著学术史，一重选材，二重评断。选材虽大体不差，而评断无特识、无具眼，亦难得其人要领。黄宗羲的评断，皆据所选材料，不凿空立言。因为他具有哲学家的深刻和犀利，其文章又炉火纯青，所作评案不论长短，皆能提揭出其人主要精神，而又文字犀利明快、酣畅淋漓。这也是《明儒学案》之所以成为学术名著的一个原因。
第三，把握宗旨，围绕宗旨选材和论述。明儒不同于宋儒之处，其中之一即宋儒无宗旨，而明儒无不标宗旨。黄宗羲曾指出这一点：“宋儒学尚分别，故勤注疏；明儒学尚混成，故立宗旨。”（《明儒学案》第330页）意思是宋儒为“我注六经”，每人守一经或数经，理学为经学之附翼，故无宗旨可言。明儒反之，为“六经注我”，以四书为主，经学为四书之佐证。学者皆从四书中翻出题目为己学之宗旨。刘宗周尝说：“《大学》一书，程朱说诚正，阳明说致知，心斋（王艮）说格物，盱江（罗汝芳）说明德，剑江（李材）说修身。至此其无余蕴乎！”（《明儒学案》第13页）其实，程朱不专诚意正心，而明儒之喜标宗旨，则确乎其实。黄宗羲认为，学术宗旨，是学者一生心得所在，了解一个学者的学术思想，必须把握其学术宗旨；研究一个学者，必须以此学术宗旨为入门。而学术宗旨往往是极简单的几个字，黄宗羲著《明儒学案》，各学者的学术宗旨皆明确揭出，使读此书者于入手处即能提纲挈领，不致堕入资料之烟海中。黄宗羲说：
大凡学有宗旨，是其人之得力处，亦是学者之入门处。天下之义理无穷，苟非定以一二字，如何约之使其在我。故讲学而无宗旨，即有嘉言，是无头绪之乱丝也；学者而不能得其人之宗旨，即读其书，亦犹张骞初至大夏，不能得月氏要领也。是编分别宗旨，如灯取影，杜牧之曰：“丸之走盘，横斜圆直，不可尽知，其必可知者，知是丸不能出于盘也。”夫宗旨亦若是而已矣。（《明儒学案》第17页）
黄宗羲准确地把握住每一个学者的宗旨并以极简洁的二三字概括出来，如陈献章之“静中养出端倪”，王阳明之“致良知”，王艮之“格物”，王龙溪之“先天正心”，邹守益之“戒惧”，聂豹之“归寂”，李材之“止修”，湛若水之“随处体认天理”，罗汝芳之“赤子良心，不学不虑”，刘宗周之“慎独”等皆是。如上所述，中国学者的著作多为书信、语录、诗文等的汇集，学者多未对其宗旨做详细演绎与论证。故把握其宗旨，明了其思路脉络甚难。《明儒学案》明晰地指出了各家宗旨。读者把握宗旨，即得其骨骼脉络，然后再读其全集，充其血肉发肤，哲学家的整个形象即立于眼前。《明儒学案》之为学术史名著，为研究宋明理学不可不读的重要典籍，原因即在此。
黄宗羲虽喜于标宗旨，善于标宗旨，但他认为必须以一本万殊之根本纲领统会各家宗旨。就是说，必须把各家宗旨都看做道、看做人类精神的不同方面。只有把道和具体宗旨结合起来，既见一般，也见个别；既见人类精神全体，又见其不同的表现形式，才是正确的路向。若不见道体，只标宗旨，见分而不见全，则为一曲之学。于一本万殊之旨，尚存隔膜。如此标宗旨，莫若不标宗旨。黄宗羲在分别宋儒明儒的不同特点时说：“明儒厌训诂支离，而必标宗旨以为的，其弊不减于训诂。道也者，天下之公道；学也者，天下之公学，何必别标宗旨哉？”（《明儒学案》第330页）这里黄宗羲反对标宗旨是反对只见自己宗旨，不见道体，对自己的宗旨主张太过，执此以非彼的狭陋之学。可以看出，黄宗羲是以一个哲学家、哲学史家的宏阔眼光看千古学术，看思想家个人与整个人类精神成果之间的关系的。
第四，注重学说特点但反对强立宗派。著学术史必然涉及学派问题，但“学派”一词颇费分疏。《明儒学案》中无“学派”之名。为叙述方便和易于把握学脉，《明儒学案》把阳明弟子按地域分为浙中、江右、南中、楚中、北方、粤闽、泰州七个学案。同属一案的学者在学术宗旨上容有不同。阳明与蕺山单独立案。先于阳明者，立崇仁、白沙、河东、三原四个学案。与阳明同时者，立甘泉学案。后于阳明者，立止修和东林两个学案。不属王门且无明确归属者，别立诸儒学案。《明儒学案》这种处理方法，基于黄宗羲在学派问题上的重要观点：不注重学术上的派分，反对门户之争。黄宗羲在《明儒学案》凡例中说：
儒者之学不同释氏之五宗，必要贯串到青原、南岳。夫子既焉不学，濂溪无待而兴，象山不闻所受，然其间程、朱之至何、王、金、许，数百年之后犹用高、曾之规矩，非如释氏之附会源流而已。故此编以有所授受者分为各案，其特起者，后之学者不甚著名，总列诸儒之案。（《明儒学案》第18页）
这是说，佛教内各派为争正统地位，特重传承流源。而儒家学者，最重要的是精神传统的接续，不重具体的师承授受。许多儒学大家，并无明确的师承关系。孔子以能者为师，不以一家一派自限。周敦颐、陆九渊皆无明确的师承关系。二程之学传至元代之何王金许，着重的仍是程门教法宗旨，非师承源流。有明确师承关系的不妨沿用其派特有的规矩；无师承关系的，也不必为争门户计，强纳入一传承系统。更不能以有传承者为嫡派子孙，无传承者为邪魔外道。对所谓朱陆之争，黄宗羲的处理尤为公允。在他看来，朱熹和王阳明学术上的差别没有一般学者认为的那样大，并且认为，明代学者实际上仍以朱子学阳明学为二大端。学者不必为某为朱子学者，某为阳明学者徒事争论。一切总归儒林。学术之异可存留下来，待后之学者自择去取（见《移史馆论不宜立理学传书》）。所以他的《明儒学案》是为明代儒学立案，非为某一派争正统。王门与诸儒并无优劣之分。黄宗羲虽大体上说属王学，但他承王学末流之弊，融合朱子学、王学为一的意向是很明显的。他据以总结明代学术的，是朱子学王学的融合物。他是以一个哲学史家的公允态度来编写《明儒学案》的。
六《明夷待访录》中的政治思想
黄宗羲不仅是历史学家、文学家，而且是政治思想家。他毕生留心社会实际问题，特别是明亡后，为了总结历史经验，为后世提供致治方略，他全面考察了明代社会政治的各个方面，写出了代表他政治思想的著作《明夷待访录》。在这部著作及前十年所写的《留书》中，他对君臣关系、法律的本质、学校的功用，对选官、赋税、财政、兵制等方面，都提出了自己独特的见解。尤其对君臣关系提出的批判，其言词之激烈，剖析揭露之犀利痛切，都是前无古人的。《明夷待访录》清廷列为禁书，在戊戌变法及辛亥革命时，被革命党用作反对帝制的宣传品，发生了相当大的社会作用。
黄宗羲首先对中国社会的最高统治者君主的产生和职分提出了自己的看法，他的依据是理想中的儒家三代圣王。他认为，君主产生于人脱离了动物式的蒙昧走入初民社会时期公众兴利除害的需要。这时候的君主“不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害”（《明夷待访录·原君》，《黄宗羲全集》第一册，第2页）。
君主的产生，君主的职分，是为群体谋利益而不是为一己谋利益。这样的君主必然比民众辛苦千万倍。所以，古人避君主之位惟恐及其身，或先为君主而后弃去，或被民众拥戴而不得不做君主，皆自然之事，皆出于人“好逸恶劳”的本性。后来人争君主之位，是因为君主的职分改变了：
古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。（《明夷待访录·原君》，《黄宗羲全集》第一册，第2页）
今世的君主，处极权专制的顶峰，视原本为公众兴利除害而设的国家为一己之私产，以天下之利皆归于己，天下之害皆归于人，“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私为天下之大公。始而惭焉，久而安焉，视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷”（《明夷待访录·原君》，《黄宗羲全集》第一册，第2页）。后世的帝王，为得到君位，不惜毒害天下百姓为其争夺权位；得到政权后，也不惜毒害天下百姓去保有其政权：
是以其未得之也，屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业，曾不惨然，曰：“我固为子孙创业也。”其既得之也，敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐，视为当然，曰：“此我产业之花息也。”（《明夷待访录·原君》，《黄宗羲全集》第一册，第2页）
黄宗羲愤而抨击曰：“然则为天下之大害者，君而已矣。”（《明夷待访录·原君》，《黄宗羲全集》第一册，第3页）
黄宗羲并且批判了后世小儒“君臣之义无所逃于天地之间”的理论。他认为，古之民众爱戴其君，比之为父、为天，是因为古之君主是为百姓。今之民众怨恶其君，视其为寇仇、为独夫，是因为今之君主以一己之私为天下之大利。武王伐纣，是诛独夫民贼，是为民兴利除害。
孟子之“民为贵，社稷次之，君为轻”是为天下后世立法。后世专制君主不愿民权在君权之上，不愿民众抛弃君父、君天观念而废《孟子》、删改《孟子》，皆以《孟子》之言不利于其专制统治。黄宗羲指出，后世君主以君位为己之私产，欲传之子孙而无穷，但实际上数世后皆为异姓所得并且末世君主往往下场极惨，这一事实应能摧沮世人欲得天下之心。他还认为，君主并不是一个超绝万官的绝对体，君的权力不是无限的。天子虽与公卿百官有等级上的差别，但这个差别是等级中的差别，并非超等级与有等级的差别。黄宗羲的这一思想是极其可贵的。它对于破除对君主的崇拜，削减君主的绝对权力，建立一套有效制约君主权力的机制，维护正确的君臣关系，都有极强的现实意义。