皖直战后，北方于八月初一日，撤去王揖唐（旋于初七日褫职通缉），以李纯为南北和会总代表。十月十二日，李纯自戕。
先是滇军第六军军长李根源，统带第三第四两师，驻扎广东。云南督军唐继尧，令其解职。将三四两师，直隶督军。并令李根源秉承参谋部长李烈钧办理。而广东督军莫荣新，电令滇军各师旅团长，仍归李根源统辖。这时候，李烈钧的兵，驻扎在北江一带。于一九二○年二月间，就和莫荣新起了冲突。唐继尧派唐继虞为援粤总司令，率兵东出。旋由岑春煊等调和，滇粤两军，于三月二十五日停战。
一九一九年八月初七日，孙文在上海，曾电广东参众两院，辞去总裁职务。当滇粤军冲突时，外交兼财政部长伍廷芳，亦前赴上海。四月初八日，军政府免伍廷芳职。以温宗尧为外交部长，陈锦涛为财政部长。六月初六日，改派温宗尧为南北议和总代表。
先是国会续开常会之后，因莫荣新不发经费，又派兵围搜两院秘书厅。于是一九一九年十一月二十四日，两院联合会议之后，都纷纷离去广州。一九二○年四月，参议院议长林森，副议长王正廷，众议院议长吴景濂，副议长褚辅成通电：
……岑总裁春煊，自就任后，即……阴谋苟和。……三月真日，致电唐总裁继尧，竟以北方数省督军提出解决时局之办法五条，征求同意。其条件：首列解散国会，创造省议会联合会。次为西南取销自主。……即相继离粤，另择地点，继续开会。
又电：
军政府之职权行使，依《军政府组织大纲》，由国会选举总裁七人，组织合议制之政务会议行之。兹孙总裁文、唐总裁绍仪驻沪，亦无代表出席；唐总裁继尧，于二月已准其列席政务会议之代表赵藩辞职；伍总裁廷芳，又于三月二十九日离粤；是自三月二十九日始，政务会议，已不足法定人数。所有免伍廷芳外交财政部长等职，及其他一切事件，概属违法行为；当然不生效力。至军政府外交财政两部，只认伍廷芳为合法之部长；一切外交财政事宜，仍应由伍总裁兼部长负责。
而留粤议员，于五月初四日，补选熊克武、温宗尧、刘显世为总裁。
六月初三日，孙文、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧宣言：
……兹已共同决议。移设军府，……自今以后，西南护法各省区各军，仍属军政府之共同组织。对于北方，仍以上海为议和地点；由议和总代表，准备开议。
国会议员，旋移到云南开会。于七月初十日，宣告成立。八月初七日，开参众两院联合会，撤去岑春煊总裁职务，补选刘显世为总裁。
当一九一六年龙济光离粤之后，孙文曾和广东省长朱庆澜商量，请其把省长直辖的警备队，拨若干营，归陈炯明统带。朱氏允拨二十营。旋朱氏辞职，陈炳焜继任，把这二十营调开，分驻在各处。陈炳焜去后，莫荣新继任。才拨二十营归陈炯明，改称粤军。一九一八年，陈炯明带着去援闽，驻扎漳泉一带。一九二○年八月十七日，陈炯明率兵回粤。从潮州向惠州。九月二十四日，把惠州占领。于是各处民军蜂起。警察厅长魏邦平，亦要求莫荣新退出。莫荣新遂于十月二十九日，退出广州。三十日，陈炯明入城。先七日（十月二十四日），岑春煊、林葆怿、陆荣廷、温宗尧通电……解除军府职务。莫荣新亦于二十六日通电。“于本月敬日起，……宣布取销自主。”于是徐世昌于三十日下令：
……据军政府首席总裁岑春煊电称：……于即日宣言引退，收束军府。所有案件，咨请查照办理一面分电各省，迅速取消自主。由中央分别接管。……并盼依法选举国会，迅行发表各等语。复据陆荣廷、林葆怿电同前情。……着责成国务院暨主管部院，会商各该省军民长官，将一应善后事宜，迅速妥筹办理。
同日令：
……着务部依照一九一二年八月十日公布之《国会组织法》暨《参议院议员选举法》、《众议院议员选举法》，督同各省区长官，将选举事宜，迅速妥筹办理。
这就是所谓“旧法新选”。
三十一日，军政府政务总裁孙文、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧，通电：
……和会正式之机关，并未废止。……北方苟有诚意谋和，决无有舍正式公开之和会，而与一二……逃窜之余，辄为取消自立之说。……伪统一之宣布，……绝不承认。
十一月初一日，粤军司令陈炯明，初二日，湖南督军谭延闿，亦通电否认岑莫宣言。孙文、唐绍仪、伍廷芳旋回粤。于二十九日，再开政务会议，继续执行职务。