从东汉到魏晋，中国的学术思想界，起了一个大变迁。这个可以说从烦碎的考古时代，到自由思想时代，也可以说从儒学时代，到老学佛学时代。
西汉的儒学，就不过抱残守缺，固守着几句相传的师说；究竟孔门的学说，还是“负荷”得不能完全。到了末年，又为着“托古改制”之故，生出许多作伪的人来。又因为两汉的社会，去古未远；迷信的色彩，很为浓厚；于是这种作伪的话里头，又加上许多妖妄不经的话。识纬终东汉之世，是以纬为内学，经为外学。东汉的学风，虽然不必务守师说，似乎可以独出心裁。然而贾、许、郑、马等，又不免流于烦碎。打了半天官司，总是不见分晓。也不免使人厌倦。于是人心上就生出一种“弃掉这些烦碎的考据，而探求真理”的要求。
在中国旧学问里，可以当得起哲学的名称的，当然只有道家。在儒家，则一部《周易》里头，也包含着许多古代的哲学。参看第一篇第十章第一节。所以这时候，研究学问的人，都是《老》、《易》并称。其中最有名的，便是何晏、王弼、阮籍、嵇康、刘伶、王戎、王衍、乐广、卫玠、阮瞻、郭象、向秀等一班人。这一班人，“专务清谈，遗弃世务”，固然也有恶影响及于社会。然而替中国学术思想界，开一个新纪元，使哲学大放光明；前此社会上相传的迷信，都扫除净尽，也是很有功的（世务本来不能够都责备哲学家做的）。研究起中国的哲学史来，这一派“魏晋的哲学”，实在很有研究的价值。
中国的学问，是偏于致用的。《老》、《易》虽说是高深的哲学，要满足纯正哲学的要求，究竟还不够。于是佛学乘之而兴。佛教的输入中国，古书上也有说得很早的，然而不甚可靠。可靠的，还是汉明帝著中郎将蔡愔到西域去求佛经，公元六七年，永平十年。蔡愔同着摄摩竺法兰两僧，赍经典东来的一说。然而这时候，佛教在社会上，还没甚影响。三国时，天竺僧支谶、支亮、支谦从西域来，士大夫才渐渐和他交接。东晋时，又有佛图澄，从西域来，专事译经。慧远开莲社于庐山，这是后世净土宗的初祖。士大夫和他交接的更多，然而还不过是小乘。四○一年，姚秦弘始三年鸠摩罗什入长安，才译出大乘《经论》。从此以后，佛教在中国（宗教界和学术界）。就放出万丈的光焰。“佛教”或“佛学”，都是专门的学问。要明白他的真相，决不是本书所能绍介。我现在且转录近人新会梁氏《中国古代思潮》里的一张表，以见得佛学入中国后盛衰的大略。若要略知佛学的门径，梁氏这一篇文章，很为简明可看。若要再进一步，则近人梁氏的《印度哲学概论》最好。这部书，把印度各种哲学和佛学对举，很可以见得佛学的“来源”、“影响”，和他的“真相”。谢氏的《佛学大纲》，虽然无甚精神，抄撮的也还完备，也可看得。
以下十三宗，只有俱含成实两宗是小乘，其余都是大乘。其中天台一宗，系中国人所自创。
宗名开祖印度远祖初起时中盛时后衰时成实鸠摩罗什诃梨跋摩晋安帝时六朝间中唐以后三论嘉祥大师龙树，提婆同上同上同上涅槃昙无谶世亲同上宋齐陈以后归天台律南山律师昙无德梁武帝时唐太宗时元以后地论光统律师世亲同上梁陈间唐以后归华严净土善导大师马鸣，龙树，世亲同上唐宋明时明末以后禅达摩大师马鸣，龙树，提婆，世亲同上同上同上俱舍真谛三藏世亲陈文帝时中唐晚唐以后摄论同上无著，世亲同上陈隋间唐以后归法相天台智者大师陈隋间隋唐间晚唐以后华严杜顺大师马鸣，坚慧，龙树陈唐则天后同上法相慈恩大师无著，世亲唐太宗时中唐同上真言不空三藏龙树，龙智唐玄宗时同上同上《周易》王弼韩康伯《尚书》伪孔安国《传》，王肃等所造。《毛诗》毛亨《传》郑玄《笺》《周礼》郑玄《注》《仪礼》郑玄《注》《礼记》郑玄《注》《左传》杜预《集解》《公羊》何休《解诂》《谷梁》范宁《集解》《孝经》唐玄宗御《注》《论语》何晏《集解》《孟子》赵岐《注》《尔雅》晋郭璞《注》这时候，儒家之学也竟有点“道佛化”的样子。原来东汉的儒学，至郑玄而集其大成。然而盛极必衰，于是就出了一个王肃，专替郑玄为难。一定要胜过郑玄，这件事，也颇为难的。于是又想出一个作伪的法子。伪造孔安国《尚书传》、《论语》、《孝经注》、《孔子家语》、《孔丛子》五部书，互相印证。把自己驳难郑玄的话，都砌入这五部书里头，算是孔氏子孙所传，孔子已有定说的。参看丁晏《尚书余论》。这种作伪的手段，较之汉朝的古文家，更为卑劣。参看第二篇上第八章第六节。然而王肃是晋武帝的外祖。所以当时，颇有人附和他。譬如杜预，就是其中的一个。详见《尚书余论》。总而言之，从王肃等一班人出，而“郑学”也衰了。然而王肃这一派学问，在社会上也不占势力。东晋以后，盛行的，便是王弼、何晏这一派。这都是把道家之学去解释儒书的。再到后来的人，并不免参杂佛家的意思。上面所列一表，是唐朝时候所定的《十三经注疏》。所取的注，其中除《孝经》为唐玄宗御注外，其余十二经，魏晋人和汉人各半。北朝的风气，变动得晚些。自隋以前，北方的学者，大抵谨守汉儒的学问。熟精《三礼》的人极多。参看《廿二史札记》卷十五。这便是郑玄一派学问。也有能通何休公羊的。这并是今文学了。至于南人，则熟精汉学的，久已甚少。所风行的，都是魏晋以后的书。然而从隋朝统一之后。北朝的武力，战胜了南人。南朝的学术，也战胜了北人。北人所崇尚的，郑玄注的《周易》、《尚书》，服虔注的《左传》都亡，郑玄注左传未成，以与服虔，见《世说新语》。则服虔和郑玄，是一鼻孔出气的。而王弼、杜预的《注》，和伪孔安国的《传》，到唐朝就列于学官。这个决不是南朝的经学，能胜过北朝（就经学论，北朝确较南朝为纯正）。不过就学术思想界的趋势而论，汉朝人的儒学，这时候，其道已穷；而魏晋以后的这一派哲学正盛；南朝的经学，是“魏晋的哲学化”了的，所以就占了优胜罢了。
还有古代的神仙家，到魏晋以后，也“哲学化”了，而成功了后世的所谓“道教”，和“儒”、“释”并称为“三教”。这件事也要一论。案神仙家的初起，其中并没有什么哲学。他们所求的，不过是“不死”。所以致不死的手段，是“求神仙”和“炼奇药”。参看第二篇上。所谓不死，简直是说肉身可以不死。“尸解”的话，怕还是后来造出来，以自圆其说的。这一派妖妄之说，大概是起于燕齐之间。所以托之于黄帝。《史记·封禅书》说：齐威宣和燕昭王，就使人入海求蓬莱方丈瀛洲。《史记》的《八书》，固然全不是太史公所作，然而也并不是凭空伪造的（《礼书》、《乐书》，是抄的《荀子》和《小戴记》。其余略以《汉志》为本）。又《左传》，齐景公问晏婴，“古而无死，其乐如何”？除神仙家之外，没有说人可以不死的。齐景公这句话，一定是受神仙家的影响。这也可做神仙家之说，旧行于燕齐之间的一证。这一派人，和中国古代的医学，很有关系。《内经》里屡引方士之说。他们是懂得点药物学的，所以有所谓炼奇药。古代的医学，原有“咒由”一科，所以到后来，张角等还以“符水”替人治病。其说起于燕齐之间，所以有“入海的思想”，而有所谓三神山；大约海边上的蜃气，一定和这种妖教的构成，很有关系的。当秦皇、汉武时代，神仙家的势力极盛。这时候，这一派人（方士）专以蛊惑君主为事。到后来，汉武帝化了许多钱，神仙也找不到，奇药也炼不成，才晓得上了大当，“喟然而叹曰：世安有神仙”？从此以后，这一派人，蛊惑君主的伎俩，就无从再施，于是一变而愚惑平民。然而从张角、孙恩造反以后，又变做一种妨害治安的宗教，势不能再在社会上大张旗鼓：虽然还有张道陵、寇谦之等一班人，借符篆丹鼎等说，以愚惑当世。参看《魏书·释老志》。毕竟是不能大占势力的，这一种宗教，要想自存，就非改弦易辙，加上一点新面目不可。把后世道教的书来看，真像是和《易》、《老》相出入的。然而请问这许多话，汉以前的神仙家有么？譬如《淮南子》，后世认为道家的书。然而《淮南子》里，原有易九师的学说。又如《太极图》，后世认为陈抟从道家的书里取来的，不是儒家所固有。然而他的说法，可以和《易经》相通，毕竟无从否认。看胡渭《易图明辨》。我说：这许多话，本是中国古代的哲学，保存在《易经》里头的。魏晋以后的神仙家，窃去以自文其教。所以魏晋以后的道教，全不是汉以前的神仙家的本来面目。神仙家的本来，是除了炼奇药，求神仙等，别无什么哲学上的根据的。明乎此，则可知我国“道藏”的书大有研究的价值。为什么呢？中国古代的哲学，保存在《易经》里。五经里头，只有《易经》，今文家的学说全亡东汉人所注的《易经》，妖妄不经，琐碎无理，全没有哲学上的价值。要求古代的哲学（从《易经》里去求），只有到《淮南子》等一类的书里去搜辑，然而这一类书，也所传甚少，而且残缺不完。神仙家既然窃取这一种哲学，以自文其教，当他窃取的时候，材料总比现在多。这种哲学，一定有儒家已亡，借着他们的窃取，保存在道藏里头的。把这一种眼光去搜寻，一定能寻得许多可贵的材料。
还有一种风气，也是到魏晋以后才盛的，便是崇尚文学。两汉时代，固然也有许多文学家。然而这时候，看了文学，不过一技一能，究竟还是以朴学为重。到魏文帝，就说：“年寿有时而尽，荣乐止乎其身，二者必至之期，未若文章之无穷。”这种思想，全然是两汉人没有的。这是由于（一）两汉人的学问，太觉头巾气，缺乏美感，枯寂了的反动。（二）则魏晋人的哲学，所铸造成的人生观。总是“修短随化，终期于尽，古人云：死生亦大矣。岂不痛哉”一派。总觉得灰心绝望。然而人的希望，究竟不能尽绝的。“爱惜羽毛”的人，就要希望“没世不可知之名”。隋朝的李谔说：“自魏之三祖，崇尚文词。……竞骋浮华，遂成风俗。江左齐梁，其弊弥甚。贵贱贤愚，唯务吟咏。……竟一韵之奇，争一字之巧。连篇累牍，不出月露之形，积案盈箱，惟是风云之状。代俗以此相高，朝廷据兹擢士。禄利之路既开，爱尚之情愈笃。于是闾里童昏，贵游总丱，未窥六甲，先制五言。……递相师祖，浇漓愈扇。……”也可以见得这种风气的由来，和其降而益甚的情形了。因有这种风气，所以唐朝的取士，就偏重进士一科。也因为有科举制度，替他维持，所以这种风气，愈不容易改变。
文学的内容，从南北朝到唐，也经过一次变迁。从东汉到梁陈，文学日趋于绮靡，这是人人知道的。这种风气，走到极端，就又起了反动。隋文帝已经禁臣下的章奏，不得多用浮词；唐兴以后，就有一班人，务为古文，至韩、柳而大盛。就开了北宋到明的一派文学。曾国潘《湖南文征序》：“自东汉至隋，……大抵义不单行，辞多俪语；即议大政，考大礼，亦每缀以排比之句，间以婀娜之声。历唐代而不改。虽韩李锐志复古，能革举世骈体之风。……宋兴既久，欧阳曾王之徒，崇奉韩公，以为不迁之宗；适会其时，大儒迭起，相与上探邹鲁，研讨微言；群士慕效，类皆法韩民之气体，以阐明性道。自元明至……康雍之间，风会略同。”这几句话，说自汉至清初，文学变迁的大概，颇为简明。总而言之：古文之学，是导源唐初。大成于韩、柳等一班人，到北宋才大盛的。《旧唐书·韩愈传》：“大历、负元间，文字多尚古学，效扬雄、董仲舒之述作。独孤及梁肃，最称渊奥。愈从其徒游，锐意钻仰，欲自振于一代。”《新唐书·文苑传序》：“大历、贞元间，美才辈出。擩哜道真，涵泳圣涯，于是韩愈倡之，柳宗元、李翱、皇甫湜等和之，唐之文，完然为一代法。……”——韩公的“辟佛”，对于以前的学术宗教界，也要算一个反动。且留待讲宋代学术时再讲。