保罗从该撒的审判厅回到他的牢房，认明自己这次所得到的不过是短暂的缓刑。他明知他的仇敌若不达成致他死命的目的，是决不罢休的。但他也知道真理已经一时得到胜利了。能以在一大群听他讲论的人面前宣扬一位被钉而又复活的耶稣，这事本身就是一次胜利。那一天已经发动了一种工作，这工作必要扩展，加强，且是尼禄和其他一切与基督为敌的人所企图拦阻或破坏而徒劳无功的。
保罗日复一日地坐在他那幽暗的牢房中，知道只要尼禄说一句话或点一下头，他的性命就要牺牲了，因此他想念到提摩太，并决定差人去请他来。提摩太因奉命照料以弗所的教会，所以当保罗最后一次来到罗马时，他就留在那里。保罗和提摩太二人之间的感情非常深厚坚强。提摩太自悔改以来就常与保罗同辛劳共患难，因此他们二人之间的友谊日益坚强深厚，而且更加神圣，直至提摩太对于这位年迈力衰的使徒有如儿子对于敬爱的父亲一般。无怪乎保罗在孤独寂寞之中渴望见他一面。
提摩太从小亚细亚到达罗马，在最顺利的情况之下，也需要经过几个月的时间。保罗知道自己的性命悬悬无定，深恐提摩太不及赶来见他。他有紧要的劝告和教训，要传给这个负有非常重大责任的青年；他一方面催促提摩太赶紧到他这里来，一方面也将他或许不能面述的临终遗言笔录下来。保罗对于这个在福音里所生的儿子和他所看管的教会，心中充满亲爱的关怀，因此设法要将提摩太须忠于所受神圣委托的重要性铭刻在他的心中。
保罗用问候的话开始他的信说：“写信给我亲爱的儿子提摩太：愿恩惠、怜悯、平安，从父上帝和我们主基督耶稣归与你！我感谢上帝，就是我接续祖先，用清洁的良心所事奉的上帝，祈祷的时候，不住的想念你。”
这位使徒随即劝勉提摩太必须在信仰上坚定不移。他写道：“为此我提醒你，……你不要以给我们的主作见证为耻，也不要以我这为主被囚的为耻；总要按上帝的能力，与我为福音同受苦难。”保罗恳劝提摩太要记得他已经蒙受“圣召”去传扬上帝的能力。
他自称：“我为这福音奉派作传道的，作使徒，作师傅。为这缘故，我也受这些苦难；然而我不以为耻；因为知道我所信的是谁，也深信他能保全我所交付他的，直到那日。”
保罗在他那长期的服务中，从来没有在效忠耶稣的事上犹豫畏缩。他无论在什么地方，——不拘是在横眉怒目的法利赛人，或在罗马当局面前；不拘是在路司得狂怒的暴徒，或在马其顿监狱中已判刑的罪犯面前；无论是在破坏的船只上向惊慌失措的水手讲话，或孤立在尼禄阶下为自己的性命辩护，——他从不以自己所维护的事业为耻。他基督徒生活的一个大目的，就是事奉他所曾一度轻蔑其圣名的主；没有什么反对或逼迫能使他偏离这目的。他那因努力而刚强、因牺牲而纯洁的信心支持了他，也坚固了他。
保罗继续说：“你要和我同受苦难，好像基督耶稣的精兵。”
保罗在写给提摩太的最后一封书信中，将一种高尚的理想摆在这个青年同工面前，指明那授与他作基督使者的种种本分。使徒警告提摩太务要防备那些设法潜入教会的假师傅。
保罗知道教会前途将有一段大危险的时期。他知道那些担负众教会之责任的人必须作成一番忠心而热诚的工作；他写信给提摩太说：“无论得时不得时，总要专心；并用百般的忍耐，各样的教训、责备人、警戒人、劝勉人。”保罗嘱咐提摩太务要传道，不可传人的虚谈和习俗；要随时准备，一有机会——无论是在人数众多的大会前或在私人家庭中，在路旁或在炉边，向朋友或向仇敌，不论是在平安稳妥或遭遇困难及危险、耻辱及丧亡的时候，都要为上帝作见证。
保罗唯恐提摩太的温良柔顺的性情会使他规避一项必须的工作，因此劝他务要忠心谴责罪恶，甚至用锐利的言语责备那些犯了严重过失的人。但他仍必须以“百般的忍耐和各样的教训”来进行这事。他必须显出基督的忍耐和仁爱，用圣经的真理来说明并加强他责备的话。
保罗继续嘱咐说：“你却要凡事谨慎，忍受苦难，作传道的工夫，尽你的职分。”
保罗行将跑完他所当跑的路，所以他渴望提摩太继承他的职位，保卫教会脱离仇敌那种种足以引诱他们偏离纯正福音的荒渺言语和异端。保罗劝诫他务要规避一切足以拦阻他完全献已为上帝做工的属世事业与牵累；务要以愉快的心情忍受那因他的忠心所引起的反对，辱骂，和逼迫；并用尽各种方法为基督所为之而死的人造福，以恪尽他传道的职分。
保罗以个人给几位的传言来结束他的这封信，并且重新催促提摩太尽可能地在冬天以前到他这里来。他提到自己的孤寂无伴，因为有几个朋友遗弃了他，也有因需要而离去的；保罗唯恐提摩太迟迟不来，又怕以弗所的教会需要他的工作，所以就说明自己已经打发推基古去填补提摩太的空缺。
保罗述说自己在尼禄面前受审的情形，他弟兄的遗弃，以及守约之上帝的恩典如何支持他之后，便结束他的书信，将亲爱的提摩太交托与“牧长”（指基督耶稣）的保护；保罗相信虽然耶稣手下的牧人可能被打倒，但耶稣仍必照样看顾他的羊群。