王敦大怒，骂道：“他们都是前朝重臣，和我们不是一个心眼，吃我的饭，怎么尽向着他们说话。来人，把王峤杀了！”
一时间没人敢站出来替王峤说话，还是谢鲲站出来劝说：“王峤一时糊涂，说了错话，还是看在以前有功的份上，免了他的罪吧！”
王敦这才哼哼唧唧，此事罢修。
司马睿还是要和王敦打交道呀，他想到王彬是王敦的堂弟，就派他去慰劳王敦。王彬一向与周岂关系很好，他先去城外吊唁周岂，恸哭一番，才进城去见王敦。王敦看到王彬眼睛红红的，感到奇怪，问：“兄弟呀，出了什么事？”
王彬说：“我这是为好友周岂而伤心啊！王敦大哥，你不该这样，领兵冒犯建康，知道这是什么罪吗，这是犯上作乱，满门抄斩的大罪。亏着大哥王导领着我们求元帝网开一面，亏着周岂给我们说好话，才免于灭族之灾。要不是周岂，怕是王家人早就绝了，你现在却杀了恩人周岂，怎不叫我伤心万分。”
王敦闻言大怒，大骂道：“好你个王彬，本是我的兄弟，却帮着外人说话。来人，推下去斩了！”
王导生怕王敦盛怒之下斩了王彬，赶紧过来解劝：“兄弟息怒，王彬年轻，难免说了错话，还是看在兄弟的份上，免了他的罪吧！王彬啊，快给王敦哥哥赔个礼，认个错。”
王彬却不理这一套，气哼哼地说道：“自从我患了脚病以后，见到天子都不想下跪，还能给你跪下。况且，我说这话，都是为了王家，有什么好道歉的。”
王敦冷冷地说：“你跪下来脚痛，总比脖子痛要好些。”
再说镇守襄阳的甘卓，本来在乐道融和邓骞的劝说下，率兵东下，他的军队一直前进到睹口。但是就在这时候，甘卓却命令军队停在此地，等待大军会合后，再领兵东下。可是，来自荆州各地的军队有远有近，一时间无法全部到齐，甘卓就在睹口停留了几十天。
而这时候，王敦已攻破石头城，进驻建康。
睹口离着沔口（湖北汉口）不远，王敦的老巢武昌感到压力很大，急忙向王敦告急。王敦就让参军甘卬前去劝说甘卓。甘卬是甘卓的侄子，见到甘卓后传达了王敦的意思。甘卓又一次动摇了，乐道融苦苦相劝：“此正是你立下千秋功业的时候，以我优势兵力，攻下武昌，就断了王敦的后路。既可以面对元帝，又可以不愧天下百姓，机不可失，时不再来也？”
而甘卓就是不听：“以我目前之势，还不是和王敦决战的时候。况且建康已被他占领，挟天子而令诸侯，我们更不得势。”
乐道融既回不是王敦身边，甘卓又不听他的，不久忧愤而死。
甘卓的数万大军集结在武昌附近，这一点让王敦仍然不放心。等他完全控制了建康后，就派人从皇宫中取出了 “驺虞幡”，命令甘卓退兵。
驺虞幡，是一种绘有驺虞图形的旗帜，代表皇帝的旨意，或用以传旨，或用以止兵。
甘卓已经听到了周岂和戴渊被害的消息，向甘卬哭着说道：“自己所忧虑的，正是今日之事。过去每次得到朝中人的书信，都关注着胡人的进犯，不料朝中竟然出了如此内乱。好在皇帝和太子无事，自己驻守在王敦的上游，他也不敢恣意危害朝廷。自己如果直接占领武昌，王敦走投无路，肯定会劫持天子。不如暂时回到襄阳，另做打算。”
于是，甘卓退兵回到襄阳，击败王敦的最后一丝希望也破灭了。
回到襄阳后的甘卓，感到无依无靠，脾气越来越暴躁。有一次照镜子的时候，突然看不见自己的脑袋，这让他很害怕。家人都劝他，要加强戒备，以免受到暗算，但是甘卓不听劝，反而解散军队，让他们从事农业生产。
襄阳太守周虑为了讨好王敦，趁着甘卓熟睡之际，就对甘卓的卫士说，湖中的鱼很多，让大家去捕鱼。然后，率众把甘卓杀死在卧室的床上，将首级献给了王敦，并将甘卓的三个儿子全部处死。
甘卓死后，王敦任命自己的亲信，原梁州刺史周访的长子周抚都督沔北诸军事，接替了甘卓的位置。
这时候，湘州刺史司马承仍然率领部众在长沙苦苦支撑。王敦见司马承不肯屈服，就让朝中的大臣给司马承和长沙城中的其他将领写信，告诉建康已经陷落，再坚持下去已经没有什么意义，以此来瓦解长沙守军的意志。
果然，在坚守了近百日之后，长沙军民苦等甘卓援军不到，又得知建康陷落的消息，都感到没了希望，士气逐渐低落。很快，长沙城被魏乂大军攻破，魏乂将司马承打入囚车，送往武昌。
而王敦怕再生意外，就让魏乂派人把司马承杀死在送往武昌的途中，死时年59岁。
司马承被杀之后，湘州刺史的位置空了下来，本来元帝司马睿下诏让陶侃接任，但是王敦不同意。陶侃在王敦之乱中，被司马睿任命为江州刺史，并派高宝出兵，然而，高宝所部直到长沙陷落也没抵达长沙。
王敦知道陶侃有武略，不可与司马承这些人相比，于是坚决不能让他在自己的掌控范围内横插一刀。司马睿没办法，只好让陶侃继续做他的广州刺史，王敦为了安抚他，给他加了一个散骑常侍的虚衔。
而湘州刺史的位置，王敦就给了南蛮校尉魏乂。魏乂拿下长沙以后，到处派人寻找邓骞的下落，邓骞的家人都为此感到担心，叫邓骞躲一躲。邓骞不躲，主动去见魏乂，魏乂也不和他计较，任命他为湘州别驾，没过多久，邓骞就说有病辞官回家。
王敦把内外事宜处理完毕，更加飞扬跋扈。他最宠幸的沈充和钱凤也鸡犬升天，凡以前得罪过他俩的，统统是个死。这二人又大造府邸，侵人田宅，发掘古墓，剽掠行市，使得士庶咬牙切齿，恨不得二人早早死掉。