李璮占领山东三十余年，前后共向元朝廷上书奏事数十件，都是“挟敌国以要朝廷”，“危言耸听，谎报军情”，扩充力量，拥兵自重，逐渐扩大了自己的力量，成为割据山东的武装集团。久之，蒙古朝廷对李璮也产生戒备，派蒙古人到益都任达鲁花赤，又派阔阔不花率探马赤军驻守益都，监视和威慑李璮，并令李璮把他的儿子李彦简送到京城做人质。
1262年（元中统三年），李璮自以为筹划周密，兵力强盛，便秘密把儿子李彦简从京城接回，派人向南宋表示归顺，联宋起兵反元，并把涟水、海州等三城作为礼物归还南宋。
2月，李璮乘忽必烈平定阿里不哥之机，在海州发动兵变，尽杀蒙古戍卒，率五万余人自海上北归登岸，攻打益都。很快歼灭驻守益都的蒙古军队，大开府库，犒赏部下，又分兵四出，攻占蒲台、淄州等地。
李璮完全错估了形势。他以为当时忽必烈正忙于对阿里不哥的战争，无力调兵和他交战，不料阿里不哥败得很快，忽必烈迅速抽调主力南下镇压。李璮以为北人汉族军阀都和他一样，心怀异志，起兵后即可一呼百应，结果响应者寥寥。1262年（中统三年）二月初一，在发动兵变前，他又匆忙与南宋联系，献涟海三城约降，当南宋还在将信将疑之际，他就在初三那天占领益都，发动兵变，不久占领济南。
李璮联宋完全是出于一种策略考虑，并非真心实意，尽管南宋给了他保信宁武军节度使、咨视京东河北等路军马、齐郡王的封号。李璮对南宋有杀父之仇，对南宋的作战他从来是不遗余力甚至“杀宋师殆尽”。这次兵变，只是到了事件即将来临时才约宋，以免受蒙宋夹击，结果南宋只给了他一个虚衔，并未真正支援。李璮反蒙后，并没有得到人民群众的支持，而是“民闻璮反，皆入保城郭，或奔窜山谷。由是自益都至临淄数百里，寂无人声”。虽然李璮曾四出联络，远至山西太原，除了太原总管李毅奴哥、达鲁花赤戴曲薛等少数几人外，几乎没有什么人响应。忽必烈得知李璮发动兵变后，立即杀了王文统，发蒙古汉军讨李璮，命水军万户解成、张荣实、大名万户王文干及万户严忠范会东平，济南万户张宏、归德万户阳波、武卫军炮手元帅薛军胜等会滨棣，命济南路军民万户张宏、滨棕路安祅使韩世安，修理城堑，作出应战准备，命请王合必赤总督诸军，不久又派史天泽增援。前往镇压李璮的许多汉军头目都是李璮以为会响应他的诸侯，结果这批军阀反而成了他的镇压者，因为他们知道忽必烈的统治十分牢固，李璮是不会成功的。
3月，蒙古中枢阿术带领的蒙汉军队首先到达济南附近，李璮率军出城迎战，抢夺元军辎重；回城时，遭到蒙军截击，大败，被杀四千余人。5月，蒙古十七路大军先后抵达济南，中书省右丞相史天泽负责全权指挥，督战各路军马。史天泽采取围困战术，开三河，筑三城，将济南围得铁桶一般。李璮无力出战，只好困守济南。
李璮不得复出，日夜困守四个多月，粮尽援绝。为稳定军心，李璮竟“取城中子女赏将士，以悦其心。且分军就食民家，发其盖藏以继。不足，则家赋之盐，令以人为食”。东西都吃掉，最后竟然就着盐巴吃人肉。这些残暴行为，使李璮更加失去民心，将士也沮丧之至。
7月，“军心溃散，完全失去控制”，军士纷纷缒城出降。李璮见大势已去，城已不保，便亲手杀死妻妾，乘舟入大明湖，自投水中。水太浅没有淹死，被蒙军俘获，绑至蒙军帐前，史天泽问之曰：“何不投拜？”李璮不答。又问曰：“忽必烈有什么对不起你之处？”李璮回答道：“你写书信约我起兵，为什么不遵守约定？”。李璮临死还不忘咬史天泽一口，想拉他做个垫背的，真是要将小人做到底。史天泽闻言大怒，立即命刽子手对李璮施以酷刑，然后才一刀砍下了他的脑袋！
李璮被杀后，传首山东各地。史天泽带领大军向益都进发，未至，益都守将开城投降。蒙古朝廷任命董文炳为山东路经略使。董文炳至益都，留兵于外，带领数骑衣冠而入，住进官府，不设警卫，召集李璮故旧将吏，好言相慰。益都军民大悦，安定了下来。不久，李璮故将毛璋占据益都反叛，很快兵败被杀。至此，李氏父子占据山东近半个世纪的历史，遂告结束。
至于李璮所说史天泽约其起兵之事，纯属子虚乌有，不过是李璮临死咬了史天泽一口而已。这却使史天泽平添了许多顾虑，生怕他的蒙古主子对他有所怀疑。于是在平定李璮后，史天泽为表忠心，向忽必烈上奏道：“在藩子弟尽专兵民之权”，此举很危险，请忽必烈从他史家开始，削夺汉人大族军将的兵权，如此“慎始慎终”，真可谓用心良苦。
忽必烈正求之不得，于是欣然应允了史天泽的请求，主要措施有：削弱私家权力，除本人为官外，其兄弟子侄之为官者罢；解除地方军阀兵权，真定董氏除外；严格执行地方兵、民分洽制度，管民官理民事，管兵官掌兵戎，各有所司，不相统摄；罢诸侯世袭，行迁转法；实行易将制，使将不控兵，置万户府监扮选宿卫士监汉军；取消汉人官僚的封邑。这些措施连同枢密院的设立和中书省的加强，使中央集权制大大牢固起来。李璮事件也进一步加深了蒙古统治者对汉人的疑惧心理，色目人（随着蒙古向西方的侵掠，西域和中亚一带的各族人陆续随军东来，也有些人径来汉地经商。他们原属于不同的国家和民族，来到汉地后，统被称为“色目人”，即“诸色名目”人）作为蒙古统治者帮手的地位进一步加强。1265年（至元二年），忽必烈正式规定：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回国人充问讯，永为定制”。
忽必烈此举以和平的方式达到了集权的目的，对汉军组织进行了较彻底的改造，并使蒙古贵族和汉族地主阶级紧密地结合在一起。这些汉军世侯在蒙元的复杂心境，通过张弘范在南征中写过的一首《述怀》诗，可以看得出是何等的纠结和矛盾：
磨剑剑石石鼎裂，
饮马长江江水竭。
我军百万战袍红，
尽是江南儿女血！
吐蕃的历史
吐蕃在历史上是一个位于青藏高原的王国，由松赞干布到达磨延续两百多年，是西藏这片土地有史以来创立的第一个政权。虽然有资料说明西藏早期已经建立了一个政治实体，但关于六世纪末以前的情况还没有确凿的历史证据。西元六世纪时，一个名叫囊日论赞（570年至620年）的部落酋长企图用武力兼并其邻近的部落，后来他的儿子松赞干布（620年至649年）完成了这项使命。西元七世纪初，松赞干布先后征服、兼并苏毗、羊同、白兰、党项、附国等古羌人部落，建成强大的吐蕃王朝，建都逻些（suò）（今拉萨），这被认为是第一个真正统一了西藏的人。
吐蕃王朝时期的西藏，一直处于本土的苯教与新传入的佛教两股势力的争斗之中。公元841年赤祖德赞被反对佛教的大臣暗杀，其兄朗达玛被扶上王位。朗达玛代表着反对佛教传播的势力，843年他下令禁止佛教，杀害僧人首领，强迫僧人还俗，关闭寺院，毁坏佛像、佛经，史称“朗达玛灭佛”。846年，朗达玛被僧人拉隆贝吉云丹射死。朗达玛的两个儿子在父亲死后又为争夺王位爆发内战，掌握军权的将领也随即发生混战，长达二十多年。统治集团的混乱又在869年引起平民百姓的反上之乱，877年起义军发掘赞普王陵，逐杀王室和贵族，吐蕃王朝彻底崩溃，西藏二百多年的统一局面到此告终。后来的西藏形成许多部落、土邦等。
唐朝，西藏人自称为“博”，吐蕃一词最早见于《新唐书·吐蕃传》。开始是指现今的西藏地区，后来随着吐蕃王朝的扩张，青海西康等地区也成为吐蕃的一部分。“博”一方面代表地方名字，另一方面也代表民族的名字。唐代，吐蕃王朝把现今西藏地方称为“博隅”，把吐蕃统治下的整个青藏高原称为“博布青”，把吐蕃统治下的人民称为“博巴”。
唐朝的文成公主、金城公主先后与吐蕃赞普松赞干布和赤德祖赞联姻，促进了唐朝和吐蕃之间的经济、文化交流。与二公主嫁入吐蕃的同一时期，中原地区的先进生产技术和科学知识陆续传到吐蕃，为吐蕃社会的发展创造了有利的条件。与此同时，吐蕃的畜产品及装饰、游艺等，也传入中原地区。
松赞干布曾接受唐朝官位（驸马都尉）和封爵（西海郡王、□王），这奠定了吐蕃与唐朝政治上的亲密关系。唐朝与吐蕃之间虽然长期处于和战不定的局面，但双方交往密切，民间接触更为频繁，“金玉绮绣，问遗往来，道路相望，欢好不绝”，是唐蕃关系的主流。
元朝建立后，对藏族地区的称谓仍然沿用唐朝时的称呼，叫“吐蕃”。吐蕃扩张最远的地方，除了本土西藏外，还控制了青海和西康地区，以及现在的甘肃南部、云南东北部。藏语里面，对这些地区总称为“曲喀松”，意思是“三个方面的”。哪三个方面？上阿里三郭，中卫藏四如，下多康六岗。其中，上阿里的“三郭”，就是现在的阿里地方，中卫藏四如，就是现在的前后藏地区，下多康六岗，即是现在的青海、甘南、川西北、甘孜地区和昌都地区以及云南的迪庆地区。
1260年，即藏历第四饶迥的铁猴年，忽必烈登上了汗位，“此后前往大都宫中，八思巴给薛禅汗（忽必烈）及其皇后、皇子等人传授了密法三部大灌顶。忽必烈封八思巴为帝师，作为接受灌顶的供养，向八思巴奉献了乌思藏十三万户及难以计数的物品。”
忽必烈即大汗位后，又释放了藏传佛教噶举派中噶玛噶举派第二世活佛噶玛巴。1253年，忽必烈南征云南大理，看到噶举派在西藏的势力较大，派人召他到川西北的绒区色都地方会晤。会晤后忽必烈要噶玛巴长期随侍自己的左右，噶玛巴未遵忽必烈之命而前往宁夏、甘肃、内蒙等地说法去了。在今宁夏与内蒙古交界处有他建立的一座褚囊朱必拉康寺。1256年，噶玛巴准备动身返回西藏时，接到宪宗蒙哥召他会晤的诏书，他欣然随使臣到达和林，受到蒙哥和阿里不哥的宠信。蒙哥赐给他金印、白银，还赐给他一顶金边黑色僧帽。这就是噶玛噶举派得名黑帽派的来源。1259年，蒙哥去世，忽必烈于次年即大汗位，不久又战胜了与他争位的阿里不哥。这时他想起了噶玛巴不愿留侍身边的旧事，又因噶玛巴有帮助阿里不哥的嫌疑，于是下令将噶玛巴逮捕入狱。但最终考虑到他在西藏的影响，又将他释放了，并遵其意愿，让他回到了西藏故庙。
据说这位噶玛巴能自主控制气脉，获得大成就，因此宗教声望很高，事业广大。他在楚布建造了被称为“赡部洲严饰镀金大铜像”的释迦牟尼像等许多佛像，扩建了寺院，使噶玛噶举教派有很大发展。噶玛巴的有根器的弟子很多，主要的有成就者包括邬坚巴、意希旺秋、仁钦贝等获得证悟和瑜伽自在的上师。从噶玛巴开始，出现了历辈以转世灵童的方式不断承继的例规，历辈噶玛巴都成为西藏有声望的高僧。到明代，噶玛噶举成为西藏最为兴盛的教派，其基础是噶玛巴奠定的。噶玛巴于1283年即藏历第五饶迥水羊年去世。在世俗的政务方面，由于他违背了忽必烈的心意，没有大的建树，不过噶玛噶举在汉地、蒙古、西夏各地都有重大的宗教业绩，和元朝皇室的一些成员建立了联系；在增进西藏和祖国的关系方面，噶玛巴也是一个有贡献的人。
忽必烈对西藏地区的统治
1260年，忽必烈派遣大臣答失蛮带领军队前往西藏，主要任务是，宣布整个藏族地区都纳入忽必烈的统治之下。由于藏族地区经历过长时期分裂割据，加上宗教派别的偏见等，使得止贡噶举和噶玛噶举等大的地方僧俗势力，不愿意承认萨迦派的统治。他们依靠在蒙古皇室中的各自靠山，希望在藏族地区内部像以前一样保持各自的势力范围，因此也存在各种阻力。为了缓和这些矛盾，实现藏族地区的统一，忽必烈提出了宣布整个藏族地区纳入薛禅皇帝的统治之下，以及为了上师八思巴返回西藏时道路安全畅通而设立驿站的两项任务。“驿站是接待和迎送以金字使者为主的过往旅客的机构，在各个大站负责的区域中又设有若干小站，各小站之间的距离，大约为骑马者一天的行程。为各个驿站划有一部分差户，他们在各站范围内支应乌拉差役。”
忽必烈吩咐答失蛮道：“答失蛮听旨！吐蕃之地，人民勇悍。先前吐蕃有国王统治时，在唐代宗皇帝时期，许多吐蕃军队曾到达五台山，在巴府定府地方，留下了许多称为噶玛洛的军队驻守。现今吐蕃之地无王，仰仗成吉思汗皇帝之福德，广大国土俱已收归我朝统治。萨迦喇嘛也接受召请，担任我朝的上师。上师八思巴伯侄，如果是一方之主，则其学识广大，我等不及，如今也在我朝管辖之下。答失蛮，汝品行良善，速前往萨迦一次，使我听到人们传颂整个强悍的吐蕃已入于我薛禅皇帝忽必烈治下、大臣答失蛮已到达萨迦的消息。”
答失蛮启奏道：“臣谨遵陛下之命前往。然则，吐蕃者，其民凶悍，彼等毁坏自己之法度，又不遵汉地、蒙古之法度，又不立边哨巡守。我等来回之经费物资，以及大事如何完成，请颁明示。”
忽必烈再次下旨道：“汝等如能使朕听到整个强悍的吐蕃已纳入治下的赞颂即可。路上所需各处物品，俱由御库官员拨给。直至萨迦以下的地方，可视道路险易，人民贫富，选择适宜建立大小驿站之地，仿照汉地设立驿站之例，建立驿站，使上师八思巴前往吐蕃之时，一路平安顺利。另一方面，你受任宣政院之职，如能详细了解吐蕃地方之情势，对所掌之大事及众人必有利益，汝其前往。”答失蛮接受了上师的法旨、皇帝的札撒（诏书）等，带领许多随从，携带来往路上所需物品，以及从大小御库领出的对吐蕃各地大小僧俗首领颁发赏赐所需的物品，前往吐蕃。