两台休眠仓也被零儿操控开启，伊萨克和爱丽莎分别醒来。
对于造成末日的主谋，刘超并没有什么好说的，直接发动念力控制了起来。能把爱丽丝打得几乎毫无还手之力的伊萨克博士，醒来还没明白发生了什么事，就感觉自己无法动弹了。然后，他就和同样一动不动的威斯克呆到了一起。
而对另一边的爱丽莎，刘超其实也没什么好说的。只不过爱丽丝是通过她的基因调制而成的，原电影中终结生化危机也有她的一份功劳，同时刘超也明白，她对于事情的发生是完全没有能力阻止的，所以才和她交流了一番。
当她知道了刘超的来意，并且得知了事情的经过，当即就告诉刘超这里其实有解毒剂，可以终结外界的T病毒。而刘超其实早就已经通过神识扫描找到那管解毒剂，并且拿到手了。因为，他正是为此而来的。
虽然不知道刘超为何好像什么都知道，并且还用其他的人工智能控制了这里所有的设备。可爱丽莎并不在乎那些，她只希望那个丧心病狂的计划能够被终结。至于已经因此而死掉的人，她表示愿意用生命赎罪。不过在那之前，她还是通过设备转移出了自己童年时候的记忆，并且希望刘超能够帮忙转交给爱丽丝，让她的人生能够圆满起来。
刘超答应了她的请求，也没有多劝解什么，她做出的决定其实已经是深思熟虑过的，刘超就算这次拦住了，人家以后依然也会找机会回归主的怀抱，总不能一直看着她吧？
最后，她回到冷冻仓，然后在刘超的允许下，零儿在她休眠后，断开了维生设施，之后刘超出手，将这台冷冻仓彻底封死了。
处理完爱丽莎的事情，刘超依然没有理会伊萨克和威斯克，他直接吩咐零儿，将上面所有的休眠仓以及更上面所有的房间门，还有培养皿都打开。只保证通往外界的防护门关闭就可以了，最好能够把开门密码全部换了，让不管内外的人，都只能通过机械甚至暴力方式打开那些防护门。
刘超扫描过蜂巢外面的所有防护门，知道以威斯克和伊萨克的实力，是无法通过暴力打开任何一处大门的。这就让他能够放心的将所有丧尸和舔食者都放出来，陪他们这些精英玩耍了。而这就是刘超对他们的惩罚。
大门打不开，人工智能也绝不会听他们的命令，就算他们在外面的克隆体会按照计划，用战术核弹轰炸蜂巢，可这下面的绝密空间依然会保存完好。而就算他们能跑出去也没什么大不了的，因为在那之前，刘超已经将解毒剂释放了，他们这些主动接受了T病毒改造的人，也不会有生存的机会。
毕竟他们不像爱丽丝那样，只是感染了T病毒，病毒被清除并不会影响生命。他们可是连身体构造都不一样了，甚至基因层面都有了修改。当支撑他们的T病毒被清除，基因崩溃之下，哪还会有命在？即便再退一万步，他们真的被主保佑，没有死。不说刘超会不会出手终结他们，活下来的所有人都不会放过他们。
到时候，没了病毒改造带来的能力，他们能打得过谁？就算跑，难道还能跑出地球去吗？既然做出了灭绝全人类的事，就要做好被所有人报复的准备！
至于地面上的其他人为何会知道，那当然是刘超的计划了，这也算是一次尝试吧。零儿会在特定的时间，把先遣队进入蜂巢之后所发生的事情上传到网络中，并且会对前因后果进行完全的解说。
也许一开始不会有多少人信，以为这不过是个恶作剧，或者是什么电影的宣传片，甚至以为这是某种阴谋。但是，当病毒全面爆发的时候，谁还会不信呢？想不信都难了。
安排好了这里的事情，神识中也扫描到丧尸已经出笼，数十头舔食者更是全部都从培养皿中跑了出来。刘超再看到一个个苏醒的精英们，茫然的走出冷冻仓，不由得用念力敲打通道，吸引着丧尸和舔食者到来享用大餐了。
当第一头被吸引过来的舔食者，扫描到下方有着那么多的食物之后，刘超就带着解毒剂瞬移走了。不过没一会儿又回来了，手中还提着一个人，正是之前放在了山林中的史宾斯。把他穴道解开，刘超再次瞬移走了，估计今后还有可能再瞬移过来的。
刘超带着一台从蜂巢中顺来的移动智能终端，出现在了一处山林之中。零儿掌握了卫星，可以通过这台终端和刘超联系，并接受刘超的指令。既然开发出了零儿的一种新作用，刘超当然会想办法把这个作用尽量发挥出来。不过，那要在生化危机世界之后了。
现在，刘超要想个好办法把解毒剂尽快的释放出来，这样才会救更多的人。可是，在刘超的印象中，病毒爆发的速度是非常快的，只在数天时间就席卷了全球。这也是政府完全没有能力组织有效的应对的原因，因为实在是发生的太快太猛太激烈了。
可这个解毒剂要想覆盖全球，只通过自然风的输送要花上好几年，而到那个时候，黄花菜都凉了。
刘超虽然可以通过瞬移来尽量扩散，可全球城市还是挺多的，一处地方释放的少了，扩散开也是需要时间的。而且瞬移再怎么快，全球那么多的城市，一处就算只去几秒钟，全部走完也要几天时间吧？这样依然是来不及的。
至于通过零儿掌握的资源进行制造，这个刘超也了解过了，可以造，但是要花费近月的时间。这还不如刘超的办法快呢。
经过零儿的反复计算，刘超也思考了很久，最终得出结论，不可能在爆发开之前就把解毒剂完全扩散开，只能有所选择了。
而既然要选择，刘超完全不用想该怎么选。