黄侃正与章太炎师议革命、学训诂之际，生母周孺人的疾病牵动了他的心，慈母田太夫人电召他还家侍疾。
黄侃是个孝子，接到电召以后，回家侍母的决心很快下定；同时对革命的前途也存有忧虑。自从孙黄领导的同盟会成立之后，《民报》极为有力地进行宣传，革命形势发展很快。1907年2月以后，同盟会内部发生了矛盾。由于清政府的压力，日本当局要求孙中山离日，名为“劝离出境”。当时，黄兴也准备离日，并且决定，汪精卫与黄兴同行，胡汉民伴随孙中山。他们在离日之前举行了一次会议，除了商量别的事情之外，还讨论了革命旗帜的图案，黄兴建议采用具有中国历史特点并象征社会主义的井字旗。孙中山对此表示反对，他认为这个设计既不美观，又有复古思想，他坚持用陆皓东设计的青天白日旗（陆皓东在1895年广州起义中牺牲）。黄兴则认为，青天白日的设计不美，并与日本国旗过于相似。两人都坚持己见，谁也不肯让步。有好几天时间，他们甚至彼此不相交谈。在推翻清朝之前，关于国旗图案设计的争论，大概是孙、黄最严重的一次争论。
当黄侃得知母病，准备回国临行时，章太炎以其所著《新方言》为赠，并书其上曰：
《新方言》三百七十事，赠黄季刚。季刚昔为我次蕲州语及诸词气，复以新所诊发第为十篇，都八百二十余事。余才愚无所任，齿历渐衰，念今小学训诂浸益放失，不量其孱，欲自儋何，以告邦人诸友。谗匿弘多，终已不得返乡里，上先人冢墓。其它云云，复何敢皑。季刚年方盛壮，学术能与予心稠适，又寂泊愿握苦节，此八百事赖季刚光大之。余自分问学不逮子云愈远，身为皇汉之逸民，差无符命投阁之耻，念欲自拟幼安次宗，又劣弱不胜也。保氏旧文，危若引发，绝续之际，愿季刚亹亹而已。
戊申二月末的一天，黄侃风尘仆仆地回到了家乡。虽然惊蛰已过，草木吐绿，但由于阴雨绵绵，寒气未消。黄侃一踏进家门，直奔后房，急看母亲。他是乙巳年（1905年）秋月离家的，一走就是两年多了，不知有多想念母亲。走近母亲床前，他动情地说：“娘！儿回来看你了。”连忙握着母亲的手，手凉凉的，瘦骨嶙峋。
娘颤巍巍流着泪说：“儿呀！娘想死你了！……”话未讲完，就张起口来喘气咳嗽。
黄侃连忙用手拍娘的背……
周孺人患病月余，延本地医生诊治多次，效果不佳。黄侃询问有关情况后，想远寻名医名药进行诊治。
一天，有位乡儒听说黄侃回家了，登门拜访，当黄侃谈起母亲病况，乡儒对他说：吾蕲春是御医李时珍的故里，名医辈出，你可否跑一趟蕲州，到那里准会寻到验方灵药。前不久，我就听说蕲州有位医生试用了李时珍验方治咳嗽，取得良好效果。具体办法我不清楚，你可去查访一下。
黄侃听后，决定即日前往。
是时，黄侃年方二十三岁，血气方刚，因求母病痊愈心急，次日凌晨，他即离家赴蕲州。当走到一个叫石鼓河的地方，突然天上阴云密布，一会儿“轰”地响起炸雷，瓢泼大雨从天而降。黄侃被一声雷炸蒙了，只见眼前电光一闪，一个农民先是向上一弹，随即倒在路口，黄侃心跳得要从口里出来，瘫软在地上。等了好大一会儿，雨才停，雷才止，几个农民来到被雷击倒的农民面前，扯他拉他，全无声息：农民已经死了。大家号啕痛哭，说：“五爷是个好人哩，天老爷怎么没长眼睛，专欺善人哩！”
黄侃被一阵哭声惊醒过来，挣扎站起，想到为母求医药耽搁不得，继续赶路；但想到刚才几位乡民骂老天爷没长眼睛，专门欺负善人，自己觉得倒也不是这样：我怀着一颗孝心，为治母病求医，老天爷似乎很理解似的，偏不击我哩。
黄侃这一趟远行没有枉费，在蕲州找到了一个名医顾某，在听取黄侃对母病的陈述，看过原来医生诊治的处方，就给他开了几剂中药回去。
还家后，黄侃亲自煎煮，母亲喝下以后，有所好转，于是继续按此方进行服药。
经过一段时间治疗之后，母病仍无大的进展，黄侃又延请了当地医生开药治疗，结果还是不行。
一天，有位亲戚来家，劝告黄侃：老孺人治疗多时，效果不佳，可否改个办法，请个菩萨治一治，十公子孝心感人，也许能感动菩萨。听说蕲州、蕲水交界处的小镇洗马畈达城庙内，有个金菩萨，很灵应，香火特盛。达城庙离我们这里大约八十里，十公子可以到那里去祈祷一下。黄侃为母亲诊好疾病心切，就积极做好准备，奔赴达城庙。此座庙宇建筑巍峨，门墙高耸若帝宫，进门有大殿三重，左厢尚有横屋，金菩萨则在中间。正殿的左边一神龛内，外装玻璃门，门上有锁。玻璃上油烟熏染，又覆以重重帐幔。焚香的人，就在外面燃烛点香叩头，根本看不清神像模样。有的达官贵人给了和尚十元八元，他才给你启锁，让你瞻仰神像。
黄侃知道规矩以后，在烧香叩头之后，给和尚十元钱，和尚也给他开锁，让他看了神像。他在神像面前默默向菩萨禀明，他是专为治好母亲疾病来求菩萨的，恳请菩萨大显神灵，保佑母亲疾病速愈。
过了两三天，黄侃归问母亲有无灵验，母亲说，有些好转。黄侃非常高兴。
蕲春是一个具有革命传统的县。早在明末清初的时候，这里群众（包括整个大别山地区）就组织起“洪门会”和“孝义会”的帮会组织，他们打着“反清复明”的旗号，同清朝封建统治者展开了激烈的斗争。
1905年，孙中山、黄兴在日本创立中国同盟会，蕲春的田桐是参加与发起者之一。蕲春籍留学生和进步青年，先后加入同盟会的有詹大悲、方觉慧、张九维、黄侃、蔡汇东、蔡德辰、陈乾、陈志纯、郝可权、曹天铎、田桓、范班侯、李筱渠、汪寿千、管梦倜、张迈西、田青、张焕华、詹廷云、朱嘉蔚、张步蟾、张伯荄、陈冕亚、方伯芸、田发周等数十人。同盟会湖北支部还在蕲州建立了秘密活动据点，布置了具体任务。他们在鼓吹反清革命、组织武装群众、准备推翻清政府等方面起了很大的作用。
黄侃对这个大好形势和基础是看得很清楚的。他在抓紧为母亲治病之际，利用远离官府环境，探亲访友、访贫问苦，举行演讲会，向广大人民群众宣讲清王朝腐败无能、丧权辱国、镇压民众的种种罪行，宣传革命道理，唤醒民众，弘扬民气。他的宣讲由居室而至祠堂，由祠堂而至山坡、河畔，由蕲北而至皖西，由一县而至多县，由一片而至整个大别山；听众由数十而至数百，由数百而至数千。除蕲春乡民外，黄梅、广济、英山、罗田、宿松、太湖、霍山等县乡民也闻风而至。如今蕲河边上那棵荫蔽两亩的大樟树下，便是当年演讲场所之一。
当黄侃宣传群众、组织群众如火如荼的时候，周孺人病情进一步恶化，黄侃已经完全不能离开左右。1908年11月周孺人逝世，时侃二十三岁，他一恸几绝。自是杜门养疴，谢绝人事，间一操笔，写定《春秋名字解诂补谊》初稿。十一月葬周孺人于宅前之三台山。
是时，两江总督端方在南方大肆搜捕革命党人，听说黄侃回到家乡，即密电鄂督陈夔龙派人缉捕。黄侃闻讯时，县役已经快到门口了。由于无法躲避，黄侃仓皇出奔，因经济拮据，远行不可能，不得已就上赴武昌。但此地不能久留，经同湖北同盟会的同志居正、温楚珩等人商定之后，借得亲友的若干资金，迅速潜赴日本。
这次黄侃亡命日本已为戊申岁暮，虽然离开章师仅为一年，而形势之变化，遭遇之悲惨，相互交流、相互倾诉起来，不觉感慨万端。
章太炎自1905年出狱东渡，主编《民报》以来，坚持依据孙中山所提出的“三民主义”为中心，宣扬革命理论，首先对梁启超所主编的《新民丛报》展开了笔战。梁氏主张君主立宪，主张开明专制，其文字浅显流畅，颇能摇惑一般人，因此在一个时期，立宪论占了上风。自《民报》创刊以后，同样以浅显流畅的笔调宣传革命，把梁氏驳得体无完肤。特别是章太炎的文章，他文辞渊雅，立论以经史为根据，这样使当时的士大夫阶层在思想上产生了很大震动。
黄侃从戊申岁暮至日本到庚戌（1910年）之秋，几近两年，除向章太炎学习经学、小学外，便是写文章鼓吹革命。只以《民报》被封禁，未得披露。
1910年，由于同盟会的活动，国内各地革命力量蓬勃兴起，武汉地区尤为炽烈。于是，湖北革命党人亟促黄侃回国共谋举义大事。黄侃回到武汉，和党人进行了认真的讨论，他们从分析形势入手，总结前段活动的经验教训，认为目前举事时机还不成熟，重点只能做好革命宣传工作，动员群众，积蓄力量，待时而动。
当时湖北最活跃的有两大革命组织，一个是“文学社”，一个是“共进会”。“文学社”的前身为“振武学社”。1911年1月30日，湖北革命党人因振武学社已暴露，改名为“文学社”，推蒋翊武为社长。主要成员有詹大悲、刘复基、王宪章、黄侃、何海鸣、李抱良、温楚珩等。主要工作任务是通过新军各标营代表掌握武装。同时出版《大江报》，进行公开宣传工作。吸收社员达三千余人。“共进会”是1907年成立于日本的革命团体。主要领导人为同盟会会员张百祥、孙武、焦达峰等。以同盟会的纲领为纲领，但将“平均地权”改为“平均人权”；在四川、湖北、湖南、江西的会党中吸收会员，发展组织。孙武、焦达峰回国后，1909年又在汉口设立共进会。这两大革命组织于1911年5月经蔡济民、查光佛、梅宝玑、牟鸿勋、陈磊等多方斡旋，双方达到共同一致，团结奋战。
黄侃从日本归国返乡，途经汉口，何海鸣、詹大悲在《大江报》住所为其接风，席间饮酒悲歌，纵谈时事。其中说到清政府近来将民办的粤汉、川汉铁路收归“国有”，并将筑路权出卖给英、德、法、意四国银行团，湘、鄂、川、粤四省人民一致反对，而清政府仍置之不理。詹大悲以主编之名邀请黄侃为《大江报》撰写一篇时评。黄侃慨然掷酒，奋笔疾书，写下《大乱者，救中国之妙药也》一文，署名“奇谈”。这是一篇富有号召力的反清战斗檄文，发表后立刻震动了大江南北，革命人士备受鼓舞，清廷上下惶恐万状，随即强令封闭《大江报》，逮捕该报主笔詹大悲，副主笔何海鸣，勒令说出该文作者。不管当局如何严刑逼供，詹、何二人都争认时评为自己所作，法庭无奈，只得判处詹、何二人各一年徒刑或交银八百两。但革命党人都很贫困，哪有银子上交，只有坐牢作罢。
《大江报》被查封，舆论大哗。特别是新军多与文学社有联系，新军各营中，通过文学社的组织，广泛秘设分销处和特约通讯员。凡军政各界贪污残民、虐待士兵之类的丑恶行为，“报纸无不尽情披露”，“笔锋所至，怒骂随之”。就连邮传尚书盛宣怀，川汉铁路大臣端方，以及如狼似虎的新军第八镇统制张彪，亦“时皆被骂”。
张彪，号虎臣，“行伍出身，目不识丁”，只因娶得张之洞的婢女为妻，得以仰仗虎威，横行一时，民众极为愤恨。《大江报》除多次据实揭露外，还登过这样的讽刺诗：
是虎非虎，是彪非彪。
不伦不类，怪物一条。
因牝而食，与獐同槽。
恃洞护身，为国之妖。
诗后还附图片及详细说明。
由于詹大悲、黄侃等人“言语妙天下，能言人之所欲言而不敢言，故《大江报》风行一时”，使反动官吏“畏报如虎，恨报刺骨”；而广大民众、新军则爱之愈殷，信之弥笃。各界人士纷纷赠以诗歌、对联，称颂不已：
大笔淋漓，万言日试；
江华灿烂，一纸风行！
这是汉口商会的赠联，从中足以看出《大江报》之威力和深得人心。
《大乱者，救中国之妙药也》似一枚炸弹的引发，人民群众和新军，更加擦亮了眼睛，更加鼓舞了斗志，大有剑拔弩张、一触即发之势；而清朝政府则感到风声鹤唳，草木皆兵，于是鄂督瑞澂下令对新军严密监视，禁止随意出营，气氛十分紧张。
10月9日正午，共进会会长孙武与潘善伯等在汉口总机关（宝善里十四号）内配制炸弹。忽然刘同口含纸烟从外而入，登楼旁观，偶遗烟灰于配药盒内，一时火星迸裂，烟气弥漫，声震四邻。孙武炸伤头面，由汪性唐、陈光楚、李作栋等以被服覆孙武面，送往同仁堂医院救治，余皆潜逃。俄捕闻爆炸声，鸣笛呼警来查，见系革命机关，力加搜索，被捕人数不少。鄂督瑞澂见破获人士如此之多，大为震动。当命铁忠、双寿及武昌知府陈树屏在督署会审严讯。被捕的彭楚藩、刘尧潋、杨宏基痛斥清廷的残暴及官僚的腐败，且行且呼：“民国万岁！”“同胞呀！大家起来革命！”至是开国三烈士为民族流血于督署辕门左端。当天晚上，第八镇工程营的士兵不愿坐以待毙，首先发难，轰轰烈烈的武昌起义便爆发了。
新军很快冲出营房，炮轰督军府，占领了武昌城。协统黎元洪被迫同意加入“共和”。武昌首义成功，全国各地响应。
武昌光复后，詹大悲、何海鸣出狱并发动新军光复汉口，成立了“汉口军政分府”。詹大悲为主任，何海鸣、黄侃、温楚珩、陈冕亚等人分别担任“双口军政分府”工作。
汉口的革命军与清军浴血奋战，由于新军力薄，先胜后败。10月29日清军冯国璋部攻入汉口市区纵火，11月1日汉口陷落，武昌亦危。
詹大悲主张至上海招募新兵。黄侃则同温楚珩、陈冕亚回蕲春发动“孝义会”会员组织武装，拟从鄂北攻击冯国璋之背，以解武汉之围。
蕲春县“孝义会”重要领导人方伯芸、张伯菱、汪翔云、陈楚香等人见到黄侃，十分高兴。黄侃向他们通报了当前全国特别是武昌起义后的形势和当前面临的任务，听取了他们对“孝义会”会员情况的分析，征求他们对参加革命军的意见。他们一致表示：参加革命军，誓同清政府斗争到底，不彻底消灭他们，决不罢休！
计划既定，决心已下，黄侃与陈冕亚、张伯菱、方伯芸等连夜上白水畈，在黄氏祠堂聚义三千余人，“崇汉会”（“孝义会”改的名）的旗帜高高飘扬，土铳戈矛林立，人人摩拳擦掌，个个不怕牺牲。不料这一行动触怒了当地的豪绅恶霸，他们乘轿至黄侃家，说什么这是“造反”，将招来“灭门大祸”，亦会“蹂躏家乡”。黄侃大骂豪绅“顽固不化，汉族败类”。众豪绅狼狈逃窜。但他们并不甘心，劣绅陈冕吾又连夜赶到广济田家镇，向驻守之清军水师告密。田家镇水军闻风而动，星夜赶往白水畈来镇压。次日晨，“崇汉会”会员正向边街开动，即同前来镇压的水军遭遇，由于会员仓促成军，又无枪炮，当场被水师击毙十余人，捉走数十人，余众溃散。黄侃被迫出走。