会三归一是《妙法莲华经》的一个重要特点，是调和佛教内部大小乘对立，站在大乘经典的立场，对以前出现的各种思想作了分类，并给予了各自相应的评价和地位。因此，以该经所揭示的具体内容，将会三归一的要义略释于下。
《妙法莲华经·序品》中这样的说：“佛世尊演说正法，初善、中善、后善。其意深远，其语巧妙……为求声闻者说应四谛法，度生老病死，究竟涅槃；为求辟支佛者说应十二因缘法；为诸菩萨说应六波罗蜜，令得三藐三菩提，成一切种智。”所谓“初”、“中”、“后”，是指佛演说正法的次第。次第不同，所以教有三乘之别。三乘同出诸佛之口，所以也同属于佛教的正法，各自都有存在的理由。此中初次演说的是“声闻乘”，内容是“四谛法”，把“速出三界”“究竟涅槃”当作修习的目标。中时演说的“缘觉乘”（辟支佛乘），进一步提出了“十二因缘法”，使修习者“乐独善寂，得知诸法因缘”而“自求涅槃”。最后说的是“菩萨乘”，以六度为修持的内容，把获得“无上正真道”，成就“一切种智”为具体目标，一直到修习成佛而入佛国净土。
关于“三乘”的名目及其基本规定，在早期的大乘经籍中都已经有了，但一般对前二乘斥之为“小乘”，尊“菩萨乘”为大乘，褒贬之义十分明显。《妙法莲华经》把三乘说成是佛讲法的三个次第，是其独创，目的在于把他们统一起来，归之为一个“佛乘”。故《方便品》说：“如来但以一乘为众生说法，无有余乘，若二若三。”又说“诸佛如来言无虚妄，无有余乘，唯一佛乘。”为了证明三乘同属一佛乘，在《妙法莲华经》里，不但给著名的大菩萨授记，而且给众多的声闻修习者授记，包括了入涅槃的著名阿罗汉，三乘所有的修习者在来世都必定成佛。
那么佛为什么要分这样三时说法，而且所说的内容各不相同呢？《妙法莲华经·方便品》解释说：“诸佛出于五浊恶世……众生垢重，悭贪嫉妒，成就诸善根故，诸佛以方便力，于一佛乘分别说三。”又说：“（佛）知诸众生有种种欲，深心所著，随其本性，以种种因缘比喻言辞方便力而为说法，如此皆为得一佛乘，一切种智故。”就是说，佛认为现实世界十分恶浊，众生各有不同程度的“不善根”，佛必须按照他们的不同的“本性”，采取方便灵活的说法，才便于他们接受。所以众生的“根性”和佛据以实施的善权方便，就成了“于一佛乘分别说三”的根本原因，而三乘就成了一佛乘的运用。《妙法莲华经·药草品》所谓：“如来于时观是众生诸根利钝，精进懈怠，随其所堪而为说法，种种无量，皆令欢喜，快乐善利。”就是这个意思。
佛教所谓的“根”，原是取植物根“能生长”的意思。佛教经典经常把它当作宗教道德和生理心理方面的范围来用，使用范围就扩大了。这里指那些能增长对佛教信仰品格的信根、善根、净根等。把这样的“根”单独提出来，并作为众生能接受佛教的内在依据，是《妙法莲华经》的又一独特的说法。这与其他大乘经典提倡的“佛性”或“法性”不同，“根”不是作为普遍的本质，永恒而等同地存在于一切众生之中，而是由个人过去的全部思想行为积累起来，决定佛教信仰的态度和信仰程度的那部分“业报”或“福德”，也就是每个人现实表现的“本性”。因此，“根性”是因人而异的。
《妙法莲华经》据此把众生分为三大类：第一，“罪根深重及增上慢”者，“斯人甚少福德，不堪受是法”（《方便品》，指大乘法），所以当如来在集会上一开始讲《妙法莲华经》时，当即有男女僧俗五千人“从座起，礼佛而退”（《方便品》），说明这些听众至少在当时还不具备接受佛乘的根性，至于今后是否能够接受，经里没有回答。第二，是“钝根”者，“贪著于生死，于诸无量佛，不行深妙道”（《方便品》），这是指爱好小法的小乘人。第三，是“利根”者，有“佛子心净，柔软亦利根”（《方便品》），即“菩萨乘”人。如来就是这样把众生根性利钝作为自己说法的依据，而说法的总目的，都在于引导到佛乘妙道。《譬喻品》中讲了著名的“火宅三车喻”，说明三乘同是佛之子，“爱无偏觉”，“但以智慧方便于三界火宅拔济众生，为说三乘。”而“此三乘法皆是圣所称叹。”
照佛教内部说法，三乘的差别可以举出很多。但是不论就宗教信仰还是就现实生活都有重要意义的，主要是在解释“解脱”与“涅槃”上的分歧。“十二因缘”以“三界”为桎梏，“四谛”以“寂灭”为终极，二者都以极度苦厌世间为前提。大乘诸经无不对此提出不同的意见，而《妙法莲华经》也用“方便”之说，给予圆融，在《譬喻品》中说：“我虽先说汝等灭度，但尽生死，而实不灭……若人小智，深著爱欲，为此等故说于苦谛；众生（由是）心喜，得未曾有；佛说苦谛，真实无异。若有众生不知苦本，深著苦因，不能暂舍，为是等故方便说道（集）；诸苦所因，贪欲为本，若灭贪欲，无所依业，灭尽诸苦，名第三谛；为灭谛故，修行于道，离诸苦缚，名得解脱。是人于何而得解脱？但离虚妄名为解脱，其实未得一切解脱。佛法是人未实灭度，斯未得无上道故，我意不欲令至灭度。”意思是说，“四谛”也是一种方便说。由此并不能达到真正的“解脱”或“涅槃”。而佛之所以讲了四谛的道理，只是为了照顾到众生还在著“深著五欲”，“志乐小法”的根性。譬如高旅远行于险路上，“疲极而复怖畏，不能复进，今欲退还”，时有“导师”以方便力，“化作一城，告众人言：汝等勿怖，莫得退还，今此大城，可于中止，随意所作……于是众人前入化城，生已度想，生安稳想。”尔时“导师”灭此化城，告众人曰：“此城为我所化作，为业息耳”，并非真实。二乘人所讲的涅槃，就是如来为“心怯弱下劣”者设置的化城；“以方便力于中道为止息故说二涅槃”。及至众生执住其中，佛“即便为说：汝等所说未办”，“佛道长远，久受勤苦，乃可得成”（《化城品》）。
据此，《妙法莲华经》对历来所传的释迦牟尼一生的经历，也作了新的解释。按照一般的说法，《如来寿量品》说：“释迦牟尼佛出释氏宫，去迦耶城不远，坐于道场，得阿耨多罗三藐三菩提。”最后归于涅槃。其实这也是一种譬喻词，只是用以教化的一种手段。故说：“为度众生故，方便现涅槃，而实不灭度，常住此说法。”在佛教里，方便、善权都是相对于“真实”、“实相”而言的。假若三乘以至涅槃都是方便之说，那么佛的实在说法又是什么呢？《妙法莲华经》作了下面的回答。《方便品》说：“今我喜无畏，于诸菩萨中，正直舍方便，但说无上道。”《譬喻品》说：“汝等……今所应作，唯佛智慧。”《化城品》说：“汝证一切智，十力等佛法，具三十二相，乃是真实灭。”这“无上道”就是阿耨多罗三藐三菩提，是唯有佛才能达到的一种觉悟。“佛智慧”，主要是指“一切种智”，即通晓大小乘各种通向佛地的智慧。“真灭度”，则是指圆满成就三十二相的佛身了。因此，三乘归一乘，由方便而真实。说到底，就是要舍弃关于三乘的成见，在理论上统一到佛慧上，在实践上共走成佛之路。由于《妙法莲华经》处处把阿耨多罗三藐三菩提只是作为可以授记的标准，在授记之后，还要于来世经若干劫修习才能成佛。因此，所归之“一”与所显之“实”，事实上就是指作佛而言了。这是一大特点，是大乘佛教经典由偏重理论说教而转向偏重于对佛的崇敬的一个重要标志，也是特别不同于《般若》类经典的一个表现。（按：《般若》类的经典抬高智慧的作用，认为佛也是智慧的产物，所以般若被称之为“诸佛之母”。《妙法莲华经》认为智慧属佛所有，是佛的产物，众生所学的智慧，叫做“佛之知见”，所以佛被称为“众生之父”。）
《妙法莲华经》提出“成佛”，从而调和大小乘的争执。总起来讲，《妙法莲华经》倡导“开权显实”，显然是出于影响世间，即普度众生的考虑，突出“会三归一”反映了统一佛教内部分歧的趋向。“开权显实”有着重要的意义，因为唯有《妙法莲华经》“开权显实”说声闻乘、缘觉乘是方便法，是权教，唯有一佛乘是真实言教。吉藏大师说：“开方便门，显真实义，开二种方便，显二种真实。”二种方便，指“乘方便”与“身方便”。《妙法莲华经》前半部“开乘方便，显乘真实”，所以说“会三归一”；后半部从《宝塔品》到《寿量品》说“开身方便，显身真实”，就是“开近显远”。
所谓乘方便、乘真实又作教方便、教真实，可从五个方解释：一是开三显一，二是会三归一，三是废三立一，四是破三明一，五是覆三显一。开三显一是佛在法华会上公开说的，过去所说三乘是方便教，声明今说一佛乘教是真实法。就是“开方便门，显真实教”，所以叫开三显一。会三归一是综合过去所说的三乘教法，会归于法华教中的一佛乘，所以叫会三归一。废三立一是废除过去的三乘之说，建立现在的一佛乘教，所以叫废三立一。破三明一是破除过去三乘的执著，树立一佛乘的一佛义。覆三明一是如来赴三、一两种缘机，故说三乘、一乘两种教法，过去以三而覆一，现在则以一而覆三，所以叫覆三明一。虽有五种解释，其重点乃是在于“会三归一”。
“会三归一”究竟是什么意思呢？这就要首先知道什么是“一分为三”。佛初成道时，在华严会上，说一佛乘法，诸大菩萨都得到了法益。但是钝根小机，不堪大教，如来慈悲，施设方便，遂于一佛乘法，分别说为三乘。虽说有三，其实还是只有一佛乘，为了会通三乘、一乘两义不相矛盾，即“于一分为三”，“合三还成一”，所以叫“会三归一”。所以《妙法莲华》经说：“汝等（指声闻）所行，是菩萨道。”嘉祥大师说：“若识会三归一，先须知开一为三，开一为三者，昔指大乘之因，以为小乘究竟之果，今还指昔小乘究竟之果即是大乘菩萨之因，故云会也。”有人问世亲菩萨在《法华论》说破二明一，现在又说会三归一，究竟是会三归一？还是会二归一？这其实是一个意思。如《大智度论》卷十所说：“于一乘中，分作三分，分为三乘，以度众生。”例如将一斗米分为三堆，会合时，可以说会三堆为一堆，也可以说将另外二堆合进这一堆，会三会二，都是一个意思，表述的方式不同而已，意思不相违背。说三乘是方便，说一乘是真实，会三乘为一乘，这就是会三归一的意思。经论中说：“唯此一事实，余二则非真。”依此就是会二归一。有人说三乘都是方便，另有一真实佛乘在外，即有第四乘，若有第四乘，就只能所会三归一，不能破二明一，这些是违背佛教经论的本意，是中观学派所不取的。
上述开三显一，已讲明权教实教，现在略讲释一下显如来身方便身真实，辨开近显远。据《法华玄论》卷九说，从《妙法莲华经·宝塔品》到《寿星品》概括了三个意思：第一，宝塔涌出显多宝佛灭度，既不是实来，就应该知道释迦如来虽生也不是实生，灭而不灭，以显法身常住；生非实生，以明方便应化，即是“开身方便门，显身真实义”。第二，集会十方分身诸佛，显本一迹多，以法身为本，应化身为迹。释迦与分身诸佛既然都是应化身，那么彼此都是迹身，这就知道必须有个统一的法身为本。辨迹多本一，就是“开权显实”。第三，《妙法莲华经·宝塔品》末，寻觅弘经的人，因此便有《持品》，乃至他方菩萨，欲奉命弘经，如来便阻止他们弘宣，说我娑婆世界，自有六万恒河沙菩萨弘护此经，显示从地涌出菩萨，广开“如来寿量无穷”，说明很久以前即证法身，不是刚刚才成佛。显法身常住，必须具有三个意思：(1)本无生灭，(2)法身只有一个，(3)本是有。具有这三个意义，法身常住的意义才是圆满的。
所谓“开近显远”，略讲有五义：(1)开近显远就是“开方便门，显其实义”。过释迦如来在王宫降生，伽耶成道，都只是方便示现，现在《妙法莲华经·寿量品》中说佛久远劫来，早成佛道，这是实话，所以叫“开近显远”。(2)破近明远，如经文中说，一切世间天人及阿修罗，皆谓今释迦牟尼佛，出释氏宫，去伽耶城不远，坐于道场，得无上菩提，然而我实际上成佛以来，已经无量无边那由他劫，这是“破近明远”。(3)覆近开远，过去则覆远明近，现在则覆近显远，本来是为了实施显权，今还以权显实，为对机不同，权实双运，不相舍离，所以有过去现在的开覆之异。(4)废近立远，远是实说，所以须立，近是方便，机熟便废，这就是“废近立远”。(5)开近显远，若望佛教，即是“开近显远”。从远五个方面，说明开近显远，义无不尽。
释迦牟尼佛一代言教，法门虽广，概括起来不出权实两教，真应二身。《妙法莲华经》结束一代始终，说明开权显实，总不出此二义。前半部开教方便，显教真实，其实就是大小两教，本末两轮；后半部阐明身方便显身真实，实际上就是真应两佛，本迹二身。如果从教理上说，称为本末；从佛身上讲，名叫本迹。本末二教、真应二身是《妙法莲华经》开权显实的纲要。