宗教极端主义既是一种意识形态，也是一种外在的行为，其主要危害是“极端”，包括思想极端和行为极端。宗教极端主义不是宗教，而是对宗教的利用、歪曲和伤害。宗教极端主义的本质是反政府、反社会、反人类和反文明。
第一节 对抗、颠覆政府
宗教极端主义以宗教为幌子，采取暴力恐怖手段，削弱政府权威，侵蚀政府权力，与政府争夺意识形态主导权和公共事务管理权。
一 威胁政权
宗教极端主义的特征之一，是宗教的权威和管辖范围无限扩大，视宗教为唯一的、最高的、全面的、排他性的权力，最终演变为“教权主义”。所谓教权主义，是指国家最高权力由宗教界人士掌握，推行神权政治，依据教义、教法治理国家；集中体现为以教压政、以教代政，以宗教权力替代政府权力。教权主义者主张在新疆建立一个伊斯兰教法统治的“国家”，颠覆人民政权。
为实现这一目标，宗教极端分子绞尽脑汁构建神权政治的理论体系。一是宣扬“神权唯一论”，声称“在全球建立统一的伊斯兰政权，是真主给我们指引的唯一理想”，“除了真主之外，不服从任何政府、任何人”，其目的就是推翻世俗政权，建立伊斯兰教法统治的哈里发国家。二是宣扬“宗教政治论”。主张以《古兰经》和“圣训”作为衡量一切是非的标准，排斥一切世俗观念，全面否定现行国家政治、法律、经济制度。三是宣扬“异教徒论”，把信仰“安拉”以外的一切人视为“异教徒”和“叛教者”，戏弄、嘲讽、孤立、恐吓他们，甚至用极端恐怖的手段予以残害。四是宣扬“圣战论”，主张以“圣战”来实践“主命”，用武力推翻政府，用暴力恐怖手段残害广大人民群众。
宗教极端分子以非法经文班为基地培养骨干。从20世纪80年代开始，地下经文班逐渐在全疆蔓延。宗教极端分子是非法“带培塔里甫”的主体，通常在讲经中结合社会热点，影射攻击政府，宣扬“圣战”。到20世纪80年代末，由宗教极端势力培养的地下塔里甫已达数千人，分布在全疆各地，有些已成为极端势力骨干，频频向政府发难。
宗教极端分子不放过任何机会制造颠覆政府的骚乱。近年来，新疆较大的骚乱事件都由宗教极端势力煽动，他们以建立“东突厥斯坦伊斯兰国”为目标，利用宗教狂热，鼓吹“圣战”，妄图颠覆政府。在伊宁“2·5”事件中，骚乱分子打出的大幅标语，如“现在已经开始了”“万物非主，唯有真主。穆罕默德是真主的使者，真主唯有一个”等，均出自《古兰经》。骚乱分子人手一册经书，呼喊“安拉”“建立伊斯兰王国”等口号。
二 蚕食行政管理权
如同世界上绝大多数国家一样，中华人民共和国是一个世俗制国家，实行政教分离的原则，任何宗教都没有超越宪法和法律的特权，都不能干预行政、司法和教育等国家职能。同时，国家依法管理宗教事务，根据宪法和相关法律、法规及规范性文件，对宗教涉及国家利益、社会公共利益的关系和行为，以及社会公共活动涉及宗教界权益的关系和行为，实施行政管理；依法管理宗教事务，切实保障宗教信仰自由，保证正常宗教活动有序进行，保护宗教团体合法权益；绝不允许利用宗教反对党的领导和社会主义制度，破坏国家统一和各民族团结；绝不允许利用宗教损害国家和社会利益，妨碍其他公民合法权利。
然而，宗教极端主义不仅反对国家依法管理宗教，更企图要用宗教来管理社会公共事务，以宗教职能取代国家职能。在具体做法上：
其一，利用宗教干预行政事务。主要体现在对抗政府依法管理宗教活动场所、宗教人士、信教群众和宗教活动，试图把清真寺划作一块“治外法权”的领地。
其二，利用宗教干预司法。1999年8月9日，和田洛浦县发生一起聚众劫刑场的恶性骚乱事件。一名暴恐分子被枪决后，在宗教极端势力的煽动下， 2000多人聚众阻截运尸车，抢走尸体，抬尸游行，还准备在当地一个大清真寺内举行仪式，将“英雄”安葬于公墓内。
其三，利用宗教干预教育。有的教师带领小学生集体做礼拜，有的教师上课前先讲10分钟伊斯兰教经文。还有教师，宁可被开除公职，也要坚持盲目宣传伊斯兰教。宗教极端思想向学校渗透极大地冲击了国民教育。
其四，利用宗教干预婚姻管理。《中华人民共和国婚姻法》对结婚、离婚、夫妻间的权利和义务、父母子女间的关系、离婚后子女的抚养和教育、离婚后的财产和生活等有明确规定，各级民政部门是婚姻管理的责任部门。然而，在宗教极端势力的影响下，以宗教仪式代替婚姻登记等违法现象在新疆各地不同程度地存在。
三 冲击基层组织
在新疆，大部分宗教人士及其组织是守法爱国的。但是，也有一部分“宗教组织”是宗教极端分子的工具，这些组织往往是密谋的小集团、小组织，甚至是跨国界的国际组织。这些所谓的“宗教组织”把党和政府的基层组织作为渗透破坏的重点，削弱党的执政基础，妄图取而代之。
其一，强迫基层党员信教。20世纪80年代末以来，宗教极端势力利用逐渐浓厚起来的宗教氛围，煽动宗教狂热，企图孤立党和政府的基层部门和人员。在这种压力下，一些党员干部被迫参与宗教活动。
其二，杀害基层干部和群众。1996年3月，宗教极端势力制定了所谓的“断桥计划”，主要针对优秀少数民族干部和爱国进步、积极向党和政府靠拢的少数民族群众及宗教人士，实施爆炸、暗杀等活动，以恐吓广大少数民族干部群众和宗教人士，切断宗教界、少数民族群众与政府之间的桥梁纽带，削弱基层组织的影响力和控制力。随后，极端分子制造了一系列暴恐事件，造成了极为恶劣的社会影响。
其三，袭击乡镇政府和派出所。进入新世纪以来，特别是最近几年，宗教极端势力把基层政府机关作为袭击目标，暴恐活动日益猖獗。2014年7月28日凌晨，一伙蒙面暴徒手持刀斧袭击莎车县艾力西湖镇政府、派出所，在公路上设置多处路障，拦截打砸焚烧过往车辆，杀害无辜群众，造成37人死亡、13人受伤，31辆汽车被砸、被烧。
其四，非法设立“宗教法庭”。吐鲁番、阿克苏和伊犁等地，一些塔里甫私设“宗教法庭”，按照自己对宗教的理解，随意处置所谓“触犯伊斯兰教规”的塔里甫。
第二节 分裂民族
许多宗教极端分子都声称要建立统一的哈里发国家，这只是一个空想。现实中，伊斯兰极端分子只能在一定区域内建立小规模的神权国家，如阿富汗的“阿富汗伊斯兰酋长国”、中东的“伊斯兰国”。在新疆，宗教极端分子认为只有实现“独立”，才可能建立“神权”政府。因此宗教极端分子与民族分裂分子一拍即合、互为表里。
一 虚构民族起源及发展史
在民族分裂分子眼中，泛突厥主义和泛伊斯兰主义同为一体。在说突厥语的民族中，绝大部分人信仰伊斯兰教，两者涵盖的人群基本重叠。泛突厥主义民族分裂的本质，就是泛伊斯兰主义政治本质。
20世纪初，泛伊斯兰主义、泛突厥主义传入新疆后，“突厥文化共同体”、“突厥语言共同体”和“突厥文化优越论”等概念，就成了民族分裂势力虚构民族起源及民族发展史的理论根据。20世纪40年代初，民族分裂分子穆罕默德·伊敏在境外出版《东突厥斯坦历史》， 80年代新疆文联干部吐尔贡·阿勒玛斯出版《维吾尔人》《匈奴简史》《维吾尔古代文学》，他杜撰和篡改历史，为分裂主义捏造理论和历史证据，编造“东突厥斯坦独立论”的分裂思想体系。
历史上，突厥是一个活跃在中亚地区的游牧民族，活动范围从叶尼塞河上游至阿尔泰山以南。南北朝后期，古代突厥人曾在新疆和蒙古高原建立松散的、短暂的奴隶制汗国，公元583年分裂为东西两部。唐朝初年，东突厥和西突厥先后被唐所灭。突厥的一部分与汉族和其他少数民族融合，另一部分则西迁，成为土耳其人的来源之一。
穆罕默德·伊敏却把历史长河中短暂的突厥民族联合体，虚构为距今1.1万年的古老民族，比古代埃及还要“早5000年”，是“人类历史的开端”，其领土“西至北海、红海、黑海以及欧洲，北至北冰洋，东至太平洋，南至印度洋”，堪称人类历史上“最优秀的民族”。吐尔贡·阿勒玛斯则虚构维吾尔文化起源，声称“维吾尔文化是各民族文化之源”，是“世界文明最古老、最著名的黄金摇篮之一”。
事实上，今天的维吾尔人与古代突厥人没有严格意义上的族源关系，其构成也较为多样化，主要是由原蒙古草原上的回纥人和塔里木盆地绿洲上的土著居民融合而成。今天的“维吾尔”（Uyghur）与古代的“回鹘”都是原蒙古草原上的一个部落，突厥语名称即“回纥”的不同音译。从词根考察，“回纥”具有“联合”“同盟”或“凝聚”“依附”等含义，本身就蕴含着民族融合之意。
公元7世纪初期，居住在中国西域高车的一个部落“袁纥”，为了抵御西突厥军队入侵、摆脱西突厥统治，组建了名为“回纥”的部落联盟。“回纥”后来改名“回鹘”并沿用至宋朝。在此期间，南疆的印欧语系部落与阿尔泰语系突厥语族部落融合，突厥语族的语言逐渐成为“回鹘”的通用语，其文化也逐渐从多元趋同于伊斯兰教。元朝建立后，“回鹘”受成吉思汗次子察合台建立的汗国管辖，被称为“畏兀儿”。明朝，察合台汗国旧址上兴起一个以“畏兀儿”人为主体的伊斯兰政权，即叶尔羌汗国，一直向明王朝称臣纳贡。康熙年间，来自蒙古草原的准噶尔贵族占领该地区，康熙亲率大军平定准噶尔叛乱，恢复并加强了中央政府对新疆的管辖。1884年，清政府正式在新疆设立行省。1934年民国政府正式规定，“维吾尔”作为新疆回部的正式族名。
由此可见，同中国的其他少数民族一样，新疆维吾尔族形成和演化过程极其复杂。在这一漫长过程中，维吾尔族的祖先逐渐吸纳多个部落，以及突厥、吐蕃、契丹、蒙古和汉族等其他民族成分，最终形成了现代维吾尔族。“突厥族”与今天的维吾尔族并非同源，而是一个带有政治含义的虚构概念。
二 夸大民族差异
宗教极端分子夸大民族差异，否认边疆民族关系史的主流；否认民族间日益接近、相互吸收、相互依存、共同发展的事实，夸大民族冲突、对立，将民族关系史歪曲成民族矛盾和战争史，竭力渲染历史上边疆民族与中原汉族之间的敌视和仇杀，挑拨民族矛盾。在《东突厥斯坦历史》的描述中，中原与边疆民族关系史就是相互仇视和征战不休的历史，称“中国原是‘东突厥斯坦’民族的千年敌国”、中央政府对新疆的治理是“中国人实行同化政策，使整个突厥斯坦灭种于世界，是并吞‘东突厥斯坦’为中国一省之阴谋、企图与毒辣手段”。公元10世纪，伊斯兰教传入新疆时，当时的统治者为扩张势力，利用伊斯兰教“圣战”，发动残酷的百年战争。极端分子却将这段历史篡改为“维吾尔人领悟到伊斯兰教比起佛教来具有振奋战斗力的作用”“自愿地加入伊斯兰教”。
极端分子无视新疆各族人民友好相处、共同发展的历史，将中国历代王朝对新疆的治理说成“侵略”，把张骞、班超、左宗棠等开发新疆的民族英雄说成“侵略者”。同时，他们在自己创办的期刊《伊里克报》（1946年）上打出“我们的国家是‘东突厥斯坦’，我们的民族是突厥，我们的宗教是伊斯兰”的题跋。此后，这三个“我们的”成为新疆民族分裂势力最惯用的宣传口号之一。
民族分裂势力在虚构民族起源的同时，夸大民族差异，为“民族独立”和突厥种族优越论寻找依据。他们把涉及少数民族群众的民事和刑事问题“上升”为民族问题，把发生在民族地区的一般矛盾纠纷简单“上升”为民族问题，借以放大民族矛盾，制造民族仇视，破坏民族团结。
三 鼓吹民族独立
虚构民族起源与发展史，夸大民族差异，最终都是为鼓吹民族独立作理论铺垫。极端分子提出“三论”，即“东突厥斯坦独立论”、“单一民族至上论”和“神权政治论”，为“独立”提供所谓“合法性”。
过去一个世纪的历史表明，极端分子鼓动“民族独立”，尽管表现形式不同，但都是在“东突厥斯坦独立”这面旗帜下进行的，无一例外地给新疆各族人民带来了动乱和灾难。“东突厥斯坦独立”的民族分裂思潮在新疆根基较深，随国内外形势的变化时起时伏。目前，宗教极端分子仍然打着这面黑旗，蛊惑群众，制造事端。
20世纪90年代以来，随着东欧剧变、苏联解体，“民族自决”思潮泛滥。特别是中亚五国独立后，境内外民族分裂分子，大肆宣扬“一个民族、一个国家”，不再提“突厥斯坦帝国”的幻想，而是追求建立以维吾尔族为主体的“单一民族国家”。1997年，中亚几个新疆民族分裂组织在哈萨克斯坦阿拉木图成立“中亚维吾尔民族联盟”，把建立“维吾尔斯坦独立国家”作为首要政治目标。2004年4月，“东突厥斯坦民族大会”和“世界维吾尔青年代表大会”合并，组成“世界维吾尔代表大会”，以实现“单一民族的独立”为政治目标。
在新疆境内，民族分裂势力还极力宣传“单一民族至上论”，煽动狭隘的民族主义情绪。他们夸大单一民族的历史地位和作用，片面强调本民族的现实利益，把本民族的利益置于其他各民族利益之上，将各族群众的正常感情引向歧途，制造离心力，排斥和敌视其他民族，挑起民族矛盾，制造民族分裂。
第三节 分裂国家
国家主权是一个国家内部的最高权力，据此管理宗教、民族事务。任何宗教、民族必须服从国家管理。宗教极端分子无论要建立“神权”国家，还是要实现“民族独立”，都必须突破主权国家的限制。因此，分裂国家，既是极端主义势力的手段，也是其最终目标。
一 虚构国家起源
穆罕默德·伊敏在《东突厥斯坦历史》一书中，不仅把使用突厥语言和非突厥语族语言的诸民族都纳入“突厥民族”，把这些民族的文化都说成是“突厥文化”，而且把历史上这些民族建立的政权都称为“突厥国家”。该书虚构了匈奴帝国之前存在着一个独立于中国之外的“维吾尔国家”，无视中原王朝管辖新疆的历史事实。
宗教极端分子还声称：古代维吾尔族和北方游牧民族在不同历史时期建立的政权，都是中国之外的“独立国家”。为了杜撰国家起源，吐尔贡·阿勒玛斯提出“匈奴等于突厥、突厥等于维吾尔”的民族谱系，将古代欧洲历史上的阿提拉匈奴帝国、古代中亚历史上的白匈奴帝国、古代南亚和西亚一带的伽色尼王朝、古代小亚细亚的塞尔柱王朝、古代中亚花剌子模王国，与回纥汗国、喀喇汗朝混在一起，凭空想象成维吾尔族历史上建立的一系列“伟大的、强有力的、富有的、文明的国家”，以证明维吾尔自古以来就独立于中国。
这种虚假的国家起源说，干扰了一部分干部和群众的思想。新中国成立后，新疆发生的一系列叛乱、暴乱、骚乱事件，就是宗教极端分子虚构国家起源过程中形成的腐朽、错误思想造成的恶果。
二 投靠外国势力
投靠外国势力，成立境外分裂组织，构筑境外活动据点，进行内外勾连，伺机进行分裂破坏活动，是新疆宗教极端主义的一个基本特征。这些组织以所在国为基地，从事民族分裂等反华活动，实际上成为某些国家或反华势力的工具和马前卒。
其一，流亡出境通常是分裂主义的第一步选择。1949年9月，新疆和平解放前夕，曾任新疆省国民党政府副主席的穆罕默德·伊敏，曾任省政府秘书长的艾沙·玉素甫，带领3000余人外逃出境。他们先是暂居克什米尔，建立“东突厥斯坦侨民联合会”，这是民族分裂势力在境外成立的第一个组织。1953年10月和1954年7月，伊敏和艾沙先后移居土耳其的伊斯坦布尔。
其二，盘踞土耳其。伊敏、艾沙在土耳其成立“新疆独立联盟”，并发展出20多个境外分裂组织，其中影响较大的是“东突厥斯坦慈善基金会”。他们将《东突厥斯坦简史》《突厥斯坦之声》等书刊偷运到新疆，派人进入新疆搞串联，诱骗境内宗教人士和青年到境外接受培训，拉拢和策反出国朝觐、探亲、留学等人员，在境外组织游行、示威，声援境内分裂活动。
其三，在欧洲设据点。盘踞在土耳其的新疆民族分裂势力不断有人员赴欧洲等地务工和学习，20世纪80年代后，这些分裂分子在德国、瑞士和瑞典等地先后建立了20多个分裂组织。进入90年代后，在欧洲的这些民族分裂组织加紧和当地反华势力勾结，扩充力量，甚至筹建“流亡政府”，以求得西方反华势力的支持。
其四，流窜中亚和南亚。盘踞中亚的民族分裂组织，主要分布在哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦等国，并在苏联解体后得到快速发展，巅峰时期多达20余个，较有名的是“东突厥斯坦国际委员会”“东突厥斯坦解放组织”“维吾尔斯坦解放组织”“维吾尔跨国联盟”“东突厥斯坦民族革命阵线”。其中，“维吾尔跨国联盟”一度影响较大。20世纪90年代，随着南亚地区宗教极端势力的恶性膨胀，该地区成为国际恐怖主义、民族分裂主义和宗教极端主义势力活动的一个新的中心。
其五，在美国设立新巢窟。1983年，在美国中央情报局的插手下，境外新疆民族分裂势力在纽约成立“东突厥斯坦民族独立联盟”。20世纪90年代，“美国维吾尔协会”在华盛顿成立，民族分裂势力在美国的力量进一步加大。2004年4月中旬，“东突民族代表大会”和“世界维吾尔青年代表大会”两个组织纠集境外新疆民族分裂势力在慕尼黑召开“联合代表大会”，拼凑成立了“世界维吾尔代表大会”（简称“世维会”）。
目前，境外民族分裂组织的基本格局是：以欧洲作为推进国际化的主要舞台，以北美作为组织成员的聚集活动地，以中亚作为向中国境内渗透的桥头堡，以西亚作为暴恐活动的主要策源地，以中亚、南亚作为生存立足的空间。
三 鼓吹独立建国
宗教极端主义建立“伊斯兰王国”的主张，吸引着一代又一代的民族分裂分子，成为20世纪初以来的新疆各类暴恐事件的原动力。
20世纪初，由于泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮的流行，出现了以麦斯武德·沙比尔、穆罕默德·伊敏、沙比提大毛拉等为首的民族分裂势力。他们反对中国的“殖民统治”，呼吁民族独立，妄图把新疆从祖国分裂出去。从这一时期到40年代末，新疆处在一个动荡时期，以穆罕默德·伊敏为首的分裂分子乘机作乱，1933年2月攻占和田，伊敏自称和田王；同年11月12日，他又伙同沙比提大毛拉等人，在喀什成立“东突厥斯坦伊斯兰共和国”。这个“共和国”强制推行伊斯兰教法，设立宗教法庭，遭到各族人民反对，不到三个月就垮台了。1944年，新疆爆发反对国民党统治的“三区革命”（“三区”指伊犁、塔城、阿勒泰），8月巩哈县（今尼勒克县）牧民发动武装起义，占领巩哈县城。11月7日，又爆发伊宁起义。11月12日，“伊犁解放组织”宣布成立“东突厥斯坦共和国”临时政府。1946年6月，“东突厥斯坦共和国”的名称被取消，三区革命回归正途。
新疆和平解放后，虽然宗教极端势力受到打击，但是“建国”的图谋从未停止。特别是20世纪90年代以后，在国际恐怖主义、民族分裂主义和宗教极端主义的影响下，极端分子纷纷组建“政党”，以“独立建国”为政治目标，民族分裂活动进入有组织时期；他们不断制造暴力恐怖事件，表现更加猖獗。1994年建立的“东突厥斯坦正义党”，其头目则丁·玉素甫宣称，为建立“伊斯兰王国”，要打10年恐怖战争、10年游击战争和10年正规战争。