首先是政界人士发难。控制国会原子能联合委员会的民主党人就这一提案举行了听证会。特勒博士及其他许多人作证说，苏联将实施欺骗，提到的核查系统能力不足，整件事情对美国的安全利益而言是场灾难。据说约翰·麦科恩就是此次听证会的主要策划人。他告诉基斯佳科夫斯基，美国提出的核禁试是“一场国家危机”，这可以迫使他“辞职”。阿瑟·克罗克认为，民主党人举行这种大肆宣传的听证会，目的就是抢先对艾森豪威尔准备争取的任何条约提出质疑，从而在11月份的选举中剥夺共和党人在和平问题上的发言权。艾森豪威尔自己也认为：“那个可恶的联合委员会一定会想方设法来为难我。”
其次，就是来自军方的阻力。五角大楼不仅不想禁止核试验，反而想继续进行试验，并且大幅度增加洲际弹道导弹数量。在4月1日举行的国家安全委员会上，艾森豪威尔就导弹数量增加速度对国防部人士提出了“尖锐的问题”。这些人的回答是，他们准备每年生产400枚导弹。据基斯佳科夫斯基说，艾森豪威尔“满脸厌恶地说道，‘为什么我们不歇斯底里一点，干脆计划一支拥有一万枚导弹的力量。’”
第三，就是科学家。特勒、原子能委员会的科学家们及其朋友，都决心继续进行试验。他们的办法就是实施“和平”爆炸。他们响应艾森豪威尔利用原子能为人类福祉服务的伟大愿望，提出了各种提案。特勒在4月26日的内阁会议上说，他想挖一条横贯墨西哥的隧道和一条与巴拿马运河平行的隧道；在阿拉斯加北部炸出一个带有短程航道和换向船坞的港口；想通过引爆一枚核弹的办法在地下洞穴中储存热量，然后利用其能量；他认为原子爆能够在露天采矿中大显神威。他说，只要有机会，他能从沙子中榨出油来。只要他得到进行试验的许可，所有这些美好的前景都会变成现实。国防部长盖茨问他，这些实验对武器的研制有什么好处，特勒向他保证，这一切肯定会使他们大有收获。他还说：“我们能非常安全地避开已提出的核禁试……它可以轻松避开。”
第四，情报界。中情局及其他情报搜集部门都强烈反对任何没有监督的核禁试，并坚持说，飞越苏联上空的U2飞行应继续进行，甚至要进一步扩展。他们关心侦察范围之外的“空白区域”。在2月2日是以国外情报活动咨询委员会会晤时，杜利特尔将军要求艾森豪威尔尽可能利用U2的高空侦察。据古德帕斯特记载，艾森豪威尔“指出，这种决定是最能考验总统的问题之一”。他又说，赫鲁晓夫曾在戴维营向他概述了苏联的导弹能力，而“我（从U2高空侦察中）看到的每一份情报，都证实了赫鲁晓夫告诉我的情况”。
尽管有这样的基本认识，艾森豪威尔还是批准了额外的飞行，但是限定每月侦察一次。情报界人士一般认为，即使苏联击落一架U2飞机，他们也绝不会承认。因为倘若承认，他们就不得不承认这些侦察已经进行了数年时间，承认他们对此无能为力。这种逻辑是有问题的，但是美国急于得到更多的侦察照片。3月下旬，理查德·比斯尔向艾森豪威尔解释了为什么中情局认为苏联人可能正在建设新的导弹发射场，而与此同时，约翰·艾森豪威尔和古德帕斯特则在一幅巨大的苏联地图上给总统标出了计划中的飞行路线。
艾森豪威尔放弃了他个人的反对意见，批准U2实施一次飞行。飞机在4月9日实施侦察。苏联人通过雷达对U2实施跟踪，并多次试图用萨姆地对空导弹击落飞机，但飞行取得了成功。照片显示，苏联并没有建造新的导弹发射场。4月上旬，比斯尔申请U2再进行一次飞行。艾森豪威尔批准他在接下来两个星期内的任何一天实施这次飞行。但是接下来的14天时间中，苏联上空布满了云层，而U2需要几乎是完全晴朗的天气来拍摄照片。
由于天气一直没有好转，比斯尔申请飞行延期。艾森豪威尔让古德帕斯特打电话给比斯尔，通知他飞行延长一个星期。
5月1日，天气好转。当天早晨在土耳其的阿达纳机场，由中情局雇用的年轻飞行员弗朗西斯·鲍尔斯驾机飞往挪威的博德。他的飞行路线横贯整个苏联。
与此同时，艾森豪威尔正在为首脑会议作准备。三四月间，他在白宫会见了戴高乐和阿登纳，征得了他们的同意，准备将裁军作为巴黎会谈的主要议题。他表示，打算在核禁试条约之后提出“开放天空”的新做法，那就是建议美苏进行不间断空中核查，而此行动不与任何裁军问题挂钩，并且只在西伯利亚和阿拉斯加等特选地区进行。艾森豪威尔对此满怀希望。作为全世界的领袖人物，他想作出最后的努力，在军备竞赛中取得突破。这种个人愿意远胜以往。与福斯特·杜勒斯相比，国务卿赫脱对待苏联的态度，明显要更温和。艾森豪威尔的一位科学顾问向他保证，核禁试不仅能加强美国在道义上的地位，而且也能增强它的战略地位。参谋长联席会议成员不再像早些时候的布雷德利和雷德福那样，是他的同辈，而是经历过二战、资历相对较浅的军官。他们不可能对他产生影响。麦克米伦想要核禁试；戴高乐要的是和平；赫鲁晓夫希望达成协议；艾森豪威尔准备冒险作出妥协。在首脑会议前夕，气氛好得无以复加。
5月1日下午，离艾森豪威尔按计划飞往巴黎之前两星期，古德帕斯特打电话告诉总统：“我们的一架侦察机按计划离开土耳其阿达纳基地飞行后逾期未归，可能失事。”
这是个令人不安的消息，但未让人感到惊慌。如果飞机失事或被击落，驾驶员弗朗西斯·鲍尔斯不可能侥幸逃得活命。此外，中情局曾向总统保证：“如果飞机坠落，它不是在空中解体就是在地面撞毁，因此不会留下多少间谍活动的证据。机上安了自毁装置。”中情局没有告诉艾森豪威尔，“自毁装置”必须由驾驶员启动，而且它装载的炸药只有2.5磅，无法“摧毁”一架U2这样大的飞机，也没说几百英尺卷得紧紧的胶卷会在飞机坠毁或着火时留存下来，给苏联人提供他们所需的全部证据。艾森豪威尔认为，鲍尔斯已死，U2飞机已经烧为灰烬。他感谢古德帕斯特向自己报告这一情况，然后就继续处理其他事务。
第二天上午，5月2日，古德帕斯特来到椭圆形办公室。他说道：“总统先生，我接到中情局的报告，我昨天提到的U2侦察机仍然下落不明。飞机进入苏联境内一千三百英里处的时候，驾驶员报道发动机起火，此后再无音讯。根据飞机携带的油量来看，他不可能仍在飞行。”如果鲍尔斯不在飞行，他就已经死亡，飞机也已经坠毁。因此艾森豪威尔决定什么也不做，让赫鲁晓夫来走下一步，并认为（或希望）他也会保持沉默。苏联击落一架U2飞机，已经表明了自己的态度。如果赫鲁晓夫对会谈有诚意，他就会低调处理这件事，或是将它放诸脑后，只会希望在巴黎时私下里和艾森豪威尔就此事说上一两句。
5月5日，赫鲁晓夫在最高苏维埃发表演说，称苏联已经击落一架入侵苏联领空的美国间谍飞机。赫鲁晓夫愤怒地谴责美国在苏联上空实施“强盗飞行”的“侵略性挑衅”。在这个长篇演说中，赫鲁晓夫说美国挑选“五一”节实施侦察，希望苏联那时防备松懈，结果没有得逞。赫鲁晓夫对这一挑衅性飞行作出了自己的解释：“美国的帝国主义侵略势力最近一直在积极活动，企图破坏首脑会谈，或至少阻止美苏达成任何协议。”但他没有指责艾森豪威尔，相反，他说****分子在总统不知情的情况下采取了行动。
艾森豪威尔总统决定不作任何反驳或解释。他本可以立即反驳这些指责，也可以发表声明，承担所有责任，说明只有得到他的亲自批准，U2飞机才能起飞。他也可以坚持说，由于苏联凡事秘而不宣，美国担心受到核弹的突然袭击，高空侦察对美国的国家安全而言不可或缺。在此过程中，他可以提醒全世界，人尽皆知，克格勃对西方实施间谍活动，远比中情局对苏采取行动要活跃得多。
但是这些事情他一件都没做，因为他固执地要保守U2的秘密。而令人奇怪的是，U2对苏联来说并不是什么秘密，甚至早在1956年飞机首次飞行时，它就已经不是秘密了。实际上，所有与此事有关的政府——英国、法国、土耳其、挪威、台湾及其他国家和地区都知道U2的事。不知道情况的，反倒是美国民众及他们选出来的官员。
艾森豪威尔的另一个选择，就是发表声明，称由于苏联拒绝“开放领空”的建议，因此他决定单方面执行这一政策，然后让赫鲁晓夫随意派飞机对美实施侦察。但是，要这样做的话，艾森豪威尔必须公开U2飞行的情况。虽然我们现在很难判断这样做会造成何种损失，但艾森豪威尔当时决定，不顾一切保守高空侦察的秘密，至少要否认这种行为的存在。于是，他不但不承认，反而想掩盖真相。
他这么做，是因为他以为谎言能够发挥作用。艾森豪威尔以为鲍尔斯已死，飞机已经坠毁，赫鲁晓夫抓不住什么把柄。具有讽刺意味的是，艾森豪威尔本人曾说，自己唯一的，也是最大的资本就是“诚实的声誉”，“当我们正在坦诚相对时”，如果有一架U2被击落，“它可能被放在莫斯科展览，破坏总统的声誉。”但是他仍然抱着一丝希望，以为没有任何实物证据的赫鲁晓夫不能令人信服。
5月5日下午，艾森豪威尔回到华盛顿后，批准了一项由国家宇航局发表的声明。声明称：“从1956年以来，一直执行国家宇航局高空气象研究项目的一架U2飞机自从5月1日以来下落不明。驾驶员曾报告，他在飞越土耳其凡湖地区时发生了氧气故障。”由此推测，U2偏离航线后，可能越过边境进入了苏联。言外之意就是说，鲍尔斯的气象飞机就是苏联击落的那一架。
第二天，赫鲁晓夫公布了一张飞机残骸的照片，并称它就是鲍尔斯驾驶的那架U2飞机。但实际上，这并非U2，而是另一架飞机。赫鲁晓夫设下了一个圈套。他希望艾森豪威尔继续以为鲍尔斯已经机毁人亡，这样美国就会坚持“气象研究”的说法。
接着，在5月7日，赫鲁晓夫突然亮出了他的杀手锏。他兴高采烈地向“一片欢呼”的最高苏维埃报告：“我们得到了飞机的残骸，也抓住了驾驶员。他仍然活得好好的。他和飞机的残骸都在莫斯科。”
得知鲍尔斯被苏联生擒这个他认为“难以置信”的消息后，艾森豪威尔认为，既然赫鲁晓夫手中人机（以及胶卷）并获，美方继续否认高空飞行的真正目的已经没有什么意义。但他还没有准备告诉美国人民和全世界，他本人卷入了令人厌恶的间谍活动。杜勒斯、赫脱及其他高级官员千方百计来保护总统。根据赫脱的建议，艾森豪威尔授权国务院发表声明，否认鲍尔斯得到飞越苏联上空的任何授权。
这一声明写得非常拙劣，而且发布的时机也不对，结果使得局势更加糟糕。詹姆斯·赖斯顿在《纽约时报》的报道中写道：“美国今晚承认，自己一架用于搜集情报的飞机‘可能’飞越了苏联领土。”
“然而，官方声明强调，华盛顿当局‘没有批准任何此类飞行’。”
“至于批准此次飞行的人到底是谁，官员们拒绝发表评论。如果美国没有批准此次U2飞行，我们只能认为，在中东或欧洲指挥系统中的某个人下达了这一命令。”
当天下午，美方仍然企图掩盖事实。古德帕斯特打电话给赫脱，说艾森豪威尔要国务院发表声明，称U2飞机实施侦察“是遵照总统在其执政初期下达的一份一般性指示而行事，目的就是为了保护我们免受突然袭击。”但古德帕斯特还说：“总统不希望此事和他有任何牵连。”
最后发表的声明增添了民众羞辱与混乱的情绪。赖斯顿在报道中写道：“今夜，华盛顿深陷在悲哀与茫然之中。民众纷纷指责政府管理不力，判断失当，不讲信誉。”
艾森豪威尔本人依然镇定自若。他告诉怀特曼：“我很想辞职。”怀特曼觉得总统当天上午有些沮丧，“但是到了下午，他又恢复了处变不惊的能力，没有一蹶不振，而是继续向前。”当天下午，艾森豪威尔向国会领袖作了情况汇报。他对U2作了说明，简单介绍了它的历史，肯定了高空侦察搜集到的情报，承认自己中了赫鲁晓夫的圈套。他最后说道：“我们现在只能承受这场风暴。”
在接下来的两天之中，由于报纸上的头条新闻说得越来越吓人，羞辱变成了恐惧。5月10日，《时代》杂志称：“赫鲁晓夫警告，将对美国间谍使用的基地发动火箭袭击”。第二天早上，头条新闻的标题是：“如果苏联袭击基地，美国誓言保卫盟国。”赫鲁晓夫在莫斯科的一次临时记者会上宣布，他将对鲍尔斯实施审判，并说：“你们知道，这种侵略行为继续下去的话，有可能会引发战争。”艾森豪威尔也举行了记者招待会，宣读了事先准备好的声明。艾森豪威尔的语气坚定，很有分寸，毫无后悔或道歉之意。他说，赫鲁晓夫对于“一架没有武装的非军用飞机”如此大肆喧哗，“只能反映出竭力掩盖事实的态度。”由于苏联凡事遮遮掩掩的本性，间谍活动“虽然令人生厌，但却极有必要。”有人问，他访问苏联的计划是否准备取消。他答道：“我准备去。”有人问，首脑会谈的前景是否发生了变化，他答道：“没有决定性的变化，没有。”
然而，情况的确发生了变化。在华盛顿，所有人都认为，赫鲁晓夫既然已经人机俱获，而且又抓住了对手说谎的事实，必定会好好利用这两点。艾森豪威尔的一些顾问要求他利用赫鲁晓夫提供的机会，将计就计，表示自己对这些飞行一无所知，并为此处分某个人（比如杜勒斯）。这些顾问说，这样做仍有可能拯救首脑会议。艾森豪威尔拒绝了这一建议，首先因为这并非事实；其次因为这显然对杜勒斯不公平；第三，如果他真的这样做，赫鲁晓夫可能在首脑会议上拒绝与艾森豪威尔打交道，因为他显然无法管控自己的政府。
离首脑会议还有几天的时间，赫鲁晓夫不但继续发表好战言论，而且对艾森豪威尔本人是不知道此次飞行继续表示怀疑。他甚至说，克格勃常常进行一些他不知道的活动。美方很难理解赫鲁晓夫的动机。他似乎决心要阻止首脑会议，但他却又一直坚持要召开此次会议。他想必知道，自己决不可能使艾森豪威尔承认U2飞机这样的重大行动无须经过总统批准，艾森豪威尔也不会亲自道歉，但他仍然坚持这两点。一方面假装表示愤怒，另一方面让卫星每天飞过美国的上空——实际上，苏联报纸曾经刊登过卫星携带的照相机所拍摄的照片。
这场危机使西方盟国团结得更加紧密。
艾森豪威尔、麦克米伦和戴高乐三人首次在巴黎见面时，艾森豪威尔说道：“我不知道别人怎样，但是我自己变老了。”戴高乐微笑着回答：“您看上去一点也不老。”