学者最忌识神用事。识者，载妄之官，神之有漏义也。夫心，觉而已矣。觉动而识起，缘物乃见。物交物，则引之而已矣。觉离本位，情识炽然，聪明乘之，变幻百出，其最为近而似焉者为理识。理识之病，深则凿，浅则浮，诡则异，僻则邪，偏则倚，支则杂，六者皆贼道之媒而妄之著焉者也。妄非真也，识非觉也。妄尽而觉还其初，神在何处？识在何处？故曰：学者，觉也。从这一段议论中可见，他“知道”觉“应该”是什么样的状态，并且一定确有所觉，但此种“知道”可能也是“识神用事”。
因此，刘宗周通过学习来涵养，产生了两方面效果。一方面通过学习形成了思维定式（如其所谓“理识”），束缚了心体，使之处于封闭状态，给新观念的输入和自性的展现造成障碍。由于一切都由往圣先贤所规定，知识则难有进一步拓展的空间，想象力和好奇心会受到抑制，并导致对新事物缺乏关注和应付能力。另一方面，通过学习可以启发心田内本有的道种（如其所谓“学者，觉也”），或使得内化的东西成为心田之内的种子，这些种子成为人的慧命，会自动促使人吸收有益于自身生长的信息和精神能量，并对妨碍自身生长的信息进行抵制和防御。这样，人会依照这些种子的要求继续学习，通过读书吸取古人写作时贯注在书里的信息和精神能量。
有些书中信息量和能量巨大，会对读者产生巨大的感染力，使学者大开道眼。读者和作者在这里架起信息沟通的桥梁，通过此桥梁，作者将信息和能量输入到读者这里，使读者受到感发，受用亲切，如刘宗周所谓“便觉古人真在目前”。这样，作者可以成为读者的增上缘，他通过一种信息和能量的加持，帮助读者静气、静心，信心增长并得到精神依靠，甚至会使人产生皈依感。这也正是读书何以成为涵养之法的真实原因。
如前所述，刘宗周心性哲学中的许多概念既是各有侧重又是密切相关的。他的慎独和诚意的关系是这样，它们同涵养、省克之间的关系也是这样，涵养法中静、养、学之间的关系更不例外。这三者中静字最为根本，因为唯静可以呈现本体，唯有本体呈露，养和学才有基础和目标，并且静本身就是一种养。养是对本性灵苗的一种培育。除前面静的方法外，还有提撕、护持之功运行其间，是对本体的精神投注。相对于静来说，养虽说“勿助”，但也“勿忘”，有时略微用力，着了些意思。三者中唯“学”是一种外加之功，是一种增上缘。所学是否得力，离不开前面的静和养的工夫。除了启发的作用外，学的作用更像给本心施肥。学本身就是一种养，甚至是一种补。不仅如此，学有时干脆就是下种，当然这在刘宗周的心性哲学里是不承认的，他只把学当成启发和印证看。
可能正是因为学有时就是下种，所以如果在本心尚未呈露，混沌未开之时点下了此种，便可能为心立了主意，成为以后呈露和养护的根苗。如果这个种子是在个人后天无意识形成阶段下的，那么当它受到启发，发出根苗成为意识的时候，其根就可能被视为扎在先天的土壤里的。如果真是这样，那将是十分可怕的。这就像一只杜鹃在其他鸟不在巢的时候将卵产在这些鸟的巢里，当巢主人回来时便将杜鹃的卵同自家的卵一同孵化，先孵化出的杜鹃会将巢内的其他的卵清除出去，而可怜的主人会将它当成自己唯一的后代来喂养，而不知道自己真正的后代在还没有孵化出来的时候就已经死去了。这是真正的认贼为子。如果在刘宗周的精神领域里发生了同样的事情，先天的本心被后天的种子所湮没，则后来的一切修养工夫皆成可疑，那将是极其可怕的，所以于此性命攸关之事不可不辨。
这个问题将在后文对刘宗周童年期（个人后天无意识形成期）的研究中进行尝试性分析。
总之，如果站在刘宗周的立场上看，其心性哲学中静、养、学三种主要涵养方法中处于主导地位的应该是静。如前所述，静可以呈露和养护“心源”，而心又是一切的根本。但如果从刘宗周的立场上跳出，并且从对人影响的角度看，学的影响似乎更大，它关系到通过学习启发了或者蒙蔽了多少自性的问题，关系到刘宗周心性哲学的核心独和意的先天性问题，即它们是否真是天命之性的反映。
（第三节 省克
在刘宗周的心性哲学里，涵养和省克是密不可分的。他说：“就性情上理会，则曰‘涵养’；就念虑上提撕，则曰‘省察’；就气质上销镕，则曰‘克治’。省克得轻安，即是涵养；涵养得分明，即是省克，其实一也，皆不是落后著事。”这就是说，涵养与省克是因着意对象的不同而有分别，其实无非慎独之功，不着于事后，“其实一也”，但却不能因此将二者混为一谈，因为既然着意对象不同，所以工夫所至就会有不同的对治和不同的体会，况且在同一主旨下也不妨分别次第说。而在刘宗周本人这里，涵养固然用于无事，但省察则绝非不用于事后，关键是心中要有个主意，乃所谓本心、独体之意。他说：
无事时存养，有事时省察。若无事时存养不得力，且就有事时省察；有事时省察不得力，且就无事时存养。若两者皆不得力，只合查考存养是存养个甚，省察是省察个甚。此时揭出一个本心，便须不由人不存养不得，亦并无存养可说；且不由人不省察不得，亦并无省察可说。方是真存养，真省察。君子之学，“慎独”而已矣。无事，此慎独即是存养之要。
有事，此慎独即是省察之功。
这里慎独诚意收摄了涵养省察，为涵养省察讨了个主意。其实涵养省察并未因此而废，它们其实是慎和诚的具体方法。刘宗周的心性哲学总是要在根源处立大本，故有时视事后工夫为不究竟，反对“动而省察之说”，而以省察为涵养之法。但是，他本人的经验告诉他，并非大本一立，其他工夫皆不须说了。理论中的状态不等于现实。就拿念来说，按照刘宗周所说的理想状态来看，应该只有意没有念，念是“心之余气”，但事实是念无所不在，故刘宗周就有“化念归心”之说。要“化念归心”，则必须先有对念的照察，而这又必在念起之后，所以这种照察就是一种事后省察的工夫，而且接下去便会是如何消解克治的问题了。
虽然省克是涵养的辅助方法，但是刘宗周还是对此极为重视，因为它是动向静、邪向正的回归，并且对大多数人来说，没有了省克工夫，行为就会荡然失守。所以，如果说涵养偏重于养生，那么省克则偏重于防治。因为省克之后复归于涵养，故此又可以说省克是为了涵养本源。省克包括省察和克治两方面工夫，其中察是知，克是治。
作为省克的对象，前面所说的念首当其冲。对念的克治在刘宗周工夫论中占有重要地位，他晚年的一个名号便是“克念子”。
他说：
省察二字，正存养中吃紧工夫。如一念动于欲，便就欲处体，体得委是欲，欲不可纵，立与消融，犹觉消融不去，仍作如是观，终与消融而后已。一念动于忿，便就忿处体，体得委是忿，忿不可逞，立与消融，犹觉消融不去，仍作如是观，终与消融而后已。是勿忘勿助中最得力处。这里的“体”便是“省”，“消融”便是“克”。游思杂念之所以要克，是因为在刘宗周看来，它们是根源于名利之心的，而名利心则根源于私心，所以克念其实就是克私心。他说：“凡游思杂念，究所自起，毕竟名利二字是他根株。名利二字，总根我见而来。（旧钞此下云：‘我见象个太极，利是阳，名是阴，为利底无所掩护遮藏，为名底害道最深。’）人身本与天体相似，天之所以为天，无私而已，人若无私，便与天体一般。”这自然是刘宗周省察的结果，所谓“究所自起”便是这省察之功，此种省察之功是由表及里的，沿着这样一条路线：杂念→利→名→我见→私。所以私是最根本的。通过这样的反省，杂念的种子便被发现，克治也就有了标的。
但是省察之知并不能除去自私，只是知道自私，因此也就不能除念。这一点刘宗周自然也是清楚并且深有体验的。只是刘宗周并不总是一味压制，这可能和自己的一些经验有关，刘宗周开出的对治之法不是直接去邪，而是通过扶正来去邪。所以当弟子祝渊苦于杂念之不能除时，刘宗周开示说：
邪妄之念自然存留不得，若游思杂念不能一切划除，不妨且与放下，不能除去，只莫增他。人心之灵本自做得主宰，只因向来没有养气工夫，气去动志，天君反听命于气，遂至迁流集渐，无所不至。学者养心之法，必先养气，养气之功莫若集义，自今以往，事事求慊于心。昔贤所谓一日之间，闲言语少说几句，闲事件省下几条。如此做去，渐渐并归一路，游思杂念自然逐件销除。在《学言》（上），他也说：
游思妄想，不必苦事禁遏。大抵人心不能无所用，但用之于学者既专，则一起一倒都在这里，何暇及一切游思妄想？即这里处不无间断，忽然走作，吾立刻与之追究去，亦不至大为扰扰矣，此主客之势也。另外，在《学言》（中），他又针对阳明的截止之法提出了自己的改进意见：
阳明子曰：“言语正到快意时，便截然能忍默得；意气正到发扬时，便翕然能收敛得；愤怒嗜欲正到沸腾时，便廓然能消化得，此非天下之大勇不能……”愚谓言语既到快意时，自当继以忍默；意气既到发扬时，自当继之以消化。此正一气自通自复，分明喜怒哀乐循环之妙。从上面这两段议论中，我们可以看出刘宗周的自我体验以及他自我控制的方法。首先，刘宗周通过自我省察体验到念是被一种游气所牵引，乃所谓“游思”，而这种气乃是一种能量，因此它带动的念会对志产生一种冲击，乃所谓“气去动志”，这样人的行为就会发生对于志（意）的偏离。而在刘宗周看来，心是人的主宰，本来有能力调动能量，使气聚集，其方法便是集义，但由于人心受到干扰，不能持志，没能通过给予这种能量以足够的关注来控制它，使它被私欲的种子所牵引，成为推动和满足私欲的能量。所以刘宗周提出要以养气来养心，以集义来养气，通过“事事求慊于心”，使得心地浩然光明，不存猥琐之气，则自然体内浩气滚滚，睟面盎背。而日间的闲言闲事莫去理它，一方面专心存养，另一方面防止神气消散。
这样能量在心的调动下逐渐凝聚，“并归一路”，自不会散漫而成为杂念。所以刘宗周的省克工夫全在伏住气，力戒轻浮飘动而着意于沉稳，一味收敛。
刘宗周的这种除念工夫是否能对念起到控制作用？是否能散发出浩然气象？回答是肯定的，但是这并不能解决所有问题。这其实是一种志和私的对抗，心以精神投注的方式对能量进行调控，使得志在力量上占有优势，遏制了私，但私的种子并不会因此消除。这一点刘宗周自己也是体会到的，比如扫除势利之私。他说：“平日学问专为扫除势利，但此念潜伏甚微，一毫未净，日后当热闹场中一见可欲，便从此一毫未净处牵引将去，便自站脚不住。”可见私其实是被志压住的，并不见得会消除。但私作为比志更深一层的内驱力，虽不敢明显表现出来，但却有可能变相表达，如通过浩然气象甚至无私无欲表达自己。私在心田里是一种埋藏，并非表面的浮土可以扫除。
如果内在的种子被外诱唤醒获得了能量，则持志持气都未必弹压得住，那么便“莫去增他”，并通过其心理结构中超我活塞式的结构对此能量进行化解，表现为“一气自通自复”。这种机制后文将做进一步分析。
刘宗周要省察的不仅是自己的念头，还要省察自己的状态。所以他的省察里面就包含有涵养的成分。他说：“日用之间，尝见得满腔子生意流行否？生意周流无间否？ 行而不过其则，各止其所否？
如此乃是切实工夫。”这也就是说，如果此腔子内生意周流无间，自身行为恰到好处，所应事务各得其所，则护持此状态，乃所谓“保任”，否则就需要进一步检点和纠正。
省察之法首戒一个欺字，不可有丝毫的自我欺瞒，蒙蔽骨子里的东西。这样才能发现种子，对自己有一个清醒的认识。反省工夫是越细密越好，不厌精细。他说：
为学吃紧是要打破一欺字关，即如居尝语默动静，最微最细，简点不到处错失，都是此欺字下根株。若是此字划除不尽，更说甚么学问！吾这里才说著学问，便不容假借分毫。这里说的“简点”便是省察，是一种对自己思想和行为做的一种动机分析，也是今天心理学的重要方法之一。刘宗周的自我分析水平在他的那个时代应该说是非常罕见的，可以说已经达到了他那个时期儒家的最高水平。他所体察的不但是意识，还有前意识，甚至触及了部分潜意识。可以说，刘宗周的心经过修炼已经非常敏感了。
从下面这段文字中我们可以看到他对一些细微之处的观察：
择善不是外面去择，外面人品之邪正，事为之是非，此易明白。惟于此中粹然天理无夹杂之中，稍稍手势重些，声音未免过高，举动未免轻率，只此一念，便流躁动边去；手势略微缓些，声音未免过悠，举动未免疏易，只此一念，便流怠慢边去。须是此心粹然中正，略无些子过、些子不及，中和之气满盘流露，此之谓动容周旋中礼，此是惟精惟一之功。这是涵养兼着省察，从中可见刘宗周省察的细致、体会的微妙。声音、手势的轻重缓急是无意识通过身体语言的一种流露，其中传递的信息只有敏锐的人才能体察到。无怪乎刘宗周在《人谱》中那么重视“九容之动”了。
刘宗周不但重视对无意识的身体语言的省察，还重视对无意识的梦的省察。他将梦视为检验工夫的一种方法。在他看来，睡眠乃是一种昏沉状态，灵明容易失照，白天潜伏的种子此时容易翻动，进入意识，因为“日有所思，夜有所梦”，可以通过梦检验意识状态下的工夫是否将种子打扫干净。并且，如果工夫深入，在睡眠尚浅的状态下，灵明仍有照察之功，乃所谓“常惺惺”者。他认为睡时的无念状态是本心，而梦境是习心。他说：“人寐时，惟玄惟默，可以证本心。梦时，忽起忽灭，可以证习心。”通过卜梦可以发现习心，然后加以去除。卜梦是他一生的功课。他年轻时官行人时，就曾因“夜梦升卫经历”而“深自刻责”。《刘谱录遗》记载了他５１岁时亲近阳明学之后在放松状态下的一次卜梦：