当北方直奉战争时，南方又有北伐之举。
国会于一九二○年七月初十日，在滇开成立会之后，本拟在云南组织政府。旋八月十七日，开两院联合会，议决国会军政府，都移设重庆。议员先后赴重庆。十月十四日，又发布宣言，告别川省父老，另觅地点开会。一九二一年一月十二日，在广州开两院联合会。四月初七日，再开非常会议，议决《中华民国政府组织大纲》。依大纲第二条，选举总统，投票的二二二人，孙文以二一八票当选。
孙文于五月初五日就职。其军政府，由孙文、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、刘显世五总裁通电，即于是日撤销。任命伍廷芳为外交总长，陈炯明为内务兼陆军总长，又兼广东省长粤军总司令。唐绍仪为财政总长。汤廷光为海军总长。李烈钧为参谋总长。然孙文仍宣言：傥然徐世昌舍弃非法总统，自己也愿意同时下野。
政府既组织成立，旋以陈炯明为援桂军总司令，进攻梧州。于六月二十一日占领。同时李烈钧也平定桂林一方面。七月十六日，陆荣廷弃南宁，奔安南。九月三十日，粤军入龙州。广西平定。
八月初十日，国会开非常会议，通过北伐请愿案。十月十五日，孙总统出巡广西。二十三日，到南宁，和陈总司令会晤。十一月十五日，到桂林。自此在桂林筹备北伐。一九二二年四月，孙总统下令，将大本营移设韶关；回兵广东。十六日，到梧州。二十二日到广州。陈炯明辞职，走惠州。孙总统任伍廷芳为省长。陈炯明为北伐军总司令，陆军总长。旋以驻粤北洋舰队，有通北嫌疑。密令温树德等以广东兵舰，于二十七日收复。五月初二日，以温树德为海军舰队总司令，海圻舰长。又令陈炯明办理两广军务，肃清匪患；所有地方军队，均归节制调遣。五月初四日，以海陆军大元帅名义，下北伐令。以李烈钧为中路，许崇智为左翼，黄大伟为右翼。二十六日，北伐军复南安。六月十二日，复赣州。
五月二十八日，孙传芳通电说：“广东孙大总统，原于护法；法统既复，责任已终。……北京徐大总统，新会选出；旧会召集，新会无凭，连带问题，同时失效。所望我两先生……及时引退。”二十九日，齐燮元也有电劝徐总统引退。六月初二日，徐总统令：“本大总统现因衰病辞职，依法应由国务院摄行职务。”于是曹锟吴佩孚和齐燮元等十五省区督军省长，京省各议会，教育会，商会，电黎元洪：请“依法复位”。初六日，黎氏通电，说：
……诸公所以推元洪者，谓其能统一也；……毋亦……症结固别有在乎？症结惟何？督军制之召乱而已。……督军诸公，如果力求统一，即请俯听刍言，立释兵柄。上至巡阅，下至护军，皆刻日解职，待元洪于都门之下，共筹国是。微特变形易貌之总司令，不能存留；即欲画分军区，扩充疆域，变形易貌之巡阅使，亦当杜绝。……
初十日，又通电：“顷接曹吴两巡阅使齐督军、冯督军、田督军、阎督军、萧督军等先后来电，均表赞同。……一言坚于九鼎，片语重于千金。宁复执久待之前言，贻丛生之后患。……谨于本月十一日，先行入都，暂行大总统职权，维持秩序。……”又电：“……法律问题，应由国会解释，……俟国会开会，听候解决。……”
先是四月间，参议院议长王家襄，众议院议长吴景濂在京宣言，“根据约法，继续行使国会职权，续开宪法会议”。直奉战后，曹锟、吴佩孚等通电征求恢复国会意见。旋议员在天津设第一届国会继续开会筹备处。六月十三日，黎总统令：“一九一七年六月十二日解散国会令，兹撤消之。”八月初一日，国会开会，宣言继续一九一七年第二期常会。
国会开会后，黎总统因一九一七年请冯副总统代行职权时，未克正式辞职。于七月五日咨议院：“补完一九一七年七月间国会正式辞职手续。”旋众议院咨，称：“八日常会，提出报告。佥以大总统系由总统选举会选出，此项辞职咨文，非本院所能收受；应将原咨退还。”十二日，总统又咨两院：“查总统选举会，依法系由国会议员组织。……应请俟国会议员人数迄三分之二以上时，定期开会公决。”
当黎总统复职时，除西南护法省分和东三省外，各省区长官都表示赞成；惟浙江督军卢永祥、省长沈金铿通电，说：“河间代理期满，即是黄陂法定任期终了。”苏、皖、浙、赣、闽、鲁联合同志会理事李烈钧等宣言：说：“正式国会，固在广州。……伪政府既倒，南方固……有正式政府。”林森等国会议员三百六十人，亦通电：“国会职责所在，誓不承认。”孙总统宣言：
……直军诸将，为表示诚意服从护法起见，应首先将所部半数，由政府改为工兵，留待停战条件；其余半数，留待与全国军队同时以次改编。直军诸将，如能履行此项条件，本大总统当立饬全国罢兵，恢复和平，共谋建设。若……惟知假藉名义，以涂饰耳目，……本大总统深念……以前祸乱之由，在于姑息养奸；决为国民一扫凶残，务使护法戡乱之主张，完全贯彻。……
当孙总统回广州后，在桂粤军，亦先后反粤。五月十九日，都抵广州。六月十五日，诸军攻总统府。通电：“合吁孙中山先生，实践与徐同退之宣言。”孙总统乘兵舰，停泊黄埔。七月初九，移泊沙面。八月初九日，乘英舰赴沪。陈炯明复出任粤军总司令。八月二十八日，广东省议会举陈席儒为广东省长。粤军围攻总统府后，北伐军回军攻粤，不胜，而江西复为北军所占。
国会一方面，亦有“民六”、“民八”的争论。民八议员，说：“……一九一七年国会之分子，既依据院法变更；已在广州自由行使职权；复于一九一九年，续开宪法会议。现在若欲促成宪会，只能继续八年……召集。……”民六议员则说：“广州开会，只能认为护法手段，不能认为适法行为。……查《国会组织法》第十五条：两院非各有总议员过半数出席，不得开议。《议院法》第六条：新到院议员，应将当选证书，提出本院审查。第十三条议员缺额，由院通知国务院，依法递补。广州非常国会，当初开议时，即未依组织法第十五条之规定。按之违法行为，自初无效之原则，不但解除议员职名，不生效力；即民七民八国会之名义，法律上亦不能成立。至其递补分子，既无当选证书，又非依法序补，……根本即不能认为有议员资格。……广州非常国会，自一九一七年十月起，迄一九二二年六月止，连续开会，计已四年零七个月；益以北京民二民五两次开会十九个月，均已满六年以上。若非从黄陂复位，撤销民六……解散……令时接算，不独众议员任期三年，早经届满；即参议员任期六年者，其议员资格，亦不存在；更何有恢复之余地乎？……”——此系民六议员陈铭铿二百零九人致孙中山的快邮代电。因九月初五日，有民八议员若干人，要出席议会，被民六议员阻止；当时报载孙中山致曹锟、吴佩孚电：有“……护法议员，竟拒绝出席两院，未免不符……恢复法统之初意。……”所以有此快邮代电。旋由孙寓秘书处，发出《负责声明》。说：“……中山先生，……绝无致曹、吴电如陈铭铿等所援引者。……抑尚有言者：已除名之议员，决不能因中山先生无此电文，遂自鸣得意。彼辈当日除名，合法与否，……应还问诸彼辈拥为议长之吴景濂；因当……时为议长者，亦吴景濂也。……以国民道德言之：一九一七年以来之战争，原于护法；……护法之目的，在于国会恢复。为国民者，……生命财产，丧失无算。……彼辈身为议员，当国民……喋血以争，……则缩颈事外，并开会时之报到，亦有所惮而不敢；甚至有卖身失节，以自绝于国会者试问今日，适从何来，遽集于此？即无起而斥之者，独不内愧于心乎？……”此项问题，甚难解决。