在阿诺德来费城之后没多久，他就被一名叫做舍潘的小姐给迷住了。这位舍潘小姐的父亲是保皇党人，从政治的立场来说，阿诺德不该对敌人的女儿产生兴趣，更不该公开地向她求婚。然而，自从在一个宴会上见到这位小姐之后，阿诺德的心就完全被她给俘虏了。他开始对舍潘小姐展开了猛烈的爱情攻势。他认为要取得这位小姐的芳心，首先要取得她父亲的认可。于是，他在一个豪华的饭店专门为舍潘小姐举行了一次盛大的舞会，并邀请她的父亲一同参加。舞会的场面极其奢华，当晚的花销自然不会少。
这件事情在美军中影响极其恶劣，时任宾夕法尼亚执行委员会委员的里德将军实在看不惯阿诺德的行为，就给格林将军写了一封信，在信里他狠狠地数落了阿诺德这种没有立场和原则性的行为。里德将军对阿诺德行为的指责成了二者矛盾的导火索。为了增加财富，阿诺德提议在纽约州西部建造一个居民点，人员主要由他的手下来构成。当时纽约议会的主席约翰·杰伊批准了他的这个建议。凭借这个议案，阿诺德于1779年1月离开费城前往奥尔伯尼，在他离开后两天，宾夕法尼亚州议会开始对阿诺德的行为进行了调查和讨论，大家一致认为他的某些做法已经超出了他的权力范围，必须要对他的经济问题进行严格的调查。为此，宾夕法尼亚议会执行委员会以八项指控的形式把一些申诉的信件送抵大陆会议。这个消息传到阿诺德的耳朵里，当时他正在华盛顿的军营里。他听到消息的第一个反应就是这会不会影响他和舍潘小姐的订婚。他立即给舍潘小姐写了一封信，请求她不要受到谣言的影响，而终止他们之间的婚约。次日，他又发表了一次公开演说。在他慷慨激昂的演讲中，他历数了近四年来他如何忠诚地为国家效力的经历，并强烈抗议委员会深深伤害了他的名誉和感情的行径。他说这些人是残忍的、无耻的，趁他离开费城之际极力地中伤和诽谤他，而他们这么做的目的无非是出于嫉妒心，想排除异己以达到满足自身利益的目的罢了。他在演说的结尾还极其诚恳地表示自己愿意接受大陆会议的调查，为自己洗刷不白之冤。公众对此反应不一，由于他在战场上曾立下赫赫战功，许多人依然很尊敬他，对他受到的侮辱表示同情，并公开表示支持他。也有一些了解内幕的人，对他饱含深情的演说不屑一顾，觉得他简直就是咎由自取，并公开表示反对他。
2月16日，阿诺德正式向大陆会议提出申述，并把里德主席的信件一并送到了委员会手中。经华盛顿指示，阿诺德辞去了费城军事指挥官一职，但他坚持要把辞职的时间推迟到对他的调查结束之后，他不想让别人觉得自己是因为犯了错才辞职的。3月中旬，委员会出台了一份报告，证明那些针对阿诺德的指控不成立。报告一出来，阿诺德就立即宣布辞职。这份报告让他如释重负，然而他的喜悦的心情并没有持续多久，因为委员会并没有当众宣布那份报告，而是把这份报告转交给了由大陆会议与宾夕法尼亚地方议会联合组成的一个调查委员会讨论。当时阿诺德正在积极地筹备同舍潘小姐的婚礼，这个突如其来的变故让他感觉十分难堪。他原以为这份报告可以为他洗脱全部的罪名，谁知道更大的风暴正在前方等待着他。由于针对阿诺德的指控关乎宾夕法尼亚的经济安全，这种事情绝对不能草率了事，于是，经过慎重的考虑，这个联合调查委员会决定向总司令递交一份申请，由总司令任命一个军事法庭来慎重处理这些事情。听到这个消息，阿诺德不禁怒火中烧，强烈抗议委员会的这种处理结果。他觉得自己成了政治斗争的牺牲品。他在极端愤怒的情况下，给华盛顿写了一封信，他在信中强烈地指责宾夕法尼亚州的执行委员会主席里德，并将这两个月他所承受的痛苦全部怪罪到里德的身上。他催促华盛顿立即任命一个军事委员会对他进行审判，这样的话他就可以早日摆脱诽谤给他造成的巨大心理伤害。在他情绪极其低落的时候，舍潘小姐并没有因此而抛弃他，他们的婚礼还是如期地举行了。
华盛顿对他的这种急躁的情绪感到遗憾，但是他还是迅速任命了一个军事法庭，并命令其5月1日对阿诺德进行开庭审理，然而这个开庭的日子由于种种原因被推迟了。首先，宾夕法尼亚地方议会要求推迟审理的日子，因为他们所需要的证人还没有抵达费城；另外，为了防止敌人发起突然袭击，指挥官们目前正各就各位整装待发，也无暇开庭审理此案。阿诺德只好继续留在费城，虽然依然担负指挥军队的责任，但是公共职位已经被免除了，由于赚钱的门路被堵死了，他的负债越来越多，越来越多的人开始远离他。有一天，他在街上跟人起了争执，对方一怒之下将其打伤。这件事情使他意识到自己目前处境的危险，明白自己大势已去，已经不再是当年那个人人敬仰呼风唤雨的阿诺德了。为了保证自己的人身安全，他向大陆会议写信申请一名贴身警卫。然而他的请求却遭到了拒绝，大陆会议认为他应该向宾夕法尼亚地方议会提出申请。接连几个月来，阿诺德的日子都很不好过。他期待着军事法庭早日开庭，早日为他洗脱冤屈，这样他就可以光明正大地回到军队，重新为国家效力。几个月之后，耽搁许久的军事法庭终于开庭，经过讨论，宾夕法尼亚提出的针对阿诺德的八项指控中，法庭判定只有四项成立，在得到承认的四项里，法庭又宣布其中的两项无罪。剩下的两项罪名分别是：其一，在瓦利堡军营时，在总司令不知情也没有得到州政府批准的情况下，他书面授权一艘战船离开费城港，从而使其落入敌军手中；其二，他利用自己的权力挪用费城公家的马车来运送私人的财物，这些行为严重损害了国家和人民的利益。针对第一项指控，阿诺德辩解说申请保护的那个人和他的货船表现正常，他批准离开港口的事情并没有超越他自身的权力，他这么做都是为了维护士兵们的生命安全。至于指控他挪用公家马车运输私人财物的事情，他辩解说每一辆马车他都付了车钱，因此根本不算是“损公肥私”的欺诈行为。军事法庭最后宣判阿诺德应受到总司令的训斥，这项判决于1780年2月12日得到了大陆会议的确认，这件事情暂时告一段落。对于阿诺德的为人，在这里我们也可以稍微做一个总结性点评。虽然宾夕法尼亚州地方委员会针对他提出了八项指控，但是这些指控都是跟他的贪欲和居功自傲有关。他倚仗自己在战场上立下过汗马功劳，利用手里的权力参与一切形式的投机行为大肆敛财，金钱让他迷了心窍，奢华的物质生活让他背弃了作为军人的艰苦朴素的优良传统，他在物欲的诱惑下渐渐迷失了自我，也同样使他迷失了前进的方向。然而，迄今为止，他仍然不失为一名好战士。他身负重伤但是依然坚持带兵打仗，在国家需要他的时候，他总是能够挺身而出，不怕任何的危险和困难。在法庭宣判后不久，他就向总司令请命出征，华盛顿拗不过他的急性子，只好批准了他的请求。然而他的行军进行得并不顺利，由于身上的枪伤还未痊愈，在指挥作战的过程中，多少有些力不从心。出征以失败而告终，他率领部队回营之后，华盛顿命令他回家养病，暂时不再任命他做指挥官。
春天的到来并没有令莫里斯顿的情况得到明显的改善，由于法币的连续贬值，使得部队的后勤补给运输线完全处于瘫痪的状态。正当华盛顿面临部队人数锐减的困境的时候，南方战事又告急了。亨利爵士率领部队已经向南卡罗莱纳进发了。南卡罗莱纳距离沦陷的乔治亚不远，这个地方地广人稀，物产丰富。这里的人口居住得非常分散，村庄之间隔着大片的沼泽地和森林。南卡罗莱纳的主要人口是来自欧洲的移民，这里有德国人，爱尔兰人，苏格兰高地人以及荷兰人。有些移民对英国怀有敌意，但也有一些是亲英分子。他们中的一些人将英国当做自己的故乡，还把自己的子女送到英国去读书。虽然观念不一，但是一旦遭到侵犯，他们还是会奋起反抗的。华盛顿目前的兵力都驻守在莫里斯顿，如果敌军对南卡罗莱纳发起突然袭击，他就会显得有些鞭长莫及。英国人对攻打南方秉持一种胜券在握的态度。他们拥有强大的海军力量，只要战船在卡罗莱纳的港口登陆，攻克此地是早晚的事。
林肯将军奉命驻守在查尔斯顿，由于没有掌握敌军的动向，他也无法制定出下一步的行动计划。长久以来他已经习惯了听命于华盛顿，面对目前的形势，他感到一筹莫展，只好将这些情况如实地报告给了华盛顿。向南方进军的英军在海上遭遇了强烈的海风，船队被吹散了。一些船只落入了美军之手，一艘军舰也被美军炸沉了。直到1月底，这些被打散的舰船才重新被集结在了一起。然而令亨利爵士心痛的并不只是被炸沉的战船，他的一支轻骑兵也遭到了美军的袭击，使他损失了多匹战马。他们在皇家岛港口登陆，一下船，他就开始四处张罗战马的事情，并通过强制性购买的方式又重新组建了一支轻骑兵队伍。虽然这些新购买的战马从质量上无法同原来的相比，但是在向南卡罗莱纳的森林和沼泽地进军的时候，有战马总比没战马要好得多。2月11日，亨利爵士的主力部队在圣约翰岛登陆。自此，英军开始向阿什利河进发，舰队则继续沿着海岸往前行驶，在此期间陆军与海军时刻保持通信联络。英军的行进速度十分缓慢，林肯将军充分利用了这个时机，加强了查尔斯顿的驻防工事。查尔斯顿位于阿什利同库伯河的交界处，林肯将军在工事的外围沼泽地里新开挖了一条渠，渠边拉起了双层的铁丝网，并在渠和主体工事之间架起了大炮。惠普尔指挥一个由九艘大小不一的战舰组成的中队，他的主要任务就是配合莫尔奇和詹姆森两个堡垒以及各式大炮一起保卫港口。经不住当地居民的请求，林肯将军只好率领主力部队驻守在防线以内，只留守200名轻骑兵在外围放哨。3月12日，亨利爵士的部队抵达了距离查尔斯顿十英里的地方，并准备向美军发起进攻。英军海军上将阿巴斯诺特将舰队驶进了港口，做好了迎战的准备。在这个节骨眼上，惠普尔上校却出了纰漏。他错误地计算了他的舰队同英军舰队的距离，从而开始担心自己无法完成防御的任务，因此在和英军海军交战了几个回合之后，他就率领船队撤退了。惠普尔的撤退加速了查尔斯顿的沦陷。此时此刻，2500名英军在罗登爵士的率领下从纽约出发，浩浩荡荡地向南卡罗莱纳进发了，他们是亨利爵士的后援部队，随行的还有300名黑森雇佣兵。得知这一消息，华盛顿更是心急如焚。尽管南方面临极大的威胁，非常需要军队的支持，然而北方的形势也不容忽视，一旦华盛顿将兵力从北方调到南方，哈德逊河将会受到敌军的反扑，到时候整个美国都要面临沦陷的危险。华盛顿写信给大陆会议将目前的情况作了详细的汇报。华盛顿在哈德逊河的兵力共有10400名，并且其中的2500名将在3月底退役，而敌人在纽约极其临近地区的兵力估计也有11000名。为了联邦的利益，大陆会议决定让中部各州冒一次险，命令华盛顿往南方派遣援兵。接到大陆会议的指示，华盛顿便对马里兰和特拉华州兵团下达了进军的命令。