英军从波士顿撤离之后，华盛顿开始推测他们的去向。考虑到英军下一步有可能撤到纽约去，他迅速地做出了相应的安排。但是这次他估计错了，英军并没有撤到纽约，而是率领部下撤到了加拿大的哈利法克斯，目的是要和从英国本土来的救援部队会合。此次前来增援的并不是别人，而是豪将军的哥哥豪勋爵，本次北美海军总司令官就是由他担任的。这两兄弟虽然性格脾气各不相同，但是打起仗来，配合还是相当默契的。在今后的时间里，北美大陆将是两人联合用兵的地方。豪将军的性格比较随意，不喜欢商业，但是他的哥哥却恰恰相反，喜欢商业和冒险。除了担任海军总司令的职务以外，他还负责英国海军的财政事务，在英国议会也有一席之地。根据沃波尔的描述：“豪勋爵是一个少言寡语的人，除非就重要的海军事务发表观点之外，他一般很少开口说话。”他今年51岁，身材高大，举止十分稳重。他的肤色偏黝黑，神色严肃凝重，由于性格内向的缘故，他很少主动开口跟人说话，但这种害羞往往被误会是他在摆官架。他在年轻的时候曾同沃尔夫将军结下深厚的友谊。他们在战场上配合默契，曾被喻为大炮和火药：豪勋爵严肃稳重，是大炮；沃尔夫热情敏捷，是火药。这两个人在战场上配合默契，曾经一起立下赫赫战功，在士兵心中也有很高的威信和地位。接下来，北美战场上就要看这位豪勋爵的表现了。
面对如此强大的对手，如果是以前的美军，肯定很快就被打垮了。但是在华盛顿的领导下，美军已经发生了巨大的变化。波士顿战役以后，考虑到敌军的目标是中南美洲，因此大陆会议就把美洲分成了两大部分：纽约、新泽西、宾夕法尼亚、特拉华和马里兰州为一部分，由一名少将、两名准将负责；弗吉尼亚、南卡罗莱纳和佐治亚州为另一部分，由一名少将、四名准将负责。同时，李将军被任命为南方战区司令官，负责监视亨利·克林顿爵士的动向。对于自己被任命为南方军区的总司令一事，李将军并不是很满意，他写信给华盛顿表达了自己的观点，他认为自己更适合担任加拿大远征军总司令，但是既然大陆会议已经做出了决定，那他也没有什么好反驳的，只能让华盛顿祝福自己能够在新的岗位上做出更大的成绩。华盛顿在回信中对他在加拿大所做的贡献给予了高度的评价和肯定，并以一个南方人的身份，对李将军新的职位表示祝贺。李将军被任命为南方战区总司令后，加拿大远征军总司令一职就分派给了托马斯将军，这个职位本来是给斯凯勒将军的，但考虑到他的健康状况，大陆会议还是改变了初衷。虽然如此，大陆会议对斯凯勒将军还抱有很大的期望，他被派往奥尔巴尼，确保美军后勤补给线的安全。如果补给线被切断，远征军势必会全军覆没。在这个关键岗位上，斯凯勒将军还要兼顾督促纽约州以及哈德逊河加强防御工事的建设。
李将军是一个生性豪放的人，虽然有时候喜怒无常，但是打仗的时候却十分果敢刚毅。3月7日，他就志气高昂地前往南方上任了。华盛顿对李将军的认识相当深刻，在给哥哥奥古斯丁的信中这样评价了李将军：“他是部队里第一个掌握专业军事战略知识的人，具备深刻的理论知识和实践经验。他对北美独立战争充满了热情，是一个诚实而且执著的人。他即将担任南方军区的总司令，这对家乡的父老来说是一个天大的好消息。”
李将军到南方上任之后，美军正式占领了波士顿。得知这一消息，李将军立即给华盛顿写了一封信庆贺，从他写信的内容中我们也可以对李将军的性格有所了解。他在信中首先恭贺华盛顿取得的成绩，并祝愿他在将来能够取得更大的战绩。随后，他在信中表达了自己在弗吉尼亚州所处的尴尬境地，把自己比作是一条跳舞学校的狗，不知道自己的定位在哪里。在信中，他尽情地宣泄了自己的不满情绪。不过，李将军虽然是那种情绪化很严重的人，但是提起带兵打仗，却一点都不含糊。在后来写给华盛顿的信中，他向华盛顿汇报了他近期的工作动向，他已经将部队重新编制完毕，并且每个士兵重新配备了枪支和其他武器。
李将军离开纽约之后，斯特林准将暂时接替他在纽约的职务。华盛顿猜测英国舰队下一步就是要占领纽约港，于是他急速派西斯和苏利文将军带领3000名士兵赶往纽约港。帕特南将军任总指挥，负责纽约城以及哈德逊河口的防御工事。由于主要兵力还没有调配完毕，华盛顿继续在波士顿逗留了几天。据李将军估计，等他离开之后，纽约城肯定要乱成一锅粥了。但是，在帕特南将军的管理下，他预计的混乱局面并没有出现，纽约的局势反倒比以前更加稳定。他制定了严格的军令，命令士兵们在自己的军营里就寝，在早上起床号吹响之前不得离开军营半步，城里的老百姓也是按照起床号安排作息时间。没有得到命令，士兵们不得擅自离开自己的哨岗，违令者将受到严厉的惩罚。将军下令封锁港口，轮船一律停靠在港口，不得进行物资的运输工作。
纽约城里的老居民大部分都逃走了，取而代之的是来自新英格兰、费城和泽西省的士兵们。至于特莱恩省督，大家早已经失去了对他的信任。为了挽回民心，他于近期发表了一份声明，声称凡是拥护政府的人，都是政府的朋友，必将得到政府的资助；凡是反对政府或是与政府对抗的人，都是政府的敌人，必将受到政府的压制。然而他的这种声明，非但没有让他获得更多的支持，反倒招来更多的怨恨与谩骂。另外，他与豪勋爵通敌的信被截获，这件事使他彻底失去了民心。现在驻守城里的只有帕特南将军和其他几位将军以及他们的妻子，纽约城里的士兵们迫切地盼望着华盛顿的到来。
华盛顿经过了普罗维登斯和新伦敦，在这两个地方招兵买马，并于4月13日抵达了纽约。华盛顿猜测敌人下一个进攻的目标将会是长岛，这个地方地势较高，给纽约城造成较大的威胁。他认为一定要派一名骁勇善战的将军去驻守在那里，考虑再三，他觉得这个人非格林将军莫属。于是，在接到华盛顿的任命之后，格林带领一支军队前往长岛驻扎。到了长岛之后，格林立刻开始了防御工事修筑工作，他不仅很快就摸清了这个地方的地形，就连周边的环境也非常熟悉了。美军集合在纽约、长岛以及周边的兵力总共不到10000人，其中还包括一部分的老弱病残和正在休假的士兵，实际能够投入战斗的士兵不足8000人。除了兵力不足，部队还面临缺少枪支的困难。面对这种情况，华盛顿一直忧心忡忡。在纽约还有很多反对美国独立的人，经常有人在背地里搞阴谋诡计，对此华盛顿也非常清楚。美军在纽约加强驻防的同时，英军也有不少军舰也开到了距离城市20英里的海湾上，就连省督特莱恩也一直住在一艘军舰上，并时刻同纽约州内的亲英分子保持着密切的联络。华盛顿早就预见了这里面存在的风险和阴谋，建议纽约州安全委员会下令取消他们之间的通信往来。同李将军相比，华盛顿在安全委员会的影响力要大得多，安全委员会很快就采纳了他的意见，并下令纽约州的人不得同英国国王有任何的联系，违者将受到严厉的处罚。为了争取更多胜利的机会，整个司令部取消了一切形式的娱乐活动。从早到晚，华盛顿都在忙于各种公务，根本没有时间让自己的身心得到一点的放松。生活虽然忙碌枯燥，但是华盛顿夫人的存在多少给他带来一点安慰。华盛顿夫人负责司令部的内务，在她的操持下，华盛顿的生活被安排得井井有条。司令部同时也是将军夫人们聚会的地方，跟以往不同的是，现在大家对一些社交话题都避而不谈了。其中一位将军夫人曾这样描述她们当时的生活状态：“我们感觉像是住在修道院的一群修女，大家都沉默寡言，极少说话。这里的社交活动完全被取消了，甚至连出门的时间都不得超过一个小时。”
华盛顿不仅要担心纽约州的安全，加拿大美军的处境也让他十分牵挂。自从他到了纽约城之后，他已经给加拿大的汤普森准将派去了四个步兵团、一个步兵连和一支工兵部队，后来他又命令苏利文准将带领六个步兵团前去增援。即便是这样，大陆会议还在不停地询问华盛顿，要不要继续向加拿大投入更多的兵力，纽约州是否还有多余的兵力可以调拨到加拿大去。从他给大陆会议的回复中，我们可以看出他内心的困惑与茫然，其实就连华盛顿本人也不清楚敌人下一步进攻的目标究竟是哪里。如果豪将军的部队沿圣·劳伦斯河向上，增援魁北克进而光复加拿大，那么美军目前派出的兵力绝对不是敌军的对手；如果敌军的目标是纽约城，那么美军留下的人手也无法应对从英国本土调拨过来的兵力；当然，他们也不可能同时向这两个地方发起进攻，尽管这两个地方对他们来说都是极其重要的。华盛顿认为加强加拿大的兵力固然重要，但是纽约城的地理位置也同样重要，不过以目前留守在纽约的兵力来看，如果敌人发起了进攻，这个地方很可能会失守。因此，他认为应当加强纽约州的把守，至少要把守军增加到一万。