然而，这种“血诚”愈多，“愤懑”愈甚，曾国藩对政局的发展愈来愈关注，对朝廷的希望也愈来愈迫切，愈感“受恩深重，不能不报”。于是，他壮着胆子，于1851年5月再上一疏，语词激烈，锋芒直指咸丰皇帝。此疏主要目的是为了杜绝皇上“骄矜”之气和扭转廷臣“唯阿之风”。关于这个问题，他在家书中说得非常明白，当今皇上虽天资聪颖，但“满廷臣工，遂不敢以片言逆耳，将来恐一念骄矜，遂至恶直好谀。”因此，他不顾个人利害得失，决心犯颜直陈。他指出此疏的目的在于：
“是以趁此元年新政，即将此骄矜之机关说破，使圣心日就兢业而绝自是之萌。此余区区之本意也。现在人才不振，皆谨小而忽子大，人人皆习脂韦唯阿之风。欲以此疏稍挽风气，冀在廷皆趋于骨，而遇事不敢退缩。”
他不满咸丰帝的“官样文章”，凡上奏或者“留中”不发，或者以“无庸议”了之，这对于如火如荼的形势，无异于拒绝了任何“灵丹妙药”，也就只能走向死亡。曾国藩是个有作为者，他不愿与王朝共沉沦，他要振臂一呼，为王朝鼓与吹。
此疏警告咸丰皇帝：“一念自矜，则直言日觉其可憎，佞谀日觉其可亲，流弊将靡所底止。臣之过虑，实类于此。”“此疏一上，咸丰帝览奏大怒，摔诸地，立召军机大臣，欲罪之。”幸亏祁隽藻、季昌芝为之苦苦求情，才使曾国藩免于获罪。此后，曾国藩虽不敢直言批评皇帝，但他对朝廷大政方针仍为不满，尤其是太平军斩关夺隘、所到之处贫苦农民纷纷加入、各地会党更趋活跃的局势，使得他忧心如焚，一度发出了“补天倘无术，不叫且荷锄”的感叹。
众所周知，中国专制政体，历朝沿而加甚。到了清代，体制益严，君臣之分，俨若天渊，奏疏措词，务为巽顺；遇有谏诤，必先竭力颂扬，然后折人本题，字斟句酌。因而，清末奏议之文，去古人伉直之风远甚。曾国藩能在一二年之内连上数折，不厌其烦，屡屡陈言；尤以不阿谀奉承，不顾利害得失，犯颜批评皇上，言中时弊，词令尖辣，在一般官僚士大夫中确为少见。曾国藩之所以能有此举动，除了他受中国古代刚直大臣遗风影响之外，更重要的在于他对国内政治的密切关注，对中国传统文化的全力维护，对清朝统治集团的血性忠诚，一句话，他的使命感和道义感使他放胆高论，不避斧钺。
小心驶得万年船。
1861年，慈禧太后和奕联合发动了政变，打败了肃顺为首的八大臣，而曾国藩也可能被卷入这场清朝内部的政治斗争中去。曾国藩早就和肃顺等人相结好，但最后还是能安然渡过危机，这不能不说是曾国藩官场经验丰富、老于世故的缘故。曾国藩和肃顺并没有直接往来，而且也很注意细节，所以并没有给人留下把柄。这就是说肃顺与湘军集团，可以通过郭、王等人进行间接甚至直接交往。不过由于肃顺身败名裂，这类资料已被销毁，交往的具体情况已无法弄清楚。但在一些私人记载中，仍偶有记述。如九年樊案发生，官文欲趁机打击左宗棠。此案后来和平了结，左未受辱。胡林翼求情于官文固然起了作用，但主要还归功于肃顺大力相助。肃顺得悉要严惩左的诏旨，即告知幕宾高心夔，高转告王运、郭嵩焘，王求教于肃顺，肃答以“必侯内外臣工有疏保荐，余方能启齿”。郭乃策动潘祖萌上疏，肃即趁机言左在湖南“赞画军谋，迭著成效，骆秉章之功皆其功也，人才难得，自当爱惜。请再密寄官文，录中外保荐各疏，令其察酌情形办理”。这样，官文自然不能不见风使舵。这件事不仅证明，肃顺主动讨好湘军集团，并且力图通过郭、王等人，与湘军集团建立某种合作关系，而且，也生动反映肃顺和文庆一样主张重用湘军集团，比墨守成规的祁隽藻、彭蕴章等高出一筹。
咸丰十年（1860年）闰二月，咸丰帝任命刘长佑为广西巡抚，正是这一转变的先兆。三四月间，当江南大营彻底崩溃，苏南正在瓦解的消息传到北京时，人们感到问题十分严重，议论纷纷。早在道光末年就与曾国藩建立友谊的莫友芝，“与二三名流议江督非公（即曾国藩）不可，而其时君者为尚书肃顺，适湖口高心夔馆其家，遂往商焉。高白于肃顺，肃然之。翌日径直至高馆，握手曰事成焉”，四月，即宣布任命曾国藩署理两江总督。曾为湘军创建者，也是咸丰帝最不信任的人。他能否出任督抚、兼掌军政两权，就成了湘军集团与满族贵族的关系能否进入新阶段的关键。肃顺乘时进言破关，其他人就不难继曾而出任督抚。这就是说，满族贵族终于抛弃旧的方针，而采用新的方针，即由使用、限制，改为全面依靠。事实也证明了这一转变。六月，肃顺不仅实授曾为两江总督，且加以钦差大臣重任，此后对曾国藩的下属又多有任命。这显然是向曾国藩伸出了结交之手，他所给予湘军集团的实权利益也是前所未有的。尽管曾国藩对此早已垂涎而求之不得，但却始终不动声色，只是心照不宣地依靠名士、朋友与肃顺间接往来。后来慈禧以政变形式处决肃顺，想要进一步清除其党羽时，自然没有任何有关曾国藩的把柄。
道光帝的第六子，即后来封为恭亲王的奕虽然没有继承皇位，但在咸丰、同治、光绪三朝发挥了他人无可替代的作用。奕生于道光十二年（1833年），比生于嘉庆十六年（1811年）的曾国藩小22岁。在咸丰末年至同治时期，奕是清廷各项大政的主要决策者之一。曾国藩于咸丰二年离京，一别14年。两人从年龄、所处地理位置等方面都有很大差距，如果不是历史的巨变，他们之间很可能终生都不会打交道。但喜欢捉弄人的历史偏偏让这两个重量级人物在许多重大问题上发生难以割舍的关系。咸丰末年，由于肃顺鼎力相荐，清廷开始考虑把镇压太平天国的任务交给曾国藩等湘军首领。但曾国藩有湖南人特有的机警，对肃顺的重用没有任何表示，以至慈禧、奕发动政变、查抄肃顺家产时，发现了许多朝野文武大臣与肃顺交往的信件，但没有发现曾国藩写给肃顺的一字一言，以至于慈禧发出“曾国藩乃忠臣”的赞叹。
政变18天后，奕请两宫皇太后正式委任两江总督曾国藩节制江南四省军务，将江南军务委之于曾国藩，这是咸丰十年就决定了的事。现在奕明确将江南四省军务委之于曾国藩，是要表示新政权对于曾氏的信任，比之肃顺时代将有过之而无不及。人称肃顺推重“湘贤”，此事不假。但肃顺当政时，同时也设江南、江北大营以与湘军分功。奕当政后，不再重建江南、江北大营，而令曾国藩节制四省军务，这说明他承认正规的八旗、绿营军已不堪大用，看到了汉族地主武装中蕴藏着的巨大潜力，决心将它发掘出来。
之所以令曾国藩节制江南四省军务，还在于奕认识到中南战场的严重性。在那里，太平军占据着江北重镇庐州，并与捻军张乐行部、苗沛霖部协同作战。在江南，太平军正谋求向财赋之区的苏浙发展，早已占领苏州、常州；并新克名城严州、绍兴、宁波和杭州；上海附近的吴淞口和松江等地也警报频传。因此，尽管于咸丰帝大丧期间湘军占领了长江中游的安庆，但形势仍不能掉以轻心，前敌各军必须统筹兼顾，改变以往不相统属、互不救援的积习。令曾国藩节制四省军务，就是授以前敌指挥大权。
同治初的另一重要变化是，朝廷放手让湘军将帅出任地方长官的同时，给曾国藩等人极大的军事便宜处置权。过去将帅有所行动要连日奏报，听从朝旨。同治元年正月十二日（2月10日），朝廷向前敌将帅表达两宫皇太后及皇帝的关注，寄谕说，两宫皇太后“日与议政王军机大臣筹商军务，每于该大臣等奏报到时，详加披览，一切规划，辄深嘉许，言听计从”，要求各将帅要及时将有裨军务的“胜算老谋”奏报朝廷，以此表示新政权密切关注着前方战场的动向，并给将帅们以必要的信赖感。
但是这期间，曾国藩却连篇累牍地请求收回节制四省军务的成命，说“权位太重，恐开争权竞势之风，并防他日外重内轻之渐”。曾国藩是理学家，又熟谙清代掌故，他知道爱新觉罗皇朝对汉族官员一直是限制使用的，以往汉官虽可任巡抚，可任总督，但身兼四省军务者还没有过。“权重足以贾祸”，他对此不但深刻理解，而且有过切肤之痛。
现在曾国藩有顾虑是可以理解的。但奕清楚，政变后启用祁隽藻、翁心存和彭蕴章，只是借用他们的声望，并未付以实权，没让他们回军机处，真正依靠的是汉臣以及汉族地主武装，实行的是没有肃顺的肃顺政策。这个政策底数应该交给曾国藩，对他表示朝廷破例倚重的意思，使其感恩图报。奕特地请两宫皇太后铃发上谕慰勉说：“若非曾国藩之佃忱真挚，亦岂能轻假事权？”“望以军务为重，力图征剿，以拯生民于水火”，不许曾国藩再辞。
曾国藩这才“勉强”接受了四省兵权，但同时赶紧表示，今后要更加努力尽忠报国，每隔十日以奏折汇报一次，以免“朝廷魔念”“诚惶诚恐”之态溢于言表。