朱元璋得知此事后，勃然大怒。他先把周保等人斩首处死，然后叫来布政司官员兴师问罪，最后又毫不留情地把驸马爷欧阳伦一并赐死，而河桥巡检司小吏却因揭发有功，得到了嘉奖。欧阳伦是安庆公主的丈夫，而安庆公主是马皇后的亲生女儿，也是朱元璋平日最宠爱的公主之一，所以说欧阳伦也应该算是朱元璋面前的红人了。可是，别看他做了十几年驸马，触了大明的律法，朱元璋同样将他处死。建国后，朱元璋非常重视对官吏的委任和考核，他曾多次强调“不禁止官吏的贪暴，百姓就无法生存下去”，“这一弊端不革除，就不可能达到善政”。在庞大的官僚网的形成中，朱元璋决心吸取元朝吏治败坏以致亡国的历史教训，开始整顿吏治。朱元璋整顿吏治表现在重视官吏的考核。朱元璋严格地考核官吏制度，他要经常性地评审臣下的才能是否与其所任官职相符，所做之事是否与其责任相符。事实证明，只有这样经常地审核官吏，才能使人尽其职，不虚其位。洪武元年(1368年)，明太祖朱元璋颁布了《大明令》。《大明令》里严格地制定了地方官员的考核制度。其中一条就是各地府、州、县官员三年任满，赴京接受考核。进京的官员要带有三年任职期间政绩的文册，以此作为考核官员的凭据。而之所以这样做，就是要看这些官员们政绩优劣，是否称职。洪武二十六年(1393年)，朱元璋颁布了“考满”这种官吏的常规化制度考核。“考满”仿照古代官员考核制度，规定中央地方各级官员在九年的任职期间，必须每三年考核一次，第三年的考核叫做初考，第二个三年叫做再考，第九年叫做通考。具体到地方官员，府、州、县属官先经由本衙门正官初考，府、州、县正官由上级正官初考，然后层层上报核实，再送吏部考核。布政局、按察司属官也先由本衙门正官初考，报吏部考核。布政司和按察司的正官和副职，要经都察院初考，吏部复考。各衙门根据官员任职期间的政迹皆编造文册，报送吏部，经过核实，拟定评语。评语的好坏与官员的升降直接挂钩。评语分为称职、平常、不称职三种。当然谁都想称职，可是这就要看你的政绩如何了。“考满”制度的雏形源于元朝，当时是这样规定的：府同知一考无过失的，可升为知府；知县二考无过失的，升为知州；县丞一考无过失的，可升任知县。到了洪武二十六年(1393年)，朱元璋把它改为府、州、县官三年考满，评语是平常和称职的，在相同品级内调用，而不称职的正官、副职则要降官，首领官要降为吏。早在洪武五年(1372年)，明太祖制定了六部职掌，以便控制在京的官员。而二十六年(1393年)颁布的《诸司职掌》，则更详细规定了中央各部门的主要职责。规定中指出：京官四品以上九年任满，由太祖亲自决定升降，五品以下任满三年，由本衙门正官按称职、平常、不称职三等写出评语，经监察御史考核，再由吏部复考。除“考满”制度外，朱元璋还对官员进行“考察”。“考察”制度共分为两种：京察和外察。京察所针对的对象是中央各机构和两京所在地的顺天府、应天府各级官员，而外察针对的则是外地的官员。政令刚开始颁布时，朱元璋规定地方官员每年需朝见天子一次，到了洪武十八年(1385年)又改为了三年一次。每次朝见完毕，都由吏部和都察院对官员进行考察，并将京察和外察的结果，报请皇帝批准公布。“考满”和“考察”这两项考核官员制度，虽说都出自朱元璋之手，都是用来控制、整顿官僚机构，保证国家机器正常运转的重要手段。但二者却有着明显的不同，“考满”多与升迁相关，而“考察”是以罢黜官员为主，两者相辅相成，构成了明朝重要的考核制度，是官僚管理制度的重要组成部分。同时，需要指出的是，无论是考满，还是考察，朱元璋对官员考核的主要目的还是要看官员的办事能力。这与朱元璋求实的作风密不可分，他终生反对虚言浮夸，更厌恶有人欺瞒他。所以，他非常希望他的官员们都能尽心尽职，多有政绩。这也是他对社会治理、王朝稳固
的一种强烈期盼。朱元璋整顿吏治还表现在惩治贪官。经过元末多年战乱，朱元璋急于安定社会秩序，他尤其注重官员安抚百姓所起到的作用。在《大明令·吏令》中，他规定以户口增、田野辟作为各地府、州、县官的重要职责。地方官员来京朝见，他曾告诫他们：“天下初定，百姓乏力，就像小鸟初飞，树苗初栽，不要拔去鸟的羽毛，撼动树的根苗。廉洁能够约己爱民，贪赃必会害民肥己，你们要引以为戒。”朱元璋治贪的手法也并一味地“惩”，而是奖惩并用。他对为政清廉、安抚百姓的官吏，经常表扬和越级提拔。清介自持、忠勤不贪的官员，多有旌表，晋级提升，以树立典型。在这种大力倡导下，明朝之初确实出现过一些洁己爱民的优秀官员：如宁国知府陈灌，他曾在地方设立学堂，聘用教师；访民疾苦，禁止豪强兼并；伐石筑堤，保民田亩；用刑宽恤，安抚百姓。济宁知府方在勤，在任的三年间，积极开垦荒地，兴办学堂，最终使得一方富足，户口增长数倍。而他自己则衣着布袍，每天只吃一次肉，十年如一日，清廉之极。担任新化县丞的周舟，因廉洁勤政有功，后升为吏部主事，可是在百姓的强烈请求下，朱元璋又把他放回，继续治理地方。陶后仲在福建任按察使时，治赃吏数十人，尽除宿弊，抚恤军民，朱元璋下令表彰他。又如某官向河南按察司佥事王平行贿，王平将他抓起来送审。朱元璋得知后，嘉奖了王平，提拔他任都察院左佥都御史。对于善始善终的循吏清官，朱元璋给予厚赏，并为他们修建府第；他们寿终时，朱元璋亲自写祭文，以彰其德；还将廉吏、清官的事迹列入《彰善榜》和《圣政记》之中。正因为朱元璋倡廉惩贪，明朝初期涌现出了一批像陶安、陶后仲、郑士元、方克勤那样的清官，使得明初的政治清明，一度深得民众的拥护。如此看来，受到百姓爱戴的清廉自律的官员在当时有不少。但是，在国家草创之下，也并非一贯如此，在朝的许多官吏中，仍有人恶习不改，贪赃害民，为非作歹，最终激起百姓反抗。朱元璋当然不会对这种行为置之不理，他毫不留情地对其严厉惩处。据史书记载，明代考察的制度里有八项最为重要：贪、酷、浮躁、不及、老、病、罢、不谨，而这八项是在太祖身后约一个世纪的时间里才逐步建立完善起来的。朱元璋在世的时候，主要以贪和酷这两条来整顿吏治，重点惩治那些狂妄之徒。在倡导清廉、树立典型的同时，朱元璋采取严厉的法令惩罚贪官。洪武二年(1369年)，朱元璋又下政令：“今法令森严，凡遇官吏贪污蠹害百姓，重判，绝不宽恕。”政令一下，对平日较为廉洁的官吏犯有别的过失时，他有时还宽恕，而对贪酷之徒，朱元璋绝不手软，即使其贪污受贿的数额不大，也决不轻易放过。朱元璋惩治官吏贪酷的办法多种多样，罢官只是其中的一种手段而已，严刑峻法的制裁才真正令人心惊胆战。前面已经说过，朱元璋的军旅正在缺粮之时，他曾禁止酿酒。大将胡大海之子违犯了禁令，他完全不顾胡大海正在前方浴血奋战，冒着将领临敌背叛的危险，也要严格执法，竟手刃了胡大海之子。可以说，正是因为他的执法严明，才使得他成功翦灭各路群雄，而最终走向了皇帝的宝座。朱元璋抱定治理乱世，要用重刑的主旨，决心整顿吏治、肃清贪污。官吏贪污60两银子以上的枭首示众，并处以剥皮之刑。当时的府、州、县衙门左边的土地庙，就是剥皮的刑场，所以老百姓又称土地庙为皮场庙。在官府大堂公座旁，摆着填满稻草的人皮囊，使在任官吏时时刻刻心惊胆战，威慑他们不敢贪污祸害百姓。一时朝廷内外官吏无不奉公畏法。刑法之酷烈，这在中国的古代王朝中并不多见。
朱元璋对贪官污吏惩处严厉可从《大明律》中得到一些线索，《大明律》中规定：“受财枉法者，一贯以下杖七十，每五贯加一等，至八十贯绞；受财不枉法者，一贯以下杖六十，每五贯加一等，至一百二十贯杖一百，流三千里；监守自盗仓库钱、粮、物，不分首从，并赃论罪，在右小臂上刺盗官钱(粮、物)三个字，一贯以下杖八十，至四十贯斩。”朱元璋对监察官员贪污受赃的处刑更重：凡风宪官吏受财及于所按治去处求索、借贷人财物，若卖买多取价利，乃受馈送之类，各加其余官吏罪二等；同时还规定：“官吏宿娼，罪亚杀人一等，虽遇赦，终身弗叙。”明初刑罚的残酷程度，超过了以往的任何朝代。《唐律》已废止了古代墨、劓、非、宫、大辟五刑，而代之以笞、杖、徒、流、死(斩、绞)五刑。《大明律》除规定以上后五种刑罚外，还动用了残酷的凌迟、黥刺、挑膝盖、剁指、刖足、非、劓、阉割、锡蛇游、刷洗、枭令、称竿、抽肠、剥皮等酷刑，并经常使用连坐族诛之刑，株连三族、九族。由于惩处过于严酷，朱元璋又创造了一个“奇迹”。那就是从洪武元年(1368年)至洪武十九年(1386年)，竟然没有一位官员做到任期期满的，往往未及终考就遭到贬黜或被杀头。由于斩杀或罢免的官员太多，以至有些地方的衙门出现无人办公的现象。最后，朱元璋又不得不实行另一种叫做“戴死罪、徒流还职”的制度，让这些判刑后的犯罪官吏，带着镣铐回到公堂继续办公，将功补过。而在另一部法典《大诰》中，他还规定：凡各级官吏违背朝廷令旨，科敛扰民，或者互相勾结，包揽词讼，教唆害民的，百姓可以连名到京师状奏，带着《大诰》进京。文中特别提到，百姓甚至可把损人利己的官吏绑缚京师。各地官府不得阻拦进京面奏的百姓，胆敢有阻拦者，无论是官是民统统都要被族诛。这一规定的出台，使得朱元璋成功地借助了民间力量惩治那些不法官吏，迫使官吏从善治国。允许百姓告官，无疑使百姓成为保持官员廉洁的最强制约力，这在中国的历史上实属罕见。但是，即使是这样的严刑酷法，仍然有人敢顶风作案。最具代表性是洪武年间发生的两桩大案。空印案是发生在洪武八年(1375年)。由于当时明朝政府规定，各布政使司、府、州、县每年都要派官吏到户部报告地方财政收支账目，经户部审核，数字完全相符，才准许报销结账。如有不符，表册就要驳回，重新造册。但是这里有一个非常现实的问题，全国各地的布政司和府、州、县距离京师远近不一，三四千里有之，六七千里以外的也有之，因此有时就会出现重新造册时，加盖原衙门印信需要很长时间的现象。有些官员为了避免麻烦，省去往返在路上的时间，他们把表册事先盖上官印，以便遇到户部挑出差错，驳回文册时，就可随时填用。洪武八年(1375年)，朱元璋偶然得知此事后，他怀疑这里面肯定有人钻了空子，企图用此种手段来作弊、欺瞒自己。于是龙颜大怒，一气之下把户部尚书、各地衙门掌印官全部处死，副职以下官杖刑一百，发配地方。在这桩大案中牵连被杀、被戍的官员总数在数千以上，以至多少无辜的人不是流离失所，就是成了孤魂野鬼。郭桓案发生在洪武十八年(1385年)。郭桓是户部侍郎。由于御史余敏、丁廷举告发北平布政使司李或、按察使司赵全德等人，勾结户部侍郎郭桓等营私舞弊，侵盗官粮。朱元璋紧急下令追查此事。经过一番审讯之后，案情有了重大的突破，查明郭桓等人在收受浙西秋粮时，确实有190万石米卖掉，但所卖得的银两并没有上交国库。郭桓接受了浙西等四府贿赂的50万贯钞。同时，串通承运库官范朝宗偷盗金银，勾结广惠库官张裕擅自支取600万贯钞。除去盗取库中宝钞、金银以外，盗卖库存和未入库的税粮，以及鱼盐各种税收，共折2400多万石。贪污数额之大，罪行之严重，牵连官员又是如此众多，朱元璋又要大开杀戒了。朱元璋先下令把有牵连的礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等全部斩首，并把六部左右侍郎以下全部处死，追缴赃粮700万石。案件供词中所提到的各布政司官吏，也均被处死。这次株连被杀的人数又达到了万人之多。
这桩严重的大案，株连之广，令朱元璋气愤难平，惩治贪官污吏的制度已经实行十几年了，可眼前还在发生如此之大的案件，实在令人心寒。他曾感叹官员“任用既久，俱系奸贪”，更曾对“我欲除尽贪赃官吏，奈何朝杀而暮犯”的状况大惑不解。一时怒起，于是下令：“今后犯有贪赃罪的，不分轻重全部杀尽。”尽管朱元璋在惩治贪官污吏上，存在着严重的偏差，但是，确实也收到了较大的成效。经过长期的严酷斗争，一大批腐败的官员遭到惩处和打击，官场风气逐渐发生变化，明初吏治日趋清明，起到了整肃一代的作用。朱元璋积极地实行严刑峻法，起到了令朝廷内外官员重足屏息的作用，在重法治贪的措施下，明初的吏治大为好转，巩固了刚刚建立的政权。但是，由于贪污腐败是封建专制的顽疾，朱元璋的措施也只能起到“治标不治本”的作用了。通过神话自己、重用人才、废除丞相、设置内阁、重典肃贪等措施，朱元璋顺利地把皇权独揽在自己手中。大明朝建国初期政权稳定，皇权集中。