蒙哥大汗对全国各地的统治，采取的是遍设行尚书省和亲王出镇并行的制度。以牙剌瓦赤等充燕京等处行尚书省事，赛典赤等佐之；以讷怀、塔剌海等充别失八里等处行尚书省事；以阿儿浑充阿姆河等处行尚书省事，法合鲁丁等佐之。早在成吉思汗时，就开始在被征服的中原和西域推行了行尚书省制，蒙哥当政时主要从以下几个方面加强对地方的统治：一是委派大汗的亲臣近臣出任行省长官。蒙哥在惩治、撤换各地反对派的同时，精心挑选了政治上可信、经验丰富、能力卓著的行省长官，从而进一步加强了对全国各地的有效统治；二是清理长期以来诸王贵族以权谋私的行为，加强对诸王贵族和商人的管理。
蒙古仿效阿拉伯及罗马帝国的行政体制，首次在中国设立行省，即今天的省级区划制度。行省制度是自秦以来郡县制的一大发展，是中国行政管理制度的一次巨大革命，对后来的政治制度影响深远，行省从此成为我国的地方行政机构，保留至今。
蒙哥又下令，凡从成吉思汗、窝阔台大汗以及贵由汗时代以来，从他们和其他宗王处获得的玺书、牌子，全部收回，今后宗王们未经请示，不得书写和颁发涉及各地区事务的令旨。这既是对以往弊政的改革，也是限制诸王贵族权力、加强中央汗权的一个重要措施；而规定诸王贵族和使者们乘坐驿马不得超过规定的数目，“不得沿途夺取居民的马匹”，“不得索取超过规定的供应物”，则是对诸王贵族、各级官吏欺压、掠夺百姓行为的一种限制。他还清查户口，核定税收，减轻百姓负担。早在1235年（窝阔台汗七年），蒙古政权就曾经进行过一场户口普查和登记工作；蒙哥大汗即位后的第二年（1252年），派出使者到汉地普查户口，规定“诸王、公主、驸马并诸投下不得擅行文字、招收户计”，所有人户均以现居登记入籍，与本处民户一体依例当差，违反者本人处死，财产没收。经过这次户口普查，全国户数比窝阔台时增加了二十余万户。在斡罗思，他下令让拔都之弟别儿哥也进行了户口普查；在中东地区，则由阿儿浑进行了户口普查和赋税整理工作。
为了减少临时性的征派，蒙哥规定，汉地每户每年纳银六两，称为“包银”，后来又改为每年每户征银四两，其中二两输银，二两折收丝绢、颜色等物；在河中地区，缴纳同样的数目；在呼罗珊，富人缴纳七个底纳儿，穷人缴纳一个底纳儿，向牧地征收的名为“忽卜出儿”的税，各种牲畜每一百头缴纳一头，不满一百头时，就什么也不缴纳。至于逋负，无论何地何人所欠，均不向居民收取。对于各地百姓多年拖欠的赋税，蒙哥则下令免征，其用意在于缓和臣民的处境，而不是增加国库的财赋。他还曾经降旨，命令收税人和文牍吏，不得徇私偏袒，不得收受贿赂。以上措施对稳定蒙古汗国的统治，减少社会矛盾起到了积极作用。
忽必烈开府金莲川
蒙哥即位后，由于忽必烈在其同母弟中“最长且贤”，所以蒙哥命忽必烈“尽属以漠南汉地军民庶事”，并允许忽必烈在这里开府建衙，为将来的南下灭宋做准备，这就是日后大名鼎鼎的金莲川王府。忽必烈的王府，一个是漠北王府，一个就是现在开辟的金莲川王府。在蒙哥称大汗之前，忽必烈漠北的领地禹儿惕，大体在西起杭爱山北侧的察罕鄂伦河西岸，东到忽兰赤斤东或偏南的陀山腹地三四百里处的范围内，史称“漠北王府”。忽必烈不仅统领掌握在自己手中的蒙古军，而且统领原金朝统治区内的汉军几大万户，还统治大漠以南广大的中国北方地区。
允许忽必烈开府金莲川，无疑给身处藩府、满腹权谋的忽必烈创造了一个展示自己政治才能的机会。漠南汉地丰富的出产，尤其是那一笔可观的赋税收入，是蒙古帝国的一笔用之不竭的财富。对这一点，蒙哥汗以前的帝国统治者们似乎都认识到了，但对漠南的统治经营方式，蒙古大汗们经历了一个艰难的观念变革历程。直到窝阔台时期，蒙古贵族们才完全改变了此前单纯抢掠财富的方式，在漠南设置十路课税所，征收了大笔赋税，故漠南中原地区愈益为蒙古帝国所看重。因而，这一地区的军事行政长官，非政治、军事才干特别优异之人不能担当。当时蒙古宗室中，的确也没有一个宗王比忽必烈更精通汉文化、了解中原情况了，他的优异的政治才能以及他的军事才能，都是蒙哥所了解的，因此，忽必烈出掌漠南绝非是一个偶然的事件，这与他努力学习中原文化以及和汉儒的密切交往是密不可分的。也正是因为忽必烈所具备的汉文化统治术，才将他推向了总领漠南之地的地位，当然，这也与蒙哥怀柔漠南汉人的政策分不开。
雄心勃勃的忽必烈来到漠南的金莲川后，就立即着手建立自己的幕府，这无疑是他检验自己政治才干的大好时机。当幕府设置完毕后，忽必烈立即开动他的政府运作系统，使之在漠南发挥有效的作用。他着重采用了这样一个政治策略：矢志不渝地坚定地起用汉人。忽必烈招募了大批汉儒与有用人才，向汉人展示亲和的态度，以争取汉族地主阶级的支持。忽必烈已看到了当时中国北方的一些军事割据政权的存在，这些军阀的势力都非常强大，能否笼络住他们，也是忽必烈能否在中原站稳脚根的关键。像益都的李擅、济南的张孝、东平的严实、真定的史天泽、顺天的张柔等汉族地主武装头目们，他们占据的地盘跨州连郡，并且都手握重兵。收服了这些汉族割据势力之后，忽必烈便可从漠南西南直接攻打四川地区，依靠四川经略西藏，又能从川陕得到充足军需，进而攻取南宋的门户襄樊，顺江西下，大举进攻宋朝，进可取，退可守，守不住也可轻易地回到蒙古草原。历史证明，忽必烈的选择是正确的，也是明智的。
正是从金莲川开府建衙起，忽必烈逐步建立起一支独立于蒙古汗廷、并最终取代蒙古汗廷的政治军事力量，从此以后，忽必烈就踏出了蒙古草原。对这一伟大事件，当时的历史学家们还不会意识到它的重要意义，而辉煌的确从此开始了。假如没有理政漠南，也许忽必烈将永远是一个蒙古宗王，即使他向往汉文化，结交了一批汉儒，也只能囿于草原的环境，不能开阔他的视野，也就不可能对中国的历史产生那样深远的影响；并且，当今的历史学家一致认为，正是这一历史性的改变，将忽必烈这条潜龙推向了中原的历史舞台。
忽必烈开府金莲川，名为“开府”，其实也就是多立了几个帐篷。十余年来，忽必烈夏季在金莲川或六盘山，冬季为了避寒趋暖，要迁到抚州或奉圣州，因此，不少汉臣纷纷建议忽必烈建造一座新城。忽必烈采纳了他们的建议，命令子聪师徒负责勘察地形，参照各国都城的样子，修建一座新城。子聪和尚（刘秉忠）与谢仲温认为桓州之东、滦水北岸的龙岗是一块风水宝地，宜于建城。忽必烈就任命谢仲温为工部提领，具体负责修城工作。
新城建成后，有人建议：此城龙岗蟠其阴，滦河经其阳，四山拱卫，佳气葱郁，地处南北交通要道，可定名为“开平”，暗含“开天下太平之世”之意。当年夏天，忽必烈就将金莲川幕府迁移到这里，使开平成为忽必烈的一个参谋本部。修建开平城，这在忽必烈的政治生涯中是一件大事：它不仅标志着蒙古帝国从游牧经济向农业经济的转化，而且使开平成为忽必烈统治汉地的政治中心，对于元朝的建立、中国的统一起了极其重要的作用。
招贤纳士
国兴则人才多，国亡则人才少，人才是国家兴衰的根本，这一古训历来为各代的明君贤主所深知。尽管当时忽必烈这条潜龙还不能名正言顺地以君主身份招贤纳士，但他的“思大有为于天下”的雄心早已是路人皆知，因而，他以学习汉文化为名，结交了一批汉人儒士和有才能的官员。这在上文中我们已有所交代，这些无疑对他以后的金莲川开府，准备了一部分骨干力量，也是他能够较好统驭漠南汉地的政治资本。但这还是远远不够的，因而在1251年忽必烈拥有了实权后，就凭借着承制授命的特权，给那些投奔他的汉人贤士们以优厚的待遇，或者委以要职，这样就给了那些在金朝、南宋统治区无法做官的文人们以一线生机，这样，一批有识之士很快云集到金莲川幕府来了。他们当中不仅有满腹经纶、名闻天下的学者，而且有精通兵法战策、治国之道的谋士；不仅有身怀绝技的能工巧匠，而且有能征善战的军事统帅。就这样，忽必烈初步完成了蒙古贵族革新派与汉人儒士以及汉人军阀之间的政治联盟。实际上金莲川幕府已经变成了忽必烈研究帝王之道的讲习所，从而为元朝的建立、中国的统一，准备了指导性理论和一批名臣名将。
忽必烈的这一举动无疑震动了这些仕路受阻的文人们的心灵，忽必烈对人才的慷慨与大方，他的好贤之名很快在汉地传扬开来。从这一点上说，忽必烈就比蒙哥精明得多。如果蒙哥是一位稍懂汉族历史的大汗，或者他知道唐代的秦王李世民招降纳叛、广进贤能，从而登上九五之位的历史经验的话，他或许就能明白他的皇弟的良苦用心了。虽然历史不能完全雷同，但有时也有某些惊人的相似之处，纵观中国历史，历代王朝的兴衰，成功之处，可谓大同小异，而亡国之因却各有不同，就招纳贤士这一点而言，可以说，忽必烈并不逊色于中原王朝的历代开国之君。
忽必烈大规模招贤纳士和培植党羽，是从海云和尚及其弟子刘秉忠开始的。海云俗名宋印简，金末为佛教禅宗领袖，金宣宗曾赐号为“通玄广惠大师”；后被蒙古军队俘虏，成吉思汗下令木华黎要以礼相待，并赐号为“寂照英悟大师”，居于燕京大庆寿寺。所需饮食资财，一概由朝廷供给。蒙哥即位后，曾令海云掌天下佛教。
刘秉忠本是邢州人士，生于金代“累世衣冠”之家，少年时从学于邢台西山，十七岁为邢台节度府令史。但自视甚高又野心勃勃的刘秉忠，不满足自己刀笔小吏的生活，时逢乱世，刘秉忠感慨“大丈夫怀才不遇，应当隐居起来寻找机会”，于是放弃官职上了武安山。过了几年，天宁寺高僧虚照禅师听说他是个人才，派弟子请他下山，“不要在那里作道士了”。于是刘秉忠在天宁寺当了和尚，做了虚照的徒弟，法号子聪。其实道士也罢，和尚也罢，对于刘秉忠来说，出家是假，寻求机会是真。这期间，刘秉忠博览群书，阅读了文史、地理、数学等方面的大量书籍，极大地提高了他的认识水平，对天下事了如指掌。刘秉忠后来游云中南堂寺，“博学多才艺”，海云大师闻其名，召为弟子。
1242年，忽必烈将海云法师召至漠北王府，海云大师和子聪和尚（刘秉忠）一起拜见了忽必烈。忽必烈向海云询问佛法大要，海云认为要善于总结历史经验，尊贤使能，尊主庇民，才是佛法之要；建议忽必烈将用人的重点转向“天下大贤硕儒”，向他们询问“古今治乱兴亡”之道。忽必烈发现子聪和尚也是难得的人才，希望将他留在自己身边，协助自己干一番事业。海云答应了忽必烈的要求，子聪被任命为王府掌书记，人称聪书记。从此忽必烈对汉文化有了进一步了解，准备从汉文化中去了解“古今治乱兴亡之事”，去寻求“安天下”之法，广延四方之士，积极招纳人才。早在蒙哥即位之前，忽必烈就已经在以唐太宗为榜样，开始有意识地招纳人才，这其中刘秉忠对金莲川幕府的形成，有极大的贡献，而且在选拔人才、使用人才方面刘秉忠也有自己特有的思路。他认为，“君子所存者大，不能尽小人之事，或有一短；小人所拘者狭，不能同君子之量，或有一长”。在刘秉忠的眼中，不管是有名的饱学之士，还是无名的平民百姓，都可能是某一方面的人才。以此为标准，刘秉忠先后为朝廷举荐了张文谦、张易、姚枢、许衡、李德辉等数十人。这些人或为当时名流，或为大儒，或起自民间，都各有所长，先后成为元朝重臣。至于如何使用人才，刘秉忠在给忽必烈的上书中指出，“明君用人如大匠用材，随其巨细长短，以施规矩绳墨”。正是由于忽必烈在选人、用人方面深受刘秉忠人才观的影响，不拘一格，广揽人才，才使元朝初年的政治、经济、文化等各项事业均得到相应的发展。
蒙哥即位后，忽必烈受命在金莲川设置幕府，此后四方人才如潮水般涌入忽必烈的金莲川幕府。忽必烈所延揽的人才，主要分为两大类：一类是藩府旧臣，一类是四方文学之士。藩府旧臣中比较著名的有燕真、贾居贞、孟速思及董文炳、董文用等。四方文学之士则以刘秉忠为首，可以分为三大类：其一是邢台集团，这是一个以邢台人刘秉忠为核心的政治集团，其主要人物如张文谦、李德辉、刘肃、李简、张耕、马亨、王恂、刘秉恕等，都是刘秉忠引荐的，多为邢州人，称为“邢台集团”。二是崇尚程朱理学的儒者，其中窦默在1249年被召，姚枢在1250年被召，杨惟中在1252年被忽必烈推荐为河南经略使，许衡则在1254年被征为京兆教授，赵复亦曾被召见。这一集团值得注意的人物是许衡，他是元代的儒宗，一生徘徊于学术和政治之间，对元初政治与学术都发生了重大影响。三是以汉地世侯为中心的金遗士集团。忽必烈在出掌漠南以前，已深知汉地世侯是安定中原的柱石，所以屡加征聘。出镇漠南以后，关系更趋密切。1252年推荐史天泽出任河南安抚使，不久藁城董氏昆仲也先后入侍藩邸，济南张柔、东平严忠济则在1259年从征伐宋。他们所收揽的文士如张德辉、杨果（原属史天泽）、郝经、杨奂（原属赵天锡）、宋子贞、商挺、李昶、徐世隆、贾居贞、刘肃（原属严忠济）等也都先后投奔忽必烈。
此外还包括西域人集团和蒙古贵族、诸将。西域人，主要有阿尔哈雅、孟速思、廉希宪、叶仙鼐（以上畏兀尔人），也黑迭儿（大食人）、札马剌丁、阿合马（以上回回人）。这些西域人中，阿尔哈雅、叶仙鼐是战功彪炳的战将；孟速思、阿合马皆以理财著称；札马剌丁则是科学家。最值得注意的人物当为廉希宪和也黑迭儿，廉希宪是一位汉化程度极深的西域人，他精通儒学，与中原学者并无二致，人称“廉孟子”。1254年，忽必烈命廉希宪担任京兆分地的安抚使，在关中改革政治，推行汉法。他又极力招揽儒者如许衡等人，发展教育。后来在至元时代，汉人大臣拥护他对抗阿合马，原因便在于此。忽必烈亲信的蒙古人，乃燕、霸突鲁，皆木华黎之后；脱兀脱，博尔术之弟，阿儿剌氏；忙哥，忙兀氏；阔阔等。这些蒙古人目睹中原文明的昌盛，自不免由敬畏而钦仰，由钦仰而生仿效之心，渐渐就不再留恋蒙古原来的游牧生活了。
儒教大宗师