独者，人所不知而己所独知之地也。言幽暗之中，细微之事，迹虽未形而几则已动，人虽不知而己独知之，则是天下之事无有著见明显而过与此者。是以君子既常戒惧，而于此尤加谨焉，所以遏人欲于将萌，而不使其滋长于隐微之中，以至离道之远也。这是朱子在《中庸章句》里对慎独的理解。这种理解也不是朱子的独创，而是本自郑玄。郑玄说：“慎独者，慎其闲居之所为。小人于隐者动作言语自以为不见睹，不见闻，则必肆尽其情也。若有占听之者，是为显见，甚于众人之中为之。”无论是郑玄还是朱熹，都是把“独”视为无旁人之地，而朱熹更是把“慎”作为一种戒惧省察的工夫。由于人欲会与他人产生冲突，自身会产生惩罚预期，并且欲望暴露于人前也会带来羞耻感，因此他人的在场对人欲会产生抑制作用。出于自我保护，人会自动针对自身的欲望产生一种防御机制。但是如果没有他人在场，外在的威胁消失了，这种防御就没有必要，行为就会无所顾忌。这就是《大学》里说的“小人闲居为不善，无所不至。见君子而后厌然，掩其不善而著其善”的原因。而真正的君子则不然，他们人前人后都对自身有严格的要求，并不会因为无人在场而无所顾忌，他们自己有一双自我省察的眼睛和净化自我的内在愿望。这样，能慎独于人后，就会诚意于人前。
一般来说，从止恶到行善有四个次第：惩戒、羞愧、自省和内疚以及率性。率性即是自发的善。因此，这四个次第是一个由他律向自发转化的过程，都暗含于《中庸》、《大学》之中。其中惩戒是以法律和规则的手段对“闲居为不善，无所不至”的“小人”的行为进行控制；羞愧是通过舆论起作用，使人“掩其不善而著其善”；自省和内疚则是一种自我监控和自我惩罚，也就是“戒慎恐惧”；而率性则是率“天命之性”，“诚于中，形于外”，“从容中道”。惩戒是强性他律，羞愧是弱性他律，自省和内疚是自律，率性是自发。朱熹理解的“慎独”自然是第三个层次的自律———自省和内疚，是“戒慎恐惧”，是“修道之谓教”。
按照朱熹对慎独的理解来把握《中庸》、《大学》，是可以解说得通的。《中庸》、《大学》里提到的慎独不但有慎与不慎的区别，而且还有独和不独的区别。“小人闲居为不善，无所不至”是独而不慎，“见君子而后厌然，掩其不善而著其善”是慎而不独，“君子戒慎乎其所不睹，恐惧乎其所不闻”是慎且独。这样，能慎独者为君子，不能慎独者为小人。人前人后、独与不独是否能保持一致就关系到后面的诚与不诚，是人格真伪的分水岭。
将慎视作工夫，在这一点上刘宗周和朱熹没有什么不同。所不同的是他们对独的看法：朱熹将独视为“人所不知而己所独知之地”，而刘宗周将独视为本体。在刘宗周看来“独之外，别无本体”。那么刘宗周所说的独体是什么呢？刘宗周在《中庸首章说》中说：
“喜怒哀乐之未发谓之中”，此独体也，亦隐且微矣。及夫发皆中节，而中即是和，所谓“莫见乎隐，莫显乎微”也。未发而常发，此独之所以妙也。中为天下之大本，非即所谓“天命之性”乎？照此说，所谓的“独体”其实就是“未发之中”，是天下之大本，是天命之性。他在给秦履思的一封信中也说：“‘独’只是‘未发之中’，‘未发之中’正是不学不虑真根底处。”因此当有人问他“中便是独体否？”他回答说：“然，一独耳。指其体谓之中，指其用谓之和。”他还说：“天即吾心，而天之托命处即吾心之独体也。”由于在刘宗周看来，独即是中，即是天命之性，那么慎独便是致中和，率天命之性。如果从思想者的本意看，此“独”和“良知”至少在“不学不虑”上是相同的，这种“不学不虑”本身就具有先天的性质，只是刘宗周认为阳明的良知太偏重于后天的照察，因而落于第二义，所以他认为应再向前一步，求于“天下之大本”———未发之“独”。也正因为立独为天下之大本，使得此“独”字含有了一种峭然孤出、君临天下的意味。的确，在刘宗周这里，“独”就是个一字法门，大有一种收摄的意思。所以刘宗周以“慎独”统摄一切学问便是顺理成章的事了。他说：“《大学》之道，‘慎独’而已矣；《中庸》之道，‘慎独’而已矣；《论》、《孟》、《六经》之道，‘慎独’而已矣。‘慎独’而天下之能事毕矣。”
刘宗周还曾经写过一篇《独箴》，其文如下：
圣学本心，惟心本天。维玄维默，体乎太虚。因所不见，是名曰‘独’。独本无知，因物有知。物体于知，好恶立焉。好恶一机，藏于至静。感物而动，七情著焉。自身而家，自家而国。国而天下，庆赏刑威。惟所措焉，是为心量。其大无外，故名曰天。天命所命，即吾独知。一气流行，分阴分阳。运为四气，性体乃朕。率为五常，殊为万事。反乎独知，独知常知。
全体俱知，本无明暗。常止则明，驱驰乃暗。故曰闇章，的然日亡。君子知之，凛乎渊冰。于所不睹，于所不闻。日夕兢兢，道念乃凝。万法归一，不盈此知。配天塞地，尽性至命。此知无始，是为原始。此知无终，是为反终。死生之说，昼夜之常。吾生与生，吾死与死。夷彼万形，非我得私。猥云不死，狂驰何异？从这篇《独箴》中，我们可以看到刘宗周通过“独”合内外之道的努力，即通过独体将宇宙人心打并一片。独体为宇宙之本，而宇宙又是人心之本，即“圣学本心，惟心本天”，所以独体既是宇宙之本，又是人心之本，所谓的“人心之本”即是“天命之性”。此独体之中存有好恶之机，即“好恶一机，藏于至静”，此“机”就是后文所要讨论的“好善恶恶”之“意”。人能慎独诚意，则自身、而家、而国、而天下，修齐治平之事一齐并了。何以故？此独体中之“一气流行”，生化宇宙万事万理，故宇宙中事无非我独中之事，也正由此见得我心量之广大无外；又独中有知，为我心之灵明精觉处，能体物无遗，如能于不睹不闻之地，守之以战战兢兢、临深履薄之心，则自然道念凝固，日而章。故此，慎独是归一之法，知此则知原始反终，尽性至命之说。因此，和朱熹相比，刘宗周已经将“慎独”拔得很高了。
由于刘宗周与朱熹对“慎独”的理解有很大的不同，所以他在《独箴》，《全集》第３册（下），１０９７～１０９８页。
树立自己的学说的同时必须对已有的成说作出回应。同陆王一派一样，他也抓住了朱子学说的支离进行批驳：
隐微者，未发之中；显见者，已发之和。莫见乎隐，莫显乎微，故中为天下之大本。慎独之功，全用之以立大本，而天下之达道行焉，此亦理之易明者也。乃朱子以戒惧属致中，慎独属致和，两者分配动静，岂不睹不闻与独有二体乎？戒惧与慎独有二功乎？致中之外复有致和之功乎？从这段话中可以看出刘宗周以朱熹为支离，而自己求归一的学术倾向。但刘宗周对朱熹的批驳并不很有力，二人对独的理解不同，则后面的辩论已经失去了基础，况且一贯的道理并不妨碍分别说，致中、致和，分动、分静作为一种工夫的两个次第也未尝不可。更何况能写出“万紫千红总是春”这句话的朱熹怎会只见花朵之支离而不见春的大模样呢？刘宗周批评朱熹学说的支离的真正目的其实是说朱熹对慎独的理解使得慎独成为第二义，因为他认为朱熹理解的慎独“为动而省察边事”，是后天用事，但是刘宗周认为慎独应是“第一义”的。在刘宗周看来，由于独即是“天命之性”，是至善的，所以能慎独，则自然止于至善，是一种彻底的工夫，哪有什么中和、动静的分别可说？刘宗周也曾赞叹朱熹在“独”下加一个“知”字，他在《学言》（下）中说：“《中庸》疏独曰‘隐’，曰‘微’，曰‘不睹不闻’，并无知字。《大学》疏独，曰‘意’，曰‘自’，曰‘中’，曰‘肺肝’，亦并无知字。朱子特与他次个知字，盖独中表出用神，庶令学者有所持循。”这种夸奖让人觉得奇怪，因为从这段夸奖中看，朱熹应该是有意点出独中之知的，好像刘宗周本人和朱熹对于独的理解没有什么不同一样。其实他当然是知道“独居”和“独体”之间显而易见的区别的。他在此前的《独证编》（写于丙子，而前一条出自七年后的《存疑杂著》）中曾说：“朱子言独知，对睹闻以言独也，若早知有不睹不闻意在，即只言慎独亦得。”可见他是明知朱熹的“慎独”是已发后省察的，也知道朱子所说的“不睹不闻”并不是自己所认为的不可睹闻、无声无臭的本体，“独不以地言也”。其实对“独知”的独特理解是刘宗周本人时常强调的，所以这段话与其说是夸赞朱熹，还不如说是刘宗周的自我夸赞。朱熹所谓“独知”的意思只不过是一种私下的反省，而不会是刘宗周所说的独体之知，更不会“特与他次个知字”，“表出用神”，没有体，哪里来的“用神”？
如果单从理论设计上看工夫的彻底性，刘宗周的思想应比朱熹的更为高妙。依据前文，朱熹的慎独说的确是第三层次上的自律，而刘宗周的慎独说则应是第四层次的自发，并且刘宗周之所以以慎独为其学术主旨，就是要强调一种自发。不是自发便是人伪，故此刘宗周又有“离独一步，便是人伪”的说法。他对独体的规定已经使得慎独的自发性有了理论上的依托。刘宗周固然想做一种彻根彻底的学问，只是我们按照他对独的理解来看《中庸》、《大学》，仍会产生很多疑问。比如，如果独体、中体、天命之性等都是一个东西，《中庸》中设如此之多的名目岂不徒增缴绕，有何必要？并且，如果是一个东西，文中为何不明言？再说《中庸》、《大学》都因机设教，本末终始层次宛然。比如《中庸》有“率”性与“修”道的分别，有至诚和致曲的分别；《大学》八条目的层次也是历历分明的，虽然重根本，但也强调次第，并且其中每一概念都有确指，似乎没有那么多的变化。《中庸》和《大学》中独的本意应该是质朴的，即便不如朱熹解说的那样，但也未必如刘宗周理解的那么玄妙。他甚至以独合《易》及周敦颐《太极图》：
独者，心极也。心本无极，而气机之流行不能无屈伸、往来、消长之位，是为二仪。而中和从此名焉。中以言乎阳之动也，和以言乎其阴之静也，然未发为中而实以藏已发之和，已发为和而即以显未发之中，此阴阳所以互藏其宅而相生不已也。
又指其中和所蕴之情，不过喜怒哀乐四者，依然四气之流行而五行各司其令也。由是以无极之真，二五之精，妙合而凝。以成乾男，则天位乎上；以成坤女，则地位乎下；以化生万物，则万物育于中。此之谓天命之性，率性之道。而苟非君子实有是慎独之功，从主静以立人极，则亦何以使二仪之不忒其位，四气之各序其功，天地万物各得其所？此之谓修道之教。大哉《易》乎！斯其至矣。这一段文字完全是从周子《太极图说》化出，所谓的心极无非是太极之别名，故此独也就是太极之别名，宇宙的万事万理无非此独体之一气流行。我们很难同意《大学》、《中庸》中的独会有这么多的意思。这些想法更像是刘宗周自己的，而不是《中庸》、《大学》的。
所以刘宗周的慎独说仍然是以《中庸》、《大学》合于己意，并且，其理论上的创新也只是相对而言。从本体论上看，独只不过是至善本体的又一个名字而已；从工夫论上看，他的慎独说的确比朱子的进了一步，在理论上更强调了主体的自发性，只是这种自发性是否真的成立，还值得进一步分析验证。
刘宗周对慎独的理解虽然未必是《中庸》、《大学》的本意，但他却借此确立了自身学说的立脚点。由于刘宗周视独为本体和本原，所以当他遇到《大学》中八条目的根本———格物时，就会很自然地将二者联系起来，于是就有了以“独”为无物之物、为“物”之本的观念，并由此进一步发展为以“慎独”为“格之始事”。他说：
君子之学，先天下而本之国，先国而本之家与身，亦属之己矣。又自身而本之心、本之意、本之知，本至此，无可推求，无可揣控，而其为己也隐且微矣。隐微之地是名曰独。其为何物乎？本无一物之中而物物具焉，此至善之所统会也。“致知在格物”，格此而已。独者物之本，而慎独者格之始事也。刘宗周是以慎独为工夫的入手处，但是《大学》已明言格物，所以他必须对此做出回应。最简单的方法就是将“独”说成是比“物”更根本东西，进而以“慎独”为“格之始事”。其实这样就等于在八个条目中增加了一个条目，而且是最根本的条目。刘宗周自然不会如此唐突，故用了“始事”两个字，意在使慎独作为格物的一个过程，但这却有似掩耳盗铃。刘宗周在努力弥缝自己的观点与《大学》之间的冲突。
我们还可以体察一下“独”字中所蕴涵的信息，分析一下这个字和刘宗周之间有怎样的微妙关系。当我们用心念动一个口诀时，其实就是在吸收和内化这个口诀里的信息，而且如果这个口诀是自己选定的，那么这个口诀本身也就蕴涵了自身的信息。人不断回想和念诵这个口诀，就是对口诀中信息的强化，就如同一个巨大的声源使周围器物发生共振一样。所以，如果常念“慎独”的口诀，“慎”和“独”字所蕴涵的各种信息夹杂着个人对它的一些具有倾向性的认识便会潜移默化地溶入人的血液里。“慎”字自然有细致、谨微、收敛的意思，而“独”字相对就比较复杂。从“独”这个字本身所提供的信息来看，它有“一”、“无对”、“专主”、“排他”等意味。“独”有“一”的意味是不言而喻的，这个“一”不但使独有本体的意味，还使得独有了发生论上的本原的意味。独字在先秦典籍中似乎只有《庄子》中说的“见独”有这种本体意味，我还不能肯定刘宗周认独为体是否受了庄子的启发，但庄子的“见独”是在“坐忘”中不断抛弃、不断敞开，乃至无所可抛之后的呈露，这和刘宗周所体的独可能不太一样。体独并不会抛开那么多的东西，有些东西是一定要抓住的，抓住了这些东西就是抓住了独体。并且，庄子并没有说独能创生宇宙万事万理，而刘宗周的独却含有这种创生功能。独中体现出的“一”还是一种状态，有清澈、抟聚、宁静的意思，不“一”则会纷纭散乱，古人所谓“抱朴守一”的“抱”和“守”字就烘托了“一”字的这层意思。刘宗周的“独”除了有本体的意义外，也含有这种“凝一”的意味，这在其工夫论中就是“四路把截”，此种意味和慎独的本意也是有些相通的。
独的“无对”的意味是从“一”的意思中衍生出来的。也正因为这种无对，他在《人谱》中形容心体才用了“无善而至善”五个字。显而易见，如果有对，便不是独了；独本身是至善的，但如果说了善，便是有对，所以说“无善”。这种“无对”导致了本体的不可说，说了也要随说随扫。独的“无对”其实就是说“只有它”。这便引出了独的另外两个意味：“专主”和“排他”，这两种意味体现了“独”字隐含的霸气，比如“独断”、“独裁”等，这些意向使得“独”字显得有些峭拔，“我”的意味很浓。“独”字的这些信息都会融化并体现在刘宗周的身上，或者说他在一定程度上是“独”的化身。
如果结合后文的心理结构分析，我们可以看到这个“独”正是刘宗周人格结构中的独裁者，它有强烈而鲜明的意志，对人的思想和行为作出指令，并掌握对人进行自我褒奖和训斥的权利。“独”的指令便是“意”，一种潜在而又强有力的意志，所谓“诚意”便是尊此“独”之意志。这种“专主”和“排他”的意味，使得“独”字显得很硬。虽然表面看来“独”字包含了“一”的意向，但它并没有“一”字大。