时间到了20世纪90年代，非洲的古人类化石重要发现接连不断。1992年，在埃塞俄比亚的阿拉米斯发现距今440万年前的南猿化石，被命名为“始祖地栖猿”。
1996年，来自13个国家40多位科学家组成的考察队在阿法盆地的中阿瓦什地区，找到了距今250万年前的南猿化石。由于它在形态上混杂着接近人和许多不同类型南猿的特点，被认为是连接阿法南猿和早期人属之间的一个新种代表，被定名为“惊奇南猿”。在肯尼亚图尔卡纳湖东岸的库比福拉，则相继发现了阿法南猿、鲍氏南猿、“能人”，以及曾被叫做“1470号人”的头骨化石。后者最后被定名为“卢道尔夫人”，距今年代为190万年前，并被认为是人属中的最早成员；在湖西岸，1985年曾发现有一具距今250万年前的头骨，被命名为“埃塞俄比亚南猿”，是粗壮型南猿的祖先；1995年在西岸的卡那坡发现的距今410万年前的原始类型南猿化石，被命名为“湖滨南猿”。最令人振奋的是，它们的下肢骨显示出直立行走的特点，而上肢骨却仍保留着上攀援的特点。这表明分子生物学所推测的距今500万年前人与猿分道扬镳可能是对的。
据此，一种学术观点认为，人类的发祥地很可能在非洲，特别是东非地区。大概在距今180万-200万年前，非洲的“能人”甚至“匠人”走出非洲进入亚洲和欧洲。这就是完整的人类非洲起源说。
在进化路上“走失”的尼安德特人尼安德特人是现代欧洲人祖先的近亲。20万年前，他们生活在整个欧洲和亚洲西部。他们身材壮硕、肌肉强健，能适应改变，本应继续繁衍生息不绝。然而，尼安德特人最终走向了灭绝。这是很奇怪的现象。因为大部分的动物，包括我们的近亲黑猩猩与大猩猩，都至少有两种存活下来，为什么在欧洲与西亚繁衍超过20万年的尼安德特人却最终趋于灭亡了呢？
那么，尼安德特人具有什么样的特征呢？他们身材一般矮小，只有165厘米，却非常结实——胸肌惊人，四肢短粗，前额低而倾斜，眉峰骨向前突出很多，在眼眶上形成整片的眉脊，他们的形态看起来更像大猩猩而不似人类。他们属于生活在远古时期的晚期智人，其化石发现时间横跨距今4万-20万年前的时间。可见，他们曾经主宰欧亚大陆近20万年，同时足迹遍布各处——以色列、意大利、英国、法国、俄罗斯甚至蒙古。
从发掘出来的一些石片、石刀可以看出，尼安德特人会使用石器，他们还会照顾生病的族人并且埋葬尸体，这些线索使得他们多了一丝“人”味。
但是，4万年后，尼安德特人的化石便不再出现，他们如恐龙般突然之间销声匿迹，对他们为何消失的各种猜测一直不断。
关于尼安德特人消失的原因存在两种猜测：一种认为被外力因素所灭绝，另一种观点理论认为被现代智人所同化。
直布罗陀博物馆的进化生态学家克里夫·芬利森曾经主持发掘过多个直布罗陀地区的洞穴。他推测，尼安德特人消失的原因基于环境因素。当尼安德特人生活的树林由于气候变化变成了开阔的草原，采用伏击方式狩猎的猎人不能有效地猎取足够的食物，又不能改变狩猎方法，致使所获得的食物越来越少，最终走向灭亡。
不过，有专家认为这是对尼安德特人的误解。因为尼安德特人曾非常成功地面对气候挑战的时间至少有20万年。比延续至今的现代智人还要长12.5万-15万年。
另一种看法是，尼安德特人是一个与现代人类完全不同的物种，现代人类进入他们的领地后，很快就将他们消灭了。
在另一项研究中，科学家利用改良型年代测定技术发现，4万多年前，现代人类进入欧洲大陆后，尼安德特人没有迅速消失，而是继续存在了近1.5万年，根本不是“闪电战”理论设想的那样——现代人类迅速取代了尼安德特人。
有学者认为，尼安德特人未必被智人灭绝，反而可能因为遗传上居于劣势，所以都被现代人同化。尼安德特人究竟下落如何，众说纷纭，人类历史上留下的记载和证据也寥寥无几。
中国“古人类”挑战非洲起源论
人类非洲起源说虽然获得了很多学者的认同，但也并没有盖棺定论，它还要面临很多挑战。比如我国在近半个世纪也发现了大量有关人类演化的化石材料，中国学者正在积极建构中国古人类的演化体系，以挑战非洲起源论。
自20世纪50年代在云南开远发现古猿以来，70年代和80年代在云南禄丰和元谋又相继发现古猿化石，可分大小两种类型。有些学者认为大型者可谓西瓦猿型，小型者属拉玛猿型。拉玛猿作为人类远祖的论点其时在我国风行一时，所以有的学者认为人类远祖已在中国找到，便将小型古猿命名为“中国古猿”。20世纪60年代，陕西兰田公主岭和云南元谋大那乌发现了直立人类型的蓝田人和元谋人，他们距今超出100万年，后者甚至达到170万年，成为目前已知中国境内最早的类人化石。但遗憾的是，元谋人化石目前仅限于两枚上内侧门齿，以及年代稍晚的一段胫骨，而在非洲发现的年代大致相同的却有完整的骨架。
自1985年起，在四川巫山县龙骨坡出土了一批早更新世哺乳动物化石，其中包含像人的一枚门齿和一段下颌残块，同时还宣称出土了有人工痕迹的石制品。一开始它们被部分学者鉴定为直立人型，后来国外学者介入，认为与直立人形态差异大，而与非洲的“能人”和“匠人”相近，并进一步测定了其年代为距今180万年以前，甚至超过200万年。20世纪80年代，我国有些学者在发掘和研究元谋西猿时，将之定名为“东方人”，并将其生存年代定在距今250万年前。而在同一地区的蝴蝶梁子发现的一具幼年头骨，鉴定为拉玛猿型，认为是人类的祖先，后来宣称在地层中也找到了“石器”，将之更名为“蝴蝶人”，其生存年代定为距今400多万年前，并进而构筑了“开远拉玛猿”——“禄丰拉玛猿”——“蝴蝶拉玛猿”（或“蝴蝶人”）——“东方人”——元谋猿人——昭通人（智人的早期代表）——西畴人、丽江人（智人的晚期代表）等相当完整的系列。鉴于此，有人提出滇中高原及其邻区是人类起源的关键地区。但遗憾的是，早在20世纪70年代后期，学术界已抛弃拉玛猿是人类远祖的观点。后经研究，所谓“蝴蝶人”的“石器”原来是天然石块；而“东方人”的石器，后来被证明是地表上拣来的，而且时代甚晚。
20世纪90年代，非洲出土大量早期人化石，并且这些化石构成了一个相当完整的演化体系，而亚洲地区出土的化石很难与它相提并论。古人类学的研究还表明：“东非能人”具有较大的躯体和较重的脑量，不仅已能制造工具，很可能还有较紧密的群体关系。加上古气候的变化，引起生态环境的变化和哺乳动物的迁移，由此带动了古人类群的迁徙。这些研究成果在20世纪90年代后期汇成“走出非洲”的假说。以色列的乌贝蒂亚、格鲁吉亚的德玛尼西、巴基斯坦的伯比山以及我国的“巫山人”诸遗址，均被看做是早期人类迁徙途中的遗迹。
我国的古环境条件还不错，已发现了丰富的中新世和上新世的古猿化石，但中国要挑战非洲起源论，就必须找出更多的早期人类化石，而且这些化石能建立一个比较完整的体系，使得非洲材料从属于这个体系才行。
人类是否仍然在进化
人类有许多优越于其他动物的地方，比如人类可以自主地使用避孕用品来有效控制生育数量，发明了维持生命和延缓死亡的药物，有改造自己DNA的潜J。因此有些人便认为人类已经摆脱了进化的控制，而这个观点是错误的。
进化建立在两个基础之上：可遗传的变异和选择。显然，人类个体千差万别，而形成差异的原因是基因突变。时至今日，基因突变仍然在以与整个进化过程相同的速度进行着。但选择呢？看起来，我们似乎已经摆脱了自然选择，适者生存和繁衍的法则已经不复存在。现代医药能帮助人们克服疾病和足以致死的伤势。计划生育和繁殖技术令繁殖成为可选择的问题，而不再是一种顺应自然的特征。
但人工选择——人们通常将其与动植物的驯化联系在一起。显然，我们没有像祖先设法培育高产小麦那样，系统化地引导自身基因组的进化，但也有类似之处：很多人类特征的存在只是因为我们人为地选择了它们。例如，眼镜的发明令近视眼增加，乳品业的发展令很多成年人有了消化乳糖的能力。在此过程中，其他力量也在起作用——人们正在改变环境和气候，使世界充满了污染物，为新疾病的产生创造了条件——这些变化几乎毫无疑问地会推动人类进化。
尽管我们可能认为基因技术会赋予我们具有控制未来的能力，但它其实会把人类进化推向未知的方向，认为我们能朝某个特定方向改造自身基因组的想法是狂妄的。我们对自己的基因如何相互作用所知道的会非常少，以至于任何改造精子或卵子的尝试都很可能导致难以预料的结果。目前所能肯定的是，人类的基因库正在改变，而且其速度之快也是前所未有的。但进化会带我们走向何方？未来的人是否永远和现在一样？仍需要科学家们进一步研究探讨。