女娲创造的人类在大地上迅速繁衍，愈来愈多。自然界提供给人类捕食的飞禽走兽愈来愈少，因此人们常常忍饥挨饿，还时不时遭受疾病困扰。
过了许久，在烈山的石洞里出生了一个婴儿。奇怪的是，那婴儿刚出世，石洞周围便神奇地出现了九眼井，水光闪闪，谁要是动了其中任何一口井的水，其他八个井的水便会跟着晃动起来。这男孩生相异常，身体是透明的，从外面可以看到他的内脏，头上还长着角。大家都说他是神人下凡，说九眼井也是他带来的，父母给他取名叫“神农”。神农长大后聪慧过人，大家便推选他做部落的首领。
一天，一只周身通红的鸟儿飞在天空，嘴里还衔着东西。它掠过神农的头顶时，不停地盘旋，神农觉得很奇怪，突然那鸟儿把嘴里的东西掉在了地上，神农氏见了，便拾了起来，一看是一串五彩的珠子。鸟儿见神农捡起了珠子，竟绕着神农飞了三圈，还对着他叽叽喳喳地叫，似乎在嘱托什么。其实，那珠子是一颗五彩谷穗，神农便把谷穗埋在了土壤里，后来竟长成一片。他把谷穗放在手里揉搓，竟然是一把金灿灿的谷子。神农教人们砍倒树木，割掉野草，用斧头、锄头、耒耜等生产工具，开垦土地，种起了这些谷穗。
神农教会人们种五谷后，并不单单靠天劳作，还教他们打井取水，还用木头制成耒耜，以便于耕种。
后来神农经过一个靠近山林的部落，见到那里的人把很多猎物扔掉，一问才知道这里猎物多得吃不完。回来之后，神农想到自己部落的人经常缺少猎物吃，想了许久，他终于想到一个办法：肉多的部落和谷子多的部落不是可以互相交换吗？他欣喜地找到了好几个部落的首领，大家一商量，决定每隔十天，到日中的时候，不同部落的人把自己多余的东西拿到一个固定的地方，向其他部落的人换取自己所需要的东西。这样一来，果然方便了，每隔十天的日中时候，人们纷纷拿着自己多余的东西到固定的地方进行交换，人来人往，很是热闹。这就是日中为市的开始。
那时候，五谷和杂草长在一起，药物和百花开在一起，哪些粮食可以吃，哪些草药可以治病，谁也分不清。人们得了恶疾，也不知道怎样医治，身强力壮的人可以抵挡过去，年老体弱的就只好等死了。神农氏瞧在眼里，疼在心头。怎样会有更多的谷物来给大家充饥？怎样为百姓治病？神农苦思冥想了三天三夜，终于想出了一个办法。他顺着那棵能够通天的建木爬到了天国，向天帝请求，天帝被神农一心为百姓的诚心感动，就赐给他一些瑶草，还有一根神鞭，用它鞭打众草，神鞭就会变成不同的颜色，这样便能容易区分药草与毒草了。天帝还告诉他如果要想医治更多人的病，就要亲自去寻找更多的药草。
回到家里以后，神农决心去寻找药草和更多的谷物。于是便带领一些年轻人出发了，他们走啊走，腿走肿了，脚也生起了老茧，整整走了七七四十九天，来到一个地方。只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满奇花异草，大老远就闻到了香气。正往前走，突然从峡谷窜出来一群野兽，把他们团团围住。神农挥舞神鞭，向野兽们打去。打走一批，又拥上来一批，一直打了七天七夜，才把野兽都赶跑了。这时，大家都说这里太险恶，劝神农回去。神农摇摇头说：“不能回！百姓们饿了没吃的，病了没医的，我们怎么能回去呢！”他说着领头进了峡谷，去寻找百草。
这山高入云端，四面是悬崖，瀑布依山而下，山体溜光怎么上得去呢？大家又劝他回去，神农摇摇头。他站在一个小石山上，面对着高山，他看见几只猴子，顺着高悬的古藤和横倒在崖腰的朽木爬过来。神农灵机一动，他当下把大家喊来，叫他们砍木杆，割藤条，靠着山崖搭成架子，一天搭上一层，从春到夏，从秋到冬，无论寒冬雨雪，从来不停工。整整搭了一年，搭了三百六十层，才搭到山顶。据说，后来人们盖楼房用的脚手架，就是学习神农搭木架的办法。
神农带着大家登上木架，爬上了山顶。眼前的情景真是让他们眼花缭乱，这里真是奇花异草的世界，红的、紫的、白的、黄的，各色各样，密密丛丛。神农喜欢极了，他叫大家防着狼虫虎豹的侵袭，他亲自采摘花草，放到嘴里尝。为了在这里尝百草，他们在山上栽了几排冷杉，当做城墙防御野兽，在墙内盖茅屋居住。白天，他带领大伙尝百草，晚上的时候生起篝火，在火光下把白天所看到尝到的详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都记得清清楚楚。
有一次，他把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒。大家慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是已经不能说话了，便指着面前一棵红亮亮的灵芝草，又指指自己的嘴巴。大家慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼嚼，喂到他嘴里。神农吃了灵芝草，毒气解了，头不昏了，会说话了。从此，人们都说灵芝草能起死回生。大家都担心神农，都劝他回去，他还是摇摇头，接着尝百草。
尝完一山花草，他们又朝着另外一座山进发。神农带领着大家踏遍了这里的山山岭岭，最后从中筛选出黍、菽、麦、稷、稻五谷，所以后人尊神农为“五谷爷”、“农皇爷”。他尝了三百六十五种草药，写成一本医书——《神农本草》。
一天，神农在崖边发现了一棵藤状植物，开着黄色小花，奇怪的是它的叶子似乎还会动，神农很奇怪，便采了一些枝叶放在嘴里嚼。刚吃下去，神农的肚子就剧烈地疼痛起来，昏倒在地。大家赶紧拿平常采的草药喂他，谁知根本就喂不进。人们慌了，有人掀起神农的衣衫一看，他的肠子已经变成了黑色并黏在一块，无法救活了，大伙不由得失声痛哭。
后人不忘神农的恩德，在许多地方都纷纷建起了“药王庙”，以感戴他的功绩，每到神农的生日便来祭祀，并祈求五谷丰登。三国时曹植曾写下著名的《神农赞》：“少典之胤，火德承木。造为耒耜，导民播谷。正为雅琴，以畅风俗。”