从元顺帝退出中原以后，漠南北的历史，简直是蒙古和瓦剌——卫拉特——斗争的历史，已见前第一章。达延汗之兴，蒙古人总算恢复其势力。而卫拉特亦仍不失其为大部。从明朝末叶以后，蒙古人尊信了喇嘛教；扩悍好杀的性质，渐次变化；其势颇流于弱；而卫拉特转强。当清初，卫拉特四部分布的形势如下：
四卫拉特和硕特太祖弟哈布图萨尔之后，为其部长。乌鲁木齐准葛尔额森之后。伊利杜尔伯特额森之后。厄尔齐斯河土尔扈特元臣翁罕之后。塔尔巴哈台从明中叶以后，黄教虽行于西藏，但红教的法王，红教法王，称萨迦胡土克图，萨迦，即释迦之转音，胡土克图，译言后身。仍居札什伦布，保有其势力。而拉克达城的藏巴汗，为之护法。一六四三年，崇祯十六年。西藏弟巴桑结，始招和硕特的固始汗亦作顾实汗。入藏，袭杀藏巴汗。于是和硕特部徙牧青海，兼据喀木，干涉藏事，就开了西藏和卫拉特部的关系。固始汗奉班禅居札什伦布，是为达赖、班禅分居前后藏之始。
当和硕特部之强，准噶尔部长浑台吉，也同时蚕食近部。把土尔扈特逐去。土尔扈特移居窝瓦河流域，准噶尔遂与喀尔喀接壤。又胁服杜尔伯特。浑台吉死后，子僧格立，为异母兄所杀。僧格的同母弟噶尔丹，从西藏回来，定乱自立。一六七三年，清圣祖康熙十二年。噶尔丹在西藏，和桑结要好的。而固始汗的儿子达颜汗，和桑结不协。于是一六七七年，桑结又暗召噶尔丹，袭杀达颜汗，于是准噶尔统一卫拉特四部，势大张。这时候，喀什噶尔的白山黑山两宗，方互相争斗。白山宗亚巴克，败走拉萨。一六七八年，噶尔丹又以达赖喇嘛之命，破黑山党，而立亚巴克为喀什噶尔汗。于是从伊犁徙牧阿尔泰山，以窥蒙古。一六八四年，故意差人去侮辱土谢图汗。土谢图汗果然大怒，把他杀掉。一六八八年，噶尔丹率众三万，往袭喀尔喀。喀尔喀三汗车臣、土谢图、札萨克图。部众数十万，同时奔溃；都走漠南降清。
清朝同蒙古的关系，起于太祖时的九国之师。见第三章第四节。这时候，察哈尔的林丹汗强盛，颇凭陵诸部。于是东方的科尔沁等部，就归附于清。林丹汗之妻，是叶赫贝勒锦台什明朝人称为金台吉。的孙女。所以林丹汗和清朝不协。明朝人就厚给岁赐，叫他联合诸部，共御满洲。后来林丹汗陵轹诸部不已，土默特也乞援于清。一六三八年，崇祯十一年。清太祖会合蒙古诸部，出其不意，袭击林丹汗。林丹汗走死青海的六草滩。明年，其子额哲，奉传国玺降清。漠南蒙古遂平。然对于漠北，还没有什么主从的关系。
到这时候，清圣祖忙受了喀尔喀的降。发粟振济。而且把科尔沁的地方，借给他放牧。一六九○年，噶尔丹入寇。清圣祖分兵两路，出古北、喜峰二口迎敌。自己也亲幸边外。噶尔丹破清兵于乌珠穆沁。进至乌兰布通。在辽河南，离赤峰七百里。为清兵所败。退据科布多。一六九五年，又以兵三万，据克鲁伦河上流。于是圣祖派将军萨布素，以满洲科尔沁兵出其东。费扬古调陕甘兵出宁夏，攻其西。车驾亲出独石口。明年四月，渡瀚海，指克鲁伦。噶尔丹夜遁。至昭莫多，在库伦东。为费扬古所败。退居塔米尔河。鄂尔坤河的支流。又明年，圣祖幸宁夏。命萨布素、费扬古分兵深入。这时候，噶尔丹的伊犁旧地，已为僧格的儿子策妄阿布坦所据。阿尔泰山以西尽失。回部青海亦叛。连年用兵，牲畜和精锐的兵，死亡略尽。闻大兵出，遂自杀。阿尔泰山以东平。喀尔喀三汗，依旧回到漠北。