《胜鬘经》说：自性清净心。其具文曰：“自性清净心而有染污，难可了知。”此文不取染净依他起性，唯识真如性离诸染污诸法中实心之本体。自性清净心，指在缠真如，性虽本净，而为客尘所染污，是不可思议的如来境界，所以难可了知。因为刹那善心，非烦恼所染，是无垢真如故。刹那不善心，亦非烦恼所染，此心与烦恼既不和合一味，何得说有染心耶？心者真实义，体即真如。虽然性净，为五住地之所染，实难了知。惟佛世尊如实知见，非除上智菩萨所余声闻情能测处。
五住地者，根本之烦恼，能生枝末之烦恼，故名住地。住地之烦恼有五种：一、见一处住地，身见等三界烦恼之见惑，入见道时断于一处，故曰是一处。二、欲爱住地，欲界之烦恼中，除见与无明者，其中爱着之咎重，故表爱之名。三、色爱住地，色界之烦恼中，除见与无明者，其中爱着之咎最重，故独表爱之名。四、有爱住地，无色界之烦恼中，除见与无明者，其中爱着之咎最重，故表爱之名。有爱之有，为生死之义，无色界之爱于生死之果报，为爱之最终者，故名有爱。五、无明住地，三界一切之无明也。无明为痴暗之心体，为一切烦恼之根本，故别立一住。
总之，自性清净心，言亡虑绝，故难可知。经文之意，不取染净依他起性，即是遣相。唯说真如性，离诸染污，显诸法中实心之本体，即是性。故引此经文，即证明遣相证性的妙义。
明体不染，真实法性，名自性清净心，故智唯真如圆成实性，即唯识实性。自体殊胜应求作证，染净依他不可，故遣相证性，是证离言唯识中道。故以此文为遣相证唯识观。
《唯识章》引《摄论颂》云：“于绳起蛇觉，见绳了义无。证见彼分时，知如蛇智乱。”此颂本陈那菩萨所造。陈三藏真谛译云：“于藤起蛇智，见藤则无境，若见藤分已，藤智如蛇智。”今所引者，是无著菩萨所改正者，即《摄大乘论本》卷二中，悟入三性之义。悟入初二性是相似观，悟入后一性是实证观。其文具说：“由何云何而得悟入？由闻熏习种类如理作意所摄似法似义有见意言，由四寻思，谓由名义自性差别假立寻思，及由四种如实遍智，谓由名事自性差别假立如是遍智，如是皆同不可得故。以诸菩萨如是如实为入唯识勤修加行，即于似文似义意言推求文名唯是意言，推求依此文名之义亦唯意言，推求名义自性差别唯是假立。若时证得唯有意言，尔时证知若名若义自性差别皆是假立自性差别义相无故同不可得。由四寻思及由四种如实遍智，于此似文似义意言便能悟入唯有识性。于此悟入唯识性中何所悟入？如何悟入？入唯识性，相见二性，及种种性，若名若义自性差别假性差别义如是六种义皆无故。所取能取性现前故，一时现似种种相义而生起故。如暗中绳显现似蛇，譬如绳上蛇非真实，以无有故。若已了知彼义无者，蛇觉虽灭绳觉犹存。若以微细品类分析，此又虚妄。色、香、味、触为其相故。此觉为依绳觉当灭。如是于彼似文似义六相意言伏除非实六相义时，唯识性觉，犹如蛇觉，亦当除遣，由圆成实自性觉故。”六义者，即名与名自性、名差别，及义与义自性、义差别。
“如暗中绳显现似蛇，乃至由圆成实自性故。”即“于绳起蛇觉，见绳了义无，证见彼分时，知如蛇智现”其义理的说明。“于绳起蛇者”，无著本论释说：“如何悟入唯识性？相见二性、及种种性，若名若义、自性差别，假自性差别义，如是六种义。六皆无故，所取能取性现前故，一时现似种种相义而生起故。如暗中绳显现似蛇，譬如绳上蛇非真实，以无有故。”无性释说：“如暗中绳显现似蛇，由此譬喻成立通达三种自性，譬如绳上蛇非真实有，以无有故。如是似名似文意言，依他起上名等六种遍计所执亦非真实，以无有故。”
《摄大乘论》说：“见绳了无义。若已了知彼义者，蛇觉虽灭，绳觉犹在。”无性释说：“又于此中依绳觉舍蛇觉，如是依唯识显现依他起觉舍于六义遍计所执。”
“证是知彼分时，知如蛇智乱”者，无著本论曰：若以微细品类分析，此又虚妄，色香味触为其相故。此觉为依，绳觉当灭。如是于彼似文似义六相意言伏除非实六相义时，唯识性觉，犹如蛇觉，亦当除遣。由圆成实自性觉故。无性释说：如依色等细分之觉，除遣绳觉，如是依止圆成实觉遣依他迷乱之觉。意谓证见彼绳色香味触分时，证见彼圆成实分时，知取绳之智乱如取蛇智乱，喻智取依他性智乱，如取遍计所执性智乱。
《摄大乘论》紧接说明悟入三自性义：“如是菩萨悟入意言似义相故，悟入遍计所执性，悟入唯识故悟入依他起性。云何悟入圆成实性？若已灭除意言闻法熏习种类唯识之相。尔时菩萨已遣义相。一切似义无容得生故，似唯识亦不得生，想由是因缘住一切义无分别名，于法界中便得现起相应而住，尔时菩萨平等平等，所缘能缘无分别智已得生起，由此菩萨名已悟入圆成实性。
如是菩萨悟入唯识性故悟入所相，悟入此故入极喜地，善达法界，生如来冢，得一切有情平等心住，得一切菩萨平等心性，得一切佛平等心性，此即名为菩萨见道。”
《唯识章》作者窥基大师引无性之意以释前之颂文：“此中所说起绳觉时遣于蛇觉，喻观依他遣所执觉。见绳众分遣于绳觉，喻见圆成遣依他觉。”此义配位释之为：暖顶二位依能取识观所取空。少分悟入遍计所执都无。中忍之位似如实智观能取空，全分悟入遍计所执都无，是为依依他觉遣所势觉。已上是解初二句。然今此能观四寻思，四如实智发蛇智乱故，名为迷觉。何故名迷？谓法执所引带相观心故。相缚有所得，相缚未脱故。此迷乱依他觉，既依他识相，俗故相有别之心观，入见道时，即实证细分，喻如见麻，不现在前。绳相不现，谓见道位一切相分不现是也。即是说为依圆成觉，无所得识性觉，遣依他觉，有所得识相觉。故《中边论》说：“发生正性圣想时除遣如实观。”无我论平等平等之想，此时除遣如实观，即有所得观。
窥基辩解颂意说：“今日凡夫见山河草木瓦堂舍屋宅道路饮食车乘等，谓名事相属实有一物，是即蛇觉（依他上起计执），然于山河草木乃至饮食车乘等起此等色香味触四尘随共业所助感异熟上共相种变见种种相差别，皆是虚妄熏所现，非实有性（体）之觉。是即起绳觉遣蛇觉，是名观依他遣所执也。而又观此异熟识变业果能变缘起之性，如见水处即火，见火处即水等，变现山处即平地，变平地处是山，变林处是屋宅，变饮食处即秽处即饮食等。若尔缘起此（色）处即彼（色香味触）缘起彼（色香味触或有等）处，即此（色空或能缘虑）同时同处，非即非离。离境无识，识处即境，非境非不境，非识非不识。如是观察唯识绝言缘起众分时，自知现前立少物以为唯识以为绝言，以为缘起，如见实绳不见假绳，尚是法执。即空有相末民如蛇智乱。譬观依他，虽知唯识尚带法执未称真理。而今既杂依他尚是可断，泥空有能所相，唯证不可言缘起性。则所谓见绳（缘起）众分（众相不可言处），遣于绳觉（有所得见缘起觉），是云喻见圆成遣依他觉也。”
窥基《唯识章》重释前之义说：“此意即显所遣二觉皆依他起。断此染故所执实蛇实绳我法不复当情。”意说依依他（绳）觉所遣所执（蛇）觉与依圆成觉（麻觉）所遣依他（绳）觉，论其实体即是第六（分别俱生）第七（俱生）能遍计心（妄情），故名依他。所以者何？绳、蛇二种能缘之心染分依他，可断法故（可断者明来暗必去义可断也）。实蛇者所执之觉，通我法二执。实绳者依他之觉，唯法执也。故今云所遣二觉皆依他起也。遣言有二：一者除遣，谓遣染依他妄情，如明来暗去。二者不现遣（亦云不除遣），谓无分别智证真如时，一切相用皆不现前，不作相分，故名为不除遣。智周说：实蛇为我，实绳为法。绳蛇二种能缘心名为二觉，是染依他，可断法故名之为遗。断言随有身性断（体虚妄故自性断也）。复有离缚断（缘彼染彼虚妄心起。今断是离缚断）。复有不生（妄情依他缘缺再不生，无妄情无应起妄执，此是为不生断也）。“不复当情”者，不当情显现。
窥基《唯识章》别释遣相义，通解伏难说：“非于依他以称遣故。皆互除遣。”问难云：何故非皆互除遣？答：依他有二：一染分依他，二净分依他。见道以上后得智中断染分依他，非断非障有漏（异熟无记等）染分及以净分无漏依他。若断则应无后得智所缘依他故。障法依他必须除遣，非障法依他谓有漏善种现异熟威仪工巧。三无记法种现，异熟生无记种现，劣弱无漏法种现，十地间后得智所缘境，第十地竟金刚心解脱道时自弃舍，故名所弃舍。是等大圆镜智第八识显现时自不显现，是不除遣。这里窥基说：“非皆除遣。”问：若不遣依他，则遣相证性之义不成，以不遣依他故。答：如《唯识义演》云：“于真观（绝言）位，虽无依他，不遣其体。”无分别智证真如时，一切相用皆不现前，不作相分，故名遣相。非如烦恼断除其体相故不相克。如前所明二种遣中第二不除遣。根本智证真如时一切相用不现，不作相分夹带遍附体相故名遣相。
窥基《唯识章》解释不遣他之所以说：“蛇由妄起，体用俱无。绳借麻生，非无假用。麻配真理，绳喻依他。”此明依圆二性遣证差别，解释不依他之所以，蛇依虚妄当情显现，蟠体螫用却不可得。喻凡夫由虚妄熏习，饮食车乘等所缘当情显现，执实有体。推求其体用，都不可得，绳依麻生，乱体结用非无其事（喻因缘变性境，色香味触等体，故智依他非无乱体），依真真理所生用故。即显后得智所缘依他（非障有漏净依他），其体非无。
窥基《唯识章》说：“知绳麻之体用，蛇情自灭。蛇情灭故，蛇不当情，名遣所执。非如依他，须圣道断。”共此就根本后得二智相对以明遣断义。知绳麻等者，知绝言缘起理，名知绳麻体用，麻是绝言，绳是缘起。根本智证，后得智知，今明后得智遣断，故说为知。本后二智，证依他圆成二性时，二取自泯。后得智净分依他变现知麻见绳故，蛇情自灭，乃至名遣所执。非如依他等者，非如染分依他烦恼、不善有复无记，别起圣道无分别智而断除之。今文既云须圣道断，明智是染分依他，而非净分。问：上文云，非于依他以称故皆互除遣，今何乃云，非如依他须圣道断耶？答：上下甚异。上云不遣依他者，乃约非有漏依他及无漏依他而言。此云须圣道断者，乃约烦恼执心染分依他而言。故不相违。问：其烦恼执心等者，其体是何？答：即是不善及有复无记迷乱法执。非谓暖等观为迷乱法执。
窥基《唯识章》就有漏智无漏智相对以明其行而说曰：“故渐入真达蛇空而悟绳分。证真观位照真理而俗事彰。理事既彰，我法便息。”渐入真等者，明加行智悟入。以加行智渐次入真时悟入遍计喻达蛇空。悟入依他，起喻悟绳分。起无漏智顿入通达位。正体智先证真如理。后得智次了依他法。故云照真理而俗事张也。正后二智所缘理事已彰，我法二执自然息灭。如《成唯识论》引《厚严》说：“非不见真知，而能了诸行皆如幻事等，虽有而非真。”由此义说：照真理而俗事彰。理事既张，根本后得二智所缘理事，明澈无执，我法二执自然息灭。
窥基《唯识章》总结五重唯识曰：“此即一重所观也。”周记说：此即一重所观唯识者，明出体中，有能观所观两重不同。上来所明两重中一重所观体也。问：“此五重唯识一切法尽为所观耶？”答：《心经幽赞》说，如是所说空有，境心、用体、所王、事理五种，从粗至细，辗转相推，唯识妙理，总摄一切。
（第四节） 唯识修行之根基及次第
众生先天具足不同之性质与素性，系由阿赖耶识中之本有种子所决定，乃无法改变者，故法相唯宗将众生分为五种种姓，作为修行之根基，而定可成佛或不可成佛之说。这就是“五种性”说。
种性，梵文gotra，又作种性。即佛及声闻、缘觉、菩萨等三乘各具有可能证得菩提之本性。此有先天具足不变者与后天修行而得者二种，前者称为本性住种性，略称性种性；后者称为习所成种性，略称习种性。说一切有部等不认为众生具有先天之性得佛性，故仅说后者；大乘瑜伽行学派则承认五姓有先天上之区别，故说性种性，此外亦说习种性，此乃属于护法之学派。换言之，种性究属先天或后天，在唯识十大论师中已有异说。据《成唯识论》卷二载，由于对种子之见有异，护月论师主张“本有性种性”（先天），难陀论师主张“新熏习种性”（后天），护法则对两种皆表认同。我国法相唯识宗大抵采用护法之说，华严宗、天台宗等则主张一切众生本具佛性。唯识宗复承认三乘有种性，可分为二种性，即至得三乘果之有种性（有性）与完全无法脱离迷界之无种性（无性），并从中再细分五姓之区别，允许“无性有情”之存在。五种姓即：
1.声闻乘定性，又作声闻定性或定性声闻、决定声闻，具有可证阿罗汉果之无漏种子者。
2.独觉乘定性，又作辟支佛乘性，缘觉定性或定性缘觉。乃具有可证辟支佛果之无漏种子者。
上述二种性法尔唯有生空无漏之种子，故深厌生死，专修自利乐寂之法，唯断烦恼障，记生空之理，定得自乘之果而入无余涅槃，以其不具佛种，故不成佛，即二乘所被之机，故二者合称二乘定乘。
3.如来乘定性，又作如来乘性、菩萨定性、定性菩萨，乃具有可证佛果之无漏种子者。以法尔具有生法二空之无漏种子，故修自利利他行，断烦恼障与所知障，记二空真如，得菩提涅槃二转之妙果，即入无住处涅槃而成大觉圆满之极果。为大乘所被之机。
4.不定种性，又作不定性、三乘不定性，为具有二种或三种之无漏种子者。指由本有无漏种子之差别，而于前三乘尚未决定其机类者。分为四种：（1）菩萨声闻二性不定，具有佛果、罗汉果等二种子者。（2）菩萨独觉二性不定，具有佛果、辟支佛等二乘种子者。（3）声闻独觉二性不定，具有罗汉果、辟支佛等二种子者。（4）声闻独觉菩萨三性不定，具有罗汉果、辟支佛果及佛果等三种子者。
5.无性，又作无种性、无有出世功德种性、人天乘性。虽无三乘之无漏种子，然具有可成人天果之有漏种子。
前四种性称为有般涅槃法，无性则称无涅槃法。无性法尔不具无漏种子，唯具有漏二种子，故不起出世无漏之智，不能解脱生死，但以修习世间之善业，得人天之善果。即所谓无性阐提。五性之中，定性声闻、定性缘觉及无性三者，皆无佛种子，故称“三无”；定性菩萨及不定性中具有佛果者，系有佛种子而必定成佛，故称“二有”。唯识学以五姓各别为前提，立三乘真实、一真方便之说，谓佛陀为声闻及独觉种性说二乘之法，为菩萨种性说大乘之法，又为诱引一类之不定种性，而方便唯说一乘法。其虽说一乘，实有二、三之别。