丁徐两人脾气都很暴躁，形同水火，为社会八卦新闻和小道报纸增加了许多报道素材。先是丁世峄援引同党、内务总长孙洪伊在国务院内部和徐树铮抬杠，意图扩大本派力量；后来又联络国会议员，在11月初以“侮辱”元首、“蒙蔽”总理、强迫盖印、“伪造”文书、擅发院令等“罪名”弹劾徐树铮。丁世峄、孙洪伊积极谋划，图谋推倒段祺瑞内阁，抬出孙洪伊为新总理。段祺瑞、徐树铮先下手为强，抓住孙洪伊的人事把柄，先把孙的免职令送到了黎元洪的案头。黎元洪拒绝盖印，府院之间再次爆发冲突。最后还是徐世昌出面调停，以徐树铮、孙洪伊同时免职的结果暂时缓解了府院之争。
以上就是府院之争的开始情节。追问起因，在一个习惯了集权专制的社会中，突然实行分权制衡的政治制度，大家都不习惯，也不知道怎么做。袁世凯死后，责任内阁制度恢复了。但总理应该发挥什么作用，总统应该怎么对待内阁，黎元洪和段祺瑞都不知道怎么做。由此可见，一个新式政体在古老国家要想生根发芽，是一件多么漫长和艰难的事情。
而其中夹杂的权力考虑，让问题更加复杂了。黎元洪出任总统，北洋系内部反对声不断。一些不满者曾经涌进段祺瑞的国务总理办公室，要推举段祺瑞或者徐世昌为总统。段祺瑞不愿意出任总统。他的考虑是，在责任内阁制下，总统是谁并不重要，重要的是总统权力被削弱、总理权限要大增。徐树铮就任后即制定了《国务院权限节略》，以完善责任内阁制为幌子，独揽大权。黎元洪有些侥幸地接任了总统，希望有所作为。他也知道责任内阁制下的总统权力有限，可认为具体政务可以不问，但重大问题总统则必须过问，而且可以插手任何政务——如果总统认为有必要。除府院之外，国会是分权制衡的第三方力量。段祺瑞“屈任”总理原本是看重总理的权力，对国会的掣肘心怀不满，现在又多了一个好事的总统，对黎元洪很有意见。他曾向党徒发火说：“我是叫他来签字盖印的，不是叫他压在我的头上的！”
制度不适，加上权力考量，府院之争的烈焰难免越烧越旺。
二
1917年3月1日，法国邮船Atlas号被德国潜艇击沉，搭乘该船的中国劳工500余人身亡。消息传到国内，激化了府院之争。
段祺瑞内阁之前力主加入协约国，对德宣战。其中有日本怂恿和列强答应提供外债的现实诱惑，也有段祺瑞想借机收回部分权益，参与战后协约国和会的打算。所以，内阁以中国劳工遇害为借口，向希望中国参战的协约国预支了部分优惠条件41、通过了对德绝交案及《加入协约国条件节略》。3月4日，段祺瑞亲自到总统府请黎元洪在文件上签字盖印。黎元洪加以拒绝。黎元洪不是没有看到参战对中国的利益，而是受美国的影响，觉得参战时间尚早。同时，他看到段祺瑞突然拿出与德国断交和加入协约国的决定，心里天然产生了抵触情绪。因为参战是国家大事，内阁竟然事先没有征求黎元洪的意见就做出了决定！于是，黎元洪说，参战大事需要先经国会讨论通过，文件暂不签署。段祺瑞之前做了大量工作，一见文件受阻，来了气，说，宣战媾和确因由国会决议，但绝交案和节略只是向各国表达意见，并非宣战，等以后正式宣战时再提交国会讨论。黎元洪反驳说，这两个文件是宣战的先声，宣战媾和是大总统特权。意思是说，我不同意宣战，你能奈我何。段祺瑞放出了狠话，说约法规定国家是责任内阁制，大总统既操特权，不认为我主持政务承担责任，我就只能辞职，不敢肩负重任了。说完，段祺瑞甩袖而去，宣布辞职前往天津。
这是段祺瑞第一次辞职，让黎元洪真切地感受到了谁才是北京真正的主人。段祺瑞经营北洋中枢多年，盘根错节，他遽然去职，北京政务陷入了混乱。黎元洪根本控制不了局势。远在南京的北洋中坚、副总统冯国璋见总统和总理闹僵了，马上出来调停。调停的结果是黎元洪请段祺瑞回京复职，在权限上做大规模让步，同意以后不反对内阁既定外交方针，不干涉内阁对地方的训令，“阁拟命令总统不拒盖印”。段祺瑞取得了阶段性胜利，黎元洪灰头土脸地请他回京复职。段祺瑞得意洋洋地电告各方“连日首座迭次派员挽留，十数政团踵接责难，副座复严行敦促”，所以自己勉为其难留任总理。
国会以压倒性多数通过对德绝交案。3月14日，黎元洪下令与德国断交，中国随之接收了德租界，停付德国庚子赔款，接收德国在华财产，获得了加入协约国阵营的一些利益。对德绝交之后，在参战问题上，黎元洪联合国会与段祺瑞内阁再次激烈争执。此时的府院双方颇有赌气抬杠的意思，凡是国务院（总统府）支持的总统府（国务院）都反对，进入了“为了反对而反对”的歧途。段祺瑞一意推动中国参加一战，除了乘机图强的打算外，还想以此压倒黎元洪。黎元洪则以“舆论界皆不赞成，我是服从多数者”为辞，不同意参战。结果，“府方以院为专擅，院方以府为干涉，而政客构煽其间，以势力消长之说，挑拨双方感情”；“双方之裂痕已深，名曰外交问题，实则府方谋倒段，院方谋倒黎，已为公开之秘密矣”。双方逐渐偏离理智轨道，开始“施展手段”要把对方扳倒。
最先跳出正常程序之外、寻求非常手段解决问题的是段祺瑞一方。段祺瑞在北洋系统中人脉广，关系多，要找外力很容易。坐镇徐州的张勋是个头脑简单的军阀，拖着一条大辫子，对和国会打得火热还扬言军民分治的黎元洪很看不顺眼，早就嚷嚷开了。刚好，其他北洋系统的地方督军、军阀也对黎元洪继承袁世凯位置不满，更信奉枪杆子干政的古老传统，就推张勋出头组织了“督军团”42。督军团支持段祺瑞扳倒黎元洪，支持借款参战。很多人还赶到北京来给段祺瑞打气。段祺瑞有恃无恐，主持内阁通过参战案。
黎元洪的外力就是国会和舆论，将内阁的参战案提交讨论，希望能在讨论中拖延中国参战。先是部分国会议员讨论，再是提交全院委员会讨论。没等讨论结果出来，段祺瑞一派就等不及了。陆军次长傅良佐主张“国会不通过，便解散国会”；如黎不盖印，“即去黎元洪，硬行解散”，总之是“非去黎元洪，毫无办法”。傅良佐可不是说说而已。参议院全院委员会在讨论参战案的时候，突然有数千人手持各种“公民请愿团”的招牌围困会场，辱骂、殴打议员，威胁国会尽快通过参战案，“如再不能开会，即请政府下令解散，若政府不肯，我等用火将议院烧却”。议员们这几年见识的威胁多了，对傅良佐的“小把戏”不怕了，搁置讨论参战案，要求段祺瑞和内务、司法总长到场接受质询。直到晚上，段祺瑞才姗姗来迟，驱散了院外的“公民请愿团”，这事才算了结。被困终日的议员大发通电：“民国成立以来，北京公民团凡三见，一见于癸丑选总统，再见于乙卯请愿劝进，皆系当局主使，通国皆知。此次于政府所在地聚众数千，威迫议会，殴打议员，为时至十二点钟之久。政府既不防范于先，又不即行驱散于后，巡警陆军鸠行鹄立，对于现行犯罪之暴徒，任其肆行无忌，毫不过问。暴徒之执重要职务者，皆系军人。此中究竟何人主使，当为国人所共见。”
这封通电将府院之争推向了最高潮。部分内阁阁员厌恶北洋军人威胁国会的举动，三人宣布辞职，外交总长伍廷芳不告而别，致使段祺瑞内阁不足法定人数。所以国会搁置参战案的表决，提出改组内阁、补充内阁成员，再讨论参战与否。
段祺瑞看到形势不利，决定解散国会。很快，九位地方督军、省长及督军代表上呈黎元洪，不满国会权力过大，声称“今日之国会，既不为国家计，是已自绝于人民代表资格，当然不能存在”，恳求总统“毅然独断”，立即解散参众两院。黎元洪毫不示弱，召见领衔的吉林督军孟恩远等人，说总统解散国会没有法律依据——《临时约法》规定国会不可被解散。相反，黎元洪直言现在时局的症结在内阁，只有段祺瑞去职才能解决问题。段祺瑞和督军团见黎元洪强硬到底，在段宅开会，决定采取更激烈的行动解决问题。黎元洪也召集亲信，商量对策。他手中可打的牌不多，却有一张王牌：有权罢免总理。
段祺瑞料想憨厚的黎元洪不会打出这张牌。不想，觉得被逼上绝境的黎元洪就在1917年5月23日突然下令免去段祺瑞的总理职务，并任命外交总长伍廷芳为代总理！
段祺瑞遭到突然打击，顿时失去了权力。他酸溜溜地说黎元洪的免职令是伍廷芳副署的，自己没有副署，将来产生不利影响自己概不负责（约法规定总统令需要总理副署）。但免职的打击让他一时转不过弯来。在中国传统政治中，有枪的草头王从来不会被人一搂到底、权力尽失。这可怎么办啊？段祺瑞不甘心认输，灰溜溜跑到天津想办法去了。
三
段祺瑞恨恨地一心想要倒黎。可他一个被罢免的总理不方便抛头露面，需要找个人当枪使。
段祺瑞找的这个人就是徐州的张勋。张勋是个憨厚简单的武夫，二十多岁才参军从普通士兵干起，凭着听话和愚忠得到步步升迁。他在袁世凯任山东巡抚时进入北洋系统，受袁世凯的提拔，但慈禧太后对他的提拔更多更大，所以他当了民国的官仍然念着清朝的好，以前清遗老自居，老想捧宣统复辟。段祺瑞不想复辟清朝，但在推翻黎元洪一事上，段和张的利益是相同的。而张勋敢干敢为、头脑简单的特点，决定他很适合当别人的枪。5月21日，黎元洪不肯解散国会，鄂、闽、鲁、豫四省督军及数省督军代表离京南下去徐州找张勋了。张勋主持召开督军团会议，会间传来了段祺瑞被罢免的消息。各省武人大哗，在会上通过了倒黎复辟的决定，制定了三步走路线：解散国会、逼黎退位、实行复辟。大家为什么要复辟呢？除了张勋这个死硬的复辟派外，其他人都是想利用张勋泄愤倒黎而已。黎元洪罢免段祺瑞，得罪了整个北洋系统。但武人心思不一，只有张勋愿意出来当头。既然仰仗张勋领头，就得答应他的要求。比如徐树铮代表段祺瑞来徐州，就知道张勋的复辟计划，不仅没有反对还扬言只要驱逐黎元洪，一切手段在所不计。
张勋得到支持的表态后，即在段祺瑞被罢免的第二天（24日）发电报给黎元洪支持段祺瑞，指责黎元洪逾越职权。北洋系控制的安徽、河南、浙江、奉天、陕西、山东、直隶、黑龙江等省先后宣布“独立”，要求解散国会，各地北洋军队蠢蠢欲动，向黎元洪施加压力。但真正出兵的只有张勋一个人。张勋在北洋系中兵力并不算强，自恃有“强大的支持”，只率了5000个拖着辫子的大兵，就坐火车扑腾扑腾到天津找段祺瑞来了。6月2日，“独立”的北洋各省在天津设立“各省军务总参谋处”，声称要“巩固共和国体”，另立议会。具体怎么做不重要，重要的是北洋军做出向北京移动的态势。
黎元洪受到了极大的压力，先后邀请北洋元老徐世昌、王士珍出任总理，稳定局势，抵消段祺瑞等人的压力，可惜遭到拒绝；再拉出老资格的李经羲任国务总理，谋划组织新内阁。李经羲赋闲天津，被北洋系“独立”声所包裹，不敢进京就职。黎元洪又想一一做地方督军的工作，结果派去东北的说客被张作霖扣留。黎元洪环顾四周，将张勋看作了救命稻草。他不是不知道张勋的政治背景，但是认为张勋头脑简单、为人仗义，可以借他的力量制止混乱。张勋不是闹得最凶，要进京嘛？6月1日，黎元洪就以张勋“功高望重，至诚爱国”为由，着其“迅速来京，共商国是，必能匡济时艰，挽回大局”。
召张勋进京，这是一步险棋。
对于张勋来说，这是尽力一搏，力求复辟；对于黎元洪来说，这是险中求生，以求自保；对于段祺瑞来说，这是浑水摸鱼，乱中取胜。可是权力战车启动后，三方之中谁都控制不了缰绳了。张勋尚未入京，北京就已是“讹言蜂起，一夕数惊”。大家议论纷纷，辫子兵要来拥戴宣统重坐江山了。黎元洪专门电告徐世昌、段祺瑞和李经羲，请他们转告张勋，入京时“毋庸多带军队。如军队业已启行，亦请暂在天津以南驻扎，庶不致人心摇动”。
张勋不听劝告，驱使部队进京，自己停留在天津，逼黎元洪解散国会才愿意“调停”。黎元洪最强大的政治盟友就是国会，可惜国会和他一样无兵无将，关键时刻提供不了实质帮助。面对北京城充斥的辫子军，黎元洪无奈，只得同意解散国会。他希望解散国会后，张勋能够践行诺言、调停乱局。不过，总统令需要总理副署，代总理伍廷芳“坚不副署”，新总理李经羲又远在天津，而且不愿意副署。解散国会的事情就这么耽搁了下来。张勋听到消息后，大发雷霆，质问黎元洪身为总统竟然连国会也解散不了，真是没用。他眼中有辫子、脑中没有国会，不管黎元洪用什么手段，“以明日为限，必有确实办法，过此断不与闻，一听北上各军自由行动。”黎元洪头脑中还有民主共和的思想，真如张勋说的那样不择手段的话，国会早就解散了，可黎元洪就拘泥于副署问题迟迟下不了手。黎元洪都发话了，谁愿意副署就任命谁为总理，可就是没人愿意承担解散国会的恶名。拖到6月12日夜里，江朝宗挺身而出，愿意副署。黎元洪喜出望外，立即命令江朝宗去伍廷芳处索取总理印信。江朝宗也大喜过望，马上跑到伍廷芳家索要总理大印。伍廷芳气得说不出话来，紧闭大门，传话有事等天亮后办理。江朝宗做总理心切，使出下三烂的手段，先调来军乐队对着伍家宅院吹号打鼓，又调来骑兵围着伍家四周奔跑。伍廷芳熬了一夜，全家不得安宁。天快亮时，江朝宗在伍家门前堆起木柴，点燃大火，声称再不交印就要烧家硬夺了。伍廷芳年纪大了，哭笑不得，只好听凭儿子把总理印信扔出门外。江朝宗抱起大印，奔回总统府。黎元洪解散议会的命令早已签署，只等国务总理签章了。江朝宗到达后，兴奋地在总统令上加盖了国务院大印，又郑重其事地签上“江朝宗”三个大字。江朝宗正美滋滋地考虑再过几天就能过上代总理的官瘾了，不想黎元洪随即命令他把总理印信送到国务院封存。从盖印到副署，江朝宗总共只代理了一分钟的总理。43
之后的事态发展超乎黎元洪的预料。张勋实现解散国会的目的后，背弃了诺言，踢开黎元洪开始复辟了。他进京后，跑进紫禁城对着宣统磕起了头，恭请宣统复辟。