抗战全面爆发，陈独秀立即提出“拥蒋抗日”的口号，并支持国共两党建立抗日民族统一战线。与之相反，托洛茨基却指示中国托派提出“打倒日本帝国主义”、“打倒国民党”的口号，并极力反对国共合作和建立抗日民族统一战线，认为这是向资产阶级妥协投降。对于托洛茨基和中国托派的这种极左路线，陈独秀进行了严厉的谴责和批评。他在写给托洛茨基的信中说：“群众眼中所看见的‘托派’，不是抗日行动，而是在每期机关报上满纸攻击痛骂共产党和国民党的文章。”“这样一个关门主义的极左派的小集团，当然没有发展的希望，假使能够发展，反而是中国革命运动的障碍。”对此，当时中共领导人之一的博古曾客观评价说：“独秀的意见，很少有和托洛茨基相同之点，故近来中央在刊物上已不把托陈并为一派。”
陈独秀出狱后，拒绝到国民党政府做官，拒绝成立“新共党”，拒绝离开抗战区远走他乡，拒绝回到上海重整托派组织，却主动与中共方面进行接触。
陈独秀出狱不久，即托好友罗汉找到正在南京与国民党谈判联合抗日事宜的中共代表团的叶剑英、李克农，转达了自己要求回到党内去延安工作的愿望。叶、李对此表示欢迎。但因为陈独秀是中国托派领袖，事关重大，他们不好决定。所以，叶、李为罗汉等人准备了旅费和介绍信，请罗汉前往延安与中共中央商谈。罗汉等于9月初抵达西安，会见了八路军驻西安办事处中共代表林伯渠。9月5日，林伯渠自西安致电张闻天，说罗汉等要见张闻天，要求恢复组织关系。9月8日，张闻天、毛泽东复电林伯渠，同意罗汉等人去延安一谈。不料此时山洪暴发，导致交通中断，罗汉被阻西安，无法成行。但罗汉于9月9日致电中共中央，提出五点建议和要求，其中提到请中央劝陈独秀、彭述之、郑超麟回党工作。中共中央遂通过电台以毛泽东、张闻天的名义于9月10日致电林伯渠，提出对待陈独秀等托派分子的原则问题。电文如下：
（甲）我们不拒绝过去犯过错误而现在真心悔悟、愿意抗日的人，而且竭诚欢迎他们的转变。
（乙）在陈独秀等托派分子能够实现下列三条件时，我们亦愿与之联合抗日。（一）公开放弃并坚决反对托派全部理论与行动，公开声明同托派组织脱离关系，承认自己过去加入托派的错误。（二）公开表示拥护抗日民族统一战线政策。（三）在实际行动中表示这种拥护的诚意。
（丙）至于其他关系，则在上述三条件实现之后，可以再行考虑。
罗汉了解上述电文内容，即准备返回武汉向陈独秀汇报。行前，林伯渠特意叮嘱罗汉：陈独秀在文化史上有不可磨灭的功绩，在党的历史上有与别人不同的地位，若能放弃成见回来工作，于民族于社会都是极需要的。他要求罗汉回去后对陈独秀作耐心的规劝。
就在罗汉北上赴陕之际，陈独秀再次托人转告中共代表团，表示自己与托派组织已脱离关系，希望会见党的代表。于是，叶剑英、博古会见了陈独秀。在谈话中，叶剑英、博古希望陈独秀能公开声明拥护党的抗日民族统一战线政策及脱离托派组织。但陈独秀对中共中央对他托派的认定非常不满。陈独秀从来不认为自己是托派，曾想发表一个“不是托派”的声明。
在南京，博古对罗汉说：“本想和陈独秀谈一次，但因为自己党龄太浅，与独秀个人没有私人接触，恐难于谈到任何具体结果。”罗汉问：“由毛泽东和陈独秀谈可否？”博古连连摇头：“如果由润之来谈也不适宜，因为他们两人的个性都很强，都有闹翻的危险。不如候周恩来南下后，约他一同去谈，成绩或者会圆满些。”博古还告诉罗汉，希望陈独秀和已去武汉的董必武谈谈，并说周恩来不久将去武汉，也可以和陈独秀谈。
10月15日，罗汉回到武汉，向已迁居武汉的陈独秀提交了毛泽东、张闻天的电文。陈独秀见到电文中“过去犯过错误而现在真心悔悟”一语，大为不悦，说：“我愿意写声明，但不愿意写书面检讨。”
虽然在写书面检讨问题上发生了分歧，但毛泽东、张闻天的电文并没有对此作绝对要求，而陈独秀表示可以发声明，并再次表示拥护党的抗日政策。据此而言，陈独秀回到党内工作，并非没有转圜之机。但是，1937年11月29日，中共驻共产国际代表、共产国际执委会委员、共产国际执委会主席团成员王明带着康生等人从苏联回到延安，立即把局搅乱。
此时，斯大林正在苏联实行肃托政策，重拳出击所谓的“托洛茨基匪帮”，王明、康生在苏联就是“镇反肃托”的骨干分子。积极奉行斯大林“肃托”政策的王明，在12月召开的中共中央政治局会议上，坚决反对党中央和毛泽东的正确意见，诋毁党与陈独秀之间正在进行的谈判。他甚至还说：“我们和什么人都可以合作抗日，只有托派不能合作；在国际上，我们可以和资产阶级政客、军阀甚至反共刽子手合作，但不能与托洛茨基的信徒合作；在中国，我们可以与蒋介石及其属下的反共特务等人合作，但不能与陈独秀合作。”会上有人指出，陈独秀与托洛茨基还是有区别的，况且说陈独秀是托派汉奸，证据何在呢？王明说：“斯大林正在雷厉风行地反对托派，而我们却要联络托派，这还了得。如果此事让斯大林知道，后果是不堪设想的。陈独秀即使不是日本间谍，也应该说成是日本间谍。”
中央政治局会议前几天，王明在《解放》周刊发表《日寇侵略的新阶段与中国斗争的新时期》一文，说日寇侦探机关安插在革命队伍中的间谍分子，“首先是从暗藏的托洛茨基—陈独秀—罗章龙匪徒分子当中，吸收作这种卑劣险毒工作的干部”。
1938年1月28日，康生又在《解放》周刊发表《铲除日寇侦探民族公敌的托洛茨基匪徒》一文，指名道姓地斥责陈独秀、罗汉、俞秀松等人都是日本奸细、汉奸。文章指出：“1931年九一八事变，日本帝国主义占领了我们的东三省的同时，上海的日本侦探机关，经过亲日派唐有壬的介绍，与由陈独秀、彭述之、罗汉等所组织的托匪‘中央’进行了共同合作的谈判。当时唐有壬代表日本侦探机关，陈独秀、罗汉代表托匪的组织。谈判的结果是：托洛茨基匪徒‘不阻碍日本侵略中国’，而日本给陈独秀的‘托匪中央’每月300元的津贴，待有成效时再增加之。”并说谈判成功后，“日本津贴由陈独秀托匪中央的组织部长罗汉领取了”，等等。
王明、康生对陈独秀的上述诬陷，出自斯大林镇压苏联“托派”时采取逼供信手段逼出来的假口供。假口供原本说是日本情报机关用金钱收买托派国际中央，托派国际中央下令中国托派“不阻碍日本侵略中国”。至于中国托派接受国际托派中央这个指令与否，并没有确切证据。所以，王明、康生对陈独秀的诬陷，纯属为了向斯大林邀功，胡编乱造出来的。
康生此文一出，立即在社会上引起了极大的震动。陈独秀这样一个民族情感极强的国内外闻名的知识分子，怎么可能以每月300元的贱价，将自己出卖给日本帝国主义而使自己成为千古罪人呢？许多人力挺陈独秀，要求诬陷者拿出确凿证据来。1938年3月16日汉口的《大公报》、《武汉日报》、《扫荡报》等报纸，在显著位置发表了武汉大学校长王星拱和国防参议会参议员、江苏省教育厅厅长周佛海，以及傅汝霖、段锡朋、高一涵、陶希圣、梁寒操、张西曼、林庚白等著名人士共九人的联名信，指责中共并为陈独秀辩护说：“共产党出版之《群众》、《解放》等刊物及《新华日报》”，“诬及陈独秀先生为汉奸匪徒……此事出乎情理之外。陈独秀先生生平事业，早为国人所共见，在此次抗战中之言论行动，亦国人所周知。汉奸匪徒之头衔可加于独秀先生，则人人亦可任意加诸异己，此风断不可长。”
九人联名信在武汉三镇引起强烈反响。然而，此时已任中共中央书记处书记、中央长江局书记的王明，指令长江局机关报《新华日报》立即发表《陈独秀是否托派汉奸》和《再论陈独秀是否托派汉奸》两文，强词夺理地宣称：“陈独秀是否汉奸问题，首先应该看陈独秀是否公开宣言脱离托派汉奸组织和反对托派汉奸行动以为断……由别人越俎代庖，均是无济于事。”并蛮横武断地说：“陈独秀自从被中国共产党开除以后，随着整个托派的堕落反动而走入完全反革命的道路。”
此举进一步引起公愤。爱国民主人士沈钧儒、张西曼明确声明陈独秀至少是个爱国的学者，坚决反对对陈独秀的污蔑。
陈独秀读到康生那篇诬陷文章，已经感到极为冤屈，随后又看到《新华日报》一而再再而三的诬陷，更加恼怒万分。为了澄清事实，洗刷冤情，陈独秀于3月17日奋笔疾书，写了一封措辞十分激烈的信给《新华日报》。《新华日报》拒绝发表，几经周折后不得不改在《血路》、《武汉日报》和《扫荡报》上发表。在信中，陈独秀要求诬陷者拿出自己是汉奸的证据来，并声明准备诉诸法庭。同时，陈独秀痛斥王明、康生道：“你们向来不择手段，不顾一切事实是非，只要跟着你们被牵着鼻子走的便是战士，反对你们的便是汉奸。做人的道德，应该这样吗？”