于是，叶武听了爷爷的话，率领水军截住了孙恩陆军的退路和粮道，沿途袭扰。孙恩的水军既败，陆军又被断了后路，在叶枫、刘牢之、刘裕的三路攻击下，只能撤回海岛，再作打算。
这时候的东晋，还是一片混乱，内忧外患之中，内忧比外患还要严重。孙恩叛乱，始终剿灭不掉，还有愈演愈烈之势。而一些方镇世家大族，也看到东晋朝廷孱弱，想举兵造反，夺了朝廷的天下。
这时候的晋安帝司马德宗，才是一个19岁的孩子，荣华富贵的环境下，话都说不利索，连春夏秋冬都分不清楚，分明是一个长不大的孩子，哪能有什么出息。朝廷的大事，全凭着权臣会稽王司马道子和其子司马元显主持。
401年的桓玄，已经32岁了，正是当立之年。他长得相貌奇伟，神态爽朗，博通艺术，也写得一手好文章，对自己的才能和门第颇为自负，总认为自己是当世的英雄豪杰，当堂堂立于东晋众位方镇之上。
然而，由于父亲桓温晚年有篡位的迹象，所以朝廷一直对他怀有深深的戒心，而不敢重用。23岁的时候，他才被认命为太子洗马，几年后，才出任义兴太守，颇觉得不得志，曾经感叹：“父为九州伯，儿为五湖长。这样的官不当也罢！”
于是弃官回到他的封地南郡（今湖北江陵）。途中经过建康，拜见执政的宰相司马道子，司马道子酒喝多了，当着众人的面对他说：“你的父亲晚年想当贼，给你个太守你还不干，想怎么着？”
当时吓得桓玄跪地流汗不起。从此以后，他恨死了司马道子，深感到自己被晋廷疑忌，怕是一辈子不能重用，又上疏朝廷，说明自己冤枉，但奏书如石沉大海，杳无音讯。
桓玄住在南郡的治所，也就是属荆州管辖的江陵。当时荆州刺史王忱处处跟桓玄过不去，想出种种办法打压他。392年王忱病死，晋孝武帝打算以王恭接任。桓玄心想，王恭势大，要是他当了荆州刺史，自己更没有出头之日，当前之计，只有找一个相当弱势的人在荆州当家，自己才有施展的机会。
他选中了谁呢？选中的这个人就是和自己关系比较好的殷仲堪。
于是，桓玄派人入京去贿赂孝武帝所宠信的尼姑支妙音，让孝武帝任命“书呆子”气十足的黄门侍郎殷仲堪当荆州刺史，果然孝武帝听从妙音尼姑的意见，以殷仲堪为荆州刺史。殷仲堪对桓玄十分敬怕，而桓玄凭借父亲、叔叔常年治理荆州的威望，再加上殷仲堪的关系入主政治，亲自为殷仲堪出谋划策。
士民畏惧桓玄更甚于殷仲堪，而殷仲堪呢，更觉得离不开桓玄，对他言听计从，而桓玄也要借助殷仲堪的军力，处处取悦于他。
晋安帝隆安元年（397年），尚书仆射王国宝，倚仗会稽王司马道子的权势，畏惧青兖二州刺史王恭的军力膨胀，尾大不掉，计划削弱各方镇。桓玄认为机会来了，削弱方镇，不光牵扯到青充二州，当然也涉及到荆州。
他劝说殷仲堪起兵讨伐王国宝，并派人联络王恭，推王恭为盟主。殷仲堪还有些担心，怕孤掌难鸣，荆州军力不行，如果兵败，那将落个不可收拾的局面。消息传到青充二州，王恭却大为高兴，决定主动出兵，并联络殷仲堪。
方镇一动，天下震动，朝廷倒害怕了，只能杀了王国宝息事宁人，王恭也罢兵，不再追究此事。在此过程中殷仲堪和桓玄始终没有实质性的军事行动。
王恭尝到了甜头，原来朝廷这么好欺负啊，再欺负一回又如何，反正已经得罪了朝廷，再不乱腾点，早晚得被朝廷灭了。同年，王恭在豫州刺史庚楷的劝说下，在京口起兵，讨伐江州等地。表面上是江州之地，实际上司马昭之心，天下皆知，那就是建康司马氏的天下。
荆州和江州紧靠着，哪能无动于衷，殷仲堪急忙召集众位贤达商量对策。桓玄对殷仲堪说：“朝廷诛杀王国宝后，王恭威名已经大显天下，现在王恭再次举兵，其势必然攻无不克，战无不胜。我们呢，屁股已经坐在王恭一边，早就把朝廷得罪了。上次缓兵不进，已失信于王恭，现在我们只能整顿军队，及早出征，参加王恭建功立业的行列。”
殷仲堪想了想，此时也没有别的办法，而别的贤达也提不出更好的主意，只能依照桓玄的方略进行。
于是荆州联络王恭，并调兵遣将，以杨佺期率水师五千为前锋，桓玄率部随其后，殷仲堪自率主力二万，相继东下。战事进展的相当顺利，荆州军队的桓玄打进了石头城，殷仲堪的主力进至芜湖。
正在大功即将告成之际，却听说王恭已死，刘牢之背叛王恭，率北府兵驻扎新亭（现南京市雨花台区，当时建康南部重要的军事堡垒）。桓玄三军大惊失色，再也没有进军的决心，便回师驻扎在蔡洲（今南京市西南）。
王恭怎么突然死了呢？这说起来又另有一番故事。
原来的时候，不但王恭受司马道子的打压，而身为北府兵重要将领的刘牢之，同样受司马道子父子的欺负，正因为同命相怜，两个人才渐渐地走到了一起。可是自从王国宝死后，王恭觉得刘牢之没有什么利用价值了，所以颐指气使，把刘牢之当成一个普通的武夫使用。
为此，刘牢之气坏了，两人之间出现了深深的裂痕。他对王恭怀恨在心，早就想寻找机会报复王恭，以求心中出了这口恶气。
当时朝廷派兵抵抗王恭的正是司马道子的儿子司马元显，他正是看中了王恭与刘牢之之间的矛盾，派庐江太守高素去策反刘牢之，并许下事成之后，以王恭的位号授予刘牢之。当时王恭的参军何澹知道此事后，立刻密报给王恭。