1940年3月5日，蔡元培在香港病逝，中央研究院院长出缺，需要补选。按当时的程序，应由中央研究院的评议会推举候选人，再由国民党政府遴选任命。那时为学界所瞩目的领袖人物主要有胡适、翁文灏、朱家骅三个人，尤以胡适呼声最高。周炳琳认为“适之先生最适宜”，陈源也说“最适当的人选当然是胡适”，陈寅恪认为，新院长若从文科中选，必选胡适，彼宣称“重庆之行，只为投胡适一票”。至于傅斯年之拥护胡适，那就更不用说了。但胡适当时正在驻美大使任上。为了抗日的需要，美使之任显得更为重要，因而蒋介石和国民党政府未必肯调他回国。旧中国官场中的事，往往都是乌七八糟，相比之下中国的学者们其平均人格总要比官场人物高出许多。所以如果不发生外部的干预，选举是可以平稳顺利进行的。
但当时发生两件事直接影响了选举。
一件事是孔祥熙不满意胡适当大使，想以颜惠庆取代他。平时找不到很有分量的理由，现在正好借补选中央研究院院长的由头，调他回国，然后委派颜惠庆继任美使。此事虽极机密，但学界亦有风闻。孔氏一家本为学界人士所不齿。知此内幕，更鄙其为人。有些人明明很盼望胡适回国领导中央研究院，但因不愿使孔、颜辈快意，故意不投胡适的票。而胡的另一些朋友，又必欲使胡适的威望显示出来。像上面说到的那几位，他们又坚持要投胡适的票。这样一来，补选中研院长一事就把政府官员同学界人物的矛盾以及驻美大使是否撤换问题纠缠在一起了。
另一件事是，在酝酿期中，蒋介石想对选举施加影响。在选举前两天，他亲自下条子，要“举顾孟余出来”。这下子触犯了学界的学术自由主义。大家“颇为激昂”，只有李四光表示赞成。选举前夕，评议员宴聚，陈寅恪大讲学术自由之义，主张“院长必须在外国学界有声望”。私下里谓“我们总不能举几个蒋先生的秘书”。他们当即做了一次“假投票”——即今所谓“民意测验”——结果是翁文灏得23票，胡适得21票，朱家骅得19票，胡适身在海外，又有不少朋友是故意不投他的票，怕他被选而调离美使之任。在这种情况下，能得这么多票，颇足说明问题。事情为蒋介石所知，他大不高兴，对孔祥熙说：“他们既然要适之，就打电给他回来吧！”孔祥熙、颜惠庆得此话头，大为兴奋。更四出散发消息，说“胡适就要回国任中研院长了！”消息传开，外报竞相转述。一时间，国内外不少人都以为胡适真要卸大使任回国了。学界的酝酿、上层的密谋、社会的传闻，终于传到胡适夫人江冬秀的耳朵里。冬秀夫人保持着中国善良妇女特有的成见，总以当官易多是非，所以，一向反对胡适陷身政界。胡适驻美大使的任命发表时，她极不痛快，曾“声泪俱下”地向胡适的一位老朋友诉说她的意见。1939年初，得知胡适因心脏病而住院的消息时，她又托胡适的朋友张慰慈去找翁文灏，要他们共同设法劝胡适辞职养病。这次听说胡适要调回国当什么“院长”，她径自写信给胡适，要他声明不干。胡适当时颇悉国内政界围绕他的大使职务问题产生的风波。所以，他回信给江冬秀说：“你谈起中央研究院的事，此事外间有许多传说，我无法过问，也无法推辞。我并不想做院长，但我此时若声明不干，那就好像我舍不得丢现在的官了。”
评议会正式选举的最后结果是：翁文灏、朱家骅各得24票，胡适得20票，李四光得6票，王世杰得4票，顾孟余只得1票。据说，王世杰以其平时声望本可多得几票，只因人们怀疑，蒋介石的手条是根据他们的动议而发的（其实未必如此），遂招致冷遇。此亦足见这班学者的风操。至于顾孟余，直可说是蒋介石专己自恣有以害之。大家为维护学术自由的尊严而对蒋介石小小地抗议了一下。依照程序，得票最多的三人即为中央研究院院长的候选人。由于这次选举搅进了许多矛盾，蒋介石等当轴人士颇费了一番踌躇，迟至9月间才作出最后决定：以朱家骅在政治上更为蒋氏所信任，遂任他为代理中央研究院院长。胡适的大使职务不变。蒋介石要王世杰发电给胡，告诉他“外传调兄返国，均因中央研究院问题引起。政府觉美使职务重于中研院，迄无调兄返国决定”。至此，风波才算平息了。