朱元璋有没有别的野心姑且不论，但郭子兴却没有理由不产生疑虑和防备。由于朱元璋威信很高，又有建军建政的大功劳，这使他自惭形秽之心油然而生，对自己在朱元璋心目中的形象问题非常敏感。在这种情况下，他常常嘴上责骂着自己手下将领的无能，心里却先自生出了一丝妒意。而他的手下将领面对朱元璋的业绩自然妒火更盛，在受到郭子兴责骂后，甚至酿成了忌恨。这种因素必然会促使滁州红巾军产生新的矛盾。郭子兴到滁州后不到一个月，便有人在背后诬告朱元璋对元帅不尊。郭子兴器量小、不能容人的老毛病又开始发作了，对朱元璋又是横加指责。也许是郭子兴怀疑朱元璋势力逐渐增大，而自己又年事已高，日渐衰老，其原来的亲信和子侄辈，如张天佑、郭天叙等都不足以与朱元璋抗衡。因此，郭子兴想要乘自己健在之时，牢牢地控制住主帅大权不至于落到旁人手里。所以，郭子兴对朱元璋的态度是：既要充分发挥其作用，又须尽力限制其力量的膨胀。这种想法和做法本身就是矛盾的，所以与朱元璋发生摩擦与对立也是在所难免。首先，郭子兴采用釜底抽薪的办法，把原来在朱元璋周围任事的人员全部调到主帅府工作，使朱元璋的幕府失去了存在的基础。其中只有李善长一人不愿意调离，泣诉于朱元璋面前，朱元璋曰：“主帅之命弗可违也。”但李善长终不愿去，后来也没有再调。其次，凡“四方征战，总兵之权”，他把朱元璋的权力限制到了最低点，即使是一个小小的“总兵”职位，朱元璋也没有任命权，凡是重大决策一律不让朱元璋参与。再次，郭子兴考虑自己名声尚微，不足以弹压诸部，因此，亟欲据滁州称王，借此抬高身价。称王之议被朱元璋否决后，他便派张天佑至亳州，请小明王命他为都元帅。小明王是宋国的皇帝，白莲教首领韩山童的儿子韩林儿至正十五年（1355年）二月被刘福通拥立为王，国号宋，建都亳州，建元龙凤。到了最后，郭子兴甚至把朱元璋关了起来，不给吃的，朱元璋的夫人马氏给他送吃的，因为怕别人看见，把热的饼子揣到了怀里，还把胸口烫坏了一片。但是朱元璋对郭子兴始终没有反抗，对郭子兴的做法，朱元璋知道现在需要的是忍耐，以解除郭子兴对他的戒心。仍然秉承着“知恩图报”的思想，耐心地以自己的行动消除郭子兴的疑心。郭子兴对朱元璋日渐疏远，朱元璋不仅不存芥蒂，相反，仍亲近如家人父子，亦绝无怨言，并力争事之愈加恭谨，以心换心。在战场上，朱元璋更加兢兢业业，以身作则，破除谗言。不料又有老资格的将领指责朱元璋作战不力，畏缩不前，郭子兴相信这种无中生有的诽谤。一天，郭子兴让一位为首的姓任的将领与朱元璋一起出战元军。朱元璋到了战场上奋勇向前，无人能挡，而这位背后诬告的任姓将领却只走出城门不远，便以被箭射中为由，退了回来。朱元璋勇往直前，杀退了一拨又一拨的敌兵。郭子兴看到姓任的将领身上并没有受伤，这才知道是姓任的将领造谣生事，意识到自己被愚弄了，很是惭愧。至此，郭子兴才有所醒悟。朱元璋始终坚守自己的原则，作战时，总是奋勇争先，身先士卒。军中有所获，自己一无所取，不肯像其他将领那样给郭子兴带来金银财宝，这一点又让心胸狭窄的郭子兴很不高兴。马氏知道内情后，看出了郭子兴的心思。便设法将军中所获全部献给郭子兴的次夫人张氏，同时马氏自己还更加和顺地伺候张夫人，张氏给郭子兴吹了枕边风，郭子兴才消除了对朱元璋的疑虑。
这一段时间是朱元璋参加义军以来最为委屈的时候，既要打仗，又要受审查；既立战功，又不落好，反而受诬陷。面对着自己救命恩人，也是自己的岳父，朱元璋实在很难做人。同时元军加强了攻势，对于朱元璋来说，一方面战场上形势逼人，另一方面却还要受郭子兴的猜忌，朱元璋极力平衡着两方面的关系，忠诚守信，并无怨言，显示了自己良好的操行。也幸亏朱元璋这样做，才使得郭子兴所统帅的这一支红巾军队伍始终保持着大体上团结的局面，在战场上连连克敌，未打败仗，朱元璋识大体、顾大局的品德由此可见一斑。从至正十四年(1354年)三月郭子兴至滁州与朱元璋军合并后一段时间开始，延至至正十五年(1355年)三月郭子兴去世前的一段日子，朱元璋与郭子兴之间的矛盾仍时有发生。从空间上看，包括滁州、和州两个地方，有时单独发生在滁州，有时单独发生在和州，有时则同时在两地发生。郭子兴与朱元璋在滁州、和州所发生的复杂矛盾与郭子兴之死，对郭子兴这支义军变化和朱元璋的事业发展，无疑是头等大事，但文献记载，闪烁其词，支离破碎。综观史实，朱、郭之间的意见分歧和矛盾诚然很多，有时还闹到了相当尖锐的程度，可是在原则问题上，朱元璋仍然保持着自己的原则和立场，据理力争，寸步不让。郭子兴在自己威不高、势不大、诚信不服众的情况下，便想在滁州称王，朱元璋力持不可，郭子兴也没有再坚持下去。至正十五年(1355年)出兵和州之前，朱郭之间还发生过一场严重争执。这场争论的中心问题是：滁州乏粮，今后到底应向何方和哪个地区发展。朱元璋认为，义军应当向和州发展。郭子兴开始不同意，由于朱元璋的坚持，才被迫同意。后来的实践证明，这个战略是完全正确的。朱元璋在此节骨眼上，毫不动摇，不厌其烦地犯颜进谏，以至于忧愤成疾，犹不罢休，必达目的而后止，关键还是要保持战斗方向正确性。从当时的全国和江北的反元形势看，威高势大、足以领袖群伦的仍然是小明王。徐寿辉、张士诚，尤其是近在卧榻的赵均用、孙德崖，其实力仍旧远比郭子兴强大。其中赵、孙二人几乎无日不在虎视眈眈，伺机收编郭子兴这支队伍，只因为有朱元璋在，所以才未敢轻举妄动。朱元璋已在郭子兴的队伍中取得了举足轻重的地位，他的一举一动，一言一行，使包括郭子兴在内的任何人等都不容小视。没有朱元璋，郭子兴连生存都将受到威胁，根本谈不上发展。郭子兴自己日渐年迈，其最早的儿辈，如郭天叙等均不足有为，所以，朱、郭之间相互争执，实际仅能是郭适当压压朱的咄咄逼人气势，使其不至于过早地夺权抢班而已。凭着朱元璋的才智和胆识，这支队伍归他所有已是大势所趋，任何人都无可奈何。这期间，郭子兴采取过一些压制朱元璋的措施，可到头来，还是要依旧信任和倚重他。朱元璋所以能取得这次较量的胜利，也并不是完全由于他们夫妇用诚心感动了郭子兴夫妇，其主要原因还是由于朱元璋通过几年的浴血奋斗所建立起来的功业，使郭子兴等人不能不认真对待。与其说朱元璋是淮西起义军将领郭子兴的部下，还不如说郭子兴是他的部下。因为在多次战争决策与战斗实施过程中，无不是朱元璋在起着主导作用，而郭子兴却只是充当了傀儡的角色。朱元璋大仁大义，受人之恩涌泉相报，即使是在郭子兴怀疑和迫害自己的同时，也是尽忠尽职，效犬马之力。郭子兴曾属于红巾起义军将领刘福通管辖，而刘福通又是韩山童的部下，在韩山童被元朝官兵镇压之后，刘福通接替了韩的位置继续扛着反元的大旗，进行反元斗争，并一度取得了非常好的效果。由于后来不能正确处理与地主阶级之间的矛盾，在元朝政府军与地方武装的联合进攻下，随着各地的起义军纷纷被镇压，刘福通的军队也暂时陷入了低潮。
至正十四年(1354年)下半年起，朱元璋援救赵均用、孙德崖解六合之围、保卫滁州。看到起义形势大有好转后，郭子兴、朱元璋各领本部人马，向外积极扩张势力。当时由于滁州缺粮，朱元璋就建议郭子兴先取和州，和州之地粮食充足，朱元璋一行人马施计巧取和州，由于张天佑和耿再成两支部队配合不默契，差点失去战争优势，让元军得了先机。幸亏朱元璋的军队及时赶到，前后夹击，使刚渡过护城河的元军纷纷落水，惨败而逃，很长一段时间不敢来犯，朱元璋也由此升任和州总兵。过了不久，和州发生粮荒，元太子秃坚、枢密院副使绊住马以及“义兵”元帅陈野先卷土重来，各率本部分别屯驻新塘、高望、青山、鸡笼山等要塞，切断和州粮道，四处设卡，不让运粮车队进入和州，妄图使和州缺粮少食，切断这支红巾军的后方补给线。但朱元璋身经百战，应对有方，他不是一味地死守，而是采取灵活的战术，亲自带兵出击和州西北，招降了鸡笼山的元军，使得元军断粮的阴谋没能得逞。元军无奈只好发动进攻，这一次又被朱元璋的部下李善长击败，朱元璋率部坚守3个月，最终秃坚见攻不下和州，只得撤往长江南岸。至正十四年(1354年)到至正十五年(1355年)这段时期，明眼人都知道虽然表面上是郭子兴主持着滁州和和州的大政，事实上一切局面都是由朱元璋一手操办和创造起来的。郭子兴之所以能够从孙德崖的手下逃脱，正是由于朱元璋的强大势力和威慑力，震慑住了孙德崖等人，而迫使他们不得不放人。和州被攻打下来之后，主持政事及军事行动基本上都是由朱元璋一个人独立完成的，而郭子兴在和州的影响已经趋于削弱状态。这一系列的策划、谋略还有战争的胜利，都是朱元璋一手创造的，所以他实在是功不可没，同时也充分说明了朱元璋不仅有审时度势的能力，还有屡战屡胜、稳操胜券的把握，最终取得了红巾军队伍离不开他的局面。朱元璋在处理与郭子兴的矛盾中，有感于郭子兴的知遇之恩，多次救郭子兴于虎口，又在滁州忍受郭子兴的挑剔与分权。正因为朱元璋的原则与忍让并存，才保证了郭子兴的红巾军队伍的稳定，保持了滁州、和州两个根据地的兵力，为他攻打天下奠定了基础。大 元 帅
至正十五年(1355年)三月，郭子兴病逝，其子郭天叙带领部下。小明王下诏封郭天叙为都元帅，张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。接受了小明王的封帅之后，朱元璋的发展显示出蒸蒸日上之势。此时的朱元璋已经不再是依附郭子兴时那样地时时羁绊、处处掣肘的受气角色了，而是成了与郭子兴的地位一样的统帅。虽然郭子兴去世后其影响仍在，而且郭子兴的儿子郭天叙仍然占据着主帅的地位，但这些影响都由于朱元璋的接受封帅而不再成为问题。朱元璋既然掌握着实权，又得大多数部将拥戴，完全可以借助于统帅的名分发展自己的势力。那些由于郭子兴的去世而不得不另投明主的将领们，大多选择了加入到朱元璋一方，朱元璋的势力由此而变得越来越大。郭子兴的去世给了朱元璋这样一种契机，使他在发展势力的时候，再也没有以往的种种限制，可以甩开手脚、放心大胆地培植自己的力量了。至正十五年(1355年)四五月间，朱元璋在和州坐镇指挥，接连打退了几次元军的进攻，他个人也添了桩喜事。都元帅郭天叙是郭子兴的正室大张夫人所生，而郭子兴的副室小张夫人生有一女，朱元璋初入红巾军时，此女年纪尚幼，此时已成人。此时连小张夫人都已看出这支部队最终为朱元璋所有，过去朱元璋与郭子兴有分歧，她做内室的自然要跟郭子兴行事。正是由于小张夫人看出郭家与朱元璋隐藏的危机，她认准朱元璋的前途未可限量，因此曾将养女马氏嫁给朱元璋，现在又把亲生女儿嫁给朱元璋，她们母女俩倒是要死心塌地地投向朱元璋。小张夫人为此就把刚刚成人的女儿嫁给朱元璋做了二房，自己名正言顺地做了朱元璋的岳母。这位第二夫人就是后来的郭惠妃。好事成双，朱元璋的两名贴身侍卫是一对郭姓亲兄弟，此时奉父命，把自己的刚成年的妹妹带到和州，让朱元璋收下做了三房夫人。新填的两房夫人都姓郭，朱元璋的正房马夫人又是郭家的义女，都与郭家沾边，不是巧合胜似巧合，堪称史上奇缘。